Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1341
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1341, 600 aa
1>>>pF1KSDA1341 600 - 600 aa - 600 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2548+/-0.00103; mu= 13.5874+/- 0.063
mean_var=242.5673+/-50.837, 0's: 0 Z-trim(112.0): 82 B-trim: 16 in 1/50
Lambda= 0.082349
statistics sampled from 12764 (12838) to 12764 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.394), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32230.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 ( 600) 4083 498.6 9.6e-141
CCDS73722.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 ( 576) 3015 371.7 1.5e-102
CCDS12203.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 ( 730) 1512 193.3 9.5e-49
CCDS12204.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 ( 691) 938 125.0 3.1e-28
>>CCDS32230.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 (600 aa)
initn: 4083 init1: 4083 opt: 4083 Z-score: 2640.3 bits: 498.6 E(32554): 9.6e-141
Smith-Waterman score: 4083; 99.8% identity (100.0% similar) in 600 aa overlap (1-600:1-600)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGAGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DIGINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
550 560 570 580 590 600
>>CCDS73722.1 MYEF2 gene_id:50804|Hs108|chr15 (576 aa)
initn: 2980 init1: 2980 opt: 3015 Z-score: 1954.8 bits: 371.7 E(32554): 1.5e-102
Smith-Waterman score: 3868; 95.8% identity (96.0% similar) in 600 aa overlap (1-600:1-576)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 MADANKAEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSNGVKMENDESA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KEEKSDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGAGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 REKVGEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 NARRALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 DFKVGWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 RPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
:::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS73 DIGINRGFGDSFGRLG------------------------GGMGSMNSVTGGMGMGLDRM
430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKLK
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KSD EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRNA
520 530 540 550 560 570
>>CCDS12203.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 (730 aa)
initn: 1944 init1: 1074 opt: 1512 Z-score: 988.6 bits: 193.3 E(32554): 9.5e-49
Smith-Waterman score: 1550; 53.4% identity (75.4% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
CCDS12 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
CCDS12 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
CCDS12 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:.. .. : . : :....::::::::::: :.: :::::::::.::::::.::
CCDS12 AMQKVMATTGGMGMGPGGPGMITIPPSILNNPNIPNEIIHALQAGRLGSTVFVANLDYKV
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS12 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
CCDS12 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..:. .:. ::
CCDS12 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
340 350 360 370 380
430 440 450 460 470
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
.: ..: : . : . : .: :.:...: .:.:.. :: ..: ::. .::
CCDS12 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
390 400 410 420 430 440
480 490 500 510 520 530
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
:.: .::: :: . ..: . . ::. : :::::
CCDS12 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
450 460 470 480 490 500
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
CCDS12 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
510 520 530 540 550 560
>--
initn: 592 init1: 454 opt: 578 Z-score: 388.9 bits: 82.3 E(32554): 2.4e-15
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:482-730)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
:. .: :.: : . ..: .: .. .
CCDS12 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
460 470 480 490 500 510
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
: : : ::. ..:.: . .: : : .:. ::: .. :....:: .:
CCDS12 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
520 530 540 550 560
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: ..: :
CCDS12 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
570 580 590 600
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::::::
CCDS12 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
610 620 630 640 650 660
540 550 560 570 580 590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
:::.::. ::.::..::::..:.::::::::::::.:.:.::: ::.:::.:::.:.:::
CCDS12 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
670 680 690 700 710 720
600
pF1KSD EIDVRLDRNA
:::::.::::
CCDS12 EIDVRIDRNA
730
>>CCDS12204.1 HNRNPM gene_id:4670|Hs108|chr19 (691 aa)
initn: 1307 init1: 502 opt: 938 Z-score: 620.3 bits: 125.0 E(32554): 3.1e-28
Smith-Waterman score: 1343; 49.7% identity (69.9% similar) in 491 aa overlap (37-520:19-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AEVPGATGGDSPHLQPAEPPGEPRREPHPAEAEKQQPQHSSSSN--GVKMENDESAKEEK
: :. : :... : : :... :..::
CCDS12 MAAGVEAAAEVAATEIKMEEESGAPGVPSGNGAPGPKGEGERPAQNEK
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SDLKEKSTGSKKANRFHPYSKDKNSGTGEKKGPNRNRVFISNIPYDMKWQAIKDLMREKV
:::. .. .:::.::.. .: :.::.:::.:.:::..:::..:::
CCDS12 R--KEKNI-KRGGNRFEPYANP----------TKRYRAFITNIPFDVKWQSLKDLVKEKV
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GEVTYVELFKDAEGKSRGCGVVEFKDEEFVKKALETMNKYDLSGRPLNIKEDPDGENARR
::::::::. :::::::::.::::: :: .::: :..::..::::::..:::::::.:::
CCDS12 GEVTYVELLMDAEGKSRGCAVVEFKMEESMKKAAEVLNKHSLSGRPLKVKEDPDGEHARR
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KSD ALQRTGGSFPGGHVPDMGSGLMNLPPSILNNPNIPPEVISNLQAGRLGSTIFVANLDFKV
:.:. :::::::.::::::.::
CCDS12 AMQK---------------------------------------AGRLGSTVFVANLDYKV
160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KSD GWKKLKEVFSIAGTVKRADIKEDKDGKSRGMGTVTFEQAIEAVQAISMFNGQFLFDRPMH
::::::::::.::.: :::: :::::::::.:::::::.:::::::::::::.:::::::
CCDS12 GWKKLKEVFSMAGVVVRADILEDKDGKSRGIGTVTFEQSIEAVQAISMFNGQLLFDRPMH
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNLGPGGM
::::....:. .. . . :::.::::::::::::::::.:..:: : :::.::.::
CCDS12 VKMDERALPKGDFFPPE-RPQQLPHGLGGIGMGLGPGGQPIDANHLNKGIGMGNIGPAGM
240 250 260 270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GMDGPGFGGMNRIGGGIG-FGGLEAMNSMGGFGG---VGRMGELYRGAMTSSMERDFGRG
::.: ::: .:..:: : ::: .:..:: ::. .::..:. .:. ::
CCDS12 GMEGIGFG-INKMGGMEGPFGG--GMENMGRFGSGMNMGRINEILSNALK--------RG
300 310 320 330 340
430 440 450 460 470
pF1KSD DIGINRGFGDSFGRL-GSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMGLDR
.: ..: : . : . : .: :.:...: .:.:.. :: ..: ::. .::
CCDS12 EIIAKQGGGGGGGSVPGIERMGPGIDRLGGAGMERMGAGLGHGMDRVGSEIERMGLVMDR
350 360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KSD MSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPMGSGMRERIGSKGNQIFVRNLPFDLTWQKL
:.: .::: :: . ..: . . ::. : :::::
CCDS12 MGS-VERMGSGIERMGPLGLDHMASSIER-MGQTM-ERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAP
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGREIDVRLDRN
CCDS12 IDRVGQTIERMGSGVERMGPAIERMGLSMERMVPAGMGAGLERMGPVMDRMATGLERMGA
470 480 490 500 510 520
>--
initn: 592 init1: 454 opt: 578 Z-score: 389.2 bits: 82.3 E(32554): 2.3e-15
Smith-Waterman score: 600; 41.1% identity (66.4% similar) in 280 aa overlap (330-600:443-691)
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DRPMHVKMDDKSVPHEEYRSHDGKTPQLPRGLGGIGMGLGPGGQPISASQLNIGGVMGNL
:. .: :.: : . ..: .: .. .
CCDS12 SGIERMGPLGLDHMASSIERMGQTMERIGSGVERMGAGMGFGLERMAAPIDRVGQTIERM
420 430 440 450 460 470
360 370 380 390 400 410
pF1KSD GPGGMGMDGPGFGGMNRIGGGIGFGGLEAMNSMGGFGGVGRMGELYRGAMTSSMERDFGR
: : : ::. ..:.: . .: : : .:. ::: .. :....:: .:
CCDS12 GSGVERM-GPA---IERMGLS-----MERMVPAGMGAGLERMGPVM-DRMATGLER-MGA
480 490 500 510 520
420 430 440 450 460 470
pF1KSD GDI---GINRGFGDSFGRLGSAMIGGFAGRIGSSNMGPVGSGISGGMGSMNSVTGGMGMG
... :..: ..:. :.: .: :. . :::. :: ..: :
CCDS12 NNLERMGLERMGANSLERMGLERMG--ANSL--ERMGPA-------MGP------ALGAG
530 540 550 560
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LDRMSSSFDRMGPGIGAILERSIDMDRGFLSGPM-GS-----GMRERIGSKGNQIFVRNL
..::. . :: : :: ..:.:.:.:: ..: . :: : .. :. :::::::
CCDS12 IERMGLA---MGGGGGASFDRAIEMERGNFGGSFAGSFGGAGGHAPGVARKACQIFVRNL
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540 550 560 570 580 590
pF1KSD PFDLTWQKLKEKFSQCGHVMFAEIKMENGKSKGCGTVRFDSPESAEKACRIMNGIKISGR
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CCDS12 PFDFTWKMLKDKFNECGHVLYADIKMENGKSKGCGVVKFESPEVAERACRMMNGMKLSGR
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600
pF1KSD EIDVRLDRNA
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CCDS12 EIDVRIDRNA
690
600 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]