Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1368
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1368, 1047 aa
1>>>pF1KSDA1368 1047 - 1047 aa - 1047 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5521+/-0.000396; mu= 5.1743+/- 0.025
mean_var=155.3103+/-31.932, 0's: 0 Z-trim(115.7): 167 B-trim: 33 in 1/56
Lambda= 0.102914
statistics sampled from 26121 (26300) to 26121 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16
Scan time: 15.200
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001287709 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform (1047) 7072 1063.0 0
XP_006714726 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- (1052) 6914 1039.5 0
XP_016865164 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- (1052) 6914 1039.5 0
XP_016865165 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- ( 904) 5895 888.2 0
NP_065847 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform 2 p (1030) 3956 600.4 1.7e-170
XP_005272099 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin- ( 975) 3948 599.2 3.8e-170
NP_705871 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 4 p (1073) 2783 426.2 4.8e-118
XP_005254744 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1073) 2783 426.2 4.8e-118
XP_011520379 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1054) 2748 421.0 1.7e-116
XP_005254746 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1054) 2748 421.0 1.7e-116
XP_011520377 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2646 405.9 6.5e-112
XP_005254742 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2646 405.9 6.5e-112
XP_016878106 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2646 405.9 6.5e-112
XP_005254743 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1086) 2646 405.9 6.5e-112
XP_011520378 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1067) 2541 390.3 3.1e-107
XP_016878107 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1067) 2541 390.3 3.1e-107
NP_705872 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 5 p ( 597) 2518 386.8 2e-106
XP_016878110 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- ( 998) 2511 385.8 6.5e-106
XP_011520383 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- ( 998) 2511 385.8 6.5e-106
NP_705869 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 2 p ( 998) 2511 385.8 6.5e-106
NP_705870 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 3 p (1017) 2498 383.9 2.5e-105
XP_011520381 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1017) 2498 383.9 2.5e-105
XP_016878109 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1017) 2498 383.9 2.5e-105
XP_016878108 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1030) 2474 380.3 3e-104
XP_011520380 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1030) 2474 380.3 3e-104
NP_065909 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 1 p (1011) 2434 374.4 1.8e-102
XP_011520382 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin- (1011) 2434 374.4 1.8e-102
NP_001185928 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform (1011) 2434 374.4 1.8e-102
NP_115484 (OMIM: 608873) semaphorin-6B precursor [ ( 888) 2393 368.3 1.1e-100
XP_011525942 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 894) 2373 365.3 8.6e-100
XP_011525941 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 894) 2373 365.3 8.6e-100
XP_011525943 (OMIM: 608873) PREDICTED: semaphorin- ( 578) 2206 340.4 1.7e-92
NP_079242 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 6 p ( 476) 2088 322.9 2.7e-87
XP_016855567 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 930) 1851 287.8 1.9e-76
NP_112175 (OMIM: 609294) semaphorin-6C isoform 2 p ( 930) 1851 287.8 1.9e-76
XP_016855568 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 930) 1851 287.8 1.9e-76
XP_016855566 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1851 287.8 2e-76
XP_005244892 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1851 287.8 2e-76
XP_016855565 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1851 287.8 2e-76
NP_001171532 (OMIM: 609294) semaphorin-6C isoform ( 962) 1851 287.8 2e-76
XP_016855564 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 962) 1851 287.8 2e-76
NP_001171533 (OMIM: 609294) semaphorin-6C isoform ( 922) 1221 194.3 2.7e-48
XP_016855569 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 922) 1221 194.3 2.7e-48
XP_016855570 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 922) 1221 194.3 2.7e-48
XP_016855571 (OMIM: 609294) PREDICTED: semaphorin- ( 697) 1023 164.8 1.5e-39
XP_005250168 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 981 158.6 1.2e-37
XP_016867162 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 981 158.6 1.2e-37
XP_005250167 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 981 158.6 1.2e-37
XP_011514036 (OMIM: 603961,614897) PREDICTED: sema ( 771) 981 158.6 1.2e-37
NP_006071 (OMIM: 603961,614897) semaphorin-3A prec ( 771) 981 158.6 1.2e-37
>>NP_001287709 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform 1 pr (1047 aa)
initn: 7072 init1: 7072 opt: 7072 Z-score: 5682.0 bits: 1063.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7072; 100.0% identity (100.0% similar) in 1047 aa overlap (1-1047:1-1047)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGHSSSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGHSSSLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD QLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSLPPKVPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSLPPKVPQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD REASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRT
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KSD PSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
:::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
1030 1040
>>XP_006714726 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin-6A i (1052 aa)
initn: 6938 init1: 3947 opt: 6914 Z-score: 5555.2 bits: 1039.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6914; 97.8% identity (98.5% similar) in 1053 aa overlap (1-1047:1-1052)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KSD ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALND------ISTPLPDNEMSYNTVYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. . . . :. . .
XP_006 ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNEANILFIMCMVIILQGWSFWSCW-
550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD HSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 HSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRES
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD YLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 YLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRG
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD SMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPT
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD PESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVV
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD LPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 LPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSL
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KSD PPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRN
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD NTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTR
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040
pF1KSD SGLKRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
:::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SGLKRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
1020 1030 1040 1050
>>XP_016865164 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin-6A i (1052 aa)
initn: 6938 init1: 3947 opt: 6914 Z-score: 5555.2 bits: 1039.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6914; 97.8% identity (98.5% similar) in 1053 aa overlap (1-1047:1-1052)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KSD ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALND------ISTPLPDNEMSYNTVYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::. . . . :. . .
XP_016 ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNEANILFIMCMVIILQGWSFWSCW-
550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD HSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRES
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KSD YLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRG
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KSD SMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPT
720 730 740 750 760 770
780 790 800 810 820 830
pF1KSD PESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVV
780 790 800 810 820 830
840 850 860 870 880 890
pF1KSD LPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSL
840 850 860 870 880 890
900 910 920 930 940 950
pF1KSD PPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRN
900 910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD NTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTR
960 970 980 990 1000 1010
1020 1030 1040
pF1KSD SGLKRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
:::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SGLKRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
1020 1030 1040 1050
>>XP_016865165 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin-6A i (904 aa)
initn: 5919 init1: 3005 opt: 5895 Z-score: 4738.6 bits: 888.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5895; 97.5% identity (98.2% similar) in 905 aa overlap (149-1047:1-904)
120 130 140 150 160 170
pF1KSD NFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFA
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFA
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFRE
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KSD IAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQA
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPD
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRY
220 230 240 250 260 270
420 430 440 450 460 470
pF1KSD RLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCS
280 290 300 310 320 330
480 490 500 510 520 530
pF1KSD YDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKE
340 350 360 370 380 390
540 550 560 570 580 590
pF1KSD GGACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALND------ISTPLPDNEMSYNTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. . . . :. .
XP_016 GGACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNEANILFIMCMVIILQGWSFWSC
400 410 420 430 440 450
600 610 620 630 640 650
pF1KSD YGHSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIR
. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 W-HSSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIR
460 470 480 490 500
660 670 680 690 700 710
pF1KSD ESYLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ESYLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSR
510 520 530 540 550 560
720 730 740 750 760 770
pF1KSD RGSMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGSMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTAL
570 580 590 600 610 620
780 790 800 810 820 830
pF1KSD PTPESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PTPESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSV
630 640 650 660 670 680
840 850 860 870 880 890
pF1KSD VVLPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VVLPITQQGYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLD
690 700 710 720 730 740
900 910 920 930 940 950
pF1KSD SLPPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLPPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLK
750 760 770 780 790 800
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD RNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSL
810 820 830 840 850 860
1020 1030 1040
pF1KSD TRSGLKRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TRSGLKRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
870 880 890 900
>>NP_065847 (OMIM: 605885) semaphorin-6A isoform 2 precu (1030 aa)
initn: 3983 init1: 3951 opt: 3956 Z-score: 3181.8 bits: 600.4 E(85289): 1.7e-170
Smith-Waterman score: 6914; 98.4% identity (98.4% similar) in 1047 aa overlap (1-1047:1-1030)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGHSSSLL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::
NP_065 ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALN-----------------GHSSSLL
550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHD
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710 720
pF1KSD QLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVT
650 660 670 680 690 700
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
710 720 730 740 750 760
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQ
770 780 790 800 810 820
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSLPPKVPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSLPPKVPQ
830 840 850 860 870 880
910 920 930 940 950 960
pF1KSD REASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 REASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSN
890 900 910 920 930 940
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRT
950 960 970 980 990 1000
1030 1040
pF1KSD PSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
:::::::::::::::::::::::::::
NP_065 PSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
1010 1020 1030
>>XP_005272099 (OMIM: 605885) PREDICTED: semaphorin-6A i (975 aa)
initn: 3980 init1: 3948 opt: 3948 Z-score: 3175.7 bits: 599.2 E(85289): 3.8e-170
Smith-Waterman score: 6433; 93.1% identity (93.1% similar) in 1047 aa overlap (1-1047:1-975)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MRSEALLLYFTLLHFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLDIQM
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDECHNF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALFADG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFREIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQAVT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVPDER
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVRYRL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGFLNDSLFLEEMSVYNSEKCSYD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWIKEGG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGHSSSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ACSHLSPNSRLTFEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALN------------------------
550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KSD PSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESYLKGHD
::::::::::::
XP_005 ------------------------------------------------GVIRESYLKGHD
580
670 680 690 700 710 720
pF1KSD QLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHRRKDVAVVQRKEKELTHSRRGSMSSVT
590 600 610 620 630 640
730 740 750 760 770 780
pF1KSD KLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLATPGNTAKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPT
650 660 670 680 690 700
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQ
710 720 730 740 750 760
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSLPPKVPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GYQHEYVDQPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIKEHLSSKSPNHGVNLVENLDSLPPKVPQ
770 780 790 800 810 820
910 920 930 940 950 960
pF1KSD REASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 REASLGPPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSYGVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSN
830 840 850 860 870 880
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSHLSRNQSFGRGDNPPPAPQRVDSIQVHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRT
890 900 910 920 930 940
1030 1040
pF1KSD PSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
:::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
950 960 970
>>NP_705871 (OMIM: 609295) semaphorin-6D isoform 4 precu (1073 aa)
initn: 2897 init1: 1929 opt: 2783 Z-score: 2240.3 bits: 426.2 E(85289): 4.8e-118
Smith-Waterman score: 3080; 46.2% identity (70.9% similar) in 1105 aa overlap (1-1042:1-1067)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSEALLLYFTLL---HFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLD
:: : :. :: .. ...::::.::.. .:..::::: : .:. : .: ::::
NP_705 MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEPLNTVDYHYSRQYPVFRG-RPSGNESQ-HRLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD IQMIMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDEC
.:... . :::::.::..:::... :. .:::::.::: : ..: :::::::::
NP_705 FQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRSRQQDRENCAMKGKHKDEC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALF
::::::.. .::. .:::::::::: :: :...::: :.:.::.::::.::...:::::
NP_705 HNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEISGLARCPFDARQTNVALF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFR
::::::::::.:::: :::::::.:.. .:::.:.::::.:::.:..:..::.:.:::::
NP_705 ADGKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIKEPHFLHAIEYGNYVYFFFR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQ
:::::.:..::.:. :::..::::::::::::::.::::::::::::::::: :::..::
NP_705 EIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLKARLNCSVPGDSFFYFDVLQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AVTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVP
..::.:.::: .:...:.: ::::::::::..: :: .:: :::::::.:::.:: ::
NP_705 SITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKVFKGRFKEQKTPDSVWTAVP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVR
...:::::::::: . : : :: .:::.::.:::.::::: ::: : ..::: .: ::
NP_705 EDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKTRVR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD YRLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGF-LNDSLFLEEMSVYNSEK
:::: :.:: .::::::.::.:.::: :..:: ::. .: : ::::..:::. .:: :
NP_705 YRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAK--TSPFSLNDSVLLEEIEAYNHAK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD CSYDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWI
:: .. :::.....:::. .::::::.:.:..::.::::.:.:::.:::::::::::.
NP_705 CSAENEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYCGWL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEGGACSHLSPNSRLT-FEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGH
..: .:....:. .::: : ::: :::::. . .. :: . ..:
NP_705 SQG-SCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHEIL-----PTSTTPDYK-----IFGG
540 550 560 570 580
600 610 620 630 640
pF1KSD SSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLD-WKHLL---------DSP---DSTDPLGAVSSH
.: . ...: .: : ..: :. : :.: : ::::...
NP_705 PTSDMEVSSSSVTTMASIPEITPKVIDTWRPKLTSSRKFVVQDDPNTSDFTDPLSGIP--
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KSD NHQDKKGVIRESYLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHR-RKDVAVV
::: : .:.: ...: :. :::.:: ..:..::: : ::. .
NP_705 -----KGVRWEVQSGESNQMVHMNVLITCVFAAFVLGAFIAGVAVYCYRDMFVRKNRKI-
650 660 670 680 690
710 720 730 740 750
pF1KSD QRKEKELTHSRRGSMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLAT----P--GNT
.:. : ..: : .: .::.::: :. :. . . : .: .... :.. : :.:
NP_705 -HKDAESAQSCTDSSGSFAKLNGLF-DSPVKEYQ-QNIDSPKLYSNLLTSRKELPPNGDT
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KSD AKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPV
.:.. . .:.:::::::::.:.:: . :. :. .. .: :. : .
NP_705 KSMVMDHRGQPPELAALPTPESTPVLHQKTLQAMKSHS-EKAHGH-GASRKETPQFFPSS
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850 860
pF1KSD IPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQGYQHEYVD------QPKMSEVAQMALEDQAATLEY
: :: : .::::..::: . . :. . . . :.... . .... .
NP_705 PPPHSPL--SHGHIPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHR
820 830 840 850 860 870
870 880 890 900
pF1KSD KTIK---------EHLSSKSPN-----------HGVNLVENLDSL---PPKVPQREASLG
... .::.. . : : ... . :. :::::.:::::
NP_705 RSVDSRNTLNDLLKHLNDPNSNPKAIMGDIQMAHQNLMLDPMGSMSEVPPKVPNREASLY
880 890 900 910 920 930
910 920 930 940 950 960
pF1KSD PPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSY---GVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSNSSH
: ..: ... .::... . . ... .:.: :: : :. ... .: :: :.
NP_705 SPPSTLPRNSPTKRVDVPTTPGVPMTSLERQRGYHKNSSQR-HSISAMPKN-LNSPNGVL
940 950 960 970 980
970 980 990 1000 1010
pF1KSD LSRNQSFGRGDN-PPPAPQRVDSIQ-----VHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGL
:::. :..:: : :. .:: :: :: ::: .::: : .. ..: :.::
NP_705 LSRQPSMNRGGYMPTPTGAKVDYIQGTPVSVHL-QPS-----LSRQSSYTSNGTLPRTGL
990 1000 1010 1020 1030 1040
1020 1030 1040
pF1KSD KRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
::::::::::::::::.: . :..:
NP_705 KRTPSLKPDVPPKPSFVPQTPSVRPLNKYTY
1050 1060 1070
>>XP_005254744 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin-6D i (1073 aa)
initn: 2897 init1: 1929 opt: 2783 Z-score: 2240.3 bits: 426.2 E(85289): 4.8e-118
Smith-Waterman score: 3080; 46.2% identity (70.9% similar) in 1105 aa overlap (1-1042:1-1067)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSEALLLYFTLL---HFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLD
:: : :. :: .. ...::::.::.. .:..::::: : .:. : .: ::::
XP_005 MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEPLNTVDYHYSRQYPVFRG-RPSGNESQ-HRLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD IQMIMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDEC
.:... . :::::.::..:::... :. .:::::.::: : ..: :::::::::
XP_005 FQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRSRQQDRENCAMKGKHKDEC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALF
::::::.. .::. .:::::::::: :: :...::: :.:.::.::::.::...:::::
XP_005 HNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEISGLARCPFDARQTNVALF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFR
::::::::::.:::: :::::::.:.. .:::.:.::::.:::.:..:..::.:.:::::
XP_005 ADGKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIKEPHFLHAIEYGNYVYFFFR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQ
:::::.:..::.:. :::..::::::::::::::.::::::::::::::::: :::..::
XP_005 EIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLKARLNCSVPGDSFFYFDVLQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AVTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVP
..::.:.::: .:...:.: ::::::::::..: :: .:: :::::::.:::.:: ::
XP_005 SITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKVFKGRFKEQKTPDSVWTAVP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVR
...:::::::::: . : : :: .:::.::.:::.::::: ::: : ..::: .: ::
XP_005 EDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKTRVR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD YRLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGF-LNDSLFLEEMSVYNSEK
:::: :.:: .::::::.::.:.::: :..:: ::. .: : ::::..:::. .:: :
XP_005 YRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAK--TSPFSLNDSVLLEEIEAYNHAK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD CSYDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWI
:: .. :::.....:::. .::::::.:.:..::.::::.:.:::.:::::::::::.
XP_005 CSAENEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYCGWL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEGGACSHLSPNSRLT-FEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGH
..: .:....:. .::: : ::: :::::. . .. :: . ..:
XP_005 SQG-SCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHEIL-----PTSTTPDYK-----IFGG
540 550 560 570 580
600 610 620 630 640
pF1KSD SSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLD-WKHLL---------DSP---DSTDPLGAVSSH
.: . ...: .: : ..: :. : :.: : ::::...
XP_005 PTSDMEVSSSSVTTMASIPEITPKVIDTWRPKLTSSRKFVVQDDPNTSDFTDPLSGIP--
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KSD NHQDKKGVIRESYLKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHR-RKDVAVV
::: : .:.: ...: :. :::.:: ..:..::: : ::. .
XP_005 -----KGVRWEVQSGESNQMVHMNVLITCVFAAFVLGAFIAGVAVYCYRDMFVRKNRKI-
650 660 670 680 690
710 720 730 740 750
pF1KSD QRKEKELTHSRRGSMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLAT----P--GNT
.:. : ..: : .: .::.::: :. :. . . : .: .... :.. : :.:
XP_005 -HKDAESAQSCTDSSGSFAKLNGLF-DSPVKEYQ-QNIDSPKLYSNLLTSRKELPPNGDT
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KSD AKMLIKADQHHLDLTALPTPESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPV
.:.. . .:.:::::::::.:.:: . :. :. .. .: :. : .
XP_005 KSMVMDHRGQPPELAALPTPESTPVLHQKTLQAMKSHS-EKAHGH-GASRKETPQFFPSS
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850 860
pF1KSD IPTDLPLRASPSHIPSVVVLPITQQGYQHEYVD------QPKMSEVAQMALEDQAATLEY
: :: : .::::..::: . . :. . . . :.... . .... .
XP_005 PPPHSPL--SHGHIPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHR
820 830 840 850 860 870
870 880 890 900
pF1KSD KTIK---------EHLSSKSPN-----------HGVNLVENLDSL---PPKVPQREASLG
... .::.. . : : ... . :. :::::.:::::
XP_005 RSVDSRNTLNDLLKHLNDPNSNPKAIMGDIQMAHQNLMLDPMGSMSEVPPKVPNREASLY
880 890 900 910 920 930
910 920 930 940 950 960
pF1KSD PPGASLSQTGLSKRLEMHHSSSY---GVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSNSSH
: ..: ... .::... . . ... .:.: :: : :. ... .: :: :.
XP_005 SPPSTLPRNSPTKRVDVPTTPGVPMTSLERQRGYHKNSSQR-HSISAMPKN-LNSPNGVL
940 950 960 970 980
970 980 990 1000 1010
pF1KSD LSRNQSFGRGDN-PPPAPQRVDSIQ-----VHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGL
:::. :..:: : :. .:: :: :: ::: .::: : .. ..: :.::
XP_005 LSRQPSMNRGGYMPTPTGAKVDYIQGTPVSVHL-QPS-----LSRQSSYTSNGTLPRTGL
990 1000 1010 1020 1030 1040
1020 1030 1040
pF1KSD KRTPSLKPDVPPKPSFAPLSTSMKPNDACT
::::::::::::::::.: . :..:
XP_005 KRTPSLKPDVPPKPSFVPQTPSVRPLNKYTY
1050 1060 1070
>>XP_011520379 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin-6D i (1054 aa)
initn: 2866 init1: 1929 opt: 2748 Z-score: 2212.3 bits: 421.0 E(85289): 1.7e-116
Smith-Waterman score: 3067; 46.2% identity (71.4% similar) in 1092 aa overlap (1-1042:1-1048)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSEALLLYFTLL---HFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLD
:: : :. :: .. ...::::.::.. .:..::::: : .:. : .: ::::
XP_011 MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEPLNTVDYHYSRQYPVFRG-RPSGNESQ-HRLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD IQMIMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDEC
.:... . :::::.::..:::... :. .:::::.::: : ..: :::::::::
XP_011 FQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRSRQQDRENCAMKGKHKDEC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALF
::::::.. .::. .:::::::::: :: :...::: :.:.::.::::.::...:::::
XP_011 HNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEISGLARCPFDARQTNVALF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFR
::::::::::.:::: :::::::.:.. .:::.:.::::.:::.:..:..::.:.:::::
XP_011 ADGKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIKEPHFLHAIEYGNYVYFFFR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQ
:::::.:..::.:. :::..::::::::::::::.::::::::::::::::: :::..::
XP_011 EIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLKARLNCSVPGDSFFYFDVLQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AVTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVP
..::.:.::: .:...:.: ::::::::::..: :: .:: :::::::.:::.:: ::
XP_011 SITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKVFKGRFKEQKTPDSVWTAVP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVR
...:::::::::: . : : :: .:::.::.:::.::::: ::: : ..::: .: ::
XP_011 EDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKTRVR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD YRLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGF-LNDSLFLEEMSVYNSEK
:::: :.:: .::::::.::.:.::: :..:: ::. .: : ::::..:::. .:: :
XP_011 YRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAK--TSPFSLNDSVLLEEIEAYNHAK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD CSYDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWI
:: .. :::.....:::. .::::::.:.:..::.::::.:.:::.:::::::::::.
XP_011 CSAENEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYCGWL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEGGACSHLSPNSRLT-FEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGH
..: .:....:. .::: : ::: :::::. :. ....: :.. ...
XP_011 SQG-SCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHDMEVSSSSVTTMASIPEITPKVI---
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD SSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESY
.. :. :.: . . . .. : ::::... ::: :
XP_011 -DTWRPKLTSSRKFVVQDDP------------NTSDFTDPLSGIP-------KGVRWEVQ
600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KSD LKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHR-RKDVAVVQRKEKELTHSRRG
.:.: ...: :. :::.:: ..:..::: : ::. . .:. : ..:
XP_011 SGESNQMVHMNVLITCVFAAFVLGAFIAGVAVYCYRDMFVRKNRKI--HKDAESAQSCTD
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760
pF1KSD SMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLAT----P--GNTAKMLIKADQHHLD
: .: .::.::: :. :. . . : .: .... :.. : :.: .:.. . .
XP_011 SSGSFAKLNGLF-DSPVKEYQ-QNIDSPKLYSNLLTSRKELPPNGDTKSMVMDHRGQPPE
700 710 720 730 740
770 780 790 800 810 820
pF1KSD LTALPTPESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSH
:.:::::::::.:.:: . :. :. .. .: :. : . : :: : .:
XP_011 LAALPTPESTPVLHQKTLQAMKSHS-EKAHGH-GASRKETPQFFPSSPPPHSPL--SHGH
750 760 770 780 790 800
830 840 850 860 870
pF1KSD IPSVVVLPITQQGYQHEYVD------QPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIK---------
:::..::: . . :. . . . :.... . .... . ...
XP_011 IPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHRRSVDSRNTLNDLL
810 820 830 840 850 860
880 890 900 910
pF1KSD EHLSSKSPN-----------HGVNLVENLDSL---PPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSK
.::.. . : : ... . :. :::::.::::: : ..: ... .:
XP_011 KHLNDPNSNPKAIMGDIQMAHQNLMLDPMGSMSEVPPKVPNREASLYSPPSTLPRNSPTK
870 880 890 900 910 920
920 930 940 950 960 970
pF1KSD RLEMHHSSSY---GVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDN-
:... . . ... .:.: :: : :. ... .: :: :. :::. :..::
XP_011 RVDVPTTPGVPMTSLERQRGYHKNSSQR-HSISAMPKN-LNSPNGVLLSRQPSMNRGGYM
930 940 950 960 970 980
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD PPPAPQRVDSIQ-----VHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRTPSLKPDVPPK
: :. .:: :: :: ::: .::: : .. ..: :.:::::::::::::::
XP_011 PTPTGAKVDYIQGTPVSVHL-QPS-----LSRQSSYTSNGTLPRTGLKRTPSLKPDVPPK
990 1000 1010 1020 1030
1040
pF1KSD PSFAPLSTSMKPNDACT
:::.: . :..:
XP_011 PSFVPQTPSVRPLNKYTY
1040 1050
>>XP_005254746 (OMIM: 609295) PREDICTED: semaphorin-6D i (1054 aa)
initn: 2866 init1: 1929 opt: 2748 Z-score: 2212.3 bits: 421.0 E(85289): 1.7e-116
Smith-Waterman score: 3067; 46.2% identity (71.4% similar) in 1092 aa overlap (1-1042:1-1048)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRSEALLLYFTLL---HFAGAGFPEDSEPISISHGNYTKQYPVFVGHKPGRNTTQRHRLD
:: : :. :: .. ...::::.::.. .:..::::: : .:. : .: ::::
XP_005 MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEPLNTVDYHYSRQYPVFRG-RPSGNESQ-HRLD
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD IQMIMIMNGTLYIAARDHIYTVDIDTSHTEEIYCSKKLTWKSRQADVDTCRMKGKHKDEC
.:... . :::::.::..:::... :. .:::::.::: : ..: :::::::::
XP_005 FQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRSRQQDRENCAMKGKHKDEC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD HNFIKVLLKKNDDALFVCGTNAFNPSCRNYKMDTLEPFGDEFSGMARCPYDAKHANVALF
::::::.. .::. .:::::::::: :: :...::: :.:.::.::::.::...:::::
XP_005 HNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEISGLARCPFDARQTNVALF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ADGKLYSATVTDFLAIDAVIYRSLGESPTLRTVKHDSKWLKEPYFVQAVDYGDYIYFFFR
::::::::::.:::: :::::::.:.. .:::.:.::::.:::.:..:..::.:.:::::
XP_005 ADGKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIKEPHFLHAIEYGNYVYFFFR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD EIAVEYNTMGKVVFPRVAQVCKNDMGGSQRVLEKQWTSFLKARLNCSVPGDSHFYFNILQ
:::::.:..::.:. :::..::::::::::::::.::::::::::::::::: :::..::
XP_005 EIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLKARLNCSVPGDSFFYFDVLQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD AVTDVIRINGRDVVLATFSTPYNSIPGSAVCAYDMLDIASVFTGRFKEQKSPDSTWTPVP
..::.:.::: .:...:.: ::::::::::..: :: .:: :::::::.:::.:: ::
XP_005 SITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKVFKGRFKEQKTPDSVWTAVP
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DERVPKPRPGCCAGSSSLERYATSNEFPDDTLNFIKTHPLMDEAVPSIFNRPWFLRTMVR
...:::::::::: . : : :: .:::.::.:::.::::: ::: : ..::: .: ::
XP_005 EDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLMDSAVPPIADEPWFTKTRVR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD YRLTKIAVDTAAGPYQNHTVVFLGSEKGIILKFLARIGNSGF-LNDSLFLEEMSVYNSEK
:::: :.:: .::::::.::.:.::: :..:: ::. .: : ::::..:::. .:: :
XP_005 YRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAK--TSPFSLNDSVLLEEIEAYNHAK
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD CSYDGVEDKRIMGMQLDRASSSLYVAFSTCVIKVPLGRCERHGKCKKTCIASRDPYCGWI
:: .. :::.....:::. .::::::.:.:..::.::::.:.:::.:::::::::::.
XP_005 CSAENEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYGSCKKSCIASRDPYCGWL
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KEGGACSHLSPNSRLT-FEQDIERGNTDGLGDCHNSFVALNDISTPLPDNEMSYNTVYGH
..: .:....:. .::: : ::: :::::. :. ....: :.. ...
XP_005 SQG-SCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHDMEVSSSSVTTMASIPEITPKVI---
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KSD SSSLLPSTTTSDSTAQEGYESRGGMLDWKHLLDSPDSTDPLGAVSSHNHQDKKGVIRESY
.. :. :.: . . . .. : ::::... ::: :
XP_005 -DTWRPKLTSSRKFVVQDDP------------NTSDFTDPLSGIP-------KGVRWEVQ
600 610 620 630
660 670 680 690 700 710
pF1KSD LKGHDQLVPVTLLAIAVILAFVMGAVFSGITVYCVCDHR-RKDVAVVQRKEKELTHSRRG
.:.: ...: :. :::.:: ..:..::: : ::. . .:. : ..:
XP_005 SGESNQMVHMNVLITCVFAAFVLGAFIAGVAVYCYRDMFVRKNRKI--HKDAESAQSCTD
640 650 660 670 680 690
720 730 740 750 760
pF1KSD SMSSVTKLSGLFGDTQSKDPKPEAILTPLMHNGKLAT----P--GNTAKMLIKADQHHLD
: .: .::.::: :. :. . . : .: .... :.. : :.: .:.. . .
XP_005 SSGSFAKLNGLF-DSPVKEYQ-QNIDSPKLYSNLLTSRKELPPNGDTKSMVMDHRGQPPE
700 710 720 730 740
770 780 790 800 810 820
pF1KSD LTALPTPESTPTLQQKRKPSRGSREWERNQNLINACTKDMPPMGSPVIPTDLPLRASPSH
:.:::::::::.:.:: . :. :. .. .: :. : . : :: : .:
XP_005 LAALPTPESTPVLHQKTLQAMKSHS-EKAHGH-GASRKETPQFFPSSPPPHSPL--SHGH
750 760 770 780 790 800
830 840 850 860 870
pF1KSD IPSVVVLPITQQGYQHEYVD------QPKMSEVAQMALEDQAATLEYKTIK---------
:::..::: . . :. . . . :.... . .... . ...
XP_005 IPSAIVLPNATHDYNTSFSNSNAHKAEKKLQNIDHPLTKSSSKRDHRRSVDSRNTLNDLL
810 820 830 840 850 860
880 890 900 910
pF1KSD EHLSSKSPN-----------HGVNLVENLDSL---PPKVPQREASLGPPGASLSQTGLSK
.::.. . : : ... . :. :::::.::::: : ..: ... .:
XP_005 KHLNDPNSNPKAIMGDIQMAHQNLMLDPMGSMSEVPPKVPNREASLYSPPSTLPRNSPTK
870 880 890 900 910 920
920 930 940 950 960 970
pF1KSD RLEMHHSSSY---GVDYKRSYPTNSLTRSHQATTLKRNNTNSSNSSHLSRNQSFGRGDN-
:... . . ... .:.: :: : :. ... .: :: :. :::. :..::
XP_005 RVDVPTTPGVPMTSLERQRGYHKNSSQR-HSISAMPKN-LNSPNGVLLSRQPSMNRGGYM
930 940 950 960 970 980
980 990 1000 1010 1020 1030
pF1KSD PPPAPQRVDSIQ-----VHSSQPSGQAVTVSRQPSLNAYNSLTRSGLKRTPSLKPDVPPK
: :. .:: :: :: ::: .::: : .. ..: :.:::::::::::::::
XP_005 PTPTGAKVDYIQGTPVSVHL-QPS-----LSRQSSYTSNGTLPRTGLKRTPSLKPDVPPK
990 1000 1010 1020 1030
1040
pF1KSD PSFAPLSTSMKPNDACT
:::.: . :..:
XP_005 PSFVPQTPSVRPLNKYTY
1040 1050
1047 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 06:00:24 2016 done: Thu Nov 3 06:00:26 2016
Total Scan time: 15.200 Total Display time: 0.510
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]