Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1400
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1400, 1040 aa
1>>>pF1KSDA1400 1040 - 1040 aa - 1040 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6498+/-0.00042; mu= 16.9336+/- 0.026
mean_var=150.6490+/-29.897, 0's: 0 Z-trim(116.4): 403 B-trim: 40 in 1/49
Lambda= 0.104494
statistics sampled from 27144 (27559) to 27144 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.653), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16
Scan time: 15.290
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform (1040) 6944 1059.8 0
XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadher (1057) 6902 1053.5 0
NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform ( 896) 5841 893.5 0
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1552 247.0 4.5e-64
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1541 245.3 1.4e-63
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 1498 238.8 1.2e-61
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1498 238.8 1.2e-61
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1441 230.2 4.1e-59
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1441 230.2 4.5e-59
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 1431 228.7 1.2e-58
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 1431 228.7 1.2e-58
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 1431 228.8 1.4e-58
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform (1135) 1431 228.8 1.4e-58
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1401 224.1 2.5e-57
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1401 224.1 2.8e-57
XP_016876036 (OMIM: 611760) PREDICTED: protocadher ( 980) 1401 224.2 2.9e-57
XP_005266415 (OMIM: 611760) PREDICTED: protocadher (1158) 1401 224.2 3.2e-57
NP_001035519 (OMIM: 611760) protocadherin-17 precu (1159) 1401 224.2 3.2e-57
XP_005266414 (OMIM: 611760) PREDICTED: protocadher (1159) 1401 224.2 3.2e-57
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1389 222.3 8.6e-57
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1389 222.3 9.7e-57
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 1377 220.5 3.1e-56
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 1377 220.5 3.4e-56
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 1376 220.3 3.5e-56
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 1376 220.4 3.8e-56
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 1368 219.1 7.9e-56
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 1368 219.2 8.7e-56
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 1367 219.0 8.8e-56
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 1367 219.0 8.8e-56
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 1367 219.0 9.6e-56
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 1367 219.0 9.6e-56
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 1365 218.6 1.1e-55
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 1361 218.1 1.7e-55
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 1361 218.1 1.8e-55
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1360 217.9 1.8e-55
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1359 217.7 2e-55
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1360 218.0 2e-55
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1359 217.8 2.3e-55
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 1358 217.6 2.3e-55
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 1358 217.7 2.5e-55
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1354 217.0 3.4e-55
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1354 217.1 3.8e-55
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 1349 216.2 5.7e-55
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1346 215.8 7.9e-55
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1346 215.9 8.8e-55
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 1345 215.6 8.8e-55
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 1345 215.7 9.6e-55
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1344 215.5 9.7e-55
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 1344 215.5 9.8e-55
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 1344 215.6 1.1e-54
>>NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform 1 pr (1040 aa)
initn: 6944 init1: 6944 opt: 6944 Z-score: 5664.9 bits: 1059.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6944; 100.0% identity (100.0% similar) in 1040 aa overlap (1-1040:1-1040)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KSD LLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
::::::::::::::::::::
NP_116 LLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
1030 1040
>>XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadherin-1 (1057 aa)
initn: 6901 init1: 6901 opt: 6902 Z-score: 5630.6 bits: 1053.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6902; 99.3% identity (99.6% similar) in 1042 aa overlap (1-1040:1-1042)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KSD LLTNTRAPYKPPYLTR--KRIC
:::::::::::::: ...:
XP_011 LLTNTRAPYKPPYLKLLWRQLCGETHVAQDQGLSTTT
1030 1040 1050
>>NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform 2 pr (896 aa)
initn: 6232 init1: 5841 opt: 5841 Z-score: 4767.1 bits: 893.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5841; 99.3% identity (99.8% similar) in 884 aa overlap (1-884:1-884)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRAREL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 STVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 FQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILII
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKK
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. .: .
NP_065 SPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNEVRLKRKDHHLSSPPSESLL
850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KSD QEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVP
>>XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: protocad (1147 aa)
initn: 1269 init1: 560 opt: 1552 Z-score: 1271.3 bits: 247.0 E(85289): 4.5e-64
Smith-Waterman score: 2473; 40.8% identity (67.7% similar) in 1085 aa overlap (3-1020:8-1034)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
::::.:.:: ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.: :. . .: .
XP_011 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
:..: :: .:.: .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:. ...:.
XP_011 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
:.::: :::: .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.::: :.:...
XP_011 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
:.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.::: :: : :
XP_011 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
:. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
XP_011 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
.. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
XP_011 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
:: : :.. .:. :::.: :: :.:: :.:::: ::.:::.:::.:::::. .
XP_011 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
... ::.... :::: :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
XP_011 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
: : :::.::::. .::: : : : :....:.:. :.. : :::::::: ..: .::::
XP_011 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: : ::: :.
XP_011 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
.::.. :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..: .::.::.: ..
XP_011 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFG--ES
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690 700
pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
. :::.. ..:::. ::..: ... : . :.. : . ::
XP_011 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDC----CLCCCCCG
..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :.. :.: :.: :: :
XP_011 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNC--SNCLTITCLLGCFIK
680 690 700 710 720 730
770 780 790
pF1KSD GGGSTC--C------------------------------GRQARA-RKKKLSKSDIMLVQ
: .: : : :.: .. .:::.::.:: ::
XP_011 GQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVSLRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVP
740 750 760 770 780 790
800 810 820 830 840 850
pF1KSD SSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEH
. .. .. . ... : . .: .: : ... ::. . .:.:...:
XP_011 RDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANH
800 810 820 830 840
860 870 880 890 900 910
pF1KSD NPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKD
.. .. ::::.: :: : ::.. . .:. .: . ..::.:.. . : ::
XP_011 IYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKD
850 860 870 880 890 900
920 930 940
pF1KSD SGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQSAGMDLFSN-------CTEECKALGH
::: .:.: ::.:: :.: . : : .. .. : :::. :::
XP_011 SGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFHCREECRILGH
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KSD SDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKA
::::::: . .: ... :. . . .. :.:... . : ..:.:.::::. .
XP_011 SDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYD--DCGP-TKRTFATFGKDVS
970 980 990 1000 1010 1020
1010 1020 1030 1040
pF1KSD LHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
: . :: : :
XP_011 DHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSY
1030 1040 1050 1060 1070 1080
>>NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is (1148 aa)
initn: 1264 init1: 560 opt: 1541 Z-score: 1262.3 bits: 245.3 E(85289): 1.4e-63
Smith-Waterman score: 2462; 40.8% identity (67.7% similar) in 1086 aa overlap (3-1020:8-1035)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
::::.:.:: ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.: :. . .: .
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
:..: :: .:.: .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:. ...:.
NP_001 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
:.::: :::: .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.::: :.:...
NP_001 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
:.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.::: :: : :
NP_001 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
:. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
NP_001 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
.. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
NP_001 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
:: : :.. .:. :::.: :: :.:: :.:::: ::.:::.:::.:::::. .
NP_001 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
... ::.... :::: :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
NP_001 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
: : :::.::::. .::: : : : :....:.:. :.. : :::::::: ..: .::::
NP_001 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: : ::: :.
NP_001 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
.::.. :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..: .::.::.: ..
NP_001 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFG--ES
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690 700
pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
. :::.. ..:::. ::..: ... : . :.. : . ::
NP_001 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDC----CLCCCCCG
..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :.. :.: :.: :: :
NP_001 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNC--SNCLTITCLLGCFIK
680 690 700 710 720 730
770 780 790
pF1KSD GGGSTC--C------------------------------GRQARA-RKKKLSKSDIMLVQ
: .: : : :.: .. .:::.::.:: ::
NP_001 GQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVSLRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVP
740 750 760 770 780 790
800 810 820 830 840 850
pF1KSD SSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEH
. .. .. . ... : . .: .: : ... ::. . .:.:...:
NP_001 RDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANH
800 810 820 830 840
860 870 880 890 900
pF1KSD NPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSA-FQEADIVSSK
.. .. ::::.: :: : ::.. . .:. .: . ..::. :.. . : :
NP_001 IYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940
pF1KSD DSGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQSAGMDLFSN-------CTEECKALG
:::: .:.: ::.:: :.: . : : .. .. : :::. ::
NP_001 DSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFHCREECRILG
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KSD HSDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEK
:::::::: . .: ... :. . . .. :.:... . : ..:.:.::::.
NP_001 HSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADVEAYD--DCGP-TKRTFATFGKDV
970 980 990 1000 1010 1020
1010 1020 1030 1040
pF1KSD ALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
. : . :: : :
NP_001 SDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
>>NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 isofo (1100 aa)
initn: 1269 init1: 560 opt: 1498 Z-score: 1227.5 bits: 238.8 E(85289): 1.2e-61
Smith-Waterman score: 2471; 41.4% identity (69.2% similar) in 1049 aa overlap (3-1020:8-987)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
::::.:.:: ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.: :. . .: .
NP_065 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
:..: :: .:.: .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:. ...:.
NP_065 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
:.::: :::: .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.::: :.:...
NP_065 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
:.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.::: :: : :
NP_065 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
:. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
NP_065 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
.. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
NP_065 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
:: : :.. .:. :::.: :: :.:: :.:::: ::.:::.:::.:::::. .
NP_065 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
... ::.... :::: :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
NP_065 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
: : :::.::::. .::: : : : :....:.:. :.. : :::::::: ..: .::::
NP_065 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: : ::: :.
NP_065 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
.::.. :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..: .::.::.: ..
NP_065 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTF--GES
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690 700
pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
. :::.. ..:::. ::..: ... : . :.. : . ::
NP_065 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGS
..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :.. :.: ..
NP_065 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSY----------
680 690 700 710 720
770 780 790 800 810 820
pF1KSD TCCGRQARA-RKKKLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTP
:.: .. .:::.::.:: :: . .. .. . ... : . .: .: :
NP_065 ---GHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPL
730 740 750 760 770
830 840 850 860 870 880
pF1KSD ESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELS
... ::. . .:.:...: .. .. ::::.: :: : ::.. . .
NP_065 GCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSN
780 790 800 810 820 830
890 900 910 920 930
pF1KSD YLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQSA
:. .: . ..::.:.. . : ::::: .:.: ::.:: :.: . :
NP_065 YVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSM
840 850 860 870 880 890
940 950 960 970 980
pF1KSD GMDLFSN-------CTEECKALGHSDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDT
: .. .. : :::. :::::::::: . .: ... :. . . .. :.
NP_065 GSQMPDHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAADV
900 910 920 930 940 950
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD EVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
:... . : ..:.:.::::. . : . :: : :
NP_065 EAYD--DCGP-TKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGC
960 970 980 990 1000 1010
NP_065 EAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSE
1020 1030 1040 1050 1060 1070
>>NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is (1101 aa)
initn: 1264 init1: 560 opt: 1498 Z-score: 1227.5 bits: 238.8 E(85289): 1.2e-61
Smith-Waterman score: 2460; 41.3% identity (69.1% similar) in 1050 aa overlap (3-1020:8-988)
10 20 30 40 50
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDL---GLDITKLSARG
::::.:.:: ... .:.:.:.:::. :: ..:.:.: :. . .: .
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDPRQASA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD FQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFLENPLELFQVEIEV
:..: :: .:.: .:.: ...::::. .:.:::.:.. ::: . . .:. ...:.
NP_001 FRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEV-MSSSMEICVIKVEI
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNSYFSLDVQ
:.::: :::: .. .::::.:.::::.::.::.::: :. ... ::.::: :.:...
NP_001 KDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNELFGLEIK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLPPQQQRTG
:.:::.::::::.:: :::: :. . . .::.::: :: : :
NP_001 TRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGD----------------PP---RLG
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEVVYSFSSH
:. :.:.: ::::: :.:.. .:.::.::::::.: ::.:::.::::: ::.::::: ..
NP_001 TVGLSIKVTDSNDNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGY
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVLVRVLDAN
.. :.:::: ..:..: . :.: :::::. ::.. :::::::::..:::::: : :::.:
NP_001 VNDRTRELFQIDPHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KSD DNAPEISFSTVKEA---VSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLGDVPFRLKSSF
:: : :.. .:. :::.: :: :.:: :.:::: ::.:::.:::.:::::. .
NP_001 DNPPVINLLSVNSELVEVSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-Y
350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDNAPRFSQPVYD
... ::.... :::: :.:.::. ::: : : :...::. : ..: ::: :.::.: :.
NP_001 ESFSTILVDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQ
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSINSENGYLYALR
: : :::.::::. .::: : : : :....:.:. :.. : :::::::: ..: .::::
NP_001 VIVQENNTPGAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALR
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD SFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLPGRNGTPAREV
::..:: : : :.: :.:.: : .: .:::: ..:.: :::.:.:.:: : ::: :.
NP_001 SFNHEQTKAFEFKVLAKDGGLP-SLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAP-PLINGT-AEVY
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KSD LPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELRTARRVPAKRD
.::.. :::.: : : : :.:::.:.::....:.. ..:..: .::.::.: ..
NP_001 IPRNSGIGYLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTF--GES
580 590 600 610 620 630
650 660 670 680 690 700
pF1KSD PQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEHQRPSRSGGGE
. :::.. ..:::. ::..: ... : . :.. : . ::
NP_001 SKSSYELIVVAHDHGKTSLSASALVLIYL-SPALDAQESMGS------------------
640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KSD TSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKE-KKLNIYTCLASDCCLCCCCCGGGGS
..:.::.::::::.. :....:: .:..:... :.. :.: ..
NP_001 --VNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIFVAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSY----------
680 690 700 710 720
770 780 790 800 810 820
pF1KSD TCCGRQARA-RKKKLSKSDIMLVQSSNVPSNPAQVPIEESGGFGSHHHNQNYCYQVCLTP
:.: .. .:::.::.:: :: . .. .. . ... : . .: .: :
NP_001 ---GHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETD--KMNVVSCSSLTSSLNYFDY-HQQTLPL
730 740 750 760 770
830 840 850 860 870 880
pF1KSD ESAKTDLMFLK-PCSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIISNGSILSNETKHQRAELS
... ::. . .:.:...: .. .. ::::.: :: : ::.. . .
NP_001 GCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYHHSF-NSQGPQQPDLIINGVPLP-ETENYSFDSN
780 790 800 810 820 830
890 900 910 920 930
pF1KSD YLVDRPRRVNSSA-FQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHD---------ATN-----RAQS
:. .: . ..::. :.. . : ::::: .:.: ::.:: :.: . :
NP_001 YVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTS
840 850 860 870 880 890
940 950 960 970 980
pF1KSD AGMDLFSN-------CTEECKALGHSDRCWMP-SFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPD
: .. .. : :::. :::::::::: . .: ... :. . . .. :
NP_001 MGSQMPDHDQNEGFHCREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRNIIALSIEATAAD
900 910 920 930 940 950
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD TEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
.:... . : ..:.:.::::. . : . :: : :
NP_001 VEAYD--DCGP-TKRTFATFGKDVSDHPAEERPTLKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNG
960 970 980 990 1000 1010
NP_001 CEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADS
1020 1030 1040 1050 1060 1070
>>NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 isofor (884 aa)
initn: 1325 init1: 663 opt: 1441 Z-score: 1182.3 bits: 230.2 E(85289): 4.1e-59
Smith-Waterman score: 2211; 42.8% identity (70.3% similar) in 893 aa overlap (1-881:25-853)
10 20 30
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGN
.. :::. :: . . :::.:.: ::: :..:::
NP_114 MEQAGTRPAATEHPRLRRPMPWLLLLPLLLLLLLLLPGPAASQLRYSVPEEQAPGALVGN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD IAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSRTP---YLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVL
.:. :::.. .:. : . . .: ::.:.: .:.:.:::.:::: .:.: : :.:
NP_114 VARALGLELRRLGP-GCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALCEQRPRCLL
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KSD HLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGT
:::. .::. . ::.:.:::::: : ::.:. ...:::..::.:: .::: :::::.
NP_114 SLEVLAHNPVAVSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIESAQDPDVGA
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KSD NSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVG
::.. ::..:. .: ::.. .... ::::.: ::::: :.:. ::::::::
NP_114 NSVQTYELSPSEHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVDGG------
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLN
.: :.::: ...::::.::: ::::: .: :.: :.:::::::..::
NP_114 ----------IPA---RSGTAQISVRVLDTNDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLN
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KSD ATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDL
:.:::::.:::. ::.::. : : :.::... ::...: : :::::. ::.:::: :
NP_114 ASDPDEGSNGELRYSLSSYTSDRERQLFSIDASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDR
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KSD GPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISFSTVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQV
:: . .:::::: ..:.::::::. .. . : :.:.:.:.::..::.:.:: : .:
NP_114 GPVPMAGHCKVLVDIVDVNDNAPEVVLTDLYSPVPENATPNTIVAVLSVNDQDSGPNRKV
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD QCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQV
. : . .:::: ..: : ::.:. .::::: :..::.: : : : :.. ....:..
NP_114 SLGLEATLPFRL-NGFGNSYTLVVSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEI
410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KSD SDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVF
::.::: : : . :..:. :::.::. . .:.::: :: ::...::.:: .:::. :
NP_114 SDINDNPPSFLEDSYSIYIQENNLPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVT
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KSD TYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPA
.:::::: .: :::. :::::....: :::.: ::: :....:.:. .::.::.::
NP_114 SYVSINSASGSLYAVNSFDYEKFREFFVTVEAQDKGSPP-LSSTVTANVYVVDMNDHAPH
520 530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KSD IVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDW
:. : . :.. : :..::.: :::.:.: :.:.:.:.:: : : ... ....::...
NP_114 ILYPT-STNSSAAFEMVPRTAPAGYLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVEL
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KSD RTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVD--GAVEPQGGGGS
.:::.::.:.. . ..:.. :::.:.: ::......: .:: . . :
NP_114 HTGEIRTTRKMGDESGST--FNLTVVVRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILP------
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD GGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAV-RCQKEKKLNIYT
. :: .: .: ..:: :::::..:::::::..:.:.. .: . ::
NP_114 ------DTQRHVKSP--RTYSEITLYLIIALSTVSFIFLLTIIILSIIKCYR------YT
690 700 710 720 730
760 770 780 790 800
pF1KSD CLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKKKLSKSDIMLVQSSNVPSN-PAQVPIEESGG
.. :::: :: . :. . .... . .. .: . .: . : :
NP_114 AYGT------ACCGG----FCGVRERSPAELYKQANNNI--DARIPHGLKVQPHFIEVRG
740 750 760 770 780
810 820 830 840 850 860
pF1KSD FGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPCSPSRSTDTEHNPCGA--IVT---GYTDQQ
:: ...:::..::: :.. .:: . ...: .: :: :: . : :.
NP_114 NGS--LTKTYCYKACLTAGSGSDTFMFY-----NTGAQTGPGPSGAQAAVTDSRNLTGQS
790 800 810 820 830
870 880 890 900 910 920
pF1KSD PDIISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHD
. .: ::.::. :
NP_114 GQNAGNLIILKNEAVSQNEVRQWSGGLLQTHAFVTHPPISCDLALLSH
840 850 860 870 880
>>NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 isofor (1007 aa)
initn: 1325 init1: 663 opt: 1441 Z-score: 1181.6 bits: 230.2 E(85289): 4.5e-59
Smith-Waterman score: 2250; 39.0% identity (67.7% similar) in 1033 aa overlap (1-1017:25-987)
10 20 30
pF1KSD MIVLLLFALLWMVEGVFSQLHYTVQEEQEHGTFVGN
.. :::. :: . . :::.:.: ::: :..:::
NP_061 MEQAGTRPAATEHPRLRRPMPWLLLLPLLLLLLLLLPGPAASQLRYSVPEEQAPGALVGN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD IAEDLGLDITKLSARGFQTVPNSRTP---YLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVL
.:. :::.. .:. : . . .: ::.:.: .:.:.:::.:::: .:.: : :.:
NP_061 VARALGLELRRLGP-GCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALCEQRPRCLL
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KSD HLEVFLENPLELFQVEIEVLDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGT
:::. .::. . ::.:.:::::: : ::.:. ...:::..::.:: .::: :::::.
NP_061 SLEVLAHNPVAVSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIESAQDPDVGA
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KSD NSLRDYEITPNSYFSLDVQTQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVG
::.. ::..:. .: ::.. .... ::::.: ::::: :.:. :::::::
NP_061 NSVQTYELSPSEHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVDG-------
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD EGGGGGGGAGLPPQQQRTGTALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLN
:.: :.::: ...::::.::: ::::: .: :.: :.:::::::..::
NP_061 ---------GIPA---RSGTAQISVRVLDTNDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLN
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KSD ATDPDEGQNGEVVYSFSSHISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDL
:.:::::.:::. ::.::. : : :.::... ::...: : :::::. ::.:::: :
NP_061 ASDPDEGSNGELRYSLSSYTSDRERQLFSIDASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDR
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KSD GPNAVPAHCKVLVRVLDANDNAPEISFSTVKEAVSEGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQV
:: . .:::::: ..:.::::::. .. . : :.:.:.:.::..::.:.:: : .:
NP_061 GPVPMAGHCKVLVDIVDVNDNAPEVVLTDLYSPVPENATPNTIVAVLSVNDQDSGPNRKV
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD QCELLGDVPFRLKSSFKNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQV
. : . .:::: ..: : ::.:. .::::: :..::.: : : : :.. ....:..
NP_061 SLGLEATLPFRL-NGFGNSYTLVVSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEI
410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
pF1KSD SDVNDNAPRFSQPVYDVYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVF
::.::: : : . :..:. :::.::. . .:.::: :: ::...::.:: .:::. :
NP_061 SDINDNPPSFLEDSYSIYIQENNLPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVT
460 470 480 490 500 510
520 530 540 550 560 570
pF1KSD TYVSINSENGYLYALRSFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPA
.:::::: .: :::. :::::....: :::.: ::: :....:.:. .::.::.::
NP_061 SYVSINSASGSLYAVNSFDYEKFREFFVTVEAQDKGSPP-LSSTVTANVYVVDMNDHAPH
520 530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KSD IVAPLPGRNGTPAREVLPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDW
:. : . :.. : :..::.: :::.:.: :.:.:.:.:: : : ... ....::...
NP_061 ILYPT-STNSSAAFEMVPRTAPAGYLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVEL
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KSD RTGELRTARRVPAKRDPQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVD--GAVEPQGGGGS
.:::.::.:.. . ..:.. :::.:.: ::......: .:: . . :
NP_061 HTGEIRTTRKMGDESGS--TFNLTVVVRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILP------
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD GGGGSGEHQRPSRSGGGETSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAV-RCQKEKKLNIYT
. :: .: .: ..:: :::::..:::::::..:.:.. .: . ::
NP_061 ------DTQRHVKSP--RTYSEITLYLIIALSTVSFIFLLTIIILSIIKCYR------YT
690 700 710 720 730
760 770 780 790 800
pF1KSD CLASDCCLCCCCCGGGGSTCCGRQARARKKKLSKSDIMLVQSSNVPSN-PAQVPIEESGG
.. :::: :: . :. . .... . .. .: . .: . : :
NP_061 AYGT------ACCGG----FCGVRERSPAELYKQANNNI--DARIPHGLKVQPHFIEVRG
740 750 760 770 780
810 820 830 840 850 860
pF1KSD FGSHHHNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKP---CSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPD
:: ...:::..::: :.. .:: . .:. : . .:: . :.
NP_061 NGSL--TKTYCYKACLTAGSGSDTFMFYNTGAQTGPGPSGAQAAVTDSRNLTGQSGQNAG
790 800 810 820 830 840
870 880 890 900 910 920
pF1KSD ---IISNGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSA-FQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSD
:..: .. .:: .. . : .. ..::. ..:: :. . . : ..: .
NP_061 NLIILKNEAVSQNEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGIL--RAGPGGPDQQWPTV
850 860 870 880 890
930 940 950 960 970 980
pF1KSD HDATNRAQSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVPSDGRQAA--DYRSNLHVPGMDS
.:: . . :: . . : : .. : .. :.. .:.. . ... .:: .
NP_061 SSATPEPE-AG-----EVSPPVGA-GVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPA
900 910 920 930 940 950
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD VPDTEVFETPEAQPGAERSFSTFGKEKALHSTLERKELDGLLTNTRAPYKPPYLTRKRIC
. . . : . . .: ::::.. .. ..:.
NP_061 I--ISIRQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
960 970 980 990 1000
>>XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1 (915 aa)
initn: 1652 init1: 695 opt: 1431 Z-score: 1174.0 bits: 228.7 E(85289): 1.2e-58
Smith-Waterman score: 2037; 38.7% identity (66.6% similar) in 944 aa overlap (5-924:12-885)
10 20 30 40
pF1KSD MIVLLLFALLWMV--EGVFSQ-LHYTVQEEQEHGTFVGNIAEDLGLDITKL--
..:::: . . :... :.: . :::. :. .. ..::.. . ::
XP_016 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD -SARGFQTVPNSRTPYLDLNLETGVLYVNEKIDREQICKQSPSCVLHLEVFL--ENPLEL
:. :... . .: : .: ..: . .. :::::.:... .: ....:. . :.:
XP_016 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD FQVEIEVLDINDNPPSFPEPDLTVEISESATPGTRFPLESAFDPDVGTNSLRDYEITPNS
:..:.:::::::: :.: . . .::::::. :::.::.:::::::: :::. : .. :.
XP_016 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD YFSLDVQTQGDGNRFAELVLEKPLDREQQAVHRYVLTAVDGGGGGGVGEGGGGGGGAGLP
.:...:.:. :: ..:::.. . :::: .. .. ::: : :.:
XP_016 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASD----------------MGVP
190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KSD PQQQRTGTALLTIRVLDSNDNVPAFDQPVYTVSLPENSPPGTLVIQLNATDPDEGQNGEV
::.:...: : . ::::: :::.: : ..: :::: :::...::::::::: ::..
XP_016 ---QRSGSSILKISISDSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKI
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KSD VYSFSSHISPRARELFGLSPRTGRLEVSGELDYEESPVYQVYVQAKDLGPNAVPAHCKVL
:::::::.::. : : .. . :.: . ..::: . :.. :::.:::::..:::::..
XP_016 VYSFSSHVSPKIMETFKIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKII
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390
pF1KSD VRVLDANDNAPEISFSTV---KEAVS---EGAAPGTVVALFSVTDRDSEENGQVQCELLG
..:.:.::: :::... . :: .: :: : ::: : :.:: ::.. :.: :
XP_016 IKVVDVNDNKPEININLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHG
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD DVPFRLKSSFKNYYTIVTEAPLDREAGDSYTLTVVARDRGEPALSTSKSIQVQVSDVNDN
:.:.....: : :.:.: :::: . :.:::.:.::: :.::: : . ::..:.:::
XP_016 HGHFKLQKTYENNYLILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDN
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD APRFSQPVYDVYVTENNVPGAYIYAVSATDRDEGANAQLAYSILECQIQGMSVFTYVSIN
:.:.. :. ..::: ::::: .:.::: : : :.:..:.::: : : :. :::.:.
XP_016 PPHFQRSRYEFVISENNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTID
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KSD SENGYLYALRSFDYEQLKDFSFQVEARDAGSPQALAGNATVNILIVDQNDNAPAIVAPLP
:: .:::: ::.:......: :::::.:::. :..:.:: . :.:.:::.:....:
XP_016 PSNGAIYALRIFDHEEVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGP-A
530 540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KSD GRNGTPAREVLPRSAEPGYLLTRVAAVDADDGENARLTYSIVRGNEMNLFRMDWRTGELR
::.: :. ..:..:: :. .::. :.: :.: ::.:. .:: ::: :.: .: :. ...
XP_016 LRNNT-AEITIPKGAESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIH
590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KSD TARRVPAKRDPQRPYELVIEVRDHGQPPLSSTATLVVQLVDGAVEPQGGGGSGGGGSGEH
: : : .:: . ..:.:.: : . . : .. . : .
XP_016 T--NVSMDSVPYTEWELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTS------------
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD QRPSRSGGGETSLDLTLILIIALGSVSFIFLLAMIVLAVRCQKEKK-LNIYTCLASDCCL
. .. ...:::...:.::.::.. ..:. :...:.::..::: :.: ...
XP_016 --TAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLFATRCNREKKDTRSYNCRVAE---
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KSD CCCCCGGGGSTCCGRQARARKKKLSKSDIMLVQSSN--VP------SNPAQVPIEESGGF
:: . : .... :.:: :: . : .: :.:.. : : : .
XP_016 ---------STYQHHPKRP-SRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPSSSPTLERGQM
750 760 770 780 790
820 830 840 850 860
pF1KSD GSHH-HNQNYCYQVCLTPESAKTDLMFLKPCSPSRSTDTEHNPCGAIVTGYTDQQPDIIS
::.. ::.. . .: : .. : : . : .. :. : ...
XP_016 GSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENF--------SLELTHATPAVEVS----QLLSMLH
800 810 820 830
870 880 890 900 910 920
pF1KSD NGSILSNETKHQRAELSYLVDRPRRVNSSAFQEADIVSSKDSGHGDSEQGDSDHDATNRA
.: . . . :. .. : :.:. : : ::::.:::: ::::.:
XP_016 QG--------QYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDS
840 850 860 870 880 890
930 940 950 960 970 980
pF1KSD QSAGMDLFSNCTEECKALGHSDRCWMPSFVPSDGRQAADYRSNLHVPGMDSVPDTEVFET
XP_016 PIDRLLGEGFSDLFLTDGRIPAVQL
900 910
1040 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 19:03:59 2016 done: Thu Nov 3 19:04:02 2016
Total Scan time: 15.290 Total Display time: 0.470
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]