FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDA1431, 868 aa 1>>>pF1KSDA1431 868 - 868 aa - 868 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1190+/-0.000703; mu= 10.0433+/- 0.044 mean_var=322.8953+/-63.657, 0's: 0 Z-trim(115.1): 2124 B-trim: 78 in 1/51 Lambda= 0.071375 statistics sampled from 22910 (25286) to 22910 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.615), E-opt: 0.2 (0.296), width: 16 Scan time: 13.210 The best scores are: opt bits E(85289) NP_065879 (OMIM: 616798) zinc finger protein 28 ho ( 868) 6079 641.4 5.4e-183 XP_011524765 (OMIM: 616798) PREDICTED: zinc finger ( 859) 5621 594.2 8.4e-169 XP_011524764 (OMIM: 616798) PREDICTED: zinc finger ( 771) 5427 574.2 8.2e-163 NP_001295369 (OMIM: 616798) zinc finger protein 28 ( 349) 2049 225.9 2.6e-58 NP_003405 (OMIM: 604752) zinc finger protein 267 i ( 743) 1986 219.8 3.7e-56 NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1935 214.6 1.4e-54 NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1935 214.6 1.4e-54 NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1935 214.6 1.4e-54 NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1935 214.6 1.5e-54 XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1935 214.6 1.5e-54 XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1904 211.6 1.6e-53 XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1904 211.6 1.6e-53 XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 1904 211.6 1.6e-53 NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 1904 211.6 1.6e-53 NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 1904 211.6 1.6e-53 XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1891 210.0 3.1e-53 NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1891 210.0 3.1e-53 NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1891 210.1 3.3e-53 NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1891 210.1 3.3e-53 NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1891 210.1 3.3e-53 XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1886 209.3 3.8e-53 NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 1886 209.3 3.8e-53 XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1886 209.3 3.8e-53 XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 1886 209.3 3.8e-53 XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 1886 209.4 4.3e-53 XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1886 209.5 4.4e-53 NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 1886 209.5 4.4e-53 XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1886 209.5 4.4e-53 XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 1886 209.5 4.4e-53 XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1886 209.5 4.5e-53 XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1886 209.5 4.5e-53 XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1886 209.5 4.5e-53 XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 1886 209.5 4.5e-53 NP_001252517 (OMIM: 604752) zinc finger protein 26 ( 711) 1847 205.5 7.3e-52 NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1841 204.8 1.1e-51 NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1841 204.8 1.1e-51 NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1841 204.8 1.1e-51 NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1841 204.8 1.1e-51 >>NP_065879 (OMIM: 616798) zinc finger protein 28 homolo (868 aa) initn: 6079 init1: 6079 opt: 6079 Z-score: 3406.3 bits: 641.4 E(85289): 5.4e-183 Smith-Waterman score: 6079; 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99.9% identity (99.9% similar) in 771 aa overlap (98-868:1-771) 70 80 90 100 110 120 pF1KSD HRALPSRDTALPQERNKKLEAVGTGIEPKAMSQGLVTFGDVAVDFSQEEWEWLNPIQRNL :::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MSQGLVTFGDVAVDFSQEEWEWLNPIQRNL 10 20 30 130 140 150 160 170 180 pF1KSD YRKVMLENYRNLASLGLCVSKPDVISSLEQGKEPWTVKRKMTRAWCPDLKAVWKIKELPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 YRKVMLENYRNLASLGLCVSKPDVISSLEQGKEPWTVKRKMTRAWCPDLKAVWKIKELPL 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 pF1KSD KKDFCEGKLSQAVITERLTSYNLEYSLLGEHWDYDALFETQPGLVTIKNLAVDFRQQLHP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 KKDFCEGKLSQAVITERLTSYNLEYSLLGEHWDYDALFETQPGLVTIKNLAVDFRQQLHP 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 pF1KSD AQKNFCKNGIWENNSDLGSAGHCVAKPDLVSLLEQEKEPWMVKRELTGSLFSGQRSVHET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 AQKNFCKNGIWENNSDLGSAGHCVAKPDLVSLLEQEKEPWMVKRELTGSLFSGQRSVHET 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 pF1KSD QELFPKQDSYAEGVTDRTSNTKLDCSSFRENWDSDYVFGRKLAVGQETQFRQEPITHNKT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 QELFPKQDSYAEGVTDRTSNTKLDCSSFRENWDSDYVFGRKLAVGQETQFRQEPITHNKT 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 420 pF1KSD LSKERERTYNKSGRWSYLDDSEEKVHNRDSIKNFQKSSVVIKQTGIYAGKKLFKCNECKK ::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LSKERERTYNKSGRWFYLDDSEEKVHNRDSIKNFQKSSVVIKQTGIYAGKKLFKCNECKK 280 290 300 310 320 330 430 440 450 460 470 480 pF1KSD TFTQSSSLTVHQRIHTGEKPYKCNECGKAFSDGSSFARHQRCHTGKKPYECIECGKAFIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 TFTQSSSLTVHQRIHTGEKPYKCNECGKAFSDGSSFARHQRCHTGKKPYECIECGKAFIQ 340 350 360 370 380 390 490 500 510 520 530 540 pF1KSD NTSLIRHWRYYHTGEKPFDCIDCGKAFSDHIGLNQHRRIHTGEKPYKCDVCHKSFRYGSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 NTSLIRHWRYYHTGEKPFDCIDCGKAFSDHIGLNQHRRIHTGEKPYKCDVCHKSFRYGSS 400 410 420 430 440 450 550 560 570 580 590 600 pF1KSD LTVHQRIHTGEKPYECDVCRKAFSHHASLTQHQRVHSGEKPFKCKECGKAFRQNIHLASH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LTVHQRIHTGEKPYECDVCRKAFSHHASLTQHQRVHSGEKPFKCKECGKAFRQNIHLASH 460 470 480 490 500 510 610 620 630 640 650 660 pF1KSD LRIHTGEKPFECAECGKSFSISSQLATHQRIHTGEKPYECKVCSKAFTQKAHLAQHQKTH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 LRIHTGEKPFECAECGKSFSISSQLATHQRIHTGEKPYECKVCSKAFTQKAHLAQHQKTH 520 530 540 550 560 570 670 680 690 700 710 720 pF1KSD TGEKPYECKECGKAFSQTTHLIQHQRVHTGEKPYKCMECGKAFGDNSSCTQHQRLHTGQR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 TGEKPYECKECGKAFSQTTHLIQHQRVHTGEKPYKCMECGKAFGDNSSCTQHQRLHTGQR 580 590 600 610 620 630 730 740 750 760 770 780 pF1KSD PYECIECGKAFKTKSSLICHRRSHTGEKPYECSVCGKAFSHRQSLSVHQRIHSGKKPYEC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 PYECIECGKAFKTKSSLICHRRSHTGEKPYECSVCGKAFSHRQSLSVHQRIHSGKKPYEC 640 650 660 670 680 690 790 800 810 820 830 840 pF1KSD KECRKTFIQIGHLNQHKRVHTGERSYNYKKSRKVFRQTAHLAHHQRIHTGESSTCPSLPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 KECRKTFIQIGHLNQHKRVHTGERSYNYKKSRKVFRQTAHLAHHQRIHTGESSTCPSLPS 700 710 720 730 740 750 850 860 pF1KSD TSNPVDLFPKFLWNPSSLPSP ::::::::::::::::::::: XP_011 TSNPVDLFPKFLWNPSSLPSP 760 770 >>NP_001295369 (OMIM: 616798) zinc finger protein 28 hom (349 aa) initn: 2268 init1: 2049 opt: 2049 Z-score: 1167.7 bits: 225.9 E(85289): 2.6e-58 Smith-Waterman score: 2049; 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NP_001 ECRRAWCGKSTARESGAFTKKAASSLIYSRKLYPGSLGLERKLNSGSSK 310 320 330 340 >>NP_003405 (OMIM: 604752) zinc finger protein 267 isofo (743 aa) initn: 1426 init1: 1426 opt: 1986 Z-score: 1129.2 bits: 219.8 E(85289): 3.7e-56 Smith-Waterman score: 1986; 42.9% identity (68.1% similar) in 753 aa overlap (101-838:2-741) 80 90 100 110 120 130 pF1KSD LPSRDTALPQERNKKLEAVGTGIEPKAMSQGLVTFGDVAVDFSQEEWEWLNPIQRNLYRK ::.:: ::::.:: :::: :.: :.:::. NP_003 MGLLTFRDVAVEFSLEEWEHLEPAQKNLYQD 10 20 30 140 150 160 170 180 190 pF1KSD VMLENYRNLASLGLCVSKPDVISSLEQGKEPWTVKRKMTRAWCPDLKAVWKIKELPLKKD :::::::::.:::: :::::.:. ::: ::::.:: . : : :: :.. . : . NP_003 VMLENYRNLVSLGLVVSKPDLITFLEQRKEPWNVKSEETVAIQPD---VFSHYNKDLLTE 40 50 60 70 80 200 210 220 230 240 250 pF1KSD FCEGKLSQAVITERLTSYNLEYSLLGEHWDYDALFETQPGLVTIKNLAVDFRQQLHPAQK : : ::..: : .:: : ..: . : . : :.. : : . . . NP_003 HCTEASFQKVISRRHGSCDLENLHLRKRWKREEC-EGHNGCYDEKTFKYD--QFDESSVE 90 100 110 120 130 140 260 270 280 290 300 pF1KSD NFCKNGIWENNSDLGSAGHCVAKPDLVSLLEQEKEP--WMVKR--ELTGSLFSGQRSVHE .. .. : . . . . :::.:..: : .. . :. :: ... NP_003 SLFHQQILSSCAKSYNFDQYRKVFTHSSLLNQQEEIDIWGKHHIYDKTSVLFRQVSTLNS 150 160 170 180 190 200 310 320 330 340 350 pF1KSD TQELFPKQDSYAEGVTDRTSNTKLDCSSFRENW--DSDY-------VFGRKLAVGQETQF ...: . .: . ...: : . . .. .::. ...: :: ... ::: : NP_003 YRNVFIGEKNYHCNNSEKTLNQSSSPKNHQENYFLEKQYKCKEFEEVFLQSMH-GQEKQ- 210 220 230 240 250 260 360 370 380 390 400 410 pF1KSD RQEPITHNKTLSKERERTYNKSGRWSYLDDSEEKVHNRDSIKNFQKSSVVIKQTGIYAGK .. :: . . . . . .. .. . .. : :....:: . :: :. . NP_003 -EQSYKCNKCVEVCTQSLKHIQHQTIHIRENSYSYNKYD--KDLSQSSNLRKQI-IHNEE 270 280 290 300 310 420 430 440 450 460 470 pF1KSD KLFKCNECKKTFTQSSSLTVHQRIHTGEKPYKCNECGKAFSDGSSF--ARHQRCHTGKKP : .::..: ....: :: :: : : ::::: .::::.:. . :. ...:. ::.. 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NP_001 KSTNNGSSVSPLQQIPSSVQTHRSKKYHELNHFSLLTQRRKANSCGKPYKCNECGK-AFT 180 190 200 210 220 230 390 400 410 420 430 pF1KSD DDSEEKVHNR-----------DSIKNFQ-KSSVVIKQTGIYAGKKLFKCNECKKTFTQSS ..:. : : . :.: .:...:.:. :..:.: .::.:: :.: ..: NP_001 QNSNLTSHRRIHSGEKPYKCSECGKTFTVRSNLTIHQV-IHTGEKPYKCHECGKVFRHNS 240 250 260 270 280 290 440 450 460 470 480 490 pF1KSD SLTVHQRIHTGEKPYKCNECGKAFSDGSSFARHQRCHTGKKPYECIECGKAFIQNTSLIR :..:.:::::::::::::::::: :... :: :::.::..: :::: : ::. :: NP_001 YLATHRRIHTGEKPYKCNECGKAFRGHSNLTTHQLIHTGEKPFKCNECGKLFTQNSHLIS 300 310 320 330 340 350 500 510 520 530 540 550 pF1KSD HWRYYHTGEKPFDCIDCGKAFSDHIGLNQHRRIHTGEKPYKCDVCHKSFRYGSSLTVHQR ::: ::::::. : .:::::: . .: :. ::::::::::. : : :::.: : :.: NP_001 HWRI-HTGEKPYKCNECGKAFSVRSSLAIHQTIHTGEKPYKCNECGKVFRYNSYLGRHRR 360 370 380 390 400 560 570 580 590 600 610 pF1KSD IHTGEKPYECDVCRKAFSHHASLTQHQRVHSGEKPFKCKECGKAFRQNIHLASHLRIHTG .:::::::.:. : :::: :..:. :: .:.: :::::.::.:.: :: .::.: ::::: NP_001 VHTGEKPYKCNECGKAFSMHSNLATHQVIHTGTKPFKCNECSKVFTQNSQLANHRRIHTG 410 420 430 440 450 460 620 630 640 650 660 670 pF1KSD EKPFECAECGKSFSISSQLATHQRIHTGEKPYECKVCSKAFTQKAHLAQHQKTHTGEKPY :::..: ::::.::. :.:.::: ::.:::::.: :.:.::::.:: .:. :.::::: NP_001 EKPYKCNECGKAFSVRSSLTTHQAIHSGEKPYKCIECGKSFTQKSHLRSHRGIHSGEKPY 470 480 490 500 510 520 680 690 700 710 720 730 pF1KSD ECKECGKAFSQTTHLIQHQRVHTGEKPYKCMECGKAFGDNSSCTQHQRLHTGQRPYECIE .:.::::.:.::..: .: ::::::::::: .::.::.: :: : :: .:::..::.: : NP_001 KCNECGKVFAQTSQLARHWRVHTGEKPYKCNDCGRAFSDRSSLTFHQAIHTGEKPYKCHE 530 540 550 560 570 580 740 750 760 770 780 790 pF1KSD CGKAFKTKSSLICHRRSHTGEKPYECSVCGKAFSHRQSLSVHQRIHSGKKPYECKECRKT :::.:. .: : ::: :::::::.:. :::::: ...:..:. ::.:.:::.:..: :. 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NP_150 YRCTECGKAFRVRSSLTTHMAIHTGEKRYKCNECGKVFRQSSNLASHHRMHTGEKPYK 770 780 790 800 810 680 690 700 710 720 730 pF1KSD ECGKAFSQTTHLIQHQRVHTGEKPYKCMECGKAFGDNSSCTQHQRLHTGQRPYECIECGK 868 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Nov 3 06:13:57 2016 done: Thu Nov 3 06:13:59 2016 Total Scan time: 13.210 Total Display time: 0.290 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]