Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1436
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1436, 879 aa
1>>>pF1KSDA1436 879 - 879 aa - 879 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4900+/-0.000424; mu= 20.8414+/- 0.027
mean_var=96.9006+/-19.641, 0's: 0 Z-trim(111.1): 87 B-trim: 0 in 0/58
Lambda= 0.130290
statistics sampled from 19509 (19584) to 19509 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 10.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065173 (OMIM: 601204) prostaglandin F2 receptor ( 879) 5903 1121.2 0
XP_016857363 (OMIM: 601204) PREDICTED: prostagland ( 885) 5809 1103.5 0
NP_001007238 (OMIM: 149700,603491) immunoglobulin (1194) 776 157.6 3.3e-37
XP_005270851 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1199) 771 156.7 6.3e-37
NP_004249 (OMIM: 604516) immunoglobulin superfamil (1021) 717 146.4 6.3e-34
NP_001243035 (OMIM: 604516) immunoglobulin superfa (1021) 717 146.4 6.3e-34
NP_001243038 (OMIM: 604516) immunoglobulin superfa (1021) 717 146.4 6.3e-34
NP_001533 (OMIM: 149700,603491) immunoglobulin sup (1214) 652 134.3 3.4e-30
XP_011539617 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1214) 652 134.3 3.4e-30
XP_005270850 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1214) 652 134.3 3.4e-30
XP_006710656 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu (1219) 647 133.4 6.6e-30
XP_011508461 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 503 106.0 5.5e-22
XP_016858327 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 503 106.0 5.5e-22
XP_016858329 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 503 106.0 5.5e-22
XP_016858328 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 591) 503 106.0 5.5e-22
XP_006711694 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 596) 503 106.0 5.5e-22
NP_443100 (OMIM: 606644) immunoglobulin superfamil ( 613) 503 106.0 5.7e-22
XP_016858326 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 613) 503 106.0 5.7e-22
XP_016858324 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 613) 503 106.0 5.7e-22
NP_001307176 (OMIM: 606644) immunoglobulin superfa ( 613) 503 106.0 5.7e-22
NP_001193594 (OMIM: 606644) immunoglobulin superfa ( 613) 503 106.0 5.7e-22
XP_016858325 (OMIM: 606644) PREDICTED: immunoglobu ( 613) 503 106.0 5.7e-22
NP_001243040 (OMIM: 604516) immunoglobulin superfa ( 959) 345 76.5 6.8e-13
XP_016858336 (OMIM: 604516) PREDICTED: immunoglobu ( 974) 345 76.5 6.9e-13
XP_016858335 (OMIM: 604516) PREDICTED: immunoglobu ( 974) 345 76.5 6.9e-13
XP_011539618 (OMIM: 149700,603491) PREDICTED: immu ( 657) 298 67.5 2.4e-10
>>NP_065173 (OMIM: 601204) prostaglandin F2 receptor neg (879 aa)
initn: 5903 init1: 5903 opt: 5903 Z-score: 5999.2 bits: 1121.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5903; 100.0% identity (100.0% similar) in 879 aa overlap (1-879:1-879)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWSF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHYKCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHYKCS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPLHTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPLHTH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LALLWEVHRGPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LALLWEVHRGPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSRALSA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DQGSYRCIVSEWIAEQGNWQEIQEKAVEVATVVIQPSVLRAAVPKNVSVAEGKELDLTCN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DQGSYRCIVSEWIAEQGNWQEIQEKAVEVATVVIQPSVLRAAVPKNVSVAEGKELDLTCN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALSHVDARSYHLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALSHVDARSYHLLV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD RDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQVYLNASKVPGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 RDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQVYLNASKVPGF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLKYGERSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLKYGERSK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD QRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSWVKSKDVFSKPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 QRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSWVKSKDVFSKPVN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD IFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAEKPVGDLSSPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 IFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAEKPVGDLSSPN
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAW
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAAL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD DPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVTTSRRDWKSDLSLERVSVLEFLLQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVTTSRRDWKSDLSLERVSVLEFLLQV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD HGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLLIGVGLS
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KSD TVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD
850 860 870
>>XP_016857363 (OMIM: 601204) PREDICTED: prostaglandin F (885 aa)
initn: 5809 init1: 5809 opt: 5809 Z-score: 5903.6 bits: 1103.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5809; 100.0% identity (100.0% similar) in 863 aa overlap (17-879:23-885)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MLGGNARWSTLDFGFSDWESLTALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQ
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD NFDWSFSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NFDWSFSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GHYKCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GHYKCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SPLHTHLALLWEVHRGPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SPLHTHLALLWEVHRGPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSV
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD SRALSADQGSYRCIVSEWIAEQGNWQEIQEKAVEVATVVIQPSVLRAAVPKNVSVAEGKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRALSADQGSYRCIVSEWIAEQGNWQEIQEKAVEVATVVIQPSVLRAAVPKNVSVAEGKE
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALSHVDAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVHSSPHVALSHVDAR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQVYLNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEPDYQVYLNA
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD SKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYYRMNRRSDNVVTSELLAVMDGDWTLK
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD YGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSWVKSKDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTKQRNNSWVKSKDV
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD FSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAEKPVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSPRYSVLIMAEKPVG
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD DLSSPNETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DLSSPNETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQEDEFRYRMYQTQVSDAGLYR
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD CMVTAWSPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CMVTAWSPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHSDTPSVIRGDLIKLFCIIT
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD VEGAALDPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVTTSRRDWKSDLSLERVSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VEGAALDPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGIVTTSRRDWKSDLSLERVSVL
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KSD EFLLQVHGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EFLLQVHGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEIHSKPVFITVKMDVLNAFKYPLL
790 800 810 820 830 840
840 850 860 870
pF1KSD IGVGLSTVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 IGVGLSTVIGLLSCLIGYCSSHWCCKKEVQETRRERRRLMSMEMD
850 860 870 880
>>NP_001007238 (OMIM: 149700,603491) immunoglobulin supe (1194 aa)
initn: 537 init1: 190 opt: 776 Z-score: 789.1 bits: 157.6 E(85289): 3.3e-37
Smith-Waterman score: 975; 26.3% identity (57.4% similar) in 843 aa overlap (8-822:6-811)
10 20 30 40 50
pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRG-RVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFDWS
:.: : :.. . : : : . : :. :....: :::: :.:::::::.::
NP_001 MKCFFPVLSCLAVLGVVSAQRQVTVQEGPLYRTEGSHITIWCNVSGYQGPSEQNFQWS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD --FSSLGSSFVELASTWEVGFPAQLYQERLQRGEILLRRTANDAVELHIKNVQPSDQGHY
. : :...:: . .:: .: .:.. :.:...:. .... ::: ..: : :.:
NP_001 IYLPSSPEREVQIVSTMDSSFPYAIYTQRVRGGKIFIERVQGNSTLLHITDLQARDAGEY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD KCSTPSTDATVQGNYEDTVQVKVLADSLHVGPSARPPPSLSLREGEPFELRCTAASASPL
.: ::::: :.: ... :. :::. .. : .: : .:.:: : .:: .
NP_001 ECHTPSTDKQYFGSYSAKMNLVVIPDSLQ---TTAMPQTLHRVEQDPLELTCEVASETIQ
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD HTHLALLWEVHR-GPARRSVLALTHEGRFHPGLGYEQRYHSGDVRLDTVGSDAYRLSVSR
:.::.. : .. : :..:... .: . : :: :.:::: .: ..::.. .
NP_001 HSHLSVAWLRQKVGEKPVEVISLSRDFMLHSSSEYAQRQSLGEVRLDKLGRTTFRLTIFH
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD ALSADQGSYRCIVSEWIAE-QGNWQEIQEKAVEVATVVIQPS----VLRAAVPKNVSVAE
.::: . : ..::: . .:.: . .: : :.: .::. ..: . : . ..
NP_001 LQPSDQGEFYCEAAEWIQDPDGSWYAMTRKRSEGAVVNVQPTDKEFTVRLETEKRLHTV-
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KSD GKELDLTCNITTDRADDVRPEVTWSFSRMPDSTLPGSRVLARLDRDSLVH--SSPHVALS
:. ... : . .. . : :.:.:. .:. : .. :. . ..: . .. ..
NP_001 GEPVEFRCILEAQNVPDRYFAVSWAFNSSLIATM-GPNAVPVLNSE-FAHREARGQLKVA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD HVDARSYHLLVRDVSKENSGYYYCHVSLWAPGHNRSWHKVAEAVSSPAGVGVTWLEP---
. . . : . . .:.:: : :.:. .. . . . . . : .. . : :
NP_001 KESDSVFVLKIYHLRQEDSGKYNCRVT--EREKTVTGEFIDKESKRPKNIPIIVL-PLKS
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD --DYQVYLNASKVPGFADDPTELACRVVDTKSGEANVRFTVSWYY--RMNRRSDNVVTSE
. .: ::: . . . ...: : .:. . ::.: : :.::::.
NP_001 SISVEVASNASVI--LEGEDLRFSCSV--RTAGRPQGRFSVIWQLVDRQNRRSN------
410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LLAVMDGDWTLKYGERSKQRAQDGDFIFSKEHTDTFNFRIQRTTEEDRGNYYCVVSAWTK
. .: : :.. : .:.. : . . . ..:.. : . .::.:.: : :. :..
NP_001 -IMWLDRDGTVQPGSSYWERSSFGGVQMEQVQPNSFSLGIFNSRKEDEGQYECHVTEWVR
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570 580
pF1KSD QRNNSW-VKSKDVFSKPVNIFWALEDSVLVVKARQPKPFFAAGNTFEMTCKVSSKNIKSP
.. : . .. : :..: ::: . ..: : . : . ...:.. : : .:
NP_001 AVDGEWQIVGERRASTPISIT-ALEMG-FAVTAISRTPGVTYSDSFDLQC------IIKP
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630
pF1KSD RYSVLIMAE-----KPVGDLSSPNETKYIISLDQDSVVKLENWTDASRVDGVVLEKVQED
.: . . . .::: . : . .... .:. :. . ... :. .. . . .
NP_001 HYPAWVPVSVTWRFQPVGTV----EFHDLVTFTRDGGVQWGDRSSSFRTRTAIEKAESSN
580 590 600 610 620
640 650 660 670 680 690
pF1KSD EFRYRMYQTQVSDAGLYRCMVTAWSPVRGSLWREAATSLSNPIEIDFQTSGPIFNASVHS
. : . ... ..:: :.:.. : .. : . : :: .:: ...: .
NP_001 NVRLSISRASDTEAGKYQCVAELWRKNYNNTWTRLAERTSNLLEIRVLQPVTKLQVSKSK
630 640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KSD DTPSVIRGDLIKLFCIITVEGAALDPDDMAFDVSWFAVHSFGLDKAPVLLSSLDRKGI--
: ..... :.: : . . . .. : : :. ::. . . ..:.. ...
NP_001 RTLTLVENKPIQLNCSVKSQTS----QNSHFAVLWY-VHKPSDADGKLILKTTHNSAFEY
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
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pF1KSD TSRR----DWKSDLSLERVSVLEFLLQVHGSEDQDFGNYYCSVTPWVKSPTGSWQKEAEI
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NP_001 TGDEFHTPQRKQKFHTEKVSQDLFQLHILNVEDSDRGKYHCAVEEWLLSTNGTWHKLGEK
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NP_001 KSGLTELKLKPTGSKVRVSKVYWTENVTEHREVAIRCSLESVGSSATLYSVMWYWNRENS
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pF1KSD MGRLASRPLLLALLSLALCRGRVVRVPTATLVRVVGTELVIPCNVSDYDGPSEQNFD
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