Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1443
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1443, 549 aa
1>>>pF1KSDA1443 549 - 549 aa - 549 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0492+/-0.00033; mu= 0.3148+/- 0.021
mean_var=320.1218+/-64.731, 0's: 0 Z-trim(125.5): 31 B-trim: 602 in 2/58
Lambda= 0.071683
statistics sampled from 49291 (49322) to 49291 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.839), E-opt: 0.2 (0.578), width: 16
Scan time: 11.890
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065885 (OMIM: 608119) homeobox and leucine zipp ( 550) 3803 406.5 1.1e-112
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XP_011527022 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956) 279 42.3 0.0082
NP_055850 (OMIM: 609598) zinc fingers and homeobox ( 956) 279 42.3 0.0082
XP_016883226 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956) 279 42.3 0.0082
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XP_006723812 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
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XP_011527020 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527016 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_006723811 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527003 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527006 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527004 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_016883225 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527010 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_005260400 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527009 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527019 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527008 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527007 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527005 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_011527015 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 279 42.3 0.0083
XP_005260398 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969) 278 42.2 0.0089
>>NP_065885 (OMIM: 608119) homeobox and leucine zipper p (550 aa)
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pF1KSD MVRGWEPPPGLDCAISEGHKSEGTMPPNKEASGLSSSPAGLICLPPISEELQLVWTQAAQ
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NP_065 MVRGWEPPPGLDCAISEGHKSEGTMPPNKEASGLSSSPAGLICLPPISEELQLVWTQAAQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TSELDSNEHLLKTFSYFPYPSLADIALLCLRYGLQMEKVKTWFMAQRLRCGISWSSEEIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ETRARVVYRRDQLHFKSLLSFTHHAGRPPEEVPPPPVPAPEQVGIGIGPPTLSKPTQTKG
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pF1KSD LKVEPEEPSQMPPLPQSHQKLKESLMTPGSGAFPYQSDFWQHLQSSGLSKEQAGRGPNQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LKVEPEEPSQMPPLPQSHQKLKESLMTPGSGAFPYQSDFWQHLQSSGLSKEQAGRGPNQS
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pF1KSD HGIGTASWNHSTTVPQPQARDKPPPIALIASSCKEESASSVTPSSSSTSSSFQVLANGAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HGIGTASWNHSTTVPQPQARDKPPPIALIASSCKEESASSVTPSSSSTSSSFQVLANGAT
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pF1KSD AASKPLQPLGCVPQSVSPSEQALPPHLEPAWPQGLRHNSVPGRVGPTEYLSPDMQRQRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AASKPLQPLGCVPQSVSPSEQALPPHLEPAWPQGLRHNSVPGRVGPTEYLSPDMQRQRKT
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pF1KSD KRKTKEQLAILKSFFLQCQWARREDYQKLEQITGLPRPEIIQWFGDTRYALKHGQLKWFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KRKTKEQLAILKSFFLQCQWARREDYQKLEQITGLPRPEIIQWFGDTRYALKHGQLKWFR
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pF1KSD DNAVPGAPSFQDPAIPTPPPSTRSLNERAETPPLPIPPPPPDIQPLERYWAAHQQLRETD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DNAVPGAPSFQDPAIPTPPPSTRSLNERAETPPLPIPPPPPDIQPLERYWAAHQQLRETD
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
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540
pF1KSD DDDDDVIIQD
::::::::::
NP_065 DDDDDVIIQD
550
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10 20 30
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: ... :. :. : : :. .:.
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pF1KSD ----PAGLICLPPISEELQLVWTQAAQTSELDSNEHL--LK-TFSYFPYPSLADIALLCL
. : : :. . .. .:. .. :.:.: :: .: .:. ... :
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::. ..:. :: .: .: .... .:: . .... . :. ::
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: .:: . : ..:. . .. . :. :... :.. . :. :.
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pF1KSD PGSGAFPYQSDFWQHLQSSGLSKEQAGRGPNQSHGIGTASWNHSTTVPQPQARDKPPPIA
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XP_016 -AQNPLPLDEELDRLRSETKMTRREID------------SW-FSERRKKVNAEETKK--A
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pF1KSD LIASSCKEESASSVTPSSSSTSSSFQVLANGATAASKPLQPLGCVPQSVSPSEQALPPHL
.: .:: :. . . .: ..: ..... . : . ..::: . : .:
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pF1KSD EPAWPQGLRHNSVPG--RVGPTEYLSPDMQRQRKTK---RKTKEQLAILKSFFLQCQWAR
. . .: .: .:: : . : . .: : .:: .: .:...:.: ::
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pF1KSD LPQPAEVVVCLDEEEEEEEEELPEDDEEEEEEEEDDDDDDDDVIIQD
. . ...:. :..
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10 20 30
pF1KSD MVRGWEPPPGLDCAISEGHKSEGTMPPNKEASGLSSS---
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pF1KSD ----PAGLICLPPISEELQLVWTQAAQTSELDSNEHL--LK-TFSYFPYPSLADIALLCL
. : : :. . .. .:. .. :.:.: :: .: .:. ... :
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: .:: . : ..:. . .. . :. :... :.. . :. :.
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.: .:: :. . . .: ..: ..... . : . ..::: . : .:
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pF1KSD REDYQKLEQITGLPRPEIIQWFGDTRYALKHGQLKWFRDNAVPGAPSFQDPAIPTPPPST
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.:.. :: . : . . :. :. .:..: : :. .: . ...:.::: .:: .
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pF1KSD LPQPAEVVVCLDEEEEEEEEELPEDDEEEEEEEEDDDDDDDDVIIQD
. . ...:. :..
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Smith-Waterman score: 360; 22.4% identity (51.5% similar) in 526 aa overlap (11-518:443-902)
10 20 30
pF1KSD MVRGWEPPPGLDCAISEGHKSEGTMPPNKEASGLSSS---
: ... :. :. : : :. .:.
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. : : :. . .. .:. .. :.:.: :: .: .:. ... :
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::. ..:. :: .: .: .... .:: . .... . :. ::
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.: .:: :. . . .: ..: ..... . : . ..::: . : .:
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NP_055 RVTEANG--RNEIPGLGACDPEDDESNKLAEQLPGKVSCKKTAQQRHLLRQLFVQTQWPS
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.:.. :: . : . . :. :. .:..: : :. .: . ...:.::: .:: .
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pF1KSD LPQPAEVVVCLDEEEEEEEEELPEDDEEEEEEEEDDDDDDDDVIIQD
. . ...:. :..
NP_055 MGEETRAVADTGSEDQGPGTGELTAVHKGMGDTYSEVSENSESWEPRVPEASSEPFDTSS
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>>XP_016883226 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc fingers an (956 aa)
initn: 554 init1: 259 opt: 279 Z-score: 171.5 bits: 42.3 E(85289): 0.0082
Smith-Waterman score: 360; 22.4% identity (51.5% similar) in 526 aa overlap (11-518:443-902)
10 20 30
pF1KSD MVRGWEPPPGLDCAISEGHKSEGTMPPNKEASGLSSS---
: ... :. :. : : :. .:.
XP_016 HVVGQPEGTGGGLLVTQPLMANGLQATSSPLPLTVTSVPKQPGVAPINTVCSNTTSAVKV
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XP_016 VNAAQSLLTACPSITSQ---AFLDASIYKNKKSHEQLSALKGSFCRNQFPGQSEVEHLTK
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XP_016 VTGLSTREVRKWFSDRRYHC------RNLKGSRAMIPGDHSSIIIDSV----------PE
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