Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1453
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1453, 1121 aa
1>>>pF1KSDA1453 1121 - 1121 aa - 1121 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4021+/-0.00109; mu= -10.3187+/- 0.065
mean_var=361.4669+/-74.686, 0's: 0 Z-trim(114.2): 81 B-trim: 422 in 1/51
Lambda= 0.067459
statistics sampled from 14672 (14748) to 14672 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.756), E-opt: 0.2 (0.453), width: 16
Scan time: 5.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32755.1 USP36 gene_id:57602|Hs108|chr17 (1123) 7556 750.1 6.3e-216
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CCDS59463.1 USP17L22 gene_id:100287513|Hs108|chr4 ( 530) 1276 138.8 3.3e-32
CCDS59455.1 USP17L11 gene_id:100287178|Hs108|chr4 ( 530) 1276 138.8 3.3e-32
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CCDS59468.1 USP17L27 gene_id:728393|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
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CCDS59470.1 USP17L29 gene_id:728405|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
CCDS59457.1 USP17L13 gene_id:100287238|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
CCDS59471.1 USP17L30 gene_id:728419|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
CCDS59466.1 USP17L26 gene_id:728379|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
CCDS59464.1 USP17L24 gene_id:728369|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
CCDS59469.1 USP17L28 gene_id:728400|Hs108|chr4 ( 530) 1274 138.6 3.7e-32
CCDS59458.1 USP17L17 gene_id:100287327|Hs108|chr4 ( 530) 1272 138.4 4.3e-32
CCDS59467.1 USP17L5 gene_id:728386|Hs108|chr4 ( 530) 1269 138.1 5.2e-32
CCDS77901.1 USP17L15 gene_id:100288520|Hs108|chr4 ( 559) 1265 137.7 7.1e-32
CCDS59456.1 USP17L12 gene_id:100287205|Hs108|chr4 ( 530) 1260 137.2 9.6e-32
CCDS59462.1 USP17L21 gene_id:100287478|Hs108|chr4 ( 530) 1260 137.2 9.6e-32
CCDS59454.1 USP17L10 gene_id:100287144|Hs108|chr4 ( 530) 1241 135.4 3.4e-31
CCDS43713.1 USP17L2 gene_id:377630|Hs108|chr8 ( 530) 1237 135.0 4.5e-31
CCDS78300.1 USP17L8 gene_id:392188|Hs108|chr8 ( 530) 1237 135.0 4.5e-31
CCDS78301.1 USP17L3 gene_id:645836|Hs108|chr8 ( 530) 1214 132.7 2.1e-30
CCDS78299.1 USP17L4 gene_id:645402|Hs108|chr8 ( 530) 1205 131.9 3.9e-30
CCDS78298.1 USP17L1 gene_id:401447|Hs108|chr8 ( 530) 1196 131.0 7.2e-30
CCDS78305.1 USP17L7 gene_id:392197|Hs108|chr8 ( 530) 1165 128.0 5.8e-29
>>CCDS32755.1 USP36 gene_id:57602|Hs108|chr17 (1123 aa)
initn: 6510 init1: 6466 opt: 7556 Z-score: 3990.1 bits: 750.1 E(32554): 6.3e-216
Smith-Waterman score: 7556; 99.6% identity (99.7% similar) in 1123 aa overlap (1-1121:1-1123)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPIVDKLKEALKPGRKDSADDGELGKLLASSAKKVLLQKIEFEPASKSFSYQLEALKSKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MPIVDKLKEALKPGRKDSADDGELGKLLASSAKKVLLQKIEFEPASKSFSYQLEALKSKY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTERLSLRWERVFRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTERLSLRWERVFRV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLCVMQNHIVQAFAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLCVMQNHIVQAFAN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGCAKLDRQTQATTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGCAKLDRQTQATTL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHQIFGGYLRSRVKCSVCKSVSDTYDPYLDVALEIRQAANIVRALELFVKADVLSGENAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VHQIFGGYLRSRVKCSVCKSVSDTYDPYLDVALEIRQAANIVRALELFVKADVLSGENAY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD MCAKCKKKVPASKRFTIHRTSNVLTLSLKRFANFSGGKITKDVGYPEFLNIRPYMSQNNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MCAKCKKKVPASKRFTIHRTSNVLTLSLKRFANFSGGKITKDVGYPEFLNIRPYMSQNNG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVKVVLNQQAYVLFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVKVVLNQQAYVLFY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LRIPGSKKSPEGLISRTGSSSLPGRPSVIPDHSKKNIGNGIISSPLTGKRQDSGTMKKPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LRIPGSKKSPEGLISRTGSSSLPGRPSVIPDHSKKNIGNGIISSPLTGKRQDSGTMKKPH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD TTEEIGVPISRNGSTLGLKSQNGCIPPKLPSGSPSPKLSQTPTHMPTILDDPGKKVKKPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TTEEIGVPISRNGSTLGLKSQNGCIPPKLPSGSPSPKLSQTPTHMPTILDDPGKKVKKPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD PPQHFSPRTAQGLPGTSNSNSSRSGSQRQGSWDSRDVVLSTSPKLLATATANGHGLKGND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PPQHFSPRTAQGLPGTSNSNSSRSGSQRQGSWDSRDVVLSTSPKLLATATANGHGLKGND
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD ESAGLDRRGSSSSSPEHSASSDSTKAPQTPRSGAAHLCDSQETNCSTAGHSKTPPSGADS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ESAGLDRRGSSSSSPEHSASSDSTKAPQTPRSGAAHLCDSQETNCSTAGHSKTPPSGADS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KTVKLKSPVLSNTTTEPASTMSPPPAKKLALSAKKASTLWRATGNDLRPPPPSPSSDLTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KTVKLKSPVLSNTTTEPASTMSPPPAKKLALSAKKASTLWRATGNDLRPPPPSPSSDLTH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD PMKTSHPVVASTWPVHRARAVSPAPQSSSRLQPPFSPHPTLLSSTPKPPGTSEPRSCSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PMKTSHPVVASTWPVHRARAVSPAPQSSSRLQPPFSPHPTLLSSTPKPPGTSEPRSCSSI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD STALPQVNEDLVSLPHQLPEASEPPRSPSEKRKKTFVGEPQRLGSETCLPQHIREATAAP
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS32 STALPQVNEDLVSLPHQLPEASEPPQSPSEKRKKTFVGEPQRLGSETRLPQHIREATAAP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD HGKRKRKKKKRPEDTAASALQEGQTQRQPGSPMYRREGQAQLPAVRRQEDGTQPQVNGQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HGKRKRKKKKRPEDTAASALQEGQTQRQPGSPMYRREGQAQLPAVRRQEDGTQPQVNGQQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KSD VGCVTDGHHASSRKRRRKGAEGLGEEGGLHQDPLRHSCSPMGDGDPEAMEESPRKKKK--
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VGCVTDGHHASSRKRRRKGAEGLGEEGGLHQDPLRHSCSPMGDGDPEAMEESPRKKKKKK
910 920 930 940 950 960
960 970 980 990 1000 1010
pF1KSD RKQETQRAVEEDGHLKCPRSAKPQDAVVPESSSCAPSANGWCPGDRMGLSQAPPVSWNGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RKQETQRAVEEDGHLKCPRSAKPQDAVVPESSSCAPSANGWCPGDRMGLSQAPPVSWNGE
970 980 990 1000 1010 1020
1020 1030 1040 1050 1060 1070
pF1KSD RESDVVQELLKYSSDKAYGRKVLTWDGKMSAVSQDAIEDSRQARTETVVDDWDEEFDRGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RESDVVQELLKYSSDKAYGRKVLTWDGKMSAVSQDAIEDSRQARTETVVDDWDEEFDRGK
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1080 1090 1100 1110 1120
pF1KSD EKKIKKFKREKRRNFNAFQKLQTRRNFWSVTHPAKAASLSYRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKKIKKFKREKRRNFNAFQKLQTRRNFWSVTHPAKAASLSYRR
1090 1100 1110 1120
>>CCDS47535.1 USP42 gene_id:84132|Hs108|chr7 (1316 aa)
initn: 1819 init1: 1730 opt: 1813 Z-score: 968.3 bits: 191.2 E(32554): 1.3e-47
Smith-Waterman score: 1919; 36.8% identity (61.9% similar) in 1060 aa overlap (1-972:1-1019)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MPIVDKLKEALKPGRKDSADDGELGKLLASSAKKVLLQKIEFEPASKSFSYQLEALKSKY
: :::: .:. : :: ... : :.. : .. :: . .:. ....
CCDS47 MTIVDKASESSDP----SAYQNQPG-----SSEAVSPGDMDAGSASWGAVSSLNDVSNHT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTERLSLRWERVFRV
. :.: . :: ..:.. : . . : . .. :::. :::::::.:.. :.:... ::
CCDS47 LSLGP-VPGAVVYSSSS-VPDKSKPSPQKDQALGDGIAPPQKVLFPSEKICLKWQQTHRV
60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLCVMQNHIVQAFAN
::::.::::::: ::..::::::::::::.::.::...:: .:::.:.:: ::.::..:
CCDS47 GAGLQNLGNTCFANAALQCLTYTPPLANYMLSHEHSKTCHAEGFCMMCTMQAHITQALSN
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGCAKLDRQTQATTL
:..:::. : ....:::::::::::::::::.::.:::::::::: ::::.::::::
CCDS47 PGDVIKPMFVINEMRRIARHFRFGNQEDAHEFLQYTVDAMQKACLNGSNKLDRHTQATTL
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHQIFGGYLRSRVKCSVCKSVSDTYDPYLDVALEIRQAANIVRALELFVKADVLSGENAY
: ::::::::::::: ::.::::.:::::..:::. : .. .::: ::: . :.:::.:
CCDS47 VCQIFGGYLRSRVKCLNCKGVSDTFDPYLDITLEIKAAQSVNKALEQFVKPEQLDGENSY
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KSD MCAKCKKKVPASKRFTIHRTSNVLTLSLKRFANFSGGKITKDVGYPEFLNIRPYMSQNNG
:.:::: :::::::::::.::::::::::::::.::::.::: :::.:.::::::: ::
CCDS47 KCSKCKKMVPASKRFTIHRSSNVLTLSLKRFANFTGGKIAKDVKYPEYLDIRPYMSQPNG
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KSD DPVMYGLYAVLVHSGYSCHAGHYYCYVKASNGQWYQMNDSLVHSSNVKVVLNQQAYVLFY
.:..: :::::::.:..::::::.::.::::: :::::::.: .:... ::.::::::::
CCDS47 EPIVYVLYAVLVHTGFNCHAGHYFCYIKASNGLWYQMNDSIVSTSDIRSVLSQQAYVLFY
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460
pF1KSD LRI---------------PGSKKSPEGLISR---TGSSSLPGR--PSVIPDHSKKNIGNG
.: :: ..::. .::. :.... :: :. .:.: :: .
CCDS47 IRSHDVKNGGELTHPTHSPG-QSSPRPVISQRVVTNKQAAPGFIGPQ-LPSHMIKNPPHL
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510
pF1KSD IISSPLTGKRQDSGTMKKPHTTEEIG--VPISRNGSTLGLKSQNGCIPPKLPSGS-----
..:: : :..:..:. . .. :.. ..:. . . . . . :. :. .
CCDS47 NGTGPL--KDTPSSSMSSPNGNSSVNRASPVNASASVQNWSVNRSSVIPEHPKKQKITIS
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560
pF1KSD -----PSPKLSQTPTHMPTILDDPGKKVKKPAPPQHFSPRTAQGLPGTSN-SNSSRSGSQ
: . .. :. . :..: ::.: . .. ..:. ..:. : ::. .
CCDS47 IHNKLPVRQCQSQPNLHSNSLENP----TKPVPSSTITNSAVQSTSNASTMSVSSKVTKP
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610 620
pF1KSD RQGSWDSRDVVLSTSPKLLATATANGHGLKGND---ESAGLDRR-GSSSSSPEHSASSDS
: . . :.. . :: ... . . ...: :: :: .. : .. :: ..:.
CCDS47 IPRSESCSQPVMNGKSKLNSSVLVPYGAESSEDSDEESKGLGKENGIGTIVSSHSPGQDA
590 600 610 620 630 640
630 640 650 660 670
pF1KSD TKAPQTPRSGAAHLCDSQETNCSTAGHSKTPPS----GADSKTVKLKSPVLSNTTTEPAS
::. .: . . : .... : . :. . :. . . . . :.. :.
CCDS47 EDEEATPH----ELQEPMTLNGANSADSDSDPKENGLAPDGASCQGQPALHSENPFAKAN
650 660 670 680 690
680 690 700 710 720 730
pF1KSD TMSPP--PAKKLALSAKKASTLWRATGNDLRPPPPSPSSDLTHPMKTSHPVVASTWPVHR
. :: :.: : .: . : :. . ..... : : : :
CCDS47 GLPGKLMPAPLLSLPEDKILETFRLS-NKLK----GSTDEMSAPGAERGP------PEDR
700 710 720 730 740
740 750 760 770 780
pF1KSD ARAVSPAPQSSSRLQPPFSPHPTLLSST-----PKPPGTSEPRSCSSISTAL------PQ
.:. .. :. : . :::: :. ::: . . . :. :.
CCDS47 DAEPQPGSPAAESLEEP--DAAAGLSSTKKAPPPRDPGTPATKEGAWEAMAVAPEEPPPS
750 760 770 780 790 800
790 800 810 820 830 840
pF1KSD VNEDLV--SLPHQL--PEASEPPRSPSEKRKKTFVGEPQRLGSETCLPQHIREATAAPHG
..::.: . : .: : . :: . : ...: : .. . :. . : :
CCDS47 AGEDIVGDTAPPDLCDPGSLTGDASPLSQDAKGMIAEGPRDSALAEAPEGLSPAPPA---
810 820 830 840 850 860
850 860 870 880
pF1KSD KRKRKKKKRPE------DTAASALQEGQT-------QRQPG-----SPMYRREGQAQLPA
:... ..: : : .: . .:. .: :. .: . ::.:.
CCDS47 -RSEEPCEQPLLVHPSGDHARDAQDPSQSLGAPEAAERPPAPVLDMAPAGHPEGDAEPSP
870 880 890 900 910 920
890 900 910 920 930
pF1KSD VRRQEDGTQPQVNG-----QQVGC---VTDGHHASSRKRRRKGA---EGLGEEGGLHQDP
.: ::.. :.. : ...: : ::. : :.: .: :. .. : :.
CCDS47 GERVEDAAAPKAPGPSPAKEKIGSLRKVDRGHYRSRRERSSSGEPARESRSKTEG-HRHR
930 940 950 960 970
940 950 960 970 980 990
pF1KSD LRHSCSPMGD-GDPEAMEESPRKKKKRKQETQRAVEEDGHLKCPRSAKPQDAVVPESSSC
:..: : : .: :. : . . . .:.. . .:
CCDS47 RRRTCPRERDRQDRHAPEHHPGHGDRLSPGERRSLGRCSHHHSRHRSGVELDWVRHHYTE
980 990 1000 1010 1020 1030
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KSD APSANGWCPGDRMGLSQAPPVSWNGERESDVVQELLKYSSDKAYGRKVLTWDGKMSAVSQ
CCDS47 GERGWGREKFYPDRPRWDRCRYYHDRYALYAARDWKPFHGGREHERAGLHERPHKDHNRG
1040 1050 1060 1070 1080 1090
>>CCDS59460.1 USP17L19 gene_id:100287404|Hs108|chr4 (530 aa)
initn: 1227 init1: 900 opt: 1276 Z-score: 691.8 bits: 138.8 E(32554): 3.3e-32
Smith-Waterman score: 1276; 51.4% identity (78.2% similar) in 358 aa overlap (79-436:38-387)
50 60 70 80 90 100
pF1KSD FSYQLEALKSKYVLLNPKTEGASRHKSGDDPPARRQGSEHTYESCGDGVPAPQKVLFPTE
: . : . : : .:. .. : : :
CCDS59 LGGEWQFNHFSKLTSSRPDAAFAEIQRTSLPEKSPLSCETRVDLCDDLAPVARQ-LAPRE
10 20 30 40 50 60
110 120 130 140 150 160
pF1KSD RLSLRWERVFRVGAGLHNLGNTCFLNATIQCLTYTPPLANYLLSKEHARSCHQGSFCMLC
.: : .: :::::.:.::::..::..::::::::::::.::.::...::. . ::::
CCDS59 KLPLSSRRPAAVGAGLQNMGNTCYVNASLQCLTYTPPLANYMLSREHSQTCHRHKGCMLC
70 80 90 100 110 120
170 180 190 200 210 220
pF1KSD VMQNHIVQAFANSGNAIKPVSFIRDLKKIARHFRFGNQEDAHEFLRYTIDAMQKACLNGC
.:: ::..:. : :..:.: . .: :. :.:::::::: .:.:::.:::: :
CCDS59 TMQAHITRALHNPGHVIQPS------QALAAGFHRGKQEDAHEFLMFTVDAMKKACLPGH
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