Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1458
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1458, 581 aa
1>>>pF1KSDA1458 581 - 581 aa - 581 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3307+/-0.000867; mu= -1.5554+/- 0.052
mean_var=293.3983+/-60.556, 0's: 0 Z-trim(115.7): 8 B-trim: 179 in 1/55
Lambda= 0.074876
statistics sampled from 16229 (16237) to 16229 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.789), E-opt: 0.2 (0.499), width: 16
Scan time: 4.210
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS47051.1 SLAIN2 gene_id:57606|Hs108|chr4 ( 581) 3865 430.8 2.3e-120
CCDS73588.1 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13 ( 590) 674 86.1 1.4e-16
CCDS31995.2 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13 ( 426) 566 74.3 3.4e-13
>>CCDS47051.1 SLAIN2 gene_id:57606|Hs108|chr4 (581 aa)
initn: 3865 init1: 3865 opt: 3865 Z-score: 2274.4 bits: 430.8 E(32554): 2.3e-120
Smith-Waterman score: 3865; 100.0% identity (100.0% similar) in 581 aa overlap (1-581:1-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD HGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KSD APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDDSWKDGCY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDDSWKDGCY
550 560 570 580
>>CCDS73588.1 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13 (590 aa)
initn: 622 init1: 284 opt: 674 Z-score: 411.3 bits: 86.1 E(32554): 1.4e-16
Smith-Waterman score: 906; 36.0% identity (55.4% similar) in 663 aa overlap (8-581:23-590)
10 20 30 40
pF1KSD MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSL-
:::. ::.::::::.::::::::::::.... .: :
CCDS73 MMAEQVKCASAGVSSGAGSGPVVNAELEVKKLQELVRKLEKQNEQLRSRAASAAAAPHLL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KSD -----GPGSPVRAGA------SIP--SSGAASPRGFPLGLSAKSGGGPGSG---------
:..: :: : : .. ::. :. :::. .::: :::
CCDS73 LLPPPPPAAPPPAGLQPLGPRSPPAATATAAASGGLGLGLALGAGGGGGSGSGSGGGSSP
70 80 90 100 110 120
90 100
pF1KSD ---------------------PRRTSSEELRDATSLLAAGEGG-----------------
: .. .. :.....:: ::
CCDS73 AFPGTFCLPSPAPSLLCSLAQPPEAPFVYFKPAAGFFGAGGGGPEPGGAGTPPGAAAAPP
130 140 150 160 170 180
110 120 130 140 150
pF1KSD -----LLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEE-SWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDY
:::::: : .:: ...:..:.. .::: . .: .: .::..:: :::.:::
CCDS73 SPPPTLLDEVELL---DLESVAAWRDEDDYTWLYIGSSKTFTSSEKSLTPLQWCRHVLDN
190 200 210 220 230
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSST
:.:..: :..:: .:.: .:::
CCDS73 PTPEMEAARRSLCFRLEQ------------------GYTS--------------------
240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD PVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDV
:. :::::::::::::.:::..:::. .:::.:.:::
CCDS73 -----------------------RGSPLSPQSSIDSELSTSELEDDSISMGYKLQDLTDV
260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD QILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAV
::.::.:::::::.::.:. ::.::. : .: ..:: :::: : ::.::.. :
CCDS73 QIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQEYDQYSLEDEEEFDH---
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD YPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSPQ----PMISRLQQPRLS
: :.:: :: :: : :. :.:.. . .:. : ::. : . :: :
CCDS73 LPP-----PQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSPSSQYFPSNNYQQQQYYS
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KSD LQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS-------VKSSRS-DSNFQVPNG
:.. : : : : .:::::.:::.: :.: ..: :..:.: ::... ..
CCDS73 PQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPVTVRNSQSFDSSLHGAGN
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490
pF1KSD GIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHGSGSPGSQEITQLTQTTS
:: :.: : :::::... .. :...:::.:: . . ::...
CCDS73 GISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVSPTVQGSSNMPL------
470 480 490 500 510
500 510 520 530 540 550
pF1KSD SPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSAPSAGGIPVPRSKLAQPVR
: : . ..: .: :.:. . : ::.::::: . .: .::::.:::::
CCDS73 SNGLQLYSNTGIPTP----NKAAASGIMG----RSALPRPSL-AINGSNLPRSKIAQPVR
520 530 540 550 560
560 570 580
pF1KSD RSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
: :: .:. .: .:.::::
CCDS73 SFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
570 580 590
>>CCDS31995.2 SLAIN1 gene_id:122060|Hs108|chr13 (426 aa)
initn: 455 init1: 284 opt: 566 Z-score: 350.3 bits: 74.3 E(32554): 3.4e-13
Smith-Waterman score: 731; 37.1% identity (57.0% similar) in 493 aa overlap (120-581:28-426)
90 100 110 120 130 140
pF1KSD ELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEES-------WLYSSPKKKLTPM
: ::... .: :: . .: .:
CCDS31 MVGVGLCLRLLLFFRFKRTLDRICVLFLLGWHRKPRSDGSLFIERLYIGSSKTFTSS
10 20 30 40 50
150 160 170 180 190 200
pF1KSD QKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSP
.::..:: :::.::: :.:..: :..:: .:.: .:::
CCDS31 EKSLTPLQWCRHVLDNPTPEMEAARRSLCFRLEQ------------------GYTS----
60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KSD NASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASELD
:. :::::::::::::.:::.
CCDS31 ---------------------------------------RGSPLSPQSSIDSELSTSELE
100 110
270 280 290 300 310
pF1KSD EDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQEL
.:::. .:::.:.:::::.::.:::::::.::.:. ::.::. : .: ..:: ::::
CCDS31 DDSISMGYKLQDLTDVQIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQEY
120 130 140 150 160 170
320 330 340 350 360 370
pF1KSD DAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSPQ
: ::.::.. : : :.:: :: :: : :. :.:.. . .:. : ::.
CCDS31 DQYSLEDEEEFDH---LP-----PPQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSPS
180 190 200 210 220
380 390 400 410 420
pF1KSD ----PMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS-------
: . :: : :.. : : : : .:::::.:::.: :.: ..:
CCDS31 SQYFPSNNYQQQQYYSPQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPVT
230 240 250 260 270 280
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VKSSRS-DSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHGS
:..:.: ::... ..:: :.: : :::::... .. :...:::.:: . .
CCDS31 VRNSQSFDSSLHGAGNGISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVSP
290 300 310 320 330 340
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GSPGSQEI--TQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSA
::... .. : :. : : .: :.:. . : ::.:::::
CCDS31 TVQGSSNMPLSNGLQLYSNTGIP--------TP----NKAAASGIMG----RSALPRPSL
350 360 370 380
550 560 570 580
pF1KSD PSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
. .: .::::.::::: : :: .:. .: .:.::::
CCDS31 -AINGSNLPRSKIAQPVRSFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
390 400 410 420
581 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 06:23:06 2016 done: Thu Nov 3 06:23:07 2016
Total Scan time: 4.210 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]