Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1458
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1458, 581 aa
1>>>pF1KSDA1458 581 - 581 aa - 581 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8576+/-0.00035; mu= -10.3498+/- 0.022
mean_var=353.4830+/-72.836, 0's: 0 Z-trim(123.6): 10 B-trim: 141 in 2/60
Lambda= 0.068217
statistics sampled from 43804 (43814) to 43804 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.514), width: 16
Scan time: 11.980
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065897 (OMIM: 610492) SLAIN motif-containing pr ( 581) 3865 394.1 6.5e-109
XP_005248178 (OMIM: 610492) PREDICTED: SLAIN motif ( 607) 3013 310.3 1.2e-83
NP_001229797 (OMIM: 610491) SLAIN motif-containing ( 590) 674 80.1 2.3e-14
XP_011533231 (OMIM: 610491) PREDICTED: SLAIN motif ( 476) 639 76.6 2.1e-13
NP_001035243 (OMIM: 610491) SLAIN motif-containing ( 426) 566 69.4 2.8e-11
XP_011533232 (OMIM: 610491) PREDICTED: SLAIN motif ( 305) 441 57.0 1.1e-07
NP_653196 (OMIM: 610491) SLAIN motif-containing pr ( 305) 441 57.0 1.1e-07
NP_001229800 (OMIM: 610491) SLAIN motif-containing ( 304) 279 41.0 0.0067
>>NP_065897 (OMIM: 610492) SLAIN motif-containing protei (581 aa)
initn: 3865 init1: 3865 opt: 3865 Z-score: 2076.3 bits: 394.1 E(85289): 6.5e-109
Smith-Waterman score: 3865; 100.0% identity (100.0% similar) in 581 aa overlap (1-581:1-581)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD HGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 HGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580
pF1KSD APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDDSWKDGCY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDDSWKDGCY
550 560 570 580
>>XP_005248178 (OMIM: 610492) PREDICTED: SLAIN motif-con (607 aa)
initn: 3850 init1: 2994 opt: 3013 Z-score: 1622.8 bits: 310.3 E(85289): 1.2e-83
Smith-Waterman score: 3802; 95.6% identity (95.7% similar) in 607 aa overlap (1-581:1-607)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSLGPGSPVRAGASIPSSG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AASPRGFPLGLSAKSGGGPGSGPRRTSSEELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SGWEEEEESWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATTSRR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SPRSRSPARGIEYSRVSPQPMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KSD SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASA--------------------------I
::::::::::::::::::::::::::::::::: .
XP_005 SNTQVDSVKSSRSDSNFQVPNGGIPRMQPQASATSQRLKNLPRTSLKAKQLLQTSSTKRV
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD PSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSNHGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PSPGKFRSPAAPSPLALRQPVKAFSNHGSGSPGSQEITQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANP
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSAPSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSAPSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSMKDD
550 560 570 580 590 600
580
pF1KSD SWKDGCY
:::::::
XP_005 SWKDGCY
>>NP_001229797 (OMIM: 610491) SLAIN motif-containing pro (590 aa)
initn: 622 init1: 284 opt: 674 Z-score: 378.9 bits: 80.1 E(85289): 2.3e-14
Smith-Waterman score: 906; 36.0% identity (55.4% similar) in 663 aa overlap (8-581:23-590)
10 20 30 40
pF1KSD MEDVNSNVNADQEVRKLQELVKKLEKQNEQLRSRSGAVQGAGSL-
:::. ::.::::::.::::::::::::.... .: :
NP_001 MMAEQVKCASAGVSSGAGSGPVVNAELEVKKLQELVRKLEKQNEQLRSRAASAAAAPHLL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KSD -----GPGSPVRAGA------SIP--SSGAASPRGFPLGLSAKSGGGPGSG---------
:..: :: : : .. ::. :. :::. .::: :::
NP_001 LLPPPPPAAPPPAGLQPLGPRSPPAATATAAASGGLGLGLALGAGGGGGSGSGSGGGSSP
70 80 90 100 110 120
90 100
pF1KSD ---------------------PRRTSSEELRDATSLLAAGEGG-----------------
: .. .. :.....:: ::
NP_001 AFPGTFCLPSPAPSLLCSLAQPPEAPFVYFKPAAGFFGAGGGGPEPGGAGTPPGAAAAPP
130 140 150 160 170 180
110 120 130 140 150
pF1KSD -----LLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEE-SWLYSSPKKKLTPMQKSVSPLVWCRQVLDY
:::::: : .:: ...:..:.. .::: . .: .: .::..:: :::.:::
NP_001 SPPPTLLDEVELL---DLESVAAWRDEDDYTWLYIGSSKTFTSSEKSLTPLQWCRHVLDN
190 200 210 220 230
160 170 180 190 200 210
pF1KSD PSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSPNASSPYSSGFNSPSST
:.:..: :..:: .:.: .:::
NP_001 PTPEMEAARRSLCFRLEQ------------------GYTS--------------------
240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KSD PVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASELDEDSIGSNYKLNDVTDV
:. :::::::::::::.:::..:::. .:::.:.:::
NP_001 -----------------------RGSPLSPQSSIDSELSTSELEDDSISMGYKLQDLTDV
260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD QILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQELDAQSLDDEDDNMHHAV
::.::.:::::::.::.:. ::.::. : .: ..:: :::: : ::.::.. :
NP_001 QIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQEYDQYSLEDEEEFDH---
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD YPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSPQ----PMISRLQQPRLS
: :.:: :: :: : :. :.:.. . .:. : ::. : . :: :
NP_001 LPP-----PQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSPSSQYFPSNNYQQQQYYS
360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KSD LQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS-------VKSSRS-DSNFQVPNG
:.. : : : : .:::::.:::.: :.: ..: :..:.: ::... ..
NP_001 PQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPVTVRNSQSFDSSLHGAGN
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490
pF1KSD GIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHGSGSPGSQEITQLTQTTS
:: :.: : :::::... .. :...:::.:: . . ::...
NP_001 GISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVSPTVQGSSNMPL------
470 480 490 500 510
500 510 520 530 540 550
pF1KSD SPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSAPSAGGIPVPRSKLAQPVR
: : . ..: .: :.:. . : ::.::::: . .: .::::.:::::
NP_001 SNGLQLYSNTGIPTP----NKAAASGIMG----RSALPRPSL-AINGSNLPRSKIAQPVR
520 530 540 550 560
560 570 580
pF1KSD RSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
: :: .:. .: .:.::::
NP_001 SFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
570 580 590
>>XP_011533231 (OMIM: 610491) PREDICTED: SLAIN motif-con (476 aa)
initn: 585 init1: 284 opt: 639 Z-score: 361.7 bits: 76.6 E(85289): 2.1e-13
Smith-Waterman score: 911; 40.3% identity (63.8% similar) in 494 aa overlap (120-581:28-476)
90 100 110 120 130 140
pF1KSD ELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEES-------WLYSSPKKKLTPM
: ::... .: :: . .: .:
XP_011 MVGVGLCLRLLLFFRFKRTLDRICVLFLLGWHRKPRSDGSLFIERLYIGSSKTFTSS
10 20 30 40 50
150 160 170 180 190 200
pF1KSD QKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSP
.::..:: :::.::: :.:..: :..:: .:.: : . ..:... . : . ::::
XP_011 EKSLTPLQWCRHVLDNPTPEMEAARRSLCFRLEQ---ASRWRSLFSS---TASLAFPYSP
60 70 80 90 100 110
210 220 230 240 250 260
pF1KSD NAS-SPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASEL
: ::::.:.:.:: . . : .. : ..: ..:. :::::::::::::.:::
XP_011 VARLSPYSNGINTPSFSKTSN---KAILTPEKTGY---TSRGSPLSPQSSIDSELSTSEL
120 130 140 150 160
270 280 290 300 310
pF1KSD DEDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQE
..:::. .:::.:.:::::.::.:::::::.::.:. ::.::. : .: ..:: ::::
XP_011 EDDSISMGYKLQDLTDVQIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQE
170 180 190 200 210 220
320 330 340 350 360 370
pF1KSD LDAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSP
: ::.::.. : : :.:: :: :: : :. :.:.. . .:. : ::
XP_011 YDQYSLEDEEEFDH---LP-----PPQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSP
230 240 250 260 270
380 390 400 410 420
pF1KSD Q----PMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS------
. : . :: : :.. : : : : .:::::.:::.: :.: ..:
XP_011 SSQYFPSNNYQQQQYYSPQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPV
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KSD -VKSSRS-DSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHG
:..:.: ::... ..:: :.: : :::::... .. :...:::.:: . .
XP_011 TVRNSQSFDSSLHGAGNGISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVS
340 350 360 370 380
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SGSPGSQEI--TQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPS
::... .. : :. : : .: :.:. . : ::.:::::
XP_011 PTVQGSSNMPLSNGLQLYSNTGIP--------TP----NKAAASGIMG----RSALPRPS
390 400 410 420 430
550 560 570 580
pF1KSD APSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
. .: .::::.::::: : :: .:. .: .:.::::
XP_011 L-AINGSNLPRSKIAQPVRSFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
440 450 460 470
>>NP_001035243 (OMIM: 610491) SLAIN motif-containing pro (426 aa)
initn: 455 init1: 284 opt: 566 Z-score: 323.6 bits: 69.4 E(85289): 2.8e-11
Smith-Waterman score: 731; 37.1% identity (57.0% similar) in 493 aa overlap (120-581:28-426)
90 100 110 120 130 140
pF1KSD ELRDATSLLAAGEGGLLDEVEPLRPDELERLSGWEEEEES-------WLYSSPKKKLTPM
: ::... .: :: . .: .:
NP_001 MVGVGLCLRLLLFFRFKRTLDRICVLFLLGWHRKPRSDGSLFIERLYIGSSKTFTSS
10 20 30 40 50
150 160 170 180 190 200
pF1KSD QKSVSPLVWCRQVLDYPSPDVECAKKSLIHKLDQTMSALKRQNLYNNPFNSMSYTSPYSP
.::..:: :::.::: :.:..: :..:: .:.: .:::
NP_001 EKSLTPLQWCRHVLDNPTPEMEAARRSLCFRLEQ------------------GYTS----
60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KSD NASSPYSSGFNSPSSTPVRPPIVKQLILPGNSGNLKSSDRNPPLSPQSSIDSELSASELD
:. :::::::::::::.:::.
NP_001 ---------------------------------------RGSPLSPQSSIDSELSTSELE
100 110
270 280 290 300 310
pF1KSD EDSIGSNYKLNDVTDVQILARMQEESLRQEYAATT---SRRSSGSSCNSTRRGTFSDQEL
.:::. .:::.:.:::::.::.:::::::.::.:. ::.::. : .: ..:: ::::
NP_001 DDSISMGYKLQDLTDVQIMARLQEESLRQDYASTSASVSRHSSSVSLSSGKKGTCSDQEY
120 130 140 150 160 170
320 330 340 350 360 370
pF1KSD DAQSLDDEDDNMHHAVYPAVNRFSPSPRNSPRPSPKQSPRNSPRSRSPARGIEYSRVSPQ
: ::.::.. : : :.:: :: :: : :. :.:.. . .:. : ::.
NP_001 DQYSLEDEEEFDH---LP-----PPQPR-LPRCSPFQ--RGIPHSQTFS-SIRECRRSPS
180 190 200 210 220
380 390 400 410 420
pF1KSD ----PMISRLQQPRLSLQGHPTDLQTSNVKNEEKLRRSLPNLSRT-SNTQVDS-------
: . :: : :.. : : : : .:::::.:::.: :.: ..:
NP_001 SQYFPSNNYQQQQYYSPQAQTPD-QQPNRTNGDKLRRSMPNLARMPSTTAISSNISSPVT
230 240 250 260 270 280
430 440 450 460 470 480
pF1KSD VKSSRS-DSNFQVPNGGIPRMQPQASAIPSPGKFRS---PAAPSPLALRQPVKAFSNHGS
:..:.: ::... ..:: :.: : :::::... .. :...:::.:: . .
NP_001 VRNSQSFDSSLHGAGNGISRIQ---SCIPSPGQLQHRVHSVGHFPVSIRQPLKATAYVSP
290 300 310 320 330 340
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GSPGSQEI--TQLTQTTSSPGPPMVQSTVSANPPSNINSATLTRPAGTTAMRSGLPRPSA
::... .. : :. : : .: :.:. . : ::.:::::
NP_001 TVQGSSNMPLSNGLQLYSNTGIP--------TP----NKAAASGIMG----RSALPRPSL
350 360 370 380
550 560 570 580
pF1KSD PSAGGIPVPRSKLAQPVRRSLPAPKTYGSM---KDDSWKDGCY
. .: .::::.::::: : :: .:. .: .:.::::
NP_001 -AINGSNLPRSKIAQPVRSFLQPPKPLSSLSTLRDGNWRDGCY
390 400 410 420
>>XP_011533232 (OMIM: 610491) PREDICTED: SLAIN motif-con (305 aa)
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XP_011 DGCY
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]