Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1486
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1486, 653 aa
1>>>pF1KSDA1486 653 - 653 aa - 653 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4228+/-0.000933; mu= -12.8625+/- 0.056
mean_var=351.1568+/-71.653, 0's: 0 Z-trim(116.1): 18 B-trim: 67 in 1/51
Lambda= 0.068442
statistics sampled from 16679 (16691) to 16679 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.513), width: 16
Scan time: 4.160
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46529.1 NYAP2 gene_id:57624|Hs108|chr2 ( 653) 4421 450.4 3.7e-126
CCDS32008.1 MYO16 gene_id:23026|Hs108|chr13 (1858) 1013 114.1 1.8e-24
CCDS73598.1 MYO16 gene_id:23026|Hs108|chr13 (1880) 1013 114.1 1.8e-24
CCDS5696.1 NYAP1 gene_id:222950|Hs108|chr7 ( 841) 581 71.2 6.4e-12
>>CCDS46529.1 NYAP2 gene_id:57624|Hs108|chr2 (653 aa)
initn: 4421 init1: 4421 opt: 4421 Z-score: 2378.3 bits: 450.4 E(32554): 3.7e-126
Smith-Waterman score: 4421; 99.8% identity (99.8% similar) in 653 aa overlap (1-653:1-653)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MISSKMMSSNPEEDPLDTFLQYIEDMGMKAYDGLVIQNASDIARENDRLRNETNLAYLKE
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CCDS46 MISSKMMSSNPEEDPLDTFLQYIEDMGMKAYDGLVIQNASDIARENDRLRNETNLAYLKE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD KNEKRRRQEEAIKRIGGEVGRGHEGSYVGKHFRMGFMTMPAPQDRLPHPCSSGFSVRSQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KNEKRRRQEEAIKRIGGEVGRGHEGSYVGKHFRMGFMTMPAPQDRLPHPCSSGFSVRSQS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LHSVGGTDDDSSCGSRRQPPPKPKRDPSTKLSTSSETVSSTAASKSGKTPERTEASAKPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LHSVGGTDDDSSCGSRRQPPPKPKRDPSTKLSTSSETVSSTAASKSGKTPERTEASAKPR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PHSDEYSKKIPPPKPKRNPNTQLSTSFDETYIKKHGPRRTSLPRDSSLSQMGSPAGDPEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PHSDEYSKKIPPPKPKRNPNTQLSTSFDETYIKKHGPRRTSLPRDSSLSQMGSPAGDPEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EEPVYIEMVGNILRDFRKEDDDQSEAVYEEMKYPIFDDLGQDAKCDFDHHSCSSQCATPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EEPVYIEMVGNILRDFRKEDDDQSEAVYEEMKYPIFDDLGQDAKCDFDHHSCSSQCATPT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD VPDLDFAKASVPCPPKGLLCDIPPPFPNLLSHRPPLLVFPPAPVHCSPNSDESPLTPLEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VPDLDFAKASVPCPPKGLLCDIPPPFPNLLSHRPPLLVFPPAPVHCSPNSDESPLTPLEV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TKLPVLENVSYMKQPAGASPSTLPSHVPGHAKLEKEQAAALGPASATPALSSSPPPPSTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TKLPVLENVSYMKQPAGASPSTLPSHVPGHAKLEKEQAAALGPASATPALSSSPPPPSTL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD YRTQSPHGYPKSHSTSPSPVSMGRSLTPLSLKRPPPYDAVHSGSLSRSSPSVPHSTPRPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YRTQSPHGYPKSHSTSPSPVSMGRSLTPLSLKRPPPYDAVHSGSLSRSSPSVPHSTPRPV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD SQDGAKMVNAAVNTYGAAPGGSRSRTPTSPLEELTSLFSSGRSLLRKSSSGRRSKEPAEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SQDGAKMVNAAVNTYGAAPGGSRSRTPTSPLEELTSLFSSGRSLLRKSSSGRRSKEPAEK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD STEELKVRSHSTEPLPKLDNKERGHHGASSSREPVKAQEWDGTPGPPVVTSRLGRCSVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS46 STEELKVRSHSTEPLPKLDNKERGHHGASSSREPVKAQEWDGTPGTPVVTSRLGRCSVSP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650
pF1KSD TLLAGNHSSEPKVSCKLGRSASTSGVPPPSVTPLRQSSDLQQSQVPSSLANRD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TLLAGNHSSEPKVSCKLGRSASTSGVPPPSVTPLRQSSDLQQSQVPSSLANRD
610 620 630 640 650
>>CCDS32008.1 MYO16 gene_id:23026|Hs108|chr13 (1858 aa)
initn: 812 init1: 450 opt: 1013 Z-score: 552.8 bits: 114.1 E(32554): 1.8e-24
Smith-Waterman score: 1271; 43.4% identity (61.5% similar) in 590 aa overlap (12-571:1177-1735)
10 20 30 40
pF1KSD MISSKMMSSNPEEDPLDTFLQYIEDMGMKAYDGLVIQNASD
: ...::: ::::.:.::.::::::::
CCDS32 LQRKIITCQKVIRGFLARQHLLQRISIRQQEVTSINSFLQNTEDMGLKTYDALVIQNASD
1150 1160 1170 1180 1190 1200
50 60 70 80 90 100
pF1KSD IARENDRLRNETNLAYLKEKNEKRRRQEEAIKRIGGEVGRGHEGSYVGKHFRMGFMTMPA
:::::::::.: : : ::: : : :::. :: . : .::. . :.. :
CCDS32 IARENDRLRSEMNAPYHKEKLEVRNMQEEGSKRTDDKSG--------PRHFHPSSMSVCA
1210 1220 1230 1240 1250
110 120 130 140 150 160
pF1KSD PQDRLPHPCSSGFSVRSQSLHSVGGTDDDSSCGS-RRQPPPKPKRDPSTKLSTSSETVSS
: : . : : :. : ::::: . ::.:: : :.::::::::::.:.::.: :.::
CCDS32 AVDGLGQ-CLVGPSIWSPSLHSVFSMDDSSSLPSPRKQPPPKPKRDPNTRLSASYEAVS-
1260 1270 1280 1290 1300 1310
170 180 190 200 210
pF1KSD TAASKSGKTPERTEASAKPRPHSDEYS--KKIPPPKPKRNPNTQLSTSFDETYIKKHGPR
: :. .:: :.::::::.:: ::::: ::::.:::.:: :..: .. :
CCDS32 --ACLSAAREAANEALARPRPHSDDYSTMKKIPPRKPKRSPNTKLSGSYEEISGSRPGDA
1320 1330 1340 1350 1360 1370
220 230 240 250 260
pF1KSD RTSLPRDSSLSQM-----------GSPAGDPEEEEPVYIEMVGNILRDFRKEDDDQSEAV
: . .. . ..: :: .. :::::::.:. : .. : .:.:
CCDS32 RPAGAPGAAARVLTPGTPQCALPPAAPPGDEDDSEPVYIEMLGHAA---RPDSPDPGESV
1380 1390 1400 1410 1420 1430
270 280 290 300 310 320
pF1KSD YEEMKYPIFDDLGQDAKCDFDHHSCSSQCATPTVPDLDFAKASVPCPPKGLLCDIPPPFP
::::: . :: : : .: :. :.: : : : . : : ::::::::
CCDS32 YEEMKCCLPDDGGPGAG-SFLLHG-----ASP--PLLHRAPEDEAAGPPGDACDIPPPFP
1440 1450 1460 1470 1480
330 340 350 360 370 380
pF1KSD NLLSHRPPLLVFPPAPVHCSPNSDESPLTPLEVTKLPVLE-NVSYMKQPAGASPSTLPSH
::: ::::::::::.:: ::: ::::::::::: :::::: :..: :: :.:: . :..
CCDS32 NLLPHRPPLLVFPPTPVTCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPLS-PQY
1490 1500 1510 1520 1530 1540
390 400 410 420 430
pF1KSD VP---GHAKLEKEQAAAL--GPASATPALSSSPPPPSTLYRTQSPHGYPKSH---STSPS
: . . :: : . :.: :. :::: .:. : .: :.
CCDS32 SKSQKGDGDRPASPGLALFNGSGRASPP-STPPPPPPPPGPPPAPY-RPCAHLAFPPEPA
1550 1560 1570 1580 1590 1600
440 450 460 470 480 490
pF1KSD PVSMGRSLTPLSLKR--PPPYDAVHSGSLSRSSPSVPHSTPRPVSQDGAKMVNAAVNTYG
::. :.. . : : .: .: : : :..:.: ::. : .:. ..
CCDS32 PVNAGKAGPSAEAPKVHPKPNSAPVAGPCS-SFPKIPYS---PVKATRADARKAGSSASP
1610 1620 1630 1640 1650
500 510 520 530 540 550
pF1KSD AAPGGSRSRTP-TSPLEELTSLFSSGRSLLRKSSSGRRSKEPAEKSTEELKVRSH----S
:: . : : .:::.::.:::.::::.::::..::. .: :: .... :. .
CCDS32 PAPYSPPSSRPLSSPLDELASLFNSGRSVLRKSAAGRKIRE-AEGFETNMNISSRDDPST
1660 1670 1680 1690 1700 1710
560 570 580 590 600 610
pF1KSD TEPLPKLDNKERGHHGASSSREPVKAQEWDGTPGPPVVTSRLGRCSVSPTLLAGNHSSEP
.: . .... ..:: . :
CCDS32 SEITSETQDRNANNHGIQLSNSLSSAITAENGNSISNGLPEEDGYSRLSISGTGTSTFQR
1720 1730 1740 1750 1760 1770
>>CCDS73598.1 MYO16 gene_id:23026|Hs108|chr13 (1880 aa)
initn: 812 init1: 450 opt: 1013 Z-score: 552.7 bits: 114.1 E(32554): 1.8e-24
Smith-Waterman score: 1271; 43.4% identity (61.5% similar) in 590 aa overlap (12-571:1199-1757)
10 20 30 40
pF1KSD MISSKMMSSNPEEDPLDTFLQYIEDMGMKAYDGLVIQNASD
: ...::: ::::.:.::.::::::::
CCDS73 LQRKIITCQKVIRGFLARQHLLQRISIRQQEVTSINSFLQNTEDMGLKTYDALVIQNASD
1170 1180 1190 1200 1210 1220
50 60 70 80 90 100
pF1KSD IARENDRLRNETNLAYLKEKNEKRRRQEEAIKRIGGEVGRGHEGSYVGKHFRMGFMTMPA
:::::::::.: : : ::: : : :::. :: . : .::. . :.. :
CCDS73 IARENDRLRSEMNAPYHKEKLEVRNMQEEGSKRTDDKSG--------PRHFHPSSMSVCA
1230 1240 1250 1260 1270 1280
110 120 130 140 150 160
pF1KSD PQDRLPHPCSSGFSVRSQSLHSVGGTDDDSSCGS-RRQPPPKPKRDPSTKLSTSSETVSS
: : . : : :. : ::::: . ::.:: : :.::::::::::.:.::.: :.::
CCDS73 AVDGLGQ-CLVGPSIWSPSLHSVFSMDDSSSLPSPRKQPPPKPKRDPNTRLSASYEAVS-
1290 1300 1310 1320 1330
170 180 190 200 210
pF1KSD TAASKSGKTPERTEASAKPRPHSDEYS--KKIPPPKPKRNPNTQLSTSFDETYIKKHGPR
: :. .:: :.::::::.:: ::::: ::::.:::.:: :..: .. :
CCDS73 --ACLSAAREAANEALARPRPHSDDYSTMKKIPPRKPKRSPNTKLSGSYEEISGSRPGDA
1340 1350 1360 1370 1380 1390
220 230 240 250 260
pF1KSD RTSLPRDSSLSQM-----------GSPAGDPEEEEPVYIEMVGNILRDFRKEDDDQSEAV
: . .. . ..: :: .. :::::::.:. : .. : .:.:
CCDS73 RPAGAPGAAARVLTPGTPQCALPPAAPPGDEDDSEPVYIEMLGHAA---RPDSPDPGESV
1400 1410 1420 1430 1440 1450
270 280 290 300 310 320
pF1KSD YEEMKYPIFDDLGQDAKCDFDHHSCSSQCATPTVPDLDFAKASVPCPPKGLLCDIPPPFP
::::: . :: : : .: :. :.: : : : . : : ::::::::
CCDS73 YEEMKCCLPDDGGPGAG-SFLLHG-----ASP--PLLHRAPEDEAAGPPGDACDIPPPFP
1460 1470 1480 1490 1500
330 340 350 360 370 380
pF1KSD NLLSHRPPLLVFPPAPVHCSPNSDESPLTPLEVTKLPVLE-NVSYMKQPAGASPSTLPSH
::: ::::::::::.:: ::: ::::::::::: :::::: :..: :: :.:: . :..
CCDS73 NLLPHRPPLLVFPPTPVTCSPASDESPLTPLEVKKLPVLETNLKYPVQPEGSSPLS-PQY
1510 1520 1530 1540 1550 1560
390 400 410 420 430
pF1KSD VP---GHAKLEKEQAAAL--GPASATPALSSSPPPPSTLYRTQSPHGYPKSH---STSPS
: . . :: : . :.: :. :::: .:. : .: :.
CCDS73 SKSQKGDGDRPASPGLALFNGSGRASPP-STPPPPPPPPGPPPAPY-RPCAHLAFPPEPA
1570 1580 1590 1600 1610 1620
440 450 460 470 480 490
pF1KSD PVSMGRSLTPLSLKR--PPPYDAVHSGSLSRSSPSVPHSTPRPVSQDGAKMVNAAVNTYG
::. :.. . : : .: .: : : :..:.: ::. : .:. ..
CCDS73 PVNAGKAGPSAEAPKVHPKPNSAPVAGPCS-SFPKIPYS---PVKATRADARKAGSSASP
1630 1640 1650 1660 1670
500 510 520 530 540 550
pF1KSD AAPGGSRSRTP-TSPLEELTSLFSSGRSLLRKSSSGRRSKEPAEKSTEELKVRSH----S
:: . : : .:::.::.:::.::::.::::..::. .: :: .... :. .
CCDS73 PAPYSPPSSRPLSSPLDELASLFNSGRSVLRKSAAGRKIRE-AEGFETNMNISSRDDPST
1680 1690 1700 1710 1720 1730
560 570 580 590 600 610
pF1KSD TEPLPKLDNKERGHHGASSSREPVKAQEWDGTPGPPVVTSRLGRCSVSPTLLAGNHSSEP
.: . .... ..:: . :
CCDS73 SEITSETQDRNANNHGIQLSNSLSSAITAENGNSISNGLPEEDGYSRLSISGTGTSTFQR
1740 1750 1760 1770 1780 1790
>>CCDS5696.1 NYAP1 gene_id:222950|Hs108|chr7 (841 aa)
initn: 742 init1: 190 opt: 581 Z-score: 327.5 bits: 71.2 E(32554): 6.4e-12
Smith-Waterman score: 754; 34.4% identity (54.4% similar) in 520 aa overlap (54-510:2-479)
30 40 50 60 70
pF1KSD EDMGMKAYDGLVIQNASDIARENDRLRNETNLAYLKEKNEKRRRQEEAIKR---------
:: : : : : :...:: ::
CCDS56 MNLLYRKTKLEWRQHKEEEAKRSSSKEVAPA
10 20 30
80 90 100 110 120
pF1KSD --IGGEVGRG-----HEGSYVGKHFRMGFMTMPAPQDRLPHPCSSGFSVRSQSLHSVGGT
: .:.: .. . . . .::::::::: :.. :::: :... :: : ::::.
CCDS56 GSAGPAAGQGPGVRVRDIASLRRSLRMGFMTMPASQEHTPHPCRSAMAPRSLSCHSVGSM
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KSD DD------DSSCG-----SRRQPPPKPKRDPSTKLSTSSETVSSTAASKSGKTPERTEAS
:. .: : : :.:: ::.: :::::: . .: . : . .:
CCDS56 DSVGGGPGGASGGLTEDSSTRRPPAKPRRHPSTKLSMVGP------GSGAETPPSKKAGS
100 110 120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KSD AKPRPHSDEYSKKIPPPKPKRNPNTQLSTSFDETYIKKHGPRRTSLPRDSSLSQMGSPAG
:: :.. : :.:.:: ::.:.::::::.::::. .:: .:: . :.. . ::
CCDS56 QKPTPEGRESSRKVPPQKPRRSPNTQLSVSFDESCPPGPSPRGGNLPLQR-LTRGSRVAG
150 160 170 180 190 200
240 250 260 270
pF1KSD DPE---EEEPVYIEMVGNILRDFRKE----------------------DDDQSEAVYEEM
::. .::::::::::...: . :...:::.::::
CCDS56 DPDVGAQEEPVYIEMVGDVFRGGGRSGGGLAGPPLGGGGPTPPAGADSDSEESEAIYEEM
210 220 230 240 250 260
280 290 300 310 320
pF1KSD KYPIFDDLGQDAKCDFDHHSCSSQCATPTV--PDLDFAKAS-VPC-----PPKGLLCDIP
:::. .. :. . .: : . : :: .: : : :.::
CCDS56 KYPLPEEAGEGRANGPPPLTATSPPQQPHALPPHAHRRPASALPSRRDGTPTKTTPCEIP
270 280 290 300 310 320
330 340 350 360 370 380
pF1KSD PPFPNLLSHRPPLLVFPPAPVHCSPNSDESPLTPLEVTKLPVLENVSYMKQPAGASPSTL
:::::::.::::::.:: : .....: :..:::: . :.:::..:.
CCDS56 PPFPNLLQHRPPLLAFPQAK-----SASRTPGDG--VSRLPVL---CHSKEPAGSTPA--
330 340 350 360 370
390 400 410 420 430 440
pF1KSD PSHVPGHAKLEKEQAAALGPASATPALSSSPPPPSTLYRTQSPHGYPKSHSTSPSPVSMG
: .::.. :.: :: ::::.. .: : .:::: : . :
CCDS56 P-QVPAR---ERE----------TPP--PPPPPPAANLLLLGPSGRARSHSTPLPPQGSG
380 390 400 410
450 460 470 480 490 500
pF1KSD RSLTPLSLKRPPPYDAVHSGSLSRSSPSVPHSTPRPVSQDGAKMVNAAVN---TYGAAPG
. : . .. : :: . .. ..: . : :.. . . ::. .:.:.
CCDS56 Q---PRGERELP---NSHS-MICPKAAGAPAAPPAPAALLPGPPKDKAVSYTMVYSAVKV
420 430 440 450 460
510 520 530 540 550 560
pF1KSD GSRSRTPTSPLEELTSLFSSGRSLLRKSSSGRRSKEPAEKSTEELKVRSHSTEPLPKLDN
..: :..:
CCDS56 TTHSVLPAGPPLGAGEPKTEKEISVLHGMLCTSSRPPVPGKTSPHGGAMGAAAGVLHHRG
470 480 490 500 510 520
653 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 06:27:44 2016 done: Thu Nov 3 06:27:45 2016
Total Scan time: 4.160 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]