Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1537
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1537, 590 aa
1>>>pF1KSDA1537 590 - 590 aa - 590 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.0908+/-0.00075; mu= -21.5671+/- 0.046
mean_var=693.0133+/-140.339, 0's: 0 Z-trim(116.6): 150 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.048720
statistics sampled from 27725 (27865) to 27725 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 11.560
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005270012 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYV ( 590) 3801 283.2 1.6e-75
NP_001317032 (OMIM: 610328) RUN and FYVE domain-co ( 606) 3801 283.2 1.7e-75
XP_011538244 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYV ( 606) 3801 283.2 1.7e-75
NP_060457 (OMIM: 610328) RUN and FYVE domain-conta ( 641) 3801 283.3 1.7e-75
XP_005270014 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYV ( 572) 3055 230.8 9.8e-60
XP_005270010 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYV ( 607) 3055 230.8 1e-59
NP_001035542 (OMIM: 610327) RUN and FYVE domain-co ( 600) 2458 188.8 4.3e-47
NP_001035541 (OMIM: 610327) RUN and FYVE domain-co ( 600) 2458 188.8 4.3e-47
NP_079434 (OMIM: 610327) RUN and FYVE domain-conta ( 708) 2458 188.9 4.9e-47
NP_001265154 (OMIM: 610328) RUN and FYVE domain-co ( 379) 2148 166.8 1.1e-40
XP_005270013 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYV ( 585) 1971 154.6 8.6e-37
XP_005266050 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 465) 1881 148.2 5.9e-35
NP_001035882 (OMIM: 610328) RUN and FYVE domain-co ( 403) 1688 134.5 6.5e-31
XP_016865381 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 438) 1685 134.4 7.9e-31
XP_016865380 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 578) 1542 124.4 1e-27
XP_006714984 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 686) 1542 124.5 1.1e-27
XP_016865382 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 416) 1530 123.4 1.5e-27
XP_006714985 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 368) 1446 117.5 8e-26
XP_016865383 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 368) 1446 117.5 8e-26
XP_005265715 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 556) 1285 106.3 2.7e-22
NP_001278922 (OMIM: 611194) protein RUFY3 isoform ( 567) 1285 106.4 2.8e-22
NP_001032519 (OMIM: 611194) protein RUFY3 isoform ( 620) 1285 106.4 2.9e-22
XP_005265713 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 638) 1285 106.4 3e-22
XP_011530052 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 680) 1285 106.4 3.1e-22
XP_011530054 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 621) 1278 105.9 4.1e-22
XP_011530056 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 586) 1276 105.7 4.4e-22
XP_016863379 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 587) 1276 105.7 4.4e-22
XP_011530055 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 621) 1276 105.8 4.5e-22
XP_011530053 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 657) 1276 105.8 4.7e-22
XP_016865384 (OMIM: 610327) PREDICTED: RUN and FYV ( 310) 1257 104.1 7.1e-22
XP_016863381 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 405) 1247 103.5 1.4e-21
NP_001332769 (OMIM: 611194) protein RUFY3 isoform ( 416) 1247 103.5 1.4e-21
NP_055776 (OMIM: 611194) protein RUFY3 isoform 2 [ ( 469) 1247 103.6 1.5e-21
XP_011530058 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 518) 1248 103.7 1.6e-21
NP_001278923 (OMIM: 611194) protein RUFY3 isoform ( 487) 1247 103.6 1.6e-21
NP_001124181 (OMIM: 611194) protein RUFY3 isoform ( 506) 1247 103.6 1.6e-21
XP_011530057 (OMIM: 611194) PREDICTED: protein RUF ( 529) 1247 103.7 1.7e-21
XP_011537117 (OMIM: 605070) PREDICTED: early endos (1365) 401 44.6 0.0025
NP_003557 (OMIM: 605070) early endosome antigen 1 (1411) 401 44.6 0.0026
XP_016875507 (OMIM: 605070) PREDICTED: early endos (1417) 401 44.6 0.0026
XP_011537116 (OMIM: 605070) PREDICTED: early endos (1453) 401 44.6 0.0027
>>XP_005270012 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYVE do (590 aa)
initn: 3801 init1: 3801 opt: 3801 Z-score: 1476.6 bits: 283.2 E(85289): 1.6e-75
Smith-Waterman score: 3801; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:1-590)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD EYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD NELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD EKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQIS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD QKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590
pF1KSD KRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQRCSSNLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQRCSSNLP
550 560 570 580 590
>>NP_001317032 (OMIM: 610328) RUN and FYVE domain-contai (606 aa)
initn: 3801 init1: 3801 opt: 3801 Z-score: 1476.5 bits: 283.2 E(85289): 1.7e-75
Smith-Waterman score: 3801; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:17-606)
10 20 30 40
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KSD NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KSD ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KSD KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
550 560 570 580 590 600
590
pF1KSD CSSNLP
::::::
NP_001 CSSNLP
>>XP_011538244 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYVE do (606 aa)
initn: 3801 init1: 3801 opt: 3801 Z-score: 1476.5 bits: 283.2 E(85289): 1.7e-75
Smith-Waterman score: 3801; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:17-606)
10 20 30 40
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KSD NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KSD LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KSD ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KSD KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
550 560 570 580 590 600
590
pF1KSD CSSNLP
::::::
XP_011 CSSNLP
>>NP_060457 (OMIM: 610328) RUN and FYVE domain-containin (641 aa)
initn: 3801 init1: 3801 opt: 3801 Z-score: 1476.2 bits: 283.3 E(85289): 1.7e-75
Smith-Waterman score: 3801; 100.0% identity (100.0% similar) in 590 aa overlap (1-590:52-641)
10 20 30
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 DAEGGRRGMLTRRSLATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
150 160 170 180 190 200
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
210 220 230 240 250 260
220 230 240 250 260 270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
270 280 290 300 310 320
280 290 300 310 320 330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
330 340 350 360 370 380
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
390 400 410 420 430 440
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
450 460 470 480 490 500
460 470 480 490 500 510
pF1KSD KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
510 520 530 540 550 560
520 530 540 550 560 570
pF1KSD EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_060 EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
570 580 590 600 610 620
580 590
pF1KSD VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
::::::::::::::::::::
NP_060 VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
630 640
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10 20 30 40
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKV
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50 60 70 80 90 100
pF1KSD RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGL----------------------
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.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ------------NEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDF
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pF1KSD SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEE
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pF1KSD LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNE
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pF1KSD ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAI
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pF1KSD NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKY
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pF1KSD LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQI
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470 480 490 500 510 520
pF1KSD ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKD
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pF1KSD KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQR
510 520 530 540 550 560
590
pF1KSD CSSNLP
::::::
XP_005 CSSNLP
570
>>XP_005270010 (OMIM: 610328) PREDICTED: RUN and FYVE do (607 aa)
initn: 3035 init1: 3035 opt: 3055 Z-score: 1193.1 bits: 230.8 E(85289): 1e-59
Smith-Waterman score: 3493; 94.1% identity (94.2% similar) in 590 aa overlap (1-590:52-607)
10 20 30
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DAEGGRRGMLTRRSLATKDPTAVERANLLNMAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
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40 50 60 70 80 90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGL--------
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100 110 120 130 140 150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
.:::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 --------------------------NEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
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220 230 240 250 260 270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KSD KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIK
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KSD EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKP
530 540 550 560 570 580
580 590
pF1KSD VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
::::::::::::::::::::
XP_005 VRVCDSCHALLIQRCSSNLP
590 600
>>NP_001035542 (OMIM: 610327) RUN and FYVE domain-contai (600 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLS
: ::::: :..::::.::.::.:. :::::::::::::::::::.:::..
NP_001 MMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSLDADHAPLQQFFVVMEHCLKHGLKVKKSFIG
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pF1KSD YNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLI
::...::::::::: ::: .:..:::.:: ::: .::.:::: :::::::.::::. ::
NP_001 QNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLPELKTAVGRGRAWLYLALMQKKLADYLKVLI
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120 130 140 150 160 170
pF1KSD IQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKN
.. ::::::: .:::::::: :::::::::::.:::::.:::::::::::::::.:::.
NP_001 DNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVGLNVLDANLCLKGEDLDSQVGVIDFSLYLKD
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKN
.:. . ... .:. .::::::::::::.:. ::..:....:.:::.:.:: :::. : .
NP_001 VQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHLSCTVGDLQTKIDGLEKTNSKLQEELSAATD
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLR
: .::::..::: .:.:: .... .:.:: :...::.:::..::::::::... .::.
NP_001 RICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEITKQDTKVELETYKQTRQGLDEMYSDVWKQLK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQ
.:...: ..:.:: .:..:: :.:.:::::::: :::::::..::::::::::::..:..
NP_001 EEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLLEKDTHEKQDTLVALRQQLEEVKAINLQMFH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD KLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLS
: :..:..:..::: :. .: :::.. ..:.:.:.:::..:.:.. ::....: :: .
NP_001 KAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSMKQMEERLQHSERARQGAEERSHKLQQELGG
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKE
. .:: :.:: ..: .:: .:: ::: ::.::..::.:::. : :: : ::. .::::
NP_001 RIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQRQALQRELQHEKDTSSLLRMELQQVEGLKKE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD FLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHC
. .::::. .:.:: .::::::::.: .::.::::.:::::.:.::.: .:::: :::::
NP_001 LRELQDEKAELQKICEEQEQALQEMGLHLSQSKLKMEDIKEVNQALKGHAWLKDDEATHC
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQRCSSNLP
. ::::::.:.:::::::::.::::.::.::: ::: :::::::::::.::.:::::
NP_001 RQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPVRVCDSCHTLLLQRCSSTAS
550 560 570 580 590 600
>>NP_001035541 (OMIM: 610327) RUN and FYVE domain-contai (600 aa)
initn: 2458 init1: 2458 opt: 2458 Z-score: 966.4 bits: 188.8 E(85289): 4.3e-47
Smith-Waterman score: 2458; 62.9% identity (88.4% similar) in 587 aa overlap (1-587:11-597)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQFFVVMEHCLKHGLKVRKSFLS
: ::::: :..::::.::.::.:. :::::::::::::::::::.:::..
NP_001 MMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSLDADHAPLQQFFVVMEHCLKHGLKVKKSFIG
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD YNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRARAWLRLALMQKKMADYLRCLI
::...::::::::: ::: .:..:::.:: ::: .::.:::: :::::::.::::. ::
NP_001 QNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLPELKTAVGRGRAWLYLALMQKKLADYLKVLI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCVKGEDLDSQVGVIDFSMYLKN
.. ::::::: .:::::::: :::::::::::.:::::.:::::::::::::::.:::.
NP_001 DNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVGLNVLDANLCLKGEDLDSQVGVIDFSLYLKD
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSRVDSLEKSNTKLIEELAIAKN
.:. . ... .:. .::::::::::::.:. ::..:....:.:::.:.:: :::. : .
NP_001 VQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHLSCTVGDLQTKIDGLEKTNSKLQEELSAATD
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLR
: .::::..::: .:.:: .... .:.:: :...::.:::..::::::::... .::.
NP_001 RICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEITKQDTKVELETYKQTRQGLDEMYSDVWKQLK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD DESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDTLIGLRQQLEEVKAINIEMYQ
.:...: ..:.:: .:..:: :.:.:::::::: :::::::..::::::::::::..:..
NP_001 EEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLLEKDTHEKQDTLVALRQQLEEVKAINLQMFH
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KSD KLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLS
: :..:..:..::: :. .: :::.. ..:.:.:.:::..:.:.. ::....: :: .
NP_001 KAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSMKQMEERLQHSERARQGAEERSHKLQQELGG
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKE
. .:: :.:: ..: .:: .:: ::: ::.::..::.:::. : :: : ::. .::::
NP_001 RIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQRQALQRELQHEKDTSSLLRMELQQVEGLKKE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD FLNLQDENQQLKKIYHEQEQALQELGNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHC
. .::::. .:.:: .::::::::.: .::.::::.:::::.:.::.: .:::: :::::
NP_001 LRELQDEKAELQKICEEQEQALQEMGLHLSQSKLKMEDIKEVNQALKGHAWLKDDEATHC
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD KLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCNACSDNELPLPSSPKPVRVCDSCHALLIQRCSSNLP
. ::::::.:.:::::::::.::::.::.::: ::: :::::::::::.::.:::::
NP_001 RQCEKEFSISRRKHHCRNCGHIFCNTCSSNELALPSYPKPVRVCDSCHTLLLQRCSSTAS
550 560 570 580 590 600
>>NP_079434 (OMIM: 610327) RUN and FYVE domain-containin (708 aa)
initn: 2458 init1: 2458 opt: 2458 Z-score: 965.5 bits: 188.9 E(85289): 4.9e-47
Smith-Waterman score: 2458; 62.9% identity (88.4% similar) in 587 aa overlap (1-587:119-705)
10 20 30
pF1KSD MAKLSIKGLIESALSFGRTLDSDYPPLQQF
: ::::: :..::::.::.::.:. :::::
NP_079 AGLGGGDSGDGTARAASKCQMMEERANLMHMMKLSIKVLLQSALSLGRSLDADHAPLQQF
90 100 110 120 130 140
40 50 60 70 80 90
pF1KSD FVVMEHCLKHGLKVRKSFLSYNKTIWGPLELVEKLYPEAEEIGASVRDLPGLKTPLGRAR
::::::::::::::.:::.. ::...::::::::: ::: .:..:::.:: ::: .::.:
NP_079 FVVMEHCLKHGLKVKKSFIGQNKSFFGPLELVEKLCPEASDIATSVRNLPELKTAVGRGR
150 160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KSD AWLRLALMQKKMADYLRCLIIQRDLLSEFYEYHALMMEEEGAVIVGLLVGLNVIDANLCV
::: :::::::.::::. :: .. ::::::: .:::::::: :::::::::::.:::::.
NP_079 AWLYLALMQKKLADYLKVLIDNKHLLSEFYEPEALMMEEEGMVIVGLLVGLNVLDANLCL
210 220 230 240 250 260
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KGEDLDSQVGVIDFSMYLKNEEDIGNKERNVQIAAILDQKNYVEELNRQLNSTVSSLHSR
:::::::::::::::.:::. .:. . ... .:. .::::::::::::.:. ::..:...
NP_079 KGEDLDSQVGVIDFSLYLKDVQDLDGGKEHERITDVLDQKNYVEELNRHLSCTVGDLQTK
270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
pF1KSD VDSLEKSNTKLIEELAIAKNNIIKLQEENHQLRSENKLILMKTQQHLEVTKVDVETELQT
.:.:::.:.:: :::. : . : .::::..::: .:.:: .... .:.:: :...::.:
NP_079 IDGLEKTNSKLQEELSAATDRICSLQEEQQQLREQNELIRERSEKSVEITKQDTKVELET
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320 330
pF1KSD YKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLEKDIHEKQDT
::..::::::::... .::..:...: ..:.:: .:..:: :.:.:::::::: ::::::
NP_079 YKQTRQGLDEMYSDVWKQLKEEKKVRLELEKELELQIGMKTEMEIAMKLLEKDTHEKQDT
390 400 410 420 430 440
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LIGLRQQLEEVKAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQLEQRLQQA
:..::::::::::::..:..: :..:..:..::: :. .: :::.. ..:.:.:.:::..
NP_079 LVALRQQLEEVKAINLQMFHKAQNAESSLQQKNEAITSFEGKTNQVMSSMKQMEERLQHS
450 460 470 480 490 500
400 410 420 430 440 450
pF1KSD EKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSDSLQKQISQKEKQLVQLETDLKIEKEWRQTLQEDLQKE
:.:.. ::....: :: .. .:: :.:: ..: .:: .:: ::: ::.::..::.:
NP_079 ERARQGAEERSHKLQQELGGRIGALQLQLSQLHEQCSSLEKELKSEKEQRQALQRELQHE
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