FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1561, 1416 aa
1>>>pF1KSDA1561 1416 - 1416 aa - 1416 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.8112+/-0.00185; mu= -13.8831+/- 0.110
mean_var=657.4120+/-138.649, 0's: 0 Z-trim(106.3): 280 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.050021
statistics sampled from 8690 (8911) to 8690 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.572), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 4.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10235.1 UACA gene_id:55075|Hs108|chr15 (1416) 8925 661.5 4.9e-189
CCDS32280.1 UACA gene_id:55075|Hs108|chr15 (1403) 8764 649.9 1.5e-185
CCDS54838.1 RAI14 gene_id:26064|Hs108|chr5 ( 972) 1109 97.3 2.3e-19
CCDS54839.1 RAI14 gene_id:26064|Hs108|chr5 ( 983) 1107 97.1 2.6e-19
CCDS34142.1 RAI14 gene_id:26064|Hs108|chr5 ( 980) 1105 97.0 2.9e-19
CCDS54837.1 RAI14 gene_id:26064|Hs108|chr5 ( 951) 981 88.0 1.4e-16
CCDS45925.1 ANKRD24 gene_id:170961|Hs108|chr19 (1146) 830 77.2 3e-13
>>CCDS10235.1 UACA gene_id:55075|Hs108|chr15 (1416 aa)
initn: 8925 init1: 8925 opt: 8925 Z-score: 3507.3 bits: 661.5 E(32554): 4.9e-189
Smith-Waterman score: 8925; 100.0% identity (100.0% similar) in 1416 aa overlap (1-1416:1-1416)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MKSLKSRLRRQDVPGPASSGAAAASAHAADWNKYDDRLMKAAERGDVEKVTSILAKKGVN
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PGKLDVEGRSVFHVVTSKGNLECLNAILIHGVDITTSDTAGRNALHLAAKYGHALCLQKL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LQYNCPTEHADLQGRTALHDAAMADCPSSIQLLCDHGASVNAKDVDGRTPLVLATQMSRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS10 TICQLLIDRGADVNSRDKQNRTALMLGCEYGCRDAVEVLIKNGADISLLDALGHDSSYYA
190 200 210 220 230 240
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CCDS10 RIGDNLDILTLLKTASENTNKGRELWKKGPSLQQRNLTHMQDEVNVKSHQREHQNIQDLE
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CCDS10 IENEDLKERLRKIQQEQRILLDKVNGLQLQLNEEVMVADDLESEREKLKSLLAAKEKQHE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ESLRTIEALKNRFKYFESDHLGSGSHFSNRKEDMLLKQGQMYMADSQCTSPGIPAHMQSR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SMLRPLELSLPSQTSYSENEILKKELEAMRTFCESAKQDRLKLQNELAHKVAECKALALE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CERVKEDSDEQIKQLEDALKDVQKRMYESEGKVKQMQTHFLALKEHLTSEAASGNHRLTE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ELKDQLKDLKVKYEGASAEVGKLRNQIKQNEMIVEEFKRDEGKLIEENKRLQKELSMCEM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EREKKGRKVTEMEGQAKELSAKLALSIPAEKFENMKSSLSNEVNEKAKKLVEMEREHEKS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LSEIRQLKRELENVKAKLAQHVKPEEHEQVKSRLEQKSGELGKKITELTLKNQTLQKEIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KVYLDNKLLKEQAHNLTIEMKNHYVPLKVSEDMKKSHDAIIDDLNRKLLDVTQKYTEKKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EMEKLLLENDSLSKDVSRLETVFVPPEKHEKEIIALKSNIVELKKQLSELKKKCGEDQEK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IHALTSENTNLKKMMSNQYVPVKTHEEVKMTLNDTLAKTNRELLDVKKKFEDINQEFVKI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KDKNEILKRNLENTQNQIKAEYISLAEHEAKMSSLSQSMRKVQDSNAEILANYRKGQEEI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VTLHAEIKAQKKELDTIQECIKVKYAPIVSFEECERKFKATEKELKDQLSEQTQKYSVSE
970 980 990 1000 1010 1020
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EEVKKNKQENDKLKKEIFTLQKDLRDKTVLIEKSHEMERALSRKTDELNKQLKDLSQKYT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 EVKNVKEKLVEENAKQTSEILAVQNLLQKQHVPLEQVEALKKSLNGTIENLKEELKSMQR
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pF1KSD CYEKEQQTVTKLHQLLENQKNSSVPLAEHLQIKEAFEKEVGIIKASLREKEEESQNKMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CYEKEQQTVTKLHQLLENQKNSSVPLAEHLQIKEAFEKEVGIIKASLREKEEESQNKMEE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VSKLQSEVQNTKQALKKLETREVVDLSKYKATKSDLETQISSLNEKLANLNRKYEEVCEE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VLHAKKKEISAKDEKELLHFSIEQEIKDQKERCDKSLTTITELQRRIQESAKQIEAKDNK
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pF1KSD ITELLNDVERLKQALNGLSQLTYTSGNPTKRQSQLIDTLQHQVKSLEQQLADADRQHQEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ITELLNDVERLKQALNGLSQLTYTSGNPTKRQSQLIDTLQHQVKSLEQQLADADRQHQEV
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1390 1400 1410
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IAIYRTHLLSAAQGHMDEDVQEALLQIIQMRQGLVC
1390 1400 1410
>>CCDS32280.1 UACA gene_id:55075|Hs108|chr15 (1403 aa)
initn: 8764 init1: 8764 opt: 8764 Z-score: 3444.6 bits: 649.9 E(32554): 1.5e-185
Smith-Waterman score: 8764; 100.0% identity (100.0% similar) in 1390 aa overlap (27-1416:14-1403)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MMNCWFSCTPKNRHAADWNKYDDRLMKAAERGDVEKVTSILAKKGVN
10 20 30 40
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGKLDVEGRSVFHVVTSKGNLECLNAILIHGVDITTSDTAGRNALHLAAKYGHALCLQKL
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQYNCPTEHADLQGRTALHDAAMADCPSSIQLLCDHGASVNAKDVDGRTPLVLATQMSRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LQYNCPTEHADLQGRTALHDAAMADCPSSIQLLCDHGASVNAKDVDGRTPLVLATQMSRP
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KSD TICQLLIDRGADVNSRDKQNRTALMLGCEYGCRDAVEVLIKNGADISLLDALGHDSSYYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TICQLLIDRGADVNSRDKQNRTALMLGCEYGCRDAVEVLIKNGADISLLDALGHDSSYYA
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250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RIGDNLDILTLLKTASENTNKGRELWKKGPSLQQRNLTHMQDEVNVKSHQREHQNIQDLE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IENEDLKERLRKIQQEQRILLDKVNGLQLQLNEEVMVADDLESEREKLKSLLAAKEKQHE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ESLRTIEALKNRFKYFESDHLGSGSHFSNRKEDMLLKQGQMYMADSQCTSPGIPAHMQSR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SMLRPLELSLPSQTSYSENEILKKELEAMRTFCESAKQDRLKLQNELAHKVAECKALALE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CERVKEDSDEQIKQLEDALKDVQKRMYESEGKVKQMQTHFLALKEHLTSEAASGNHRLTE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ELKDQLKDLKVKYEGASAEVGKLRNQIKQNEMIVEEFKRDEGKLIEENKRLQKELSMCEM
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EREKKGRKVTEMEGQAKELSAKLALSIPAEKFENMKSSLSNEVNEKAKKLVEMEREHEKS
590 600 610 620 630 640
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pF1KSD LSEIRQLKRELENVKAKLAQHVKPEEHEQVKSRLEQKSGELGKKITELTLKNQTLQKEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LSEIRQLKRELENVKAKLAQHVKPEEHEQVKSRLEQKSGELGKKITELTLKNQTLQKEIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KVYLDNKLLKEQAHNLTIEMKNHYVPLKVSEDMKKSHDAIIDDLNRKLLDVTQKYTEKKL
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pF1KSD EMEKLLLENDSLSKDVSRLETVFVPPEKHEKEIIALKSNIVELKKQLSELKKKCGEDQEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EMEKLLLENDSLSKDVSRLETVFVPPEKHEKEIIALKSNIVELKKQLSELKKKCGEDQEK
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pF1KSD IHALTSENTNLKKMMSNQYVPVKTHEEVKMTLNDTLAKTNRELLDVKKKFEDINQEFVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IHALTSENTNLKKMMSNQYVPVKTHEEVKMTLNDTLAKTNRELLDVKKKFEDINQEFVKI
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pF1KSD KDKNEILKRNLENTQNQIKAEYISLAEHEAKMSSLSQSMRKVQDSNAEILANYRKGQEEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KDKNEILKRNLENTQNQIKAEYISLAEHEAKMSSLSQSMRKVQDSNAEILANYRKGQEEI
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970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD VTLHAEIKAQKKELDTIQECIKVKYAPIVSFEECERKFKATEKELKDQLSEQTQKYSVSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VTLHAEIKAQKKELDTIQECIKVKYAPIVSFEECERKFKATEKELKDQLSEQTQKYSVSE
950 960 970 980 990 1000
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pF1KSD EEVKKNKQENDKLKKEIFTLQKDLRDKTVLIEKSHEMERALSRKTDELNKQLKDLSQKYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EEVKKNKQENDKLKKEIFTLQKDLRDKTVLIEKSHEMERALSRKTDELNKQLKDLSQKYT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EVKNVKEKLVEENAKQTSEILAVQNLLQKQHVPLEQVEALKKSLNGTIENLKEELKSMQR
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pF1KSD CYEKEQQTVTKLHQLLENQKNSSVPLAEHLQIKEAFEKEVGIIKASLREKEEESQNKMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CYEKEQQTVTKLHQLLENQKNSSVPLAEHLQIKEAFEKEVGIIKASLREKEEESQNKMEE
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pF1KSD VSKLQSEVQNTKQALKKLETREVVDLSKYKATKSDLETQISSLNEKLANLNRKYEEVCEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VSKLQSEVQNTKQALKKLETREVVDLSKYKATKSDLETQISSLNEKLANLNRKYEEVCEE
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1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KSD VLHAKKKEISAKDEKELLHFSIEQEIKDQKERCDKSLTTITELQRRIQESAKQIEAKDNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VLHAKKKEISAKDEKELLHFSIEQEIKDQKERCDKSLTTITELQRRIQESAKQIEAKDNK
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KSD ITELLNDVERLKQALNGLSQLTYTSGNPTKRQSQLIDTLQHQVKSLEQQLADADRQHQEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ITELLNDVERLKQALNGLSQLTYTSGNPTKRQSQLIDTLQHQVKSLEQQLADADRQHQEV
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1390 1400 1410
pF1KSD IAIYRTHLLSAAQGHMDEDVQEALLQIIQMRQGLVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IAIYRTHLLSAAQGHMDEDVQEALLQIIQMRQGLVC
1370 1380 1390 1400
>>CCDS54838.1 RAI14 gene_id:26064|Hs108|chr5 (972 aa)
initn: 1466 init1: 833 opt: 1109 Z-score: 461.0 bits: 97.3 E(32554): 2.3e-19
Smith-Waterman score: 1230; 27.3% identity (61.0% similar) in 1049 aa overlap (26-1047:3-971)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKSLKSRLRRQDVPGPASSGAAAASAHAADWNKYDDRLMKAAERGDVEKVTSILAKKGVN
:.. .::: ::::..:.: ::.:::.:.:.:::..
CCDS54 MEAKTNEWNKNDDRLLQAVENGDAEKVASLLGKKGAS
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PGKLDVEGRSVFHVVTSKGNLECLNAILIHGVDITTSDTAGRNALHLAAKYGHALCLQKL
: : ::...::....::..::: ... ::::.:..::.:..::::::: .: :..::
CCDS54 ATKHDSEGKTAFHLAAAKGHVECLRVMITHGVDVTAQDTTGHSALHLAAKNSHHECIRKL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LQYNCPTEHADLQGRTALHDAAMADCPSSIQLLCDHGASVNAKDVDGRTPLVLATQMSRP
:: .::.: .: .:.:::: :: : ...:.::.: . .: ::.:: ::.::.: ..
CCDS54 LQSKCPAESVDSSGKTALHYAAAQGCLQAVQILCEHKSPINLKDLDGNIPLLLAVQNGHS
100 110 120 130 140 150
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pF1KSD TICQLLIDRGADVNSRDKQNRTALMLGCEYGCRDAVEVLIKNGADISLLDALGHDSSYYA
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