Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1562, 1135 aa
1>>>pF1KSDA1562 1135 - 1135 aa - 1135 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7677+/-0.00121; mu= 15.5683+/- 0.073
mean_var=102.4150+/-20.103, 0's: 0 Z-trim(104.2): 189 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.126734
statistics sampled from 7578 (7768) to 7578 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.586), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 4.230
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34064.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4 (1135) 7455 1374.7 0
CCDS75193.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4 (1134) 7436 1371.2 0
CCDS48141.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1100) 2003 377.9 7.3e-104
CCDS43976.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1101) 1996 376.6 1.8e-103
CCDS55462.1 PCDH19 gene_id:57526|Hs108|chrX (1148) 1805 341.7 5.9e-93
CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 950) 1600 304.2 9.7e-82
CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5 ( 950) 1594 303.1 2.1e-81
CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5 (1007) 1571 298.9 4e-80
CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5 ( 936) 1568 298.3 5.5e-80
CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5 ( 947) 1558 296.5 2e-79
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5 ( 950) 1554 295.7 3.3e-79
CCDS64269.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 808) 1550 295.0 4.8e-79
CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5 ( 948) 1550 295.0 5.5e-79
CCDS75349.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 871) 1539 293.0 2.1e-78
CCDS4262.1 PCDHGC4 gene_id:56098|Hs108|chr5 ( 938) 1539 293.0 2.2e-78
CCDS75325.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 844) 1537 292.6 2.6e-78
CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 948) 1537 292.6 2.8e-78
CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5 ( 950) 1528 291.0 8.9e-78
CCDS75350.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 878) 1527 290.8 9.4e-78
CCDS4263.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5 ( 944) 1527 290.8 1e-77
CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5 ( 950) 1527 290.8 1e-77
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 1519 289.3 2.6e-77
CCDS4269.1 PCDH12 gene_id:51294|Hs108|chr5 (1184) 1521 289.8 2.6e-77
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 934) 1519 289.3 2.7e-77
CCDS75327.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5 ( 792) 1506 286.9 1.2e-76
CCDS54918.1 PCDHA7 gene_id:56141|Hs108|chr5 ( 937) 1507 287.1 1.3e-76
CCDS47285.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5 ( 941) 1506 287.0 1.4e-76
CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 950) 1496 285.1 5.1e-76
CCDS75192.1 PCDH10 gene_id:57575|Hs108|chr4 ( 896) 1431 273.2 1.8e-72
CCDS34063.1 PCDH10 gene_id:57575|Hs108|chr4 (1040) 1431 273.3 2.1e-72
CCDS75326.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 810) 1323 253.5 1.5e-66
CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5 ( 949) 1323 253.5 1.7e-66
CCDS54912.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5 ( 686) 1311 251.2 5.9e-66
CCDS34255.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5 ( 685) 1277 245.0 4.4e-64
CCDS4241.1 PCDHAC1 gene_id:56135|Hs108|chr5 ( 963) 1257 241.4 7.4e-63
CCDS47282.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5 ( 686) 1227 235.9 2.5e-61
CCDS81769.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1032) 1228 236.2 3.1e-61
CCDS81770.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1195) 1228 236.2 3.5e-61
CCDS9443.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1203) 1228 236.2 3.5e-61
CCDS9444.1 PCDH9 gene_id:5101|Hs108|chr13 (1237) 1228 236.2 3.6e-61
CCDS14776.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY (1037) 1192 229.6 3e-59
CCDS14777.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY (1048) 1192 229.6 3e-59
CCDS55458.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1065) 1191 229.4 3.5e-59
CCDS76066.1 PCDH11Y gene_id:83259|Hs108|chrY (1340) 1192 229.6 3.7e-59
CCDS55461.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1310) 1191 229.4 4.1e-59
CCDS55460.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1329) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS14462.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1337) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS55459.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1339) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS14461.1 PCDH11X gene_id:27328|Hs108|chrX (1347) 1191 229.4 4.2e-59
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 995 193.5 1.8e-48
>>CCDS34064.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4 (1135 aa)
initn: 7455 init1: 7455 opt: 7455 Z-score: 7365.3 bits: 1374.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7455; 100.0% identity (100.0% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1135)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
1090 1100 1110 1120 1130
>>CCDS75193.1 PCDH18 gene_id:54510|Hs108|chr4 (1134 aa)
initn: 5345 init1: 5345 opt: 7436 Z-score: 7346.6 bits: 1371.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1134)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
CCDS75 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
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CCDS75 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
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CCDS75 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
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CCDS43 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTD
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CCDS43 SEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRN
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CCDS43 DHPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPS
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CCDS55 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
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CCDS55 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
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CCDS55 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
650 660 670 680 690
720 730
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNC-------------------------------------------
: .:.:..:. :.:::
CCDS55 VAIKCKRDNKEIRTYNCSNCLTITCLLGCFIKGQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVS
700 710 720 730 740 750
740 750 760 770 780
pF1KSD ----RVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRSSPSSSPT-LERGQ
:.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :: .:: . .. :
CCDS55 LRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQ
760 770 780 790 800 810
790 800 810 820 830 840
pF1KSD ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQGQY
.: :.:... .... : :.::. . :. . : : ... .:
CCDS55 QTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--QGPQQPDLIINGVP
820 830 840 850 860
850 860 870 880 890
pF1KSD QPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGR----DS
:. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::..:. : :.
CCDS55 LPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDT
870 880 890 900 910 920
900 910 920 930 940
pF1KSD PIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--PLP--SPSSDYRS
.. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.:::: :.: : : ..
CCDS55 AVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVR
930 940 950 960 970 980
950 960 970 980 990 1000
pF1KSD NMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLL
:.. . : . : : : :..:.::::: .:. . . : :
CCDS55 NIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SDHPAEERPT---L
990 1000 1010 1020 1030
1010 1020 1030 1040 1050
pF1KSD SEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TVGYPQGVAAWAAS
. .: . :.... . : .. .: . :. ::.: .:.: ..: : .
CCDS55 KGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARD
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KSD THFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDAS
. ..: ::
CCDS55 LEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVKRLKDIVL
1100 1110 1120 1130 1140
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10 20 30 40 50
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... ::.... .: . .:.: : :: . :. ..:...:.. :.
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10 20 30 40 50
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pF1KSD LPNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEH
: . ::. .. . :: :: .:: . ... ::::.::: . .:::....:. .
CCDS54 LAELVPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIA--DRP
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD LQLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLS
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CCDS54 LQVFHVEVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLS
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pF1KSD ANDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISIS
.:.:...:.. . .: : . . :::: .: :::.: : :. .:. : :..
CCDS54 PSDYFSLDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVL
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pF1KSD DSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETF
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CCDS54 DVNDNAPLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKF
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pF1KSD KIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-
:.:: :.. :. ..::: ::::::.:.: : : . :::...::.::::: ::. .
CCDS54 KVDSSSGEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVT
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pF1KSD NLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYL
.:. : .:. :..: .::. :.:.::: ::...:.: : ::: .:..: :
CCDS54 SLYLPIREDA-------PLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYS
360 370 380 390 400
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pF1KSD ILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISE
.. ...::::. : : :.: :.: :.::: .. . .:.. :.::: : : . .: ..:
CCDS54 LVLDSALDRESLSVYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKE
410 420 430 440 450 460
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pF1KSD NNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHE
:: :: .: ::.: : : ::. :.:...: . ....::.. .: .:::. .:::
CCDS54 NNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHE
470 480 490 500 510 520
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pF1KSD EVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGA
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CCDS54 ELELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLV
530 540 550 560 570 580
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pF1KSD ESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAI--VAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEW
.: :...::.: ::: :: :: . .::. . : . . .: :. .: . ...
CCDS54 GAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRY
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pF1KSD ELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLG
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CCDS54 RLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAIC
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pF1KSD AICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTIN
:. ..:.. ..:. : ::.
CCDS54 AVSSLLVLTLLLYTALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPP
710 720 730 740 750 760
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10 20 30 40 50
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....::... . .: . .:.: . :: . :. ..:...:.. :.:
CCDS54 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAAS-EVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLG---LEL
10 20 30 40 50
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CCDS54 AELVPRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIV--DRPL
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CCDS54 QVFHVEVEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDS
120 130 140 150 160 170
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pF1KSD NDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISD
...:...:. . : :.. ..:.:: .. : .:: : : :. .:.. :::.. :
CCDS54 TEYFTLDVKRNDEEIKSLGLVLKKNLNREDTPKHYLLITAIDGGKPELTGTTQLKITVLD
180 190 200 210 220 230
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CCDS54 VNDNAPAFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFH
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.: :.... ..:.: .:::::.:.: : : . :: .....::.::: ::. :.
CCDS54 LDPVNGQISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQS
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pF1KSD MS-PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLI
.: : ..: .:..: .::. :.:.:::.::...:.: : ::: .:..: : .
CCDS54 LSLP-------VLEDSPLSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSL
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. .. ::::. : : :.: :.: :.::: .. .:.. :.::: : :..:.: ..::
CCDS54 VLDSPLDRESVSAYELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKEN
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CCDS54 NPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEE
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. . : : :::.: : : ::.:. . ..:::::.:... : . . . .. .:...
CCDS54 LELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVG
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pF1KSD SGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIV--AGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWE
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CCDS54 AGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHR
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pF1KSD LSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEY-----AESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGA
: :...:.:.:.: . . . . : : : .:.. :. : .::.. .:... :
CCDS54 LLVLVKDHGEPSLTATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICA
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pF1KSD ICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTING
. ..:.. ..:. : ::.
CCDS54 VSSLLVLTLLLYTALRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPK
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CCDS42 PRLRRPMPWLLLLPLLLLLLLLLPGPAASQLRYSVPEEQAPGALVGNVARALGLELRRL-
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60 70 80 90 100 110
pF1KSD NPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQ
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CCDS42 GPGCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALCEQRPRCLLSLEV--LAHNPVA
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pF1KSD LFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAN
. .:::.::::::::.: : ...:::.: :.:. ..:: ::::: ::..:: :: .
CCDS42 VSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIESAQDPDVGANSVQTYELSPS
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. :..... ...: ::.. . :::: . ..: ::: : :.: :::.. ... . :.
CCDS42 EHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVDGGIPARSGTAQISVRVLDT
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240 250 260 270 280 290
pF1KSD NDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKI
:::::::.:..: .:: :.:: :::.. :::.:::::.::.. ::.::..: . . :.:
CCDS42 NDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLNASDPDEGSNGELRYSLSSYTSDRERQLFSI
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pF1KSD DSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-NL
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CCDS42 DASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDRGPVPMAGHCKVLVDIVDVNDNAPEVVLTDL
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pF1KSD MSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLIL
.:: :. . : .:.::.. :.:.::: : .. :.. :.:. . :.: ..
CCDS42 YSPVPENAT------P-NTIVAVLSVNDQDSGPNRKVSLGLEATLPFRLNG-FGNSYTLV
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pF1KSD TNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENN
... ::::. . :..:: : : : :.:.... . :.:.::::::: : .. : . :.:::
CCDS42 VSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEISDINDNPPSFLEDSYSIYIQENN
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pF1KSD SPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEV
::. . :: ::::: ::..:::..:: : : .:.::.:. ..:..::. ::.:.
CCDS42 LPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVTSYVSINSASGSLYAVNSFDYEKF
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pF1KSD SQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT-IPKGAESG
.. .:::.: ::: : :..:. . ..: ::..: .. :. :..: . .:. : .:
CCDS42 REFFVTVEAQDKGSPP-LSSTVTANVYVVDMNDHAPHILYPTSTNSSAAFEMVPRTAPAG
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pF1KSD FHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVI
. ::.. :.: ::: :: : .. .. ..: .. .. .:.:. .: . . ..:.:.
CCDS42 YLVTKVIAMDSDSGQNAWLFYHLAQTSDLDLFKVELHTGEIRTTRKMGDESGSTFNLTVV
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pF1KSD IQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASL--DVSMIIIISLGAICAV-LL
..:.:.:.: ..: . . . . .. .. :.. .... .::.:... . ::
CCDS42 VRDNGEPSLSASVAITVAVVDRVSKILPDTQRHVKSPRTYSEITLYLIIALSTVSFIFLL
670 680 690 700 710 720
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pF1KSD VIMVLFATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSH
.:..: .: :
CCDS42 TIIILSIIKCYRYTAYGTACCGGFCGVRERSPAELYKQANNNIDARIPHGLKVQPHFIEV
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>>CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5 (936 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLP
:... :.... . :. :.: : :: . :. ..:...:.. : .:
CCDS54 MVYSRRGSLGSRLLLLWLLLAYWKAGSGQ-LHYSIPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD NPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQ
: ::. ..: . :: :: .:: . ... ::::.::.. .:::...::. . ::
CCDS54 -PRL--FRVASKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCRRRAECSIHLEVIV--DRPLQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAN
.::.:: : ::::: :.:::. . : :: .:.::..: : :.: :. : :. :
CCDS54 VFHVEVAVKDINDNPPRFSRQEQRLFILESRMPDSRFPLEGASDLDIGANAQLRYRLNPN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDS
..:...:.: . ... ::.. . :::: . ..: . :.: : :. .:. : :.. :.
CCDS54 EYFDLDVKTNEEETNFLELVLRKSLDREETQEHRLLVIATDGGKPELTGTVQLLINVLDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKI
:::.: :... : ..::::.: :::.. :::.: ::: : .::: ::. : . : :
CCDS54 NDNAPEFDKSIYNVRLLENAPSGTLVIKLNASDADEGINKEIVYFFSNLVLDDVKSKFII
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