Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1562, 1135 aa
1>>>pF1KSDA1562 1135 - 1135 aa - 1135 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3580+/-0.000474; mu= 18.2844+/- 0.030
mean_var=107.5970+/-21.639, 0's: 0 Z-trim(111.7): 406 B-trim: 36 in 1/53
Lambda= 0.123644
statistics sampled from 19976 (20385) to 19976 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 11.840
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform (1135) 7455 1341.8 0
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 7436 1338.4 0
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 5916 1067.2 0
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 5897 1063.8 0
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 2003 369.2 7.5e-101
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1996 368.0 1.8e-100
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1805 333.9 3.3e-90
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1805 333.9 3.3e-90
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 1600 297.3 2.6e-79
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 1600 297.3 2.9e-79
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 1594 296.2 5.5e-79
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 1594 296.2 6.1e-79
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1571 292.1 9.9e-78
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1571 292.2 1.1e-77
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1568 291.6 1.4e-77
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1568 291.6 1.5e-77
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1558 289.8 4.6e-77
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1558 289.8 5.2e-77
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1554 289.1 7.6e-77
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1554 289.1 8.6e-77
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1550 288.3 1.2e-76
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 1550 288.3 1.3e-76
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 1550 288.4 1.4e-76
NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1539 286.4 5.1e-76
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1539 286.4 5.4e-76
NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 844) 1537 286.0 6.4e-76
NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 948) 1537 286.1 7e-76
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1528 284.4 1.9e-75
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1528 284.5 2.1e-75
NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 842) 1527 284.3 2.2e-75
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1527 284.3 2.3e-75
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1527 284.3 2.4e-75
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 1527 284.3 2.4e-75
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1519 282.8 6e-75
NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precurso (1184) 1521 283.3 6.1e-75
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 1519 282.9 6.4e-75
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1507 280.7 2.5e-74
NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 792) 1506 280.5 2.8e-74
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1507 280.7 2.8e-74
NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 941) 1506 280.5 3.2e-74
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1496 278.7 9.8e-74
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1496 278.8 1.1e-73
NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform ( 896) 1431 267.1 3.3e-70
NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform (1040) 1431 267.2 3.7e-70
XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadher (1057) 1431 267.2 3.8e-70
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1323 247.8 1.9e-64
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1323 247.9 2.2e-64
NP_113599 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 686) 1311 245.7 7.4e-64
NP_114066 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 685) 1277 239.6 5e-62
NP_114088 (OMIM: 606320) protocadherin alpha-C1 is ( 818) 1257 236.1 6.8e-61
>>NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform 1 pr (1135 aa)
initn: 7455 init1: 7455 opt: 7455 Z-score: 7187.4 bits: 1341.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7455; 100.0% identity (100.0% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1135)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
1090 1100 1110 1120 1130
>>NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform 2 (1134 aa)
initn: 5345 init1: 5345 opt: 7436 Z-score: 7169.1 bits: 1338.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1134)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
NP_001 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
900 910 920 930 940 950
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
960 970 980 990 1000 1010
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1090 1100 1110 1120 1130
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
1080 1090 1100 1110 1120 1130
>>XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1 (916 aa)
initn: 5916 init1: 5916 opt: 5916 Z-score: 5705.1 bits: 1067.2 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5916; 100.0% identity (100.0% similar) in 913 aa overlap (1-913:1-913)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
:::::::::::::
XP_006 FSDLFLTDGRIPAVQL
910
>>XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1 (915 aa)
initn: 5345 init1: 5345 opt: 5897 Z-score: 5686.7 bits: 1063.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5897; 99.9% identity (99.9% similar) in 913 aa overlap (1-913:1-912)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
XP_016 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
790 800 810 820 830
850 860 870 880 890 900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
840 850 860 870 880 890
910 920 930 940 950 960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
:::::::::::::
XP_016 FSDLFLTDGRIPAVQL
900 910
>>NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 isofo (1100 aa)
initn: 1736 init1: 837 opt: 2003 Z-score: 1931.6 bits: 369.2 E(85289): 7.5e-101
Smith-Waterman score: 2211; 37.1% identity (66.9% similar) in 1092 aa overlap (13-1071:8-1057)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
:. :: . ... . :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :
NP_065 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
.. ::... . :. .: ..: . :::. ::... .: : ..:.. ...
NP_065 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
:.::. :.:::.:.: . : .::::.:. :::::::::.::: : ...:: :. :.
NP_065 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
.:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :. :.:...:::
NP_065 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
NP_065 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
. : .:. .::: . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : : ::.:
NP_065 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
NP_065 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
. ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::.. :. ...:::.:
NP_065 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
:::. .:.: ::::: ::.:.: :. : . . :::.:.:..: ::::: :.::...
NP_065 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
NP_065 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
NP_065 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
.:. .: ...:. .:. : :. . :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_065 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
: .:.:..:. :.::::.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :
NP_065 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
700 710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
: .:: . .. : .: :.:... .... : :.::. . :. . :
NP_065 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
760 770 780 790 800
840 850 860 870 880
pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY---RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDS
: ... .: :. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::
NP_065 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDS
810 820 830 840 850 860
890 900 910 920 930
pF1KSD DYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--P
..:. : :. .. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.:::: :
NP_065 EHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNP
870 880 890 900 910 920
940 950 960 970 980 990
pF1KSD LP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPND
.: : : .. :.. . : . : : : :..:.::::: .:
NP_065 MPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SD
930 940 950 960 970
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD EDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TV
. . . : :. .: . :.... . : .. .: . :. ::.: .:
NP_065 HPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSV
980 990 1000 1010 1020 1030
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KSD GYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNH
.: ..: : . . ..: ::
NP_065 SYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVK
1040 1050 1060 1070 1080 1090
>>NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is (1101 aa)
initn: 1620 init1: 837 opt: 1996 Z-score: 1924.8 bits: 368.0 E(85289): 1.8e-100
Smith-Waterman score: 2209; 37.1% identity (66.9% similar) in 1093 aa overlap (13-1071:8-1058)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
:. :: . ... . :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
.. ::... . :. .: ..: . :::. ::... .: : ..:.. ...
NP_001 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
:.::. :.:::.:.: . : .::::.:. :::::::::.::: : ...:: :. :.
NP_001 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
.:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :. :.:...:::
NP_001 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
NP_001 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
. : .:. .::: . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : : ::.:
NP_001 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
NP_001 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
. ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::.. :. ...:::.:
NP_001 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
:::. .:.: ::::: ::.:.: :. : . . :::.:.:..: ::::: :.::...
NP_001 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
NP_001 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
NP_001 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
.:. .: ...:. .:. : :. . :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_001 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
650 660 670 680 690
720 730 740 750 760 770
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
: .:.:..:. :.::::.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :
NP_001 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
700 710 720 730 740 750
780 790 800 810 820 830
pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
: .:: . .. : .: :.:... .... : :.::. . :. . :
NP_001 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
760 770 780 790 800
840 850 860 870 880
pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGD
: ... .: :. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. :
NP_001 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTD
810 820 830 840 850 860
890 900 910 920 930
pF1KSD SDYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--
:..:. : :. .. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.::::
NP_001 SEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRN
870 880 890 900 910 920
940 950 960 970 980 990
pF1KSD PLP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPN
:.: : : .. :.. . : . : : : :..:.::::: .
NP_001 PMPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-S
930 940 950 960 970
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KSD DEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-T
:. . . : :. .: . :.... . : .. .: . :. ::.: .
NP_001 DHPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPS
980 990 1000 1010 1020 1030
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KSD VGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLN
:.: ..: : . . ..: ::
NP_001 VSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGV
1040 1050 1060 1070 1080 1090
>>XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: protocad (1147 aa)
initn: 1736 init1: 837 opt: 1805 Z-score: 1740.5 bits: 333.9 E(85289): 3.3e-90
Smith-Waterman score: 2107; 35.6% identity (64.2% similar) in 1139 aa overlap (13-1071:8-1104)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
:. :: . ... . :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :
XP_011 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
.. ::... . :. .: ..: . :::. ::... .: : ..:.. ...
XP_011 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
:.::. :.:::.:.: . : .::::.:. :::::::::.::: : ...:: :. :.
XP_011 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
.:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :. :.:...:::
XP_011 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
XP_011 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
. : .:. .::: . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : : ::.:
XP_011 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
XP_011 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
. ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::.. :. ...:::.:
XP_011 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
:::. .:.: ::::: ::.:.: :. : . . :::.:.:..: ::::: :.::...
XP_011 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
XP_011 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
XP_011 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
.:. .: ...:. .:. : :. . :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
XP_011 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
650 660 670 680 690
720 730
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNC-------------------------------------------
: .:.:..:. :.:::
XP_011 VAIKCKRDNKEIRTYNCSNCLTITCLLGCFIKGQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVS
700 710 720 730 740 750
740 750 760 770 780
pF1KSD ----RVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRSSPSSSPT-LERGQ
:.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :: .:: . .. :
XP_011 LRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQ
760 770 780 790 800 810
790 800 810 820 830 840
pF1KSD ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQGQY
.: :.:... .... : :.::. . :. . : : ... .:
XP_011 QTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--QGPQQPDLIINGVP
820 830 840 850 860
850 860 870 880 890
pF1KSD QPRP---SFRGNKY-SRSY---RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGR----DSP
:. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::..:. : :.
XP_011 LPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTA
870 880 890 900 910 920
900 910 920 930 940
pF1KSD IDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--PLP--SPSSDYRSN
.. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.:::: :.: : : .. :
XP_011 VNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRN
930 940 950 960 970 980
950 960 970 980 990 1000
pF1KSD MFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLS
.. . : . : : : :..:.::::: .:. . . : :.
XP_011 IIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SDHPAEERPT---LK
990 1000 1010 1020 1030
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KSD EMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TVGYPQGVAAWAAST
.: . :.... . : .. .: . :. ::.: .:.: ..: : .
XP_011 GKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDL
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KSD HFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASE
. ..: ::
XP_011 EQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVKRLKDIVL
1100 1110 1120 1130 1140
>>NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is (1148 aa)
initn: 1736 init1: 837 opt: 1805 Z-score: 1740.5 bits: 333.9 E(85289): 3.3e-90
Smith-Waterman score: 2105; 35.5% identity (64.1% similar) in 1140 aa overlap (13-1071:8-1105)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
:. :: . ... . :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :
NP_001 MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
.. ::... . :. .: ..: . :::. ::... .: : ..:.. ...
NP_001 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
:.::. :.:::.:.: . : .::::.:. :::::::::.::: : ...:: :. :.
NP_001 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
.:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :. :.:...:::
NP_001 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. . : :.::
NP_001 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
. : .:. .::: . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : : ::.:
NP_001 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
..: . . :. : .:::::.:.::::::.. :.: :. :.::. ::. ::..
NP_001 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
. ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::.. :. ...:::.:
NP_001 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
:::. .:.: ::::: ::.:.: :. : . . :::.:.:..: ::::: :.::...
NP_001 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
470 480 490 500 510 520
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
. : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::... :. :
NP_001 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
530 540 550 560 570 580
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
: ..: : : : :.... .. :.. ..: :: . ...:. .. . .:: :. .:
NP_001 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
590 600 610 620 630 640
670 680 690 700 710
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
.:. .: ...:. .:. : :. . :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_001 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
650 660 670 680 690
720 730
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNC-------------------------------------------
: .:.:..:. :.:::
NP_001 VAIKCKRDNKEIRTYNCSNCLTITCLLGCFIKGQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVS
700 710 720 730 740 750
740 750 760 770 780
pF1KSD ----RVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRSSPSSSPT-LERGQ
:.:: .: :. : ... : :.:: ::: .. : . :: .:: . .. :
NP_001 LRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQ
760 770 780 790 800 810
790 800 810 820 830 840
pF1KSD ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQGQY
.: :.:... .... : :.::. . :. . : : ... .:
NP_001 QTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--QGPQQPDLIINGVP
820 830 840 850 860
850 860 870 880 890
pF1KSD QPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGR----DS
:. :: .: ::.. ...:.. ::::::. .:. ::..:. : :.
NP_001 LPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDT
870 880 890 900 910 920
900 910 920 930 940
pF1KSD PIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--PLP--SPSSDYRS
.. .:. . ... . : ... : ::::.:::::.:::: :.: : : ..
NP_001 AVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVR
930 940 950 960 970 980
950 960 970 980 990 1000
pF1KSD NMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLL
:.. . : . : : : :..:.::::: .:. . . : :
NP_001 NIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SDHPAEERPT---L
990 1000 1010 1020 1030
1010 1020 1030 1040 1050
pF1KSD SEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TVGYPQGVAAWAAS
. .: . :.... . : .. .: . :. ::.: .:.: ..: : .
NP_001 KGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARD
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KSD THFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDAS
. ..: ::
NP_001 LEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVKRLKDIVL
1100 1110 1120 1130 1140
>>NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 isoform (807 aa)
initn: 1378 init1: 703 opt: 1600 Z-score: 1545.0 bits: 297.3 E(85289): 2.6e-79
Smith-Waterman score: 1600; 37.4% identity (69.1% similar) in 725 aa overlap (12-725:15-724)
10 20 30 40 50
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLK
... ::.... .: . .:.: : :: . :. ..:...:.. :.
NP_113 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAW--EVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLG---LE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LPNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEH
: . ::. .. . :: :: .:: . ... ::::.::: . .:::....:. .
NP_113 LAELVPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIA--DRP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LQLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLS
::.::.::.: ::::: : : : : :: ...:.:...: : :.: :.: ::.::
NP_113 LQVFHVEVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ANDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISIS
.:.:...:.. . .: : . . :::: .: :::.: : :. .:. : :..
NP_113 PSDYFSLDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETF
: :::.: :.: : ..:::.. :::. :::.: :::.::..:.::.: .: :.: :
NP_113 DVNDNAPLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-
:.:: :.. :. ..::: ::::::.:.: : : . :::...::.::::: ::. .
NP_113 KVDSSSGEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYL
.:. : .:. :..: .::. :.:.::: ::...:.: : ::: .:..: :
NP_113 SLYLPIREDA-------PLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYS
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISE
.. ...::::. : : :.: :.: :.::: .. . .:.. :.::: : : . .: ..:
NP_113 LVLDSALDRESLSVYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKE
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD NNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHE
:: :: .: ::.: : : ::. :.:...: . ....::.. .: .:::. .:::
NP_113 NNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD EVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGA
:. . : : :::.: : : ::.:. . ..:::::.:....: . .. . .. .:. .
NP_113 ELELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLV
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KSD ESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAI--VAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEW
.: :...::.: ::: :: :: . .::. . : . . .: :. .: . ...
NP_113 GAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRY
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700
pF1KSD ELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLG
.: :...:.:.: : . . . . : ... ... .::. .:.: ::.. .::..
NP_113 RLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAIC
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KSD AICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTIN
:. ..:.. ..:. : ::.
NP_113 AVSSLLVLTLLLYTALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPP
710 720 730 740 750 760
>>NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 isoform (950 aa)
initn: 1378 init1: 703 opt: 1600 Z-score: 1544.0 bits: 297.3 E(85289): 2.9e-79
Smith-Waterman score: 1600; 37.4% identity (69.1% similar) in 725 aa overlap (12-725:15-724)
10 20 30 40 50
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLK
... ::.... .: . .:.: : :: . :. ..:...:.. :.
NP_061 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAW--EVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLG---LE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LPNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEH
: . ::. .. . :: :: .:: . ... ::::.::: . .:::....:. .
NP_061 LAELVPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIA--DRP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LQLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLS
::.::.::.: ::::: : : : : :: ...:.:...: : :.: :.: ::.::
NP_061 LQVFHVEVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD ANDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISIS
.:.:...:.. . .: : . . :::: .: :::.: : :. .:. : :..
NP_061 PSDYFSLDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD DSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETF
: :::.: :.: : ..:::.. :::. :::.: :::.::..:.::.: .: :.: :
NP_061 DVNDNAPLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD KIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-
:.:: :.. :. ..::: ::::::.:.: : : . :::...::.::::: ::. .
NP_061 KVDSSSGEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYL
.:. : .:. :..: .::. :.:.::: ::...:.: : ::: .:..: :
NP_061 SLYLPIREDA-------PLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYS
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KSD ILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISE
.. ...::::. : : :.: :.: :.::: .. . .:.. :.::: : : . .: ..:
NP_061 LVLDSALDRESLSVYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKE
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KSD NNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHE
:: :: .: ::.: : : ::. :.:...: . ....::.. .: .:::. .:::
NP_061 NNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KSD EVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGA
:. . : : :::.: : : ::.:. . ..:::::.:....: . .. . .. .:. .
NP_061 ELELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLV
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KSD ESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAI--VAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEW
.: :...::.: ::: :: :: . .::. . : . . .: :. .: . ...
NP_061 GAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRY
590 600 610 620 630 640
660 670 680 690 700
pF1KSD ELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLG
.: :...:.:.: : . . . . : ... ... .::. .:.: ::.. .::..
NP_061 RLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAIC
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KSD AICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTIN
:. ..:.. ..:. : ::.
NP_061 AVSSLLVLTLLLYTALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPP
710 720 730 740 750 760
1135 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 06:39:22 2016 done: Thu Nov 3 06:39:24 2016
Total Scan time: 11.840 Total Display time: 0.520
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]