Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1572
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1572, 441 aa
1>>>pF1KSDA1572 441 - 441 aa - 441 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6466+/-0.000559; mu= 2.2488+/- 0.034
mean_var=378.4414+/-85.569, 0's: 0 Z-trim(116.1): 1649 B-trim: 1265 in 1/52
Lambda= 0.065929
statistics sampled from 24920 (26997) to 24920 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 9.550
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_006617 (OMIM: 605976) zinc finger and BTB domai ( 424) 672 78.7 3.2e-14
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 366 49.9 2.4e-05
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 366 49.9 2.4e-05
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 366 49.9 2.4e-05
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 366 49.9 2.4e-05
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 366 49.9 2.5e-05
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 366 49.9 2.5e-05
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 366 49.9 2.5e-05
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 366 49.9 2.5e-05
NP_001128210 (OMIM: 109565) B-cell lymphoma 6 prot ( 650) 360 49.3 3.5e-05
XP_011511364 (OMIM: 109565) PREDICTED: B-cell lymp ( 650) 360 49.3 3.5e-05
NP_001099022 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264874 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264878 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_001264881 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_060770 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 [H ( 516) 353 48.5 4.8e-05
NP_689838 (OMIM: 610159) zinc finger protein 366 [ ( 744) 354 48.8 5.6e-05
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 353 48.7 5.6e-05
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 353 48.7 5.6e-05
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 353 48.7 5.6e-05
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 353 48.7 5.6e-05
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 353 48.7 5.6e-05
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 353 48.7 5.6e-05
NP_001311097 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 ( 248) 344 47.2 5.8e-05
NP_001311095 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 ( 248) 344 47.2 5.8e-05
NP_001311096 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 ( 248) 344 47.2 5.8e-05
NP_001005368 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 ( 273) 344 47.3 6.1e-05
NP_008904 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 is ( 273) 344 47.3 6.1e-05
XP_016872105 (OMIM: 194539) PREDICTED: zinc finger ( 273) 344 47.3 6.1e-05
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 353 48.8 6.1e-05
NP_001311094 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 ( 277) 344 47.3 6.1e-05
NP_001311093 (OMIM: 194539) zinc finger protein 32 ( 277) 344 47.3 6.1e-05
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 353 48.8 6.1e-05
XP_016884158 (OMIM: 607712) PREDICTED: hypermethyl ( 597) 350 48.3 6.4e-05
XP_011528311 (OMIM: 607712) PREDICTED: hypermethyl ( 615) 350 48.3 6.5e-05
XP_011528312 (OMIM: 607712) PREDICTED: hypermethyl ( 615) 350 48.3 6.5e-05
XP_011528310 (OMIM: 607712) PREDICTED: hypermethyl ( 615) 350 48.3 6.5e-05
NP_055909 (OMIM: 607712) hypermethylated in cancer ( 615) 350 48.3 6.5e-05
XP_011528309 (OMIM: 607712) PREDICTED: hypermethyl ( 615) 350 48.3 6.5e-05
NP_003426 (OMIM: 604076) zinc finger protein 134 [ ( 427) 345 47.6 7.4e-05
XP_016866333 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 390) 338 46.9 0.00011
XP_011512891 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 390) 338 46.9 0.00011
>>NP_006617 (OMIM: 605976) zinc finger and BTB domain-co (424 aa)
initn: 1391 init1: 570 opt: 672 Z-score: 376.4 bits: 78.7 E(85289): 3.2e-14
Smith-Waterman score: 1178; 46.0% identity (70.0% similar) in 420 aa overlap (1-381:1-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSERSDLLHFKFENYGDSMLQKMNKLREENKFCDVTVLIDDIEVQGHKIVFAAGSPFLRD
:. .::.:::.::. :: .::::: ::..: ::::.. :.: : ::::...:: : :.::
NP_006 MAAESDVLHFQFEQQGDVVLQKMNLLRQQNLFCDVSIYINDTEFQGHKVILAACSTFMRD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QFLLNDSREVKISILQSSEVGRQLLLSCYSGVLEFPEMELVNYLTAASFLQMSHIVERCT
::::..:..:.:.::::.::::.::::::.:.:: . ::..::::::.::: ::::.::
NP_006 QFLLTQSKHVRITILQSAEVGRKLLLSCYTGALEVKRKELLKYLTAASYLQMVHIVEKCT
70 80 90 100 110 120
130 140 150
pF1KSD QALWKFIKPKQPM----------------------DSKEGCE--------PQSASPQSKE
.:: :... : .: . :: : . . . ::
NP_006 EALSKYLEIDLSMKNNNQHTDLCQSSDPDVKNEDENSDKDCEIIEISEDSPVNIDFHVKE
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KSD QQGDARGSP-----KQDSPCIHPSEDSMDM--EDSDIQIVKVESIGDVSEVRSKKDQ-NQ
....: : .. . : ...:. .:..: :..:::: : . .. : .:
NP_006 EESNALQSTVESLTSERKEMKSPELSTVDIGFKDNEICILHVESI---STAGVENGQFSQ
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD FISSEPTALHSSEPQHSLINSTVENRVSEIEQNHLHN-YALSYTGSDNIIMASKDVFGPN
.: .... :: ::::::::::.::.:. :. .. . . :: . . .
NP_006 PCTSSKASMYFSETQHSLINSTVESRVAEVPGNQDQGLFCENTEGSYGTV--------SE
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KSD IRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMHKLFMCLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHA
:.....: . .::::.: : : :.::: ::::::::.:: :::::::: ::.::.: :
NP_006 IQNLEEGYSLRHQCPRCPRGFLHVENYLRHLKMHKLFLCLQCGKTFTQKKNLNRHIRGHM
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KSD GIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYCDMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNS
::.:::: .: :::. : .::::::.::::.:.::. ::: : :: .:.::: ..::..:
NP_006 GIRPFQCTVCLKTFTAKSTLQDHLNIHSGDRPYKCHCCDMDFKHKSALKKHLTSVHGRSS
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KSD FDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQVLDAGKLAQAVLNLRNDSTCVN
NP_006 GEKLSRPDLKRQSLL
410 420
>>XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger pro (686 aa)
initn: 2104 init1: 271 opt: 366 Z-score: 216.9 bits: 49.9 E(85289): 2.4e-05
Smith-Waterman score: 366; 43.0% identity (69.3% similar) in 114 aa overlap (273-383:410-523)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : .:. .: :.: : .
XP_011 KPYECNECGKAFSQSSALTVHMRSHTGEKPYECKECRKAFSHKKNFITHQKIHTREKPYE
380 390 400 410 420 430
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: : .:: ::.:.:.: ::. :: :::.:::: .: : ..:::.::..:: :
XP_011 CNECGKAFIQMSNLVRHQRIHTGEKPYICKECGKAFSQKSNLIAHEKIHSGEKPYECNEC
440 450 460 470 480 490
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
.:..: . : : :.. .:
XP_011 GKAFSQKQNFITHQKVHTGEKPYDCNECGKAFSQIASLTLHLRSHTGEKPYECDKCGKAF
500 510 520 530 540 550
>--
initn: 1151 init1: 268 opt: 348 Z-score: 207.7 bits: 48.2 E(85289): 7.9e-05
Smith-Waterman score: 348; 40.7% identity (68.1% similar) in 113 aa overlap (273-382:214-326)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : :. .: :.: . .
XP_011 TPFKCNHCGKGFNQTLDLIRHLRIHTGEKPYECSNCRKAFSHKEKLIKHYKIHSREQSYK
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: . .:: ::.:.:.: ::. :: : :.:::: .: :: ..:.:.::..:: :
XP_011 CNECGKAFIKMSNLIRHQRIHTGEKPYACKECEKSFSQKSNLIDHEKIHTGEKPYECNEC
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
.:..: : : : :.. .
XP_011 GKAFSQKQSLIAHQKVHTGEKPYACNECGKAFPRIASLALHMRSHTGEKPYKCDKCGKAF
310 320 330 340 350 360
>>NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 isofo (686 aa)
initn: 2104 init1: 271 opt: 366 Z-score: 216.9 bits: 49.9 E(85289): 2.4e-05
Smith-Waterman score: 366; 43.0% identity (69.3% similar) in 114 aa overlap (273-383:410-523)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : .:. .: :.: : .
NP_689 KPYECNECGKAFSQSSALTVHMRSHTGEKPYECKECRKAFSHKKNFITHQKIHTREKPYE
380 390 400 410 420 430
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: : .:: ::.:.:.: ::. :: :::.:::: .: : ..:::.::..:: :
NP_689 CNECGKAFIQMSNLVRHQRIHTGEKPYICKECGKAFSQKSNLIAHEKIHSGEKPYECNEC
440 450 460 470 480 490
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
.:..: . : : :.. .:
NP_689 GKAFSQKQNFITHQKVHTGEKPYDCNECGKAFSQIASLTLHLRSHTGEKPYECDKCGKAF
500 510 520 530 540 550
>--
initn: 1151 init1: 268 opt: 348 Z-score: 207.7 bits: 48.2 E(85289): 7.9e-05
Smith-Waterman score: 348; 40.7% identity (68.1% similar) in 113 aa overlap (273-382:214-326)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : :. .: :.: . .
NP_689 TPFKCNHCGKGFNQTLDLIRHLRIHTGEKPYECSNCRKAFSHKEKLIKHYKIHSREQSYK
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: . .:: ::.:.:.: ::. :: : :.:::: .: :: ..:.:.::..:: :
NP_689 CNECGKAFIKMSNLIRHQRIHTGEKPYACKECEKSFSQKSNLIDHEKIHTGEKPYECNEC
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
.:..: : : : :.. .
NP_689 GKAFSQKQSLIAHQKVHTGEKPYACNECGKAFPRIASLALHMRSHTGEKPYKCDKCGKAF
310 320 330 340 350 360
>>XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger pro (686 aa)
initn: 2104 init1: 271 opt: 366 Z-score: 216.9 bits: 49.9 E(85289): 2.4e-05
Smith-Waterman score: 366; 43.0% identity (69.3% similar) in 114 aa overlap (273-383:410-523)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : .:. .: :.: : .
XP_016 KPYECNECGKAFSQSSALTVHMRSHTGEKPYECKECRKAFSHKKNFITHQKIHTREKPYE
380 390 400 410 420 430
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: : .:: ::.:.:.: ::. :: :::.:::: .: : ..:::.::..:: :
XP_016 CNECGKAFIQMSNLVRHQRIHTGEKPYICKECGKAFSQKSNLIAHEKIHSGEKPYECNEC
440 450 460 470 480 490
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
.:..: . : : :.. .:
XP_016 GKAFSQKQNFITHQKVHTGEKPYDCNECGKAFSQIASLTLHLRSHTGEKPYECDKCGKAF
500 510 520 530 540 550
>--
initn: 1151 init1: 268 opt: 348 Z-score: 207.7 bits: 48.2 E(85289): 7.9e-05
Smith-Waterman score: 348; 40.7% identity (68.1% similar) in 113 aa overlap (273-382:214-326)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : :. .: :.: . .
XP_016 TPFKCNHCGKGFNQTLDLIRHLRIHTGEKPYECSNCRKAFSHKEKLIKHYKIHSREQSYK
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: . .:: ::.:.:.: ::. :: : :.:::: .: :: ..:.:.::..:: :
XP_016 CNECGKAFIKMSNLIRHQRIHTGEKPYACKECEKSFSQKSNLIDHEKIHTGEKPYECNEC
250 260 270 280 290 300
360 370 380 390 400 410
pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
.:..: : : : :.. .
XP_016 GKAFSQKQSLIAHQKVHTGEKPYACNECGKAFPRIASLALHMRSHTGEKPYKCDKCGKAF
310 320 330 340 350 360
>>XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger pro (686 aa)
initn: 2104 init1: 271 opt: 366 Z-score: 216.9 bits: 49.9 E(85289): 2.4e-05
Smith-Waterman score: 366; 43.0% identity (69.3% similar) in 114 aa overlap (273-383:410-523)
250 260 270 280 290
pF1KSD SYTGSDNIIMASKDVFGPNIRGVDKGLQWHHQCPKCTRVFRHLENYANHLKMH---KLFM
..: .: ..: : .:. .: :.: : .
XP_016 KPYECNECGKAFSQSSALTVHMRSHTGEKPYECKECRKAFSHKKNFITHQKIHTREKPYE
380 390 400 410 420 430
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLLCGKTFTQKGNLHRHMRVHAGIKPFQCKICGKTFSQKCSLQDHLNLHSGDKPHKCNYC
: :::.: : .:: ::.:.:.: ::. :: :::.:::: .: : ..:::.::..:: :
XP_016 CNECGKAFIQMSNLVRHQRIHTGEKPYICKECGKAFSQKSNLIAHEKIHSGEKPYECNEC
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XP_006 GKAFSQKQNFITHQKVHTGEKPYDCNECGKAFSQIASLTLHLRSHTGEKPYECDKCGKAF
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: :::.: . .:: ::.:.:.: ::. :: : :.:::: .: :: ..:.:.::..:: :
XP_006 CNECGKAFIKMSNLIRHQRIHTGEKPYACKECEKSFSQKSNLIDHEKIHTGEKPYECNEC
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pF1KSD DMVFAHKPVLRKHLKQLHGKNSFDNANERNVQDLTVDFDSFACTTVTDSKGCQPQPDATQ
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XP_006 GKAFSQKQSLIAHQKVHTGEKPYACNECGKAFPRIASLALHMRSHTGEKPYKCDKCGKAF
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:. :. :.: .:. . :. : . . . :.... :. .:: .:: . .
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.: :. : .:.. .. . ... .. . : . ..: : : .
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::
NP_001 AC
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441 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 06:41:02 2016 done: Thu Nov 3 06:41:04 2016
Total Scan time: 9.550 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]