Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1587
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1587, 957 aa
1>>>pF1KSDA1587 957 - 957 aa - 957 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 19.0780+/-0.0006; mu= -45.7977+/- 0.037
mean_var=880.5372+/-184.600, 0's: 0 Z-trim(121.2): 166 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.043222
statistics sampled from 37314 (37482) to 37314 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.439), width: 16
Scan time: 13.590
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_065983 (OMIM: 300759) melanoma-associated antig ( 957) 6416 416.6 3.1e-115
NP_071432 (OMIM: 609267) melanoma-associated antig ( 307) 755 63.3 2.2e-09
NP_619649 (OMIM: 608243) non-structural maintenanc ( 304) 743 62.6 3.7e-09
NP_061939 (OMIM: 176270,605283,615547) MAGE-like p (1249) 720 61.5 3.2e-08
XP_016885467 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 704 60.4 4.3e-08
XP_016885468 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 704 60.4 4.3e-08
NP_008917 (OMIM: 300224) melanoma-associated antig ( 778) 704 60.4 4.3e-08
XP_011529137 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 704 60.4 4.3e-08
NP_001005332 (OMIM: 300224) melanoma-associated an ( 778) 704 60.4 4.3e-08
XP_016885469 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-as ( 778) 704 60.4 4.3e-08
NP_001005333 (OMIM: 300224) melanoma-associated an ( 834) 704 60.4 4.5e-08
NP_005453 (OMIM: 300223) melanoma-associated antig (1142) 696 60.0 8.3e-08
XP_011529720 (OMIM: 300223) PREDICTED: melanoma-as (1142) 696 60.0 8.3e-08
NP_808225 (OMIM: 300132) trophinin isoform 4 [Homo ( 309) 662 57.5 1.2e-07
NP_957516 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 670 58.2 1.5e-07
NP_055414 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 670 58.2 1.5e-07
NP_803182 (OMIM: 300470,300971) melanoma-associate ( 606) 670 58.2 1.5e-07
XP_016885261 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 662) 667 58.0 1.9e-07
XP_016885262 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 662) 667 58.0 1.9e-07
NP_057241 (OMIM: 300132) trophinin isoform 2 [Homo ( 706) 667 58.0 2e-07
XP_016885258 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 667 58.0 2e-07
XP_016885259 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 667 58.0 2e-07
XP_016885260 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i ( 706) 667 58.0 2e-07
NP_808224 (OMIM: 300132) trophinin isoform 2 [Homo ( 706) 667 58.0 2e-07
NP_619648 (OMIM: 300760) melanoma-associated antig ( 523) 655 57.2 2.6e-07
NP_001093391 (OMIM: 300762) melanoma-associated an ( 324) 633 55.7 4.5e-07
XP_011543755 (OMIM: 300762) PREDICTED: melanoma-as ( 324) 633 55.7 4.5e-07
XP_011543756 (OMIM: 300762) PREDICTED: melanoma-as ( 324) 633 55.7 4.5e-07
NP_002358 (OMIM: 300153) melanoma-associated antig ( 346) 627 55.4 6.1e-07
NP_001258113 (OMIM: 300132) trophinin isoform 7 [H (1034) 643 56.6 7.6e-07
XP_011529116 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1387) 648 57.0 7.8e-07
XP_016885257 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1387) 648 57.0 7.8e-07
XP_011529114 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
XP_011529113 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
XP_006724663 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
NP_001034794 (OMIM: 300132) trophinin isoform 5 [H (1431) 648 57.0 8e-07
XP_011529111 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
XP_011529115 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
XP_011529110 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
XP_016885256 (OMIM: 300132) PREDICTED: trophinin i (1431) 648 57.0 8e-07
XP_011529124 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 739) 634 56.0 8.5e-07
XP_016885365 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 739) 634 56.0 8.5e-07
NP_803881 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 739) 634 56.0 8.5e-07
NP_001092270 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 739) 634 56.0 8.5e-07
NP_001258992 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 741) 634 56.0 8.5e-07
NP_803879 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 741) 634 56.0 8.5e-07
NP_110428 (OMIM: 300765) melanoma-associated antig ( 741) 634 56.0 8.5e-07
XP_006724671 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 741) 634 56.0 8.5e-07
XP_006724670 (OMIM: 300765) PREDICTED: melanoma-as ( 741) 634 56.0 8.5e-07
NP_001258991 (OMIM: 300702) melanoma-associated an ( 741) 634 56.0 8.5e-07
>>NP_065983 (OMIM: 300759) melanoma-associated antigen E (957 aa)
initn: 6416 init1: 6416 opt: 6416 Z-score: 2189.9 bits: 416.6 E(85289): 3.1e-115
Smith-Waterman score: 6416; 100.0% identity (100.0% similar) in 957 aa overlap (1-957:1-957)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSLVSQNSRRRRRRVAKATAHNSSWGEMQAPNAPGLPADVPGSDVPQGPSDSQILQGLCA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 MSLVSQNSRRRRRRVAKATAHNSSWGEMQAPNAPGLPADVPGSDVPQGPSDSQILQGLCA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SEGPSTSVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SEGPSTSVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SKGLCTSVTLAASEGRNTSRPPTSSEEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGTSTSVPPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SKGLCTSVTLAASEGRNTSRPPTSSEEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGTSTSVPPTA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD YEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAATEGLSTSVQATPDEGPSTSVPPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 YEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAATEGLSTSVQATPDEGPSTSVPPTA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD TEGLSTPVPPTRDEGPSTSVPATPGEGPSTSVLPAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TEGLSTPVPPTRDEGPSTSVPATPGEGPSTSVLPAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD TEGLSTSVQPTAGEGSSTSVPPTPGGGLSTSVPPTATEELSTSVPPTPGEGPSTSVLPIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 TEGLSTSVQPTAGEGSSTSVPPTPGGGLSTSVPPTATEELSTSVPPTPGEGPSTSVLPIP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD GEGLSTSVPPTASDGSDTSVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 GEGLSTSVPPTASDGSDTSVPPTPGEGASTLVQPTAPDGPGSSVLPNPGEGPSTLFSSSA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD SVDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIMGLNTSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 SVDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIMGLNTSR
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VAITLKPQDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEILRRAAAHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VAITLKPQDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEILRRAAAHL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNGPKMGLLMMILGQIFLNGNQAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 ECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNGPKMGLLMMILGQIFLNGNQAKE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD AEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEYEFFWGPRSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 AEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEYEFFWGPRSH
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD LETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAAAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 LETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAAAE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGILYYIGRECS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGILYYIGRECS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD KVFPDLLNRAARTLNHVYGTELVVLDPRNHSYTLYNRREMEETEEIVDSPNRPGNNFLMQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 KVFPDLLNRAARTLNHVYGTELVVLDPRNHSYTLYNRREMEETEEIVDSPNRPGNNFLMQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD VLSFIFIMGNHARESAVWAFLRGLGVQAGRKHVITCRYLSQRYIDSLRVPDSDPVQYEFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 VLSFIFIMGNHARESAVWAFLRGLGVQAGRKHVITCRYLSQRYIDSLRVPDSDPVQYEFV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KSD WGPRARLETSKMKALRYVARIHRKEPQDWPQQYREAMEDEANRADVGHRQIFVHNFR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_065 WGPRARLETSKMKALRYVARIHRKEPQDWPQQYREAMEDEANRADVGHRQIFVHNFR
910 920 930 940 950
>>NP_071432 (OMIM: 609267) melanoma-associated antigen F (307 aa)
initn: 747 init1: 491 opt: 755 Z-score: 289.5 bits: 63.3 E(85289): 2.2e-09
Smith-Waterman score: 755; 52.4% identity (78.3% similar) in 212 aa overlap (491-701:76-287)
470 480 490 500 510 520
pF1KSD VLRDCESPNSISIMGLNTSRVAITLKPQDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREY
....::::.:::::::..: :: .::: .:
NP_071 EEGAAEPALTRKGARALAAKALARRRAYRRLNRTVAELVQFLLVKDKKKSPITRSEMVKY
50 60 70 80 90 100
530 540 550 560 570
pF1KSD IVKEYRNQFPEILRRAAAHLECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEE-SPNGP
.. . . ::.:. ::: ::. .: :::...: . :::::.::: :. : :. . .::
NP_071 VIGDLKILFPDIIARAAEHLRYVFGFELKQFDRKHHTYILINKLKPLEEEEEEDLGGDGP
110 120 130 140 150 160
580 590 600 610 620 630
pF1KSD KMGLLMMILGQIFLNGNQAKEAEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLD
..:::::::: :.. ::.:.::..:::: :.::: . .:: ::::. .:: ::::.
NP_071 RLGLLMMILGLIYMRGNSAREAQVWEMLRRLGVQPSKYHFLFGYPKRLIMEDFVQQRYLS
170 180 190 200 210 220
640 650 660 670 680 690
pF1KSD YRPVTDCKPVEYEFFWGPRSHLETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAF
:: : .: :::: :::::.:: .::..: :.::...:.:. :: .: ::: ..: ::
NP_071 YRRVPHTNPPEYEFSWGPRSNLEISKMEVLGFVAKLHKKEPQHWPVQYREALADEADRAR
230 240 250 260 270 280
700 710 720 730 740 750
pF1KSD AEGWQALPHFRRPFFEEAAAEVPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLM
:.
NP_071 AKARAEASMRARASARAGIHLW
290 300
>>NP_619649 (OMIM: 608243) non-structural maintenance of (304 aa)
initn: 621 init1: 484 opt: 743 Z-score: 285.5 bits: 62.6 E(85289): 3.7e-09
Smith-Waterman score: 750; 43.6% identity (73.5% similar) in 257 aa overlap (445-698:49-293)
420 430 440 450 460 470
pF1KSD LFSSSASVDRNPSKCSLVLPSPRVTKASVDSDSEGPKGAEGPIEFEVLRDCESPNSISIM
: :.:: :..: ..: : .
NP_619 RDWSHSGNPGASRAGEDARVLRDGFAEEAPSTSRGPGGSQGS---------QGP---SPQ
20 30 40 50 60
480 490 500 510 520 530
pF1KSD GLNTSRVAITLKP--QDPMEQNVAELLQFLLVKDQSKYPIRESEMREYIVKEYRNQFPEI
: ...: .. : : .: .:.::.::::.:::.: ::..... .... .:.. ::..
NP_619 GARRAQAAPAVGPRSQKQLELKVSELVQFLLIKDQKKIPIKRADILKHVIGDYKDIFPDL
70 80 90 100 110 120
540 550 560 570 580 590
pF1KSD LRRAAAHLECIFRFELRELDPEAHTYILLNKLGPVPFEGLEESPNG-PKMGLLMMILGQI
..::: .:. .: ..: ::.:...::::.: : :: .. .. .: : ::::..:: :
NP_619 FKRAAERLQYVFGYKLVELEPKSNTYILINTLEPVEEDAEMRGDQGTPTTGLLMIVLGLI
130 140 150 160 170 180
600 610 620 630 640 650
pF1KSD FLNGNQAKEAEIWEMLWRMGVQRERRLSIFGNPKRLLSVEFVWQRYLDYRPVTDCKPVEY
:..:: ::.: :..: :.:: .. :::.::.:.. .:: ::::.:: . ::.:
NP_619 FMKGNTIKETEAWDFLRRLGVYPTKKHLIFGDPKKLITEDFVRQRYLEYRRIPHTDPVDY
190 200 210 220 230 240
660 670 680 690 700 710
pF1KSD EFFWGPRSHLETTKMKILKFMAKIYNKDPMDWPEKYNEALEEDAARAFAEGWQALPHFRR
:: ::::..:::.:::.:::.::..:.:: ::: .: ::: .. ::
NP_619 EFQWGPRTNLETSKMKVLKFVAKVHNQDPKDWPAQYCEALADEENRARPQPSGPAPSS
250 260 270 280 290 300
720 730 740 750 760 770
pF1KSD PFFEEAAAEVPSPDSEVSSYSSKYAPHSWPESRLESKARKLVQLFLLMDSTKLPIPKKGI
>>NP_061939 (OMIM: 176270,605283,615547) MAGE-like prote (1249 aa)
initn: 913 init1: 614 opt: 720 Z-score: 268.6 bits: 61.5 E(85289): 3.2e-08
Smith-Waterman score: 836; 30.3% identity (57.8% similar) in 716 aa overlap (29-693:535-1222)
10 20 30 40 50
pF1KSD MSLVSQNSRRRRRRVAKATAHNSSWGEMQAPNAPGLPADVPGSDVPQGP-SDSQILQG
:. :: .:. :...:: .: . :. :
NP_061 QVLATQPPLWQALPPPPPLRQAPQARLPAPQVQAAPQVPTAPPATQVPAAPPAGPQVPQP
510 520 530 540 550 560
60 70 80 90 100 110
pF1KSD LCASEGPSTSVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGP
. :. : :: :.. :.: .. .::: . . ::. .: .:..
NP_061 VL----PAPLSAPLSA--PQAVHCPSIIW-QAPKGQPPVPHEIPTSM--EFQEVQQTQAL
570 580 590 600 610
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PTISKGLCTSV--TLAASEGRNTSRPPTSSEEPSTSVPPTASEVPSTSLPPTPGEGT---
.. : . : :.:.. . : .. :.: ..::. . : . .::: ....
NP_061 AWQAQKAPTHIWQPLPAQEAQRQAPPLVQLEQPFQGAPPSQKAV-QIQLPPQQAQASGPQ
620 630 640 650 660 670
180 190 200 210
pF1KSD ----------STSVPPT---AYEGPSTSVVPTPDEGPSTSVLPTPGEGPGTSVPLAATEG
: ..::. : :: .... : : . :.. :: ..:. .:
NP_061 AEVPTLPLQPSWQAPPAVLQAQPGPPVAAANFP-LGSAKSLMTPSGECRASSID---RRG
680 690 700 710 720 730
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LSTSVQATPDE--GPSTS-VPPTATEGLSTPVPPTRDEGPST--SVPATPGE-GPSTSVL
: ... : .:: . . .:: : .: . :.. ..:::: .::.::.
NP_061 SSKERRTSSKERRAPSKDRMIFAATFCAPKAVSAARAHLPAAWKNLPATPETFAPSSSVF
740 750 760 770 780 790
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PAASDGQSISLVPTRGKGSSTSVPPTATEGLSTSVQPTAGEGSSTSVP--PTPGGGLSTS
::.:. : :: .: .... .: . .:. .: : . .:: : :. . : .
NP_061 PATSQFQPASLNAFKGPSAASETPKSLPYALQ---DPFACVEALPAVPWVPQPNMNASKA
800 810 820 830 840
340 350 360 370 380
pF1KSD VPPTATEELSTSVPP----TPGEGPSTSVLPIPGEGLSTSVPP---TASDGSDTSVP---
. : ..:.. : : :. .::: : : .: . :. ..
NP_061 SQAVPTFLMATAAAPQATATTQEASKTSVEPPRRSGKATRKKKHLEAQEDSRGHTLAFHD
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>>XP_016885469 (OMIM: 300224) PREDICTED: melanoma-associ (778 aa)
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pF1KSD TSVLPTSAEGPSTFVPPTISEASSASGQPTISEGPGTSVLPTPSEGLSTSGPPTISKGLC
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pF1KSD IYNKDPMDWPEKYNEALEE-----DAARAFAEGWQALPHFRRPFFEEAAAEVPSPDSEVS
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60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Thu Nov 3 06:45:09 2016 done: Thu Nov 3 06:45:11 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]