FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1719, 1043 aa
  1>>>pF1KSDA1719 1043 - 1043 aa - 1043 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.0760+/-0.00101; mu= 4.7964+/- 0.061
 mean_var=221.2528+/-44.451, 0's: 0 Z-trim(112.4): 63  B-trim: 153 in 1/51
 Lambda= 0.086224
 statistics sampled from 13140 (13197) to 13140 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.723), E-opt: 0.2 (0.405), width:  16
 Scan time:  5.770

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41807.1 GRIP1 gene_id:23426|Hs108|chr12        (1076) 2019 264.9 6.6e-70


>>CCDS41807.1 GRIP1 gene_id:23426|Hs108|chr12             (1076 aa)
 initn: 2538 init1: 934 opt: 2019  Z-score: 1368.6  bits: 264.9 E(32554): 6.6e-70
Smith-Waterman score: 3779; 58.7% identity (77.3% similar) in 1077 aa overlap (14-1029:19-1040)

                    10        20        30        40        50     
pF1KSD      MLCGLSRETPGEADDGPYSKGGKDAGGADVSLACRRQSIPEEFRGITVVELIKKE
                         :..::.:.....   : .:: :::::::::.: :::::.:::
CCDS41 MIAVSFKCRCQILRRLTKDESPYTKSASQTKPPDGALAVRRQSIPEEFKGSTVVELMKKE
               10        20        30        40        50        60

          60        70        80        90       100       110     
pF1KSD GSTLGLTISGGTDKDGKPRVSNLRPGGLAARSDLLNIGDYIRSVNGIHLTRLRHDEIITL
       :.:::::.::: :::::::::::: ::.::::: :..::::..::::.:...::::::.:
CCDS41 GTTLGLTVSGGIDKDGKPRVSNLRQGGIAARSDQLDVGDYIKAVNGINLAKFRHDEIISL
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KSD LKNVGERVVLEVEYELPPPAPENNPRIISKTVDVSLYKEGNSFGFVLRGGAHEDGHKSRP
       :::::::::::::::::: . ...  .: .::.:.:.::::.::::.:::::.: .::::
CCDS41 LKNVGERVVLEVEYELPPVSVQGSS-VIFRTVEVTLHKEGNTFGFVIRGGAHDDRNKSRP
              130       140        150       160       170         

         180       190       200       210       220       230     
pF1KSD LVLTYVRPGGPADREGSLKVGDRLLSVDGIPLHGASHATALATLRQCSHEALFQVEYDVA
       .:.: :::::::::::..: :::::::::: : :..:: :.. :.::..:: . .::::.
CCDS41 VVITCVRPGGPADREGTIKPGDRLLSVDGIRLLGTTHAEAMSILKQCGQEAALLIEYDVS
     180       190       200       210       220       230         

         240       250       260       270       280       290     
pF1KSD TPDTVANASGPLMVEIVKTPGSALGISLTTTSLRNKSVITIDRIKPASVVDRSGALHPGD
       . :.::.:::::.::..::::..::..:::.   ::.::.::.:: ::..:: :::: ::
CCDS41 VMDSVATASGPLLVEVAKTPGASLGVALTTSMCCNKQVIVIDKIKSASIADRCGALHVGD
     240       250       260       270       280       290         

         300       310       320       330       340       350     
pF1KSD HILSIDGTSMEHCSLLEATKLLASISEKVRLEILPVPQSQRPLRPSEAVKVQRSEQLHRW
       :::::::::::.:.: :::..::. ...:.:::::  :..  :.                
CCDS41 HILSIDGTSMEYCTLAEATQFLANTTDQVKLEILPHHQTRLALK----------------
     300       310       320       330       340                   

         360       370       380       390       400         410   
pF1KSD DPCVPSCHSPRPGHCRMPTWATPAGQDQSRSLSSTPFSSPTLNHAFSCN--NPSTLPRGS
                               : :.. .: :. :: ::   :.: .  : .::::. 
CCDS41 ------------------------GPDHA-ALVSSSFS-PTSMSAYSLSSLNMGTLPRSL
                                    350        360       370       

           420       430       440       450       460       470   
pF1KSD QPMSPRTTMGRRRQRRREHKSSLSLASSTVGPGGQIVHTETTEVVLCGDPLSGFGLQLQG
          ::: :: ::: .... :::::::::::: .::.:::::::::: .::..:::.::::
CCDS41 YSTSPRGTMMRRRLKKKDFKSSLSLASSTVGLAGQVVHTETTEVVLTADPVTGFGIQLQG
       380       390       400       410       420       430       

           480       490       500       510       520       530   
pF1KSD GIFATETLSSPPLVCFIEPDSPAERCGLLQVGDRVLSINGIATEDGTMEEANQLLRDAAL
       ..:::::::::::. .:: ::::::::.::.::::..:::: :::.:.:::.:::::...
CCDS41 SVFATETLSSPPLISYIEADSPAERCGVLQIGDRVMAINGIPTEDSTFEEASQLLRDSSI
       440       450       460       470       480       490       

           540       550       560       570        580       590  
pF1KSD AHKVVLEVEFDVAESVIPSSGTFHVKLPKKRSVELGITISS-ASRKRGEPLIISDIKKGS
       . ::.::.::::::::::::::::::::::..::::::::: .::: :.::.::::::::
CCDS41 TSKVTLEIEFDVAESVIPSSGTFHVKLPKKHNVELGITISSPSSRKPGDPLVISDIKKGS
       500       510       520       530       540       550       

            600       610       620       630       640       650  
pF1KSD VAHRTGTLEPGDKLLAIDNIRLDNCPMEDAVQILRQCEDLVKLKIRKDEDNSDELETTGA
       ::::::::: ::::::::::::::: ::::::::.::::::::::::::::::: :..::
CCDS41 VAHRTGTLELGDKLLAIDNIRLDNCSMEDAVQILQQCEDLVKLKIRKDEDNSDEQESSGA
       560       570       580       590       600       610       

            660       670       680       690       700       710  
pF1KSD VSYTVELKRYGGPLGITISGTEEPFDPIVISGLTKRGLAERTGAIHVGDRILAINNVSLK
       . ::::::::::::::::::::::::::.::.::: ::::::::::.::::::::. :::
CCDS41 IIYTVELKRYGGPLGITISGTEEPFDPIIISSLTKGGLAERTGAIHIGDRILAINSSSLK
       620       630       640       650       660       670       

            720       730       740            750       760       
pF1KSD GRPLSEAIHLLQVAGETVTLKIKKQLDRPLL--PRK---SGSLSETSDADEDPADALKGG
       :.::::::::::.:::::::::::: :      :.:   :. ::. .:..:: . : : :
CCDS41 GKPLSEAIHLLQMAGETVTLKIKKQTDAQSASSPKKFPISSHLSDLGDVEEDSSPAQKPG
       680       690       700       710       720       730       

       770       780       790       800       810       820       
pF1KSD LPAARFSPAVPSVDSAVESWDSSATEGGFGGPGSYTPQAAARGTTPQERRPGWLRGS-PP
         .  .  .::::::::.:::.:: . ..:  :. . ::.. . .  . :    :::  :
CCDS41 KLSDMYPSTVPSVDSAVDSWDGSAIDTSYGTQGT-SFQASGYNFNTYDWRSPKQRGSLSP
       740       750       760       770        780       790      

        830       840       850       860              870         
pF1KSD PTEPRRTSYTPTPADESFPEEEEGDDWEPPTSPA-PGPA------REEGFWRMFGEALED
        :.::  .:   : : ..  :    ::.  :. .  : :      .::.::   ..::::
CCDS41 VTKPRSQTY---P-DVGLSYE----DWDRSTASGFAGAADSAETEQEENFW---SQALED
        800           810           820       830          840     

     880       890                      900                        
pF1KSD LESCGQSELLRELE---------------ASIMTGTVQRVALEG----------------
       ::.:::: .:::::               :.::.:... .  :.                
CCDS41 LETCGQSGILRELEEKADRRVSLRNMTLLATIMSGSTMSLNHEAPTPRSQLGRQASFQER
         850       860       870       880       890       900     

         910               920          930       940       950    
pF1KSD ---RPGHR--------PWQRGRE---VRASPAEMEELLLPTPLEMHKVTLHKDPMRHDFG
          :: .         : . ::.   .:    :..:.. :::.:.:::::.::   .:::
CCDS41 SSSRPHYSQTTRSNTLPSDVGRKSVTLRKMKQEIKEIMSPTPVELHKVTLYKDSDMEDFG
         910       920       930       940       950       960     

          960       970       980       990      1000      1010    
pF1KSD FSVSDGLLEKGVYVHTVRPDGPAHRGGLQPFDRVLQVNHVRTRDFDCCLAVPLLAEAGDV
       :::.::::::::::...:: ::.  :::.:.::.:::::::::::::::.:::.::.:. 
CCDS41 FSVADGLLEKGVYVKNIRPAGPGDLGGLKPYDRLLQVNHVRTRDFDCCLVVPLIAESGNK
         970       980       990      1000      1010      1020     

         1020      1030      1040                         
pF1KSD LELIISRKPHTAHSSRAPRSPGPSSPRML                      
       :.:.:::.: ....:                                    
CCDS41 LDLVISRNPLASQKSIDQQSLPGDWSEQNSAFFQQPSHGGNLETREPTNTL
        1030      1040      1050      1060      1070      




1043 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 07:03:13 2016 done: Thu Nov  3 07:03:14 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]