Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1720
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1720, 393 aa
1>>>pF1KSDA1720 393 - 393 aa - 393 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1946+/-0.000318; mu= 5.5499+/- 0.020
mean_var=189.0644+/-38.207, 0's: 0 Z-trim(122.2): 37 B-trim: 939 in 2/59
Lambda= 0.093276
statistics sampled from 39888 (39942) to 39888 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.774), E-opt: 0.2 (0.468), width: 16
Scan time: 10.130
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011532555 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 368) 700 106.0 1.5e-22
NP_004835 (OMIM: 605612) SH3 domain-binding protei ( 455) 698 105.8 2.1e-22
XP_011532553 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 415) 648 99.0 2.1e-20
XP_016863010 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 442) 639 97.9 5.2e-20
XP_016863011 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 298) 336 57.0 7.2e-08
XP_016863013 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 298) 336 57.0 7.2e-08
XP_016863012 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 298) 336 57.0 7.2e-08
NP_001018009 (OMIM: 605612) SH3 domain-binding pro ( 298) 336 57.0 7.2e-08
XP_016863014 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain- ( 298) 336 57.0 7.2e-08
>>XP_011532555 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (368 aa)
initn: 386 init1: 355 opt: 700 Z-score: 525.8 bits: 106.0 E(85289): 1.5e-22
Smith-Waterman score: 711; 38.6% identity (69.0% similar) in 339 aa overlap (52-389:37-346)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD VVEDEVPRSPVAEEPGGGGSSSSEAKLSPREEEELDPRIQEELEHLNQASEEINQVELQL
::::.::::: :::.:::....::. : .:
XP_011 RSRSEEPAEILPPARDEEEEEEEGMEQGLEEEEEVDPRIQGELEKLNQSTDDINRRETEL
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KSD DEARTTYRRILQESARKLNTQGSHLGSCIEKARPYYEARRLAKEAQQETQKAALRYERAV
..:: .: .: :.. ::. ...:. .: ..::.::::.:..:: :.:::. ..::.
XP_011 EDARQKFRSVLVEATVKLDELVKKIGKAVEDSKPYWEARRVARQAQLEAQKATQDFQRAT
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNR-LDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRL
. ::.: . .::: .. : .: .: .::::::::: .: :::. . :.: :....
XP_011 EVLRAAKETISLAEQRLLEDDKRQFDSAWQEMLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAAR
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KSD CQQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVA
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..:
XP_011 YNAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMA
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LRNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGS
:.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_011 LKNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDL----------------
250 260 270 280
330 340 350 360 370 380
pF1KSD SLGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDG
:: :. :..: . :. ... . :.... :::: : .:. ...: . . .:
XP_011 ---PGSKPEPDAIS--GDRAEGAENKTSDKANNNRGLS---SSSGSGGSSKSQSSTSPEG
290 300 310 320 330
390
pF1KSD GARGGRHQRSVSL
: .: ..
XP_011 QALENRMKQLSLQCSKGRDGIIADIKMVQIG
340 350 360
>>NP_004835 (OMIM: 605612) SH3 domain-binding protein 5 (455 aa)
initn: 386 init1: 355 opt: 698 Z-score: 523.0 bits: 105.8 E(85289): 2.1e-22
Smith-Waterman score: 698; 45.1% identity (76.3% similar) in 253 aa overlap (52-303:37-284)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD VVEDEVPRSPVAEEPGGGGSSSSEAKLSPREEEELDPRIQEELEHLNQASEEINQVELQL
::::.::::: :::.:::....::. : .:
NP_004 RSRSEEPAEILPPARDEEEEEEEGMEQGLEEEEEVDPRIQGELEKLNQSTDDINRRETEL
10 20 30 40 50 60
90 100 110 120 130 140
pF1KSD DEARTTYRRILQESARKLNTQGSHLGSCIEKARPYYEARRLAKEAQQETQKAALRYERAV
..:: .: .: :.. ::. ...:. .: ..::.::::.:..:: :.:::. ..::.
NP_004 EDARQKFRSVLVEATVKLDELVKKIGKAVEDSKPYWEARRVARQAQLEAQKATQDFQRAT
70 80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNR-LDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRL
. ::.: . .::: .. : .: .: .::::::::: .: :::. . :.: :....
NP_004 EVLRAAKETISLAEQRLLEDDKRQFDSAWQEMLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAAR
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KSD CQQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVA
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..:
NP_004 YNAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMA
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300 310 320
pF1KSD LRNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGS
:.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
NP_004 LKNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEA
250 260 270 280 290 300
330 340 350 360 370 380
pF1KSD SLGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDG
NP_004 FEDDSCSNFVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMM
310 320 330 340 350 360
>>XP_011532553 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (415 aa)
initn: 386 init1: 355 opt: 648 Z-score: 487.2 bits: 99.0 E(85289): 2.1e-20
Smith-Waterman score: 648; 43.7% identity (75.5% similar) in 245 aa overlap (60-303:5-244)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD SPVAEEPGGGGSSSSEAKLSPREEEELDPRIQEELEHLNQASEEINQVELQLDEARTTYR
:: :::.:::....::. : .:..:: .:
XP_011 MLLAIQGELEKLNQSTDDINRRETELEDARQKFR
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KSD RILQESARKLNTQGSHLGSCIEKARPYYEARRLAKEAQQETQKAALRYERAVSMHNAARE
.: :.. ::. ...:. .: ..::.::::.:..:: :.:::. ..::. . ::.:
XP_011 SVLVEATVKLDELVKKIGKAVEDSKPYWEARRVARQAQLEAQKATQDFQRATEVLRAAKE
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KSD MVFVAEQGVMADKNR-LDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLCQQAEARV
. .::: .. : .: .: .::::::::: .: :::. . :.: :.... . : .:.
XP_011 TISLAEQRLLEDDKRQFDSAWQEMLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARYNAAMGRM
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVALRNLEQIS
. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::.:::.::
XP_011 RQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMALKNLEMIS
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KSD EQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSSLGPGPAP
..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_011 DEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAFEDDSCSN
220 230 240 250 260
330 340 350 360 370 380
pF1KSD DTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGGARGGRHQ
XP_011 FVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMFPVLGPRS
270 280 290 300 310 320
>>XP_016863010 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (442 aa)
initn: 386 init1: 355 opt: 639 Z-score: 480.3 bits: 97.9 E(85289): 5.2e-20
Smith-Waterman score: 639; 43.4% identity (75.6% similar) in 242 aa overlap (63-303:35-271)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD AEEPGGGGSSSSEAKLSPREEEELDPRIQEELEHLNQASEEINQVELQLDEARTTYRRIL
:::.:::....::. : .:..:: .: .:
XP_016 TLSKGTPSRKWFQKCRHSFAFLVKPQLFAGELEKLNQSTDDINRRETELEDARQKFRSVL
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KSD QESARKLNTQGSHLGSCIEKARPYYEARRLAKEAQQETQKAALRYERAVSMHNAAREMVF
:.. ::. ...:. .: ..::.::::.:..:: :.:::. ..::. . ::.: .
XP_016 VEATVKLDELVKKIGKAVEDSKPYWEARRVARQAQLEAQKATQDFQRATEVLRAAKETIS
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KSD VAEQGVMADKNR-LDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLCQQAEARVQAL
.::: .. : .: .: .::::::::: .: :::. . :.: :.... . : .:.. :
XP_016 LAEQRLLEDDKRQFDSAWQEMLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARYNAAMGRMRQL
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250 260 270
pF1KSD QKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVALRNLEQISEQI
.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::.:::.::..:
XP_016 EKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMALKNLEMISDEI
190 200 210 220 230 240
280 290 300 310 320 330
pF1KSD HARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSSLGPGPAPDTD
: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_016 HERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAFEDDSCSNFVS
250 260 270 280 290
340 350 360 370 380 390
pF1KSD TLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGGARGGRHQRSV
XP_016 EDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMFPVLGPRSECS
300 310 320 330 340 350
>>XP_016863011 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (298 aa)
initn: 336 init1: 305 opt: 336 Z-score: 262.3 bits: 57.0 E(85289): 7.2e-08
Smith-Waterman score: 336; 44.7% identity (74.2% similar) in 132 aa overlap (172-303:1-127)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNRLDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLC
:::::: .: :::. . :.: :....
XP_016 MLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARY
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVAL
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::
XP_016 NAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMAL
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSS
.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_016 KNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAF
100 110 120 130 140
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGG
XP_016 EDDSCSNFVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMF
150 160 170 180 190 200
>>XP_016863013 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (298 aa)
initn: 336 init1: 305 opt: 336 Z-score: 262.3 bits: 57.0 E(85289): 7.2e-08
Smith-Waterman score: 336; 44.7% identity (74.2% similar) in 132 aa overlap (172-303:1-127)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNRLDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLC
:::::: .: :::. . :.: :....
XP_016 MLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARY
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVAL
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::
XP_016 NAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMAL
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSS
.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_016 KNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAF
100 110 120 130 140
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGG
XP_016 EDDSCSNFVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMF
150 160 170 180 190 200
>>XP_016863012 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (298 aa)
initn: 336 init1: 305 opt: 336 Z-score: 262.3 bits: 57.0 E(85289): 7.2e-08
Smith-Waterman score: 336; 44.7% identity (74.2% similar) in 132 aa overlap (172-303:1-127)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNRLDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLC
:::::: .: :::. . :.: :....
XP_016 MLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARY
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVAL
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::
XP_016 NAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMAL
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSS
.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_016 KNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAF
100 110 120 130 140
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGG
XP_016 EDDSCSNFVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMF
150 160 170 180 190 200
>>NP_001018009 (OMIM: 605612) SH3 domain-binding protein (298 aa)
initn: 336 init1: 305 opt: 336 Z-score: 262.3 bits: 57.0 E(85289): 7.2e-08
Smith-Waterman score: 336; 44.7% identity (74.2% similar) in 132 aa overlap (172-303:1-127)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNRLDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLC
:::::: .: :::. . :.: :....
NP_001 MLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARY
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVAL
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::
NP_001 NAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMAL
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSS
.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
NP_001 KNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAF
100 110 120 130 140
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGG
NP_001 EDDSCSNFVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMF
150 160 170 180 190 200
>>XP_016863014 (OMIM: 605612) PREDICTED: SH3 domain-bind (298 aa)
initn: 336 init1: 305 opt: 336 Z-score: 262.3 bits: 57.0 E(85289): 7.2e-08
Smith-Waterman score: 336; 44.7% identity (74.2% similar) in 132 aa overlap (172-303:1-127)
150 160 170 180 190 200
pF1KSD SMHNAAREMVFVAEQGVMADKNRLDPTWQEMLNHATCKVNEAEEERLRGEREHQRVTRLC
:::::: .: :::. . :.: :....
XP_016 MLNHATQRVMEAEQTKTRSELVHKETAARY
10 20 30
210 220 230 240 250 260
pF1KSD QQAEARVQALQKTLRRAIGKSRPYFELKAQFSQILEEHKAKVTELEQQVAQAKTRYSVAL
. : .:.. :.: :.:::.::.:::::::.. ::. : : .:. ... :: .:..::
XP_016 NAAMGRMRQLEKKLKRAINKSKPYFELKAKYYVQLEQLKKTVDDLQAKLTLAKGEYKMAL
40 50 60 70 80 90
270 280 290 300 310 320
pF1KSD RNLEQISEQIHARRRGGLPPHPLGPRRSSPVGAEAGPEDMEDGDSGIEGAEGAGLEEGSS
.:::.::..:: :::.. .::: . ::::.. ..::
XP_016 KNLEMISDEIHERRRSS----AMGPR-GCGVGAEGSSTSVEDLPGSKPEPDAISVASEAF
100 110 120 130 140
330 340 350 360 370 380
pF1KSD LGPGPAPDTDTLSLLSLRTVASDLQKCDSVEHLRGLSDHVSLDGQELGTRSGGRRGSDGG
XP_016 EDDSCSNFVSEDDSETQSVSSFSSGPTSPSEMPDQFPAVVRPGSLDLPSPVSLSEFGMMF
150 160 170 180 190 200
393 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:03:54 2016 done: Thu Nov 3 07:03:56 2016
Total Scan time: 10.130 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]