Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1721
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1721, 1151 aa
1>>>pF1KSDA1721 1151 - 1151 aa - 1151 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1672+/-0.00116; mu= 17.0607+/- 0.070
mean_var=65.3753+/-12.748, 0's: 0 Z-trim(100.8): 21 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.158624
statistics sampled from 6252 (6257) to 6252 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.534), E-opt: 0.2 (0.192), width: 16
Scan time: 4.670
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41872.1 XPO4 gene_id:64328|Hs108|chr13 (1151) 7447 1713.9 0
CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8 (1087) 297 77.7 1.7e-13
>>CCDS41872.1 XPO4 gene_id:64328|Hs108|chr13 (1151 aa)
initn: 7447 init1: 7447 opt: 7447 Z-score: 9198.3 bits: 1713.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7447; 100.0% identity (100.0% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:1-1151)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMAAALGPPEVIAQLENAAKVLMAPPSMVNNEQRQHAEHIFLSFRKSKSPFAVCKHILET
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CCDS41 MMAAALGPPEVIAQLENAAKVLMAPPSMVNNEQRQHAEHIFLSFRKSKSPFAVCKHILET
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SKVDYVLFQAATAIMEAVVREWILLEKGSIESLRTFLLTYVLQRPNLQKYVREQILLAVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SKVDYVLFQAATAIMEAVVREWILLEKGSIESLRTFLLTYVLQRPNLQKYVREQILLAVA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VIVKRGSLDKSIDCKSIFHEVSQLISSGNPTVQTLACSILTALLSEFSSSSKTSNIGLSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VIVKRGSLDKSIDCKSIFHEVSQLISSGNPTVQTLACSILTALLSEFSSSSKTSNIGLSM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD EFHGNCKRVFQEEDLRQIFMLTVEVLQEFSRRENLNAQMSSVFQRYLALANQVLSWNFLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EFHGNCKRVFQEEDLRQIFMLTVEVLQEFSRRENLNAQMSSVFQRYLALANQVLSWNFLP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PNLGRHYIAMFESSQNVLLKPTESWRETLLDSRVMELFFTVHRKIREDSDMAQDSLQCLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PNLGRHYIAMFESSQNVLLKPTESWRETLLDSRVMELFFTVHRKIREDSDMAQDSLQCLA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QLASLHGPIFPDEGSQVDYLAHFIEGLLNTINGIEIEDSEAVGISSIISNLITVFPRNVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QLASLHGPIFPDEGSQVDYLAHFIEGLLNTINGIEIEDSEAVGISSIISNLITVFPRNVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TAIPSELFSSFVNCLTHLTCSFGRSAALEEVLDKDDMVYMEAYDKLLESWLTLVQDDKHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TAIPSELFSSFVNCLTHLTCSFGRSAALEEVLDKDDMVYMEAYDKLLESWLTLVQDDKHF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD HKGFFTQHAVQVFNSYIQCHLAAPDGTRNLTANGVASREEEEISELQEDDRDQFSDQLAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HKGFFTQHAVQVFNSYIQCHLAAPDGTRNLTANGVASREEEEISELQEDDRDQFSDQLAS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VGMLGRIAAEHCIPLLTSLLEERVTRLHGQLQRHQQQLLASPGSSTVDNKMLDDLYEDIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VGMLGRIAAEHCIPLLTSLLEERVTRLHGQLQRHQQQLLASPGSSTVDNKMLDDLYEDIH
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD WLILVTGYLLADDTQGETPLIPPEIMEYSIKHSSEVDINTTLQILGSPGEKASSIPGYNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WLILVTGYLLADDTQGETPLIPPEIMEYSIKHSSEVDINTTLQILGSPGEKASSIPGYNR
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD TDSVIRLLSAILRVSEVESRAIRADLTHLLSPQMGKDIVWFLKRWAKTYLLVDEKLYDQI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TDSVIRLLSAILRVSEVESRAIRADLTHLLSPQMGKDIVWFLKRWAKTYLLVDEKLYDQI
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD SLPFSTAFGADTEGSQWIIGYLLQKVISNLSVWSSEQDLANDTVQLLVTLVERRERANLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SLPFSTAFGADTEGSQWIIGYLLQKVISNLSVWSSEQDLANDTVQLLVTLVERRERANLV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD IQCENWWNLAKQFASRSPPLNFLSSPVQRTLMKALVLGGFAHMDTETKQQYWTEVLQPLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IQCENWWNLAKQFASRSPPLNFLSSPVQRTLMKALVLGGFAHMDTETKQQYWTEVLQPLQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD QRFLRVINQENFQQMCQQEEVKQEITATLEALCGIAEATQIDNVAILFNFLMDFLTNCIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QRFLRVINQENFQQMCQQEEVKQEITATLEALCGIAEATQIDNVAILFNFLMDFLTNCIG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD LMEVYKNTPETVNLIIEVFVEVAHKQICYLGESKAMNLYEACLTLLQVYSKNNLGRQRID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LMEVYKNTPETVNLIIEVFVEVAHKQICYLGESKAMNLYEACLTLLQVYSKNNLGRQRID
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD VTAEEEQYQDLLLIMELLTNLLSKEFIDFSDTDEVFRGHEPGQAANRSVSAADVVLYGVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VTAEEEQYQDLLLIMELLTNLLSKEFIDFSDTDEVFRGHEPGQAANRSVSAADVVLYGVN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD LILPLMSQDLLKFPTLCNQYYKLITFICEIFPEKIPQLPEDLFKSLMYSLELGMTSMSSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LILPLMSQDLLKFPTLCNQYYKLITFICEIFPEKIPQLPEDLFKSLMYSLELGMTSMSSE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD VCQLCLEALTPLAEQCAKAQETDSPLFLATRHFLKLVFDMLVLQKHNTEMTTAAGEAFYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VCQLCLEALTPLAEQCAKAQETDSPLFLATRHFLKLVFDMLVLQKHNTEMTTAAGEAFYT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD LVCLHQAEYSELVETLLSSQQDPVIYQRLADAFNKLTASSTPPTLDRKQKMAFLKSLEEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LVCLHQAEYSELVETLLSSQQDPVIYQRLADAFNKLTASSTPPTLDRKQKMAFLKSLEEF
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150
pF1KSD MANVGGLLCVK
:::::::::::
CCDS41 MANVGGLLCVK
1150
>>CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8 (1087 aa)
initn: 156 init1: 77 opt: 297 Z-score: 355.8 bits: 77.7 E(32554): 1.7e-13
Smith-Waterman score: 489; 20.1% identity (53.4% similar) in 1180 aa overlap (12-1144:8-1069)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMAAALGPPEVIAQLENAAKVLMAPPSMVNNEQRQHAEHIFLSFRKSKSPFAVCKHILET
.::::: : :. ... : .::. .. : .: . .. :. .::
CCDS47 MADHVQSLAQLENLCKQLYET---TDTTTRLQAEKALVEFTNSPDCLSKCQLLLER
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD SKVDYVLFQAATAIMEAVVREWILLEKGSIESLRTFLLTYVLQRPNLQKYVREQILLAVA
.. .: . ::: . . : : : . ..:...:.:. ::.: .: . .. :
CCDS47 GSSSYSQLLAATCLTKLVSRTNNPLPLEQRIDIRNYVLNYLATRPKLATFVTQALIQLYA
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD VIVKRGSLDKSIDCKSIFHEVSQLISSGNPTVQTLACSILTALLSEFSSSSKTSNIGLSM
:.: : .: . : . . .... . .:. : : ...::.... . .. .
CCDS47 RITKLGWFDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEY--CIIGVTILSQLTNEINQADTTHPL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KSD EFHGNCKRVFQEEDLRQIFMLTVEVLQEFSRRE-NLNAQ-MSSVFQRYLALANQVLSWNF
: . :.. .: .:: :. ..:.. : .. ::: . . ..... : :... :...:
CCDS47 TKHRKIASSFRDSSLFDIFTLSCNLLKQASGKNLNLNDESQHGLLMQLLKLTHNCLNFDF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LPPNLGRHYIAMFESSQNV-LLKPTESWRETLLDSRVMELFFTVHRKIREDSDMAQDSLQ
. . :::... .. ::: ..::: ...::: ....: ... :.
CCDS47 IGTSTD-------ESSDDLCTVQIPTSWRSAFLDSSTLQLFFDLYHSI--PPSFSPLVLS
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD CLAQLASLHGPIFPDEGSQVDYLAHFIEGLLNTINGIEIEDSEAVGISSIISNLITVFPR
::.:.::.. .: ... .. .:.:...: .. :. : :.
CCDS47 CLVQIASVRRSLF-NNAERAKFLSHLVDG-----------------VKRILEN-----PQ
290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NVLTAIPSELFSSFVNCLTHLTCSFGRSAALEEVLDKDDMVYMEAYDKL--LESWLTLVQ
.. . :.. . : :..: .. . . : .: . ... . : . :. : ..
CCDS47 SL--SDPNN-YHEFCRLLARLKSNY-QLGELVKVENYPEVIRLIANFTVTSLQHW-EFAP
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KSD DDKHFHKGFFTQHAVQV-FNSYIQCHLAAPDGTRNLTANGVASREEEEISELQEDDRDQF
.. :. ... . :..: . . . :. : ..: ..:: : :.. .: .
CCDS47 NSVHYLLSLWQRLAASVPYVKATEPHMLETY-TPEVTKAYITSRLESVHIILRDGLEDPL
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520
pF1KSD SD------QLASVGMLGRIAAEHCIPLLTSLLEERVTRLHGQLQRHQQQLLASPGSSTVD
: :: ... .:: :. ::..:.. : . :.:: : ..: .:
CCDS47 EDTGLVQQQLDQLSTIGRCEYEKTCALLVQLFD--------QSAQSYQELLQSASASPMD
440 450 460 470 480
530 540 550 560 570 580
pF1KSD NKMLDDLYEDIHWLILVTGYLLADDTQGETPLIPPEIMEYSIKHSSEVDINTTLQILGSP
. . . ::. . : ... :.. . . .. ..:. . .::..
CCDS47 IAVQEG---RLTWLVYIIGAVIG----GRVSFASTDEQD---AMDGEL-VCRVLQLM---
490 500 510 520 530
590 600 610 620 630 640
pF1KSD GEKASSIPGYNRTDSVIRLLSAILRVSEVESRAIRADLTHLLSPQMGKDIVWFLKRWAKT
: ::: :.... .. . .:. .:: :.... :
CCDS47 ----------NLTDS---------RLAQAGNEKL--ELA-MLS---------FFEQFRKI
540 550 560
650 660 670 680 690 700
pF1KSD YLLVDEKLYDQISLPFSTAFGADTEGSQWIIGYLLQKVISNLSVWSSEQDLANDTVQLLV
:. . . ... .: ..: . : ... .. :.:.::. :. . ... :.:::
CCDS47 YIGDQVQKSSKLYRRLSEVLGLNDE--TMVLSVFIGKIITNLKYWGRCEPITSKTLQLLN
570 580 590 600 610
710 720 730 740 750 760
pF1KSD TLVERRERANLVIQCENWWNLAKQFASRSPPLNFLSSPVQRTL--MKA-----LVLGGFA
: . ... . .. .:. ..::. : .: :. .:: .
CCDS47 DLSIGYSSVRKLVKLSAVQFMLNNHTSEH--FSFLGINNQSNLTDMRCRTTFYTALGRLL
620 630 640 650 660 670
770 780 790 800 810 820
pF1KSD HMDTETKQQYWTEVLQPLQQRFLRVINQENFQQMCQQEEVKQEITATLEALCGIAEATQI
.: .. . . . :: : : .. . ... .:: .:. ... .. : ::: : .
CCDS47 MVDLGEDEDQYEQFMLPLTAAFEAVAQMFSTNSFNEQE-AKRTLVGLVRDLRGIAFAFNA
680 690 700 710 720 730
830 840 850 860 870
pF1KSD D-NVAILFNFLM-DFLTNCIGLMEVYKNTPETVNLIIEVFVEVAHKQICYL----GESKA
. .::.... ... .:.. . : .. ......:..:.. : . ..
CCDS47 KTSFMMLFEWIYPSYMPILQRAIELWYHDPACTTPVLKLMAELVHNRSQRLQFDVSSPNG
740 750 760 770 780 790
880 890 900 910 920 930
pF1KSD MNLYEACLTLLQVYSKN--NLGRQRIDVTAEEEQYQDLLLIMELLTNLLSKEFIDFSDTD
. :.. .. .:.. .::. : . . . . . . .: :: ...:.
CCDS47 ILLFRETSKMITMYGNRILTLGEVPKD-QVYALKLKGISICFSMLKAALSGSYVNFG---
800 810 820 830 840 850
940 950 960 970 980 990
pF1KSD EVFRGHEPGQAANRSVSAADVVLYG-VNLILPLMSQDLLKFPTLCNQYYKLITFICEIFP
::: . :. .: : .: ..:.: . .::: .: : ..::.:. . .
CCDS47 -VFRLY--GD------DALDNALQTFIKLLLSIPHSDLLDYPKLSQSYYSLLEVLTQDHM
860 870 880 890 900
1000 1010 1020 1030
pF1KSD EKIPQLPEDLFKSLMYSLELGMTSMSSEVCQLCLEAL----TPLAEQCAKA---------
. : .: .. .. :. :.:.... :: : : : : .: ...
CCDS47 NFIASLEPHVIMYILSSISEGLTALDTMVCTGCCSCLDHIVTYLFKQLSRSTKKRTTPLN
910 920 930 940 950 960
1040 1050 1060 1070 1080 1090
pF1KSD QETDSPLFLATRH------FLKLVFDMLVLQKHNTEMTTAAGEAFYTLVCLHQAEYSELV
::.: : . .: .:. :....... .. . . . . :. :.. .:.:
CCDS47 QESDRFLHIMQQHPEMIQQMLSTVLNIIIFEDCRNQWSMS--RPLLGLILLNEKYFSDLR
970 980 990 1000 1010 1020
1100 1110 1120 1130 1140 1150
pF1KSD ETLLSSQQDPVIYQRLADAFNKLTASSTPPTLDRKQKMAFLKSLEEFMANVGGLLCVK
.....:: : : . :..: . .: :.. : ..: : .:
CCDS47 NSIVNSQP-PEKQQAMHLCFENLMEG-IERNLLTKNRDRFTQNLSAFRREVNDSMKNSTY
1030 1040 1050 1060 1070
CCDS47 GVNSNDMMS
1080
1151 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:04:39 2016 done: Thu Nov 3 07:04:40 2016
Total Scan time: 4.670 Total Display time: 0.120
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]