Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1830
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1830, 454 aa
1>>>pF1KSDA1830 454 - 454 aa - 454 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7356+/-0.000985; mu= 15.5459+/- 0.059
mean_var=68.4545+/-13.610, 0's: 0 Z-trim(103.6): 36 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.155015
statistics sampled from 7436 (7472) to 7436 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.596), E-opt: 0.2 (0.23), width: 16
Scan time: 2.660
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32840.1 TMX3 gene_id:54495|Hs108|chr18 ( 454) 3012 682.9 1.8e-196
CCDS11787.1 P4HB gene_id:5034|Hs108|chr17 ( 508) 320 80.9 3.4e-15
CCDS5893.1 PDIA4 gene_id:9601|Hs108|chr7 ( 645) 303 77.1 5.9e-14
CCDS10101.1 PDIA3 gene_id:2923|Hs108|chr15 ( 505) 299 76.2 8.8e-14
CCDS62852.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 ( 437) 282 72.3 1.1e-12
CCDS1675.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 ( 440) 282 72.3 1.1e-12
CCDS62853.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 ( 445) 282 72.3 1.1e-12
CCDS62855.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 ( 488) 282 72.4 1.2e-12
CCDS62854.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 ( 492) 282 72.4 1.2e-12
>>CCDS32840.1 TMX3 gene_id:54495|Hs108|chr18 (454 aa)
initn: 3012 init1: 3012 opt: 3012 Z-score: 3640.7 bits: 682.9 E(32554): 1.8e-196
Smith-Waterman score: 3012; 100.0% identity (100.0% similar) in 454 aa overlap (1-454:1-454)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDDIWLVDFYAPWCGHCKKLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MAAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDDIWLVDFYAPWCGHCKKLE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PIWNEVGLEMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLKGDLAYNYRGPRTKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PIWNEVGLEMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLKGDLAYNYRGPRTKD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDAASELIVYTYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDAASELIVYTYF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FSASEEVVPEYVTLKEMPAVLVFKDETYFVYDEYEDGDLSSWINRERFQNYLAMDGFLLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FSASEEVVPEYVTLKEMPAVLVFKDETYFVYDEYEDGDLSSWINRERFQNYLAMDGFLLY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD ELGDTGKLVALAVIDEKNTSVEHTRLKSIIQEVARDYRDLFHRDFQFGHMDGNDYINTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ELGDTGKLVALAVIDEKNTSVEHTRLKSIIQEVARDYRDLFHRDFQFGHMDGNDYINTLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD MDELTVPTVVVLNTSNQQYFLLDRQIKNVEDMVQFINNILDGTVEAQGGDSILQRLKRIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MDELTVPTVVVLNTSNQQYFLLDRQIKNVEDMVQFINNILDGTVEAQGGDSILQRLKRIV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FDAKSTIVSIFKSSPLMGCFLFGLPLGVISIMCYGIYTADTDGGYIEERYEVSKSENENQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FDAKSTIVSIFKSSPLMGCFLFGLPLGVISIMCYGIYTADTDGGYIEERYEVSKSENENQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KSD EQIEESKEQQEPSSGGSVVPTVQEPKDVLEKKKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EQIEESKEQQEPSSGGSVVPTVQEPKDVLEKKKD
430 440 450
>>CCDS11787.1 P4HB gene_id:5034|Hs108|chr17 (508 aa)
initn: 288 init1: 249 opt: 320 Z-score: 386.3 bits: 80.9 E(32554): 3.4e-15
Smith-Waterman score: 320; 31.3% identity (63.6% similar) in 195 aa overlap (45-232:45-229)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD TVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDDIWLVDFYAPWCGHCKKLEPIWNEVGLEMKSIG
::.:::::::::: : : . ... ..:. :
CCDS11 VRADAPEEEDHVLVLRKSNFAEALAAHKYLLVEFYAPWCGHCKALAPEYAKAAGKLKAEG
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KSD SPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLK-GDLAY--NYRGPRTKDDIIEFAHRVSG
: ....:.::: :..:...:::::::::... :: : .: . : :::... .. .:
CCDS11 SEIRLAKVDATEESDLAQQYGVRGYPTIKFFRNGDTASPKEYTAGREADDIVNWLKKRTG
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180
pF1KSD ALIRPLPSQQMFEHMQKRHRV----FFVYVGGESPLKEKYIDAASELIVYTYFFSASEEV
::. : . . .: :: : :: .....:: . . .... .:
CCDS11 PAATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDV--ESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDV
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VPEYVTLKEMPAVLVFKDETYFVYDEYEDGDLSSWINRERFQNYLAMDGFLLYELGDTGK
.: :. .:..:: .:: .. .. . ...: . ...
CCDS11 FSKYQLDKD--GVVLFKK-----FDEGRN-NFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQT
200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LVALAVIDEKNTSVEHTRLKSIIQEVARDYRDLFHRDFQFGHMDGNDYINTLLMDELTVP
CCDS11 APKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEF
250 260 270 280 290 300
>>CCDS5893.1 PDIA4 gene_id:9601|Hs108|chr7 (645 aa)
initn: 301 init1: 301 opt: 303 Z-score: 364.1 bits: 77.1 E(32554): 5.9e-14
Smith-Waterman score: 352; 38.8% identity (66.9% similar) in 160 aa overlap (33-187:185-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRND-DIWLVDFYAPWCGHCKKLEP
:.: : :: :: ::.:::::::::::: :
CCDS58 RTQEEIVAKVREVSQPDWTPPPEVTLVLTKENFDEVVNDADIILVEFYAPWCGHCKKLAP
160 170 180 190 200 210
70 80 90 100 110 120
pF1KSD IWNEVGLEMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLKGDLAYNYRGPRTKDD
..... :... . :. ..:.:::. ...:..: : ::::.:... :.: ::: :
CCDS58 EYEKAAKELSKRSPPIPLAKVDATAETDLAKRFDVSGYPTLKIFRKGRPYDYNGPREKYG
220 230 240 250 260 270
130 140 150 160 170
pF1KSD IIEFAHRVSGALIRP-LPSQQMFEHMQKRHRVFFVYV-GGES-PLKEKYIDAASELIV-Y
:... . :: . : .:. : .. :... : ::: : ..: :::..: :
CCDS58 IVDYMIEQSGPPSKEILTLKQVQEFLKDGDDVIIIGVFKGESDPAYQQYQDAANNLREDY
280 290 300 310 320 330
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TYFFSASEEVVPEYVTLKEMPAVLVFKDETYFVYDEYEDGDLSSWINRERFQNYLAMDGF
. . : :.
CCDS58 KFHHTFSTEIAKFLKVSQGQLVVMQPEKFQSKYEPRSHMMDVQGSTQDSAIKDFVLKYAL
340 350 360 370 380 390
>--
initn: 296 init1: 296 opt: 303 Z-score: 364.1 bits: 77.1 E(32554): 5.9e-14
Smith-Waterman score: 303; 43.5% identity (69.4% similar) in 108 aa overlap (32-138:69-176)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD AAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRND-DIWLVDFYAPWCGHCKKLE
: .: . : : :..::::::::::..
CCDS58 EDEEEEEEEDDDEEEDDLEVKEENGVLVLNDANFDNFVADKDTVLLEFYAPWCGHCKQFA
40 50 60 70 80 90
70 80 90 100 110 120
pF1KSD PIWNEVGLEMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLKGDLAYNYRGPRTKD
: ..... .:. :. :.:.:::: : .::.: : ::::::.:: : .:.: ::..
CCDS58 PEYEKIANILKDKDPPIPVAKIDATSASVLASRFDVSGYPTIKILKKGQAVDYEGSRTQE
100 110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KSD DIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDAASELIVYTYF
.:. ...:: : :
CCDS58 EIVAKVREVSQPDWTPPPEVTLVLTKENFDEVVNDADIILVEFYAPWCGHCKKLAPEYEK
160 170 180 190 200 210
>>CCDS10101.1 PDIA3 gene_id:2923|Hs108|chr15 (505 aa)
initn: 229 init1: 134 opt: 299 Z-score: 360.9 bits: 76.2 E(32554): 8.8e-14
Smith-Waterman score: 339; 24.7% identity (59.3% similar) in 344 aa overlap (28-345:28-362)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDD-----IWLVDFYAPWCGH
.: :..: :.: .: . ::.:.::::::
CCDS10 MRLRRLALFPGVALLLAAARLAAASDVLELTDDNF-ESRISDTGSAGLMLVEFFAPWCGH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD CKKLEPIWNEVGLEMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLK-GDLAYNYR
::.: : .. .. ..:.: : ..:.: :. .. ...:: ::::.:... :. : :
CCDS10 CKRLAPEYEAAATRLKGI---VPLAKVDCTANTNTCNKYGVSGYPTLKIFRDGEEAGAYD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD GPRTKDDIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHM--QKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDAAS
:::: : :. .. .: :: ... :... .: . . . : . ... :::
CCDS10 GPRTADGIVSHLKKQAGPASVPLRTEEEFKKFISDKDASIVGFFDDSFSEAHSEFLKAAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KSD ELI-VYTYFFSASEEVVPEYVTLKE-----MPAVLV--FKDETY-FVYDEYEDGDLSSWI
.: : . . : .: :: : :. :. :.:.: .. ... .: ....:
CCDS10 NLRDNYRFAHTNVESLVNEYDDNGEGIILFRPSHLTNKFEDKTVAYTEQKMTSGKIKKFI
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD NRERFQ--NYLAMDGFLLYELGDTGKLVALAVIDEKNTSVEHTRLKSIIQEVARDYRDLF
... : ... :. : . : :.: .: .... . .. .. ::. . :
CCDS10 QENIFGICPHMTEDNKDLIQGKDL--LIAYYDVDYEKNAKGSNYWRNRVMMVAKKFLDAG
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KSD HR-DFQ------FGHMDGNDYINTLLMDELTVPTVVVLNTSNQQYFLLDRQIKNVEDMVQ
:. .: :.: . .:. : .:.:.. ....... . .. .. . . .
CCDS10 HKLNFAVASRKTFSH-ELSDF--GLESTAGEIPVVAIRTAKGEKFVMQEEFSRDGKALER
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD FINNILDGTVEAQGGDSILQRLKRIVFDAKSTIVSIFKSSPLMGCFLFGLPLGVISIMCY
:... .::...
CCDS10 FLQDYFDGNLKRYLKSEPIPESNDGPVKVVVAENFDEIVNNENKDVLIEFYAPWCGHCKN
360 370 380 390 400 410
>>CCDS62852.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 (437 aa)
initn: 428 init1: 159 opt: 282 Z-score: 341.4 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 329; 46.2% identity (72.6% similar) in 106 aa overlap (25-126:157-262)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRND--DIWLVDFYAPW
: .: :.:: .: : :.:.:.:::::
CCDS62 ALRQLVKDRLGGRSGGYSSGKQGRSDSSSKKDVIELTDDSFDKNVLDSEDVWMVEFYAPW
130 140 150 160 170 180
60 70 80 90 100 110
pF1KSD CGHCKKLEPIWNEVGLEMK-SIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLL-KGDLA
:::::.::: : .. :.: . . ::.. .::: . .::..:.::.::::.. ::.
CCDS62 CGHCKNLEPEWAAAASEVKEQTKGKVKLAAVDATVNQVLASRYGIRGFPTIKIFQKGESP
190 200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YNYRGPRTKDDIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDA
.: : ::..::. :
CCDS62 VDYDGGRTRSDIVSRALDLFSDNAPPPELLEIINEDIAKRTCEEHQLCVVAVLPHILDTG
250 260 270 280 290 300
>--
initn: 276 init1: 159 opt: 282 Z-score: 341.4 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 282; 38.4% identity (74.7% similar) in 99 aa overlap (39-135:38-133)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD ALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDDIWLVDFYAPWCGHCKKLEPIWNEVGL
..:..:::.:::::::::..: : :....
CCDS62 CTFFLAVNGLYSSSDDVIELTPSNFNREVIQSDSLWLVEFYAPWCGHCQRLTPEWKKAAT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLKGDLAY--NYRGPRTKDDIIEFA
.:.. :::: .:: .. :.....::.:.::::.. .. .:.: :: . :.. :
CCDS62 ALKDV---VKVGAVDADKHHSLGGQYGVQGFPTIKIFGSNKNRPEDYQGGRTGEAIVDAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDAASELIVYTYFFSASEE
. :..
CCDS62 LSALRQLVKDRLGGRSGGYSSGKQGRSDSSSKKDVIELTDDSFDKNVLDSEDVWMVEFYA
130 140 150 160 170 180
>>CCDS1675.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 (440 aa)
initn: 428 init1: 159 opt: 282 Z-score: 341.3 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 329; 46.2% identity (72.6% similar) in 106 aa overlap (25-126:160-265)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRND--DIWLVDFYAPW
: .: :.:: .: : :.:.:.:::::
CCDS16 ALRQLVKDRLGGRSGGYSSGKQGRSDSSSKKDVIELTDDSFDKNVLDSEDVWMVEFYAPW
130 140 150 160 170 180
60 70 80 90 100 110
pF1KSD CGHCKKLEPIWNEVGLEMK-SIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLL-KGDLA
:::::.::: : .. :.: . . ::.. .::: . .::..:.::.::::.. ::.
CCDS16 CGHCKNLEPEWAAAASEVKEQTKGKVKLAAVDATVNQVLASRYGIRGFPTIKIFQKGESP
190 200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YNYRGPRTKDDIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDA
.: : ::..::. :
CCDS16 VDYDGGRTRSDIVSRALDLFSDNAPPPELLEIINEDIAKRTCEEHQLCVVAVLPHILDTG
250 260 270 280 290 300
>--
initn: 276 init1: 159 opt: 282 Z-score: 341.3 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 282; 38.4% identity (74.7% similar) in 99 aa overlap (39-135:41-136)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD ALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDDIWLVDFYAPWCGHCKKLEPIWNEVGL
..:..:::.:::::::::..: : :....
CCDS16 CTFFLAVNGLYSSSDDVIELTPSNFNREVIQSDSLWLVEFYAPWCGHCQRLTPEWKKAAT
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KSD EMKSIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLLKGDLAY--NYRGPRTKDDIIEFA
.:.. :::: .:: .. :.....::.:.::::.. .. .:.: :: . :.. :
CCDS16 ALKDV---VKVGAVDADKHHSLGGQYGVQGFPTIKIFGSNKNRPEDYQGGRTGEAIVDAA
80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDAASELIVYTYFFSASEE
. :..
CCDS16 LSALRQLVKDRLGGRSGGYSSGKQGRSDSSSKKDVIELTDDSFDKNVLDSEDVWMVEFYA
130 140 150 160 170 180
>>CCDS62853.1 PDIA6 gene_id:10130|Hs108|chr2 (445 aa)
initn: 428 init1: 159 opt: 282 Z-score: 341.3 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 329; 46.2% identity (72.6% similar) in 106 aa overlap (25-126:165-270)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAAWKSWTALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRND--DIWLVDFYAPW
: .: :.:: .: : :.:.:.:::::
CCDS62 ALRQLVKDRLGGRSGGYSSGKQGRSDSSSKKDVIELTDDSFDKNVLDSEDVWMVEFYAPW
140 150 160 170 180 190
60 70 80 90 100 110
pF1KSD CGHCKKLEPIWNEVGLEMK-SIGSPVKVGKMDATSYSSIASEFGVRGYPTIKLL-KGDLA
:::::.::: : .. :.: . . ::.. .::: . .::..:.::.::::.. ::.
CCDS62 CGHCKNLEPEWAAAASEVKEQTKGKVKLAAVDATVNQVLASRYGIRGFPTIKIFQKGESP
200 210 220 230 240 250
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YNYRGPRTKDDIIEFAHRVSGALIRPLPSQQMFEHMQKRHRVFFVYVGGESPLKEKYIDA
.: : ::..::. :
CCDS62 VDYDGGRTRSDIVSRALDLFSDNAPPPELLEIINEDIAKRTCEEHQLCVVAVLPHILDTG
260 270 280 290 300 310
>--
initn: 276 init1: 159 opt: 282 Z-score: 341.3 bits: 72.3 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 282; 38.4% identity (74.7% similar) in 99 aa overlap (39-135:46-141)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD ALRLCATVVVLDMVVCKGFVEDLDESFKENRNDDIWLVDFYAPWCGHCKKLEPIWNEVGL
..:..:::.:::::::::..: : :....
CCDS62 CTFFLAVNGLYSSSDDVIELTPSNFNREVIQSDSLWLVEFYAPWCGHCQRLTPEWKKAAT
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]