Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1857
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1857, 530 aa
1>>>pF1KSDA1857 530 - 530 aa - 530 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5472+/-0.00111; mu= 13.3855+/- 0.066
mean_var=152.0519+/-29.468, 0's: 0 Z-trim(108.9): 120 B-trim: 17 in 2/49
Lambda= 0.104011
statistics sampled from 10427 (10551) to 10427 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.683), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 3.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6946.1 NTNG2 gene_id:84628|Hs108|chr9 ( 530) 3870 593.1 2.6e-169
CCDS44180.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 539) 2373 368.5 1.1e-101
CCDS30785.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 438) 1516 239.8 5e-63
CCDS44179.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 480) 1501 237.6 2.5e-62
CCDS81354.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 460) 1500 237.4 2.7e-62
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20 (3695) 657 111.9 1.3e-23
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16 ( 580) 574 98.6 2.1e-20
CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 ( 772) 510 89.1 2e-17
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17 ( 604) 508 88.7 2.1e-17
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761) 510 89.5 3.5e-17
CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12 ( 628) 494 86.6 9.3e-17
CCDS5138.1 LAMA2 gene_id:3908|Hs108|chr6 (3122) 497 87.8 2e-16
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172) 455 81.0 8.2e-15
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798) 440 79.0 5.2e-14
CCDS33068.1 NTN5 gene_id:126147|Hs108|chr19 ( 489) 387 70.4 5.3e-12
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (1546) 384 70.5 1.6e-11
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (5202) 384 71.1 3.6e-11
>>CCDS6946.1 NTNG2 gene_id:84628|Hs108|chr9 (530 aa)
initn: 3870 init1: 3870 opt: 3870 Z-score: 3153.1 bits: 593.1 E(32554): 2.6e-169
Smith-Waterman score: 3870; 99.8% identity (100.0% similar) in 530 aa overlap (1-530:1-530)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDYVKVKVEPSGIT
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CCDS69 MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDYVKVKVEPSGIT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD CGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQSITWSRYPSPLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 CGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQSITWSRYPSPLE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAEDCMEAFGMSAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 ANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAEDCMEAFGMSAR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRNMDNLYTRLESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 RARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRNMDNLYTRLESA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKCNLHANLCSMRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 KGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKCNLHANLCSMRE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAAGSFGNCECYGHSN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS69 GSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACATAGSFGNCECYGHSN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD RCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIGSVHDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 RCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIGSVHDR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD CNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTCLQNQRCACPRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 CNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTCLQNQRCACPRG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KSD YTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPRPATLLGCLLLLGLAARLGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS69 YTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPRPATLLGCLLLLGLAARLGR
490 500 510 520 530
>>CCDS44180.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 (539 aa)
initn: 1495 init1: 1495 opt: 2373 Z-score: 1939.0 bits: 368.5 E(32554): 1.1e-101
Smith-Waterman score: 2373; 59.9% identity (82.1% similar) in 519 aa overlap (13-528:24-537)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
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CCDS44 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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CCDS44 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
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CCDS44 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
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CCDS44 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
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CCDS44 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAA-G
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CCDS44 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTCIPSIS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD SFGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIE
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CCDS44 SIGNCECFGHSNRCSYIDLLNTVICVSCKHNTRGQHCELCRLGYFRNASAQLDDENVCIE
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD CNCNQIGSVHDRCNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGT
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CCDS44 CYCNPLGSIHDRCNGSGFCECKTGTTGPKCDECLPGNSWHYGCQPNVCDNELLHCQNGGT
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KSD CLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLAA
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CCDS44 CHNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTAS
480 490 500 510 520 530
530
pF1KSD RLGR
:
CCDS44 PLVF
>>CCDS30785.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 (438 aa)
initn: 1688 init1: 871 opt: 1516 Z-score: 1245.1 bits: 239.8 E(32554): 5e-63
Smith-Waterman score: 1524; 45.6% identity (64.9% similar) in 518 aa overlap (13-528:24-436)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
::. : ::.::. . :.:: .:...::::. . :
CCDS30 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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CCDS30 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
::..::.::..::::::.::.::::..:.::: ::: :.:::::: ::::::::.::
CCDS30 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
CCDS30 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
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CCDS30 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAAGS
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CCDS30 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTC-----
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD FGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIEC
. .:
CCDS30 ---------------------IPSIS----------------------------------
410 420 430 440 450 460
pF1KSD NCNQIGSVHDRCNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTC
.::. ::::.. : :::::::
CCDS30 ---SIGT-------------------------------------NVCDNELLHCQNGGTC
360 370
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLAAR
.: :: :: .:::. ::. ::. : :. : . :: :. :: :: ::: :.
CCDS30 HNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTASP
380 390 400 410 420 430
530
pF1KSD LGR
:
CCDS30 LVF
>>CCDS44179.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 (480 aa)
initn: 1694 init1: 871 opt: 1501 Z-score: 1232.4 bits: 237.6 E(32554): 2.5e-62
Smith-Waterman score: 1602; 47.3% identity (69.2% similar) in 520 aa overlap (13-528:24-478)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
::. : ::.::. . :.:: .:...::::. . :
CCDS44 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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CCDS44 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
::..::.::..::::::.::.::::..:.::: ::: :.:::::: ::::::::.::
CCDS44 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
CCDS44 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
: .:: .:...: :..:::.::::.::::::.: .:.. .: .::::::.:.: :::::
CCDS44 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAA-G
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CCDS44 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTCIPSIS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD SFGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDD-ENVCI
:.:: . :: . .: : :... ..:
CCDS44 SIGNPPKF---NR--------IWPNIS---------------------SLEVSNPKQVAP
360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KSD ECNCNQIGSVHDRCNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGG
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CCDS44 KLALSTVSSVQ--------------VANHK--------------RANVCDNELLHCQNGG
390 400 410
470 480 490 500 510 520
pF1KSD TCLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLA
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CCDS44 TCHNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTA
420 430 440 450 460 470
530
pF1KSD ARLGR
. :
CCDS44 SPLVF
480
>>CCDS81354.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 (460 aa)
initn: 1694 init1: 871 opt: 1500 Z-score: 1231.8 bits: 237.4 E(32554): 2.7e-62
Smith-Waterman score: 1570; 46.8% identity (67.1% similar) in 519 aa overlap (13-528:24-458)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
::. : ::.::. . :.:: .:...::::. . :
CCDS81 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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CCDS81 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
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CCDS81 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
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CCDS81 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
: .:: .:...: :..:::.::::.::::::.: .:.. .: .::::::.:.: :::::
CCDS81 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAA-G
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CCDS81 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTCIPSIS
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD SFGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIE
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CCDS81 SIGNPPKF---NR--------IWPNIS---------------------SLEVSN------
360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KSD CNCNQIGSVHDRCNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGT
:: ::::.. : ::::::
CCDS81 ---------------------------PK--------------QANVCDNELLHCQNGGT
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470 480 490 500 510 520
pF1KSD CLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLAA
: .: :: :: .:::. ::. ::. : :. : . :: :. :: :: ::: :.
CCDS81 CHNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTAS
410 420 430 440 450
530
pF1KSD RLGR
:
CCDS81 PLVF
460
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.. ::: . . .. : : . : :.: .
CCDS33 AASATCGEEAPARGSPRPTEDLYCKLVGGPVAGGDPNQTI---RGQY-C-DICTAANSNK
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90 100 110 120 130 140
pF1KSD AHPPRLMFDKEEEGLATYWQSITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTV
::: .: : .::: :: :.:.::. ... ... .. . :: .
CCDS33 AHPASNAID----GTERWWQSPPLSRGLEYNEVNVTLDLGQVFHVAYVLIKFANSPRPDL
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150 160 170 180 190 200
pF1KSD MVLEKSLDNGRTWQPYQFYA---EDCMEAFGMSA--RRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWA
:::.:.: :::.::.::.: .::.: :: .. : .:: .. .:: :::: .
CCDS33 WVLERSMDFGRTYQPWQFFASSKRDCLERFGPQTLERITRDDAA------ICTTEYSRIV
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210 220 230 240 250 260
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.. . : : : : :.. :. : :.:: :..:.:.:: :
CCDS33 PLENGEIVVSLVNGR------PGAMNFS--YSPL-----LREFTKATNVRLRFLRTNTLL
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270 280 290 300 310
pF1KSD G---GTYVQRENL-YKYFYAISNIEVIGRCKCNLHANLCSMREGS----LQCECEHNTTG
: : .. .. .:.:.:..: . ::: :. ::. :. .. . ::: :.::: :
CCDS33 GHLMGKALRDPTVTRRYYYSIKDISIGGRCVCHGHADACDAKDPTDPFRLQCTCQHNTCG
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320 330 340 350 360
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: .: .: . :. : .: : : . :.::::.. : : .:
CCDS33 GTCDRCCPGFNQQPWK-----PATANSANECQS------CNCYGHATDCYYDPEVDRRRA
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pF1KSD -------FLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIGSVHD
. . .:..:.:.: : .:..: :.::. . ::. .:: .:::.. .
CCDS33 SQSLDGTYQGGGVCIDCQHHTTGVNCERCLPGFYRSPNHPLDSPHVCRRCNCES-DFTDG
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420 430 440 450 460
pF1KSD RCNE-TGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYP--NVCDD--DQLL---------CQN
:.. :: : :: . .: .:: : .::: . .: .:.: :.
CCDS33 TCEDLTGRCYCRPNFSGERCDVCAEGFTGFPSCYPTPSSSNDTREQVLPAGQIVNCDCSA
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470 480 490 500 510
pF1KSD GGT----CLQNQR---CACPRGYTGVRCEQPRCDPA-DDDGGLDCD-RAPGAAPRPATLL
.:: : .. : : : .. :..:: : :. : :. .::.:
CCDS33 AGTQGNACRKDPRVGRCLCKPNFQGTHCEL--CAPGFYGPGCQPCQCSSPGVADDRCDPD
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520 530
pF1KSD GCLLLLGLAARLGR
CCDS33 TGQCRCRVGFEGATCDRCAPGYFHFPLCQLCGCSPAGTLPEGCDEAGRCLCQPEFAGPHC
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pF1KSD HPPRLMFDKEEEGLATYWQSITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVM
: : :. . . :.: . : .::....:. .:. ::. : . : . :. .
CCDS10 HSPALLTSPGGTASPLCWRSESLPR--APLNVTLTVPLGKAFELVF-VSLRFCSAPPASV
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pF1KSD VLEKSLDNGRTWQPYQFYAEDCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEK
.: :: :.::.: : :.. : .: : . .. . ..:: . :
CCDS10 ALLKSQDHGRSWAPLGFFSSHCDLDYGRLPAPA-NGPAGPGPEALCFP--APLAQPDGSG
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pF1KSD HVRFEVRDRFAIFAGPDLRNMDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRE
. : ..: ..: ..: :.:. :... : ::.:. : ::. .: . :
CCDS10 LLAFSMQD-----SSPP--GLD-----LDSSPVLQDWVTATDVRVVLTRPSTAGDPRDME
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pF1KSD NLYKYFYAISNIEVIGRCKCNLHANLCSM-REGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSW
. : :: ....: :::::: ::. : . .: : :.:.:.: :::::.:: . : :
CCDS10 AVVPYSYAATDLQVGGRCKCNGHASRCLLDTQGHLICDCRHGTEGPDCGRCKPFYCDRPW
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CCDS10 QRATARE-----SHACLA------CSCNGHARRCRFNMELYRLSGRRSGGVCLNCRHNTA
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pF1KSD GQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIGSVHDRCNET-GFCECREGAAGPKCDD
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CCDS10 GRHCHYCREGFYRDPGRALSDRRACRACDCHPVGAAGKTCNQTTGQCPCKDGVTGLTCNR
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pF1KSD CLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTCLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGL
: :
CCDS10 CAPGFQQSRSPVAPCVKTPIPGPTEDSSPVQPQDCDSHCKPARGSYRISLKKFCKKDYAV
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:.:: .: .... .:. ... ..: .:: : . : ..: : :.
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.. ..: :. .... :::.::. . . .:: . . : ..: ::.::. ..
CCDS83 FE-IENPYS-----PYIQDLVTLTNLRINFTKLHTLGDALLGRRQNDSLDKYYYALYEMI
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: : : :: ::. : .:: : . :: :.::: ::.: .:: :. ::
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.. : . ::: . : : .::.:: . :. . .. : .:.:::.:
CCDS83 AADL-----QDNACRS------CSCNSHSSRCHF-DMTTYLASGGLSGGVCEDCQHNTEG
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:::..:: .::. ..: .:: :.:. :.. : . .: : :.:.
CCDS83 QHCDRCRPLFYRDPLKTISDPYACIPCECDPDGTISGGICVSHSDPALGSVAGQCLCKEN
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pF1KSD AAGPKCDDCLPTHYWRQ-----GCYPNVCDD----DQLLCQ-NGGTCL-----QNQRCA-
. : :::.: :.:: . :: : :. : :. . : :: . .:
CCDS83 VEGAKCDQCKPNHYGLSATDPLGCQPCDCNPLGSLPFLTCDVDTGQCLCLSYVTGAHCEE
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pF1KSD CPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPRPATLLGCLLLLGLAARLGR
: :: :. . :.: : : :
CCDS83 CTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPKNGQCECRPHVTGRSCSEPAPGYFFAPL
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CCDS11 DPCSDENGHPRRCIPDFVNAAFGKDVRVSSTCGRPPARYCVVSERGEERLRSC-HLCNAS
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pF1KSD NPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQSITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYG
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CCDS11 DPKKAHPPAFLTDLNNPHNLTCWQSENYLQFPH--NVTLTLSLGKKFEVTY-VSLQFCSP
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:: :.. ::.: :::: :.:::. .: . .. .:: ..... ....::. ..
CCDS11 RPESMAIYKSMDYGRTWVPFQFYSTQCRKMYN-RPHRA-PITKQNEQEAVCTDSHTDMR-
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pF1KSD SKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRNMDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLR-PALGG
. . : . : . :. ...:: . :... : ::.:. . : ..:
CCDS11 PLSGGLIAFSTLD-----GRPSAHDFDN-------SPVLQDWVTATDIRVAFSRLHTFGD
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pF1KSD TYVQRENLYK--YFYAISNIEVIGRCKCNLHANLCSM-REGSLQCECEHNTTGPDCGKCK
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CCDS11 ENEDDSELARDSYFYAVSDLQVGGRCKCNGHAARCVRDRDDSLVCDCRHNTAGPECDRCK
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CCDS11 PFHYDRPWQRATAR------EANECVA------CNCNLHARRCRFNMELYKLSGRKSGGV
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pF1KSD CVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIGSVHDRCNET-GFCECRE
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CCDS11 CLNCRHNTAGRHCHYCKEGYYRDMGKPITHRKACKACDCHPVGAAGKTCNQTTGQCPCKD
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pF1KSD GAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTCLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRC
:..: :. :
CCDS11 GVTGITCNRCAKGYQQSRSPIAPCIKIPVAPPTTAASSVEEPEDCDSYCKASKGKLKINM
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10 20 30 40 50
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: :.:::: :. : : : ..: ::.: . : .... :.
CCDS34 MQFQLTLFLHLGWLSYSKAQDDC------NRG------ACHPTTGDLLVGRNTQLMASS-
10 20 30 40
60 70 80 90 100
pF1KSD TCG-DPPERFC--SH-ENPYLCSNECDASNP-DLAHPPR------LMFDKEEEGLATYWQ
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CCDS34 TCGLSRAQKYCILSYLEGEQKCFI-CDSRFPYDPYDQPNSHTIENVIVSFEPDREKKWWQ
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pF1KSD SITWSRYPSPLE-ANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFY
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CCDS34 S------ENGLDHVSIRLDLEALFRFSH-LILTFKTFRPAAMLVERSTDYGHNWKVFKYF
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KSD AEDCMEAF-GMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPD
:.:: .: .... .:. ... ..: .:: : . : ..: : :.
CCDS34 AKDCATSFPNITSGQAQGVGD-----IVCDSKYSDIEPSTGGE-VVLKVLD-------PS
160 170 180 190 200
230 240 250 260 270 280
pF1KSD LRNMDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLR-PALGGTYV---QRENLYKYFYAISNIE
.. ..: :. .... :::.::. . . .:: . . : ..: ::.::. ..
CCDS34 FE-IENPYS-----PYIQDLVTLTNLRINFTKLHTLGDALLGRRQNDSLDKYYYALYEMI
210 220 230 240 250 260
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pF1KSD VIGRCKCNLHANLC----SMR------EGSL--QCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRA
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CCDS34 VRGSCFCNGHASECRPMQKMRGDVFSPPGMVHGQCVCQHNTDGPNCERCKDFFQDAPWRP
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pF1KSD GSYLPLPHGSPNACAAAGSFGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVT--------CVSCKHNTRG
.. : . ::: . : : .::.:: . :. . .. : .:.:::.:
CCDS34 AADL-----QDNACRS------CSCNSHSSRCHF-DMTTYLASGGLSGGVCEDCQHNTEG
330 340 350 360
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pF1KSD QHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIECNCNQIGSVHDR-C---------NETGFCECREG
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CCDS34 QHCDRCRPLFYRDPLKTISDPYACIPCECDPDGTISGGICVSHSDPALGSVAGQCLCKEN
370 380 390 400 410 420
440 450 460 470
pF1KSD AAGPKCDDCLPTHYWRQ-----GCYPNVCDD----DQLLCQ-NGGTCL-----QNQRCA-
. : :::.: :.:: . :: : :. : :. . : :: . .:
CCDS34 VEGAKCDQCKPNHYGLSATDPLGCQPCDCNPLGSLPFLTCDVDTGQCLCLSYVTGAHCEE
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD CPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPRPATLLGCLLLLGLAARLGR
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CCDS34 CTVGYWGLGNHLHGCSPCDCDIGGAYSNVCSPKNGQCECRPHVTGRSCSEPAPGYFFAPL
490 500 510 520 530 540
530 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:30:42 2016 done: Thu Nov 3 07:30:42 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]