Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1904
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1904, 820 aa
1>>>pF1KSDA1904 820 - 820 aa - 820 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3034+/-0.000395; mu= 11.7837+/- 0.025
mean_var=152.0756+/-32.983, 0's: 0 Z-trim(116.8): 321 B-trim: 1369 in 1/54
Lambda= 0.104003
statistics sampled from 27841 (28220) to 27841 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16
Scan time: 12.260
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_006715788 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_011513699 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_006715789 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_006715790 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_011513700 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
NP_001122108 (OMIM: 614964) protein ELFN1 precurso ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_011513703 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_016867692 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELF ( 828) 1557 246.3 4.2e-64
XP_016877935 (OMIM: 614179) PREDICTED: immunoglobu ( 468) 309 58.8 6.4e-08
NP_065902 (OMIM: 614179) immunoglobulin superfamil ( 745) 309 59.0 9.1e-08
NP_001123608 (OMIM: 614179) immunoglobulin superfa ( 745) 309 59.0 9.1e-08
NP_001123609 (OMIM: 614179) immunoglobulin superfa ( 745) 309 59.0 9.1e-08
XP_011520142 (OMIM: 614179) PREDICTED: immunoglobu ( 745) 309 59.0 9.1e-08
XP_011520143 (OMIM: 614179) PREDICTED: immunoglobu ( 745) 309 59.0 9.1e-08
NP_001123610 (OMIM: 614179) immunoglobulin superfa ( 745) 309 59.0 9.1e-08
NP_003052 (OMIM: 603742) slit homolog 1 protein pr (1534) 313 59.8 1e-07
NP_958934 (OMIM: 602059) immunoglobulin superfamil ( 428) 301 57.6 1.4e-07
NP_005536 (OMIM: 602059) immunoglobulin superfamil ( 428) 301 57.6 1.4e-07
NP_001010847 (OMIM: 615212) leucine-rich repeat-co ( 294) 296 56.7 1.7e-07
XP_016874279 (OMIM: 608870) PREDICTED: leucine-ric ( 623) 301 57.7 1.8e-07
XP_011536195 (OMIM: 608870) PREDICTED: leucine-ric (1041) 301 57.9 2.7e-07
NP_001129523 (OMIM: 608870) leucine-rich repeats a (1059) 301 57.9 2.7e-07
NP_700356 (OMIM: 608870) leucine-rich repeats and (1119) 301 57.9 2.8e-07
XP_016865268 (OMIM: 603745) PREDICTED: slit homolo (1460) 302 58.2 3.1e-07
NP_003053 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein is (1523) 302 58.2 3.2e-07
NP_001258875 (OMIM: 603745) slit homolog 3 protein (1530) 302 58.2 3.2e-07
XP_011512212 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1159) 295 57.1 5.4e-07
XP_005271426 (OMIM: 608869,615112) PREDICTED: leuc ( 958) 290 56.2 7.9e-07
NP_001299615 (OMIM: 608869,615112) leucine-rich re ( 962) 290 56.2 7.9e-07
NP_115605 (OMIM: 221200,609681) SLIT and NTRK-like ( 841) 289 56.0 7.9e-07
NP_055628 (OMIM: 608869,615112) leucine-rich repea (1065) 290 56.3 8.6e-07
XP_016864334 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1495) 290 56.4 1.1e-06
XP_011512211 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1499) 290 56.4 1.1e-06
XP_006714049 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1509) 290 56.4 1.1e-06
NP_001276065 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1521) 290 56.4 1.1e-06
NP_001276064 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein (1525) 290 56.4 1.1e-06
NP_004778 (OMIM: 603746) slit homolog 2 protein is (1529) 290 56.4 1.1e-06
XP_005248268 (OMIM: 603746) PREDICTED: slit homolo (1533) 290 56.4 1.1e-06
NP_004479 (OMIM: 173511) platelet glycoprotein V p ( 560) 278 54.2 1.8e-06
NP_001094861 (OMIM: 609792) leucine-rich repeat an ( 592) 277 54.1 2.1e-06
NP_036425 (OMIM: 269400,605158) peroxidasin homolo (1479) 276 54.3 4.7e-06
NP_443142 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and NT ( 696) 266 52.5 7.5e-06
NP_001268432 (OMIM: 137580,609678,613229) SLIT and ( 696) 266 52.5 7.5e-06
NP_001005214 (OMIM: 615218) leucine-rich repeat-co ( 313) 255 50.6 1.3e-05
XP_016872400 (OMIM: 600512,604619) PREDICTED: leuc ( 281) 253 50.3 1.5e-05
NP_001295204 (OMIM: 600512,604619) leucine-rich gl ( 291) 253 50.3 1.5e-05
NP_644807 (OMIM: 608302) leucine-rich repeat LGI f ( 548) 257 51.1 1.6e-05
NP_001137481 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 260 51.7 1.6e-05
NP_001137475 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 260 51.7 1.6e-05
NP_001137477 (OMIM: 300561) SLIT and NTRK-like pro ( 845) 260 51.7 1.6e-05
>>XP_006715788 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELFN1 i (828 aa)
initn: 2061 init1: 1013 opt: 1557 Z-score: 1271.9 bits: 246.3 E(85289): 4.2e-64
Smith-Waterman score: 2348; 49.1% identity (71.3% similar) in 863 aa overlap (4-819:9-827)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINS
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XP_006 MAGRGWGALWVCVAAATLLHAGGLARADCWLIEGDKGFVWLAICSQNQPPYEAIPQQINS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD TVHDLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKL
:. :::::::....: :.::.:::::: ::::::::.::::::: :: .:::::::::.:
XP_006 TIVDLRLNENRIRSVQYASLSRFGNLTYLNLTKNEIGYIEDGAFSGQFNLQVLQLGYNRL
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD SNLTEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLA
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XP_006 RNLTEGMLRGLGKLEYLYLQANLIEVVMASSFWECPNIVNIDLSMNRIQQLNSGTFAGLA
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180 190 200 210 220 230
pF1KSD SLMVCELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSL
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XP_006 KLSVCELYSNPFYCSCELLGFLRWLAAFTNATQTYDRMQCESPPVYSGYYLLGQGRRGHR
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240 250 260 270 280
pF1KSD NAIIVLQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQ--REPDENSGFNP-------DEILSVE--
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XP_006 SILSKLQSVCTEDSYAAEVVGPPRPASGRSQPGRSPPPPPPPEPSDMPCADDECFSGDGT
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KSD PP----ASSTTDASAGPAIKLHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLK
: . .:.: : : ::....: .:::..: .: :. .:: : ..::: : : :
XP_006 TPLVALPTLATQAEARPLIKVKQLTQNSATITVQLPSPFHRMYTLEHFNNSKASTVSRLT
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350 360 370 380 390
pF1KSD NKKEIVTLDKLRAHTEYTFCVTSLRNSRRFNHTCLTFTT-RDPVPGDLAPSTSTTTHYIM
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XP_006 KAQEEIRLTNLFTLTNYTYCVVSTSAGLRHNHTCLTICLPRLPSPPGPVPSPSTATHYIM
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400 410 420 430 440 450
pF1KSD TILGCLFGMVIVLGAVYYCLRKRRMQEEKQKSV-------NVKKTILEMRYGADVDAGSI
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XP_006 TILGCLFGMVLVLGAVYYCLRRRRRQEEKHKKAASAAAAGSLKKTIIELKYGPELEAPGL
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460 470 480 490 500
pF1KSD VHAAQKLGEPPVL-P--VSRMASIPSMIGEKLPTAKGLEAGLDTPKVATKGNYIEVRTGA
. :.. :.: : :.:. .:. :: . : .:.. :::: :.::.:.:::::
XP_006 A----PLSQGPLLGPEAVTRIPYLPAA-GE-VEQYKLVESA-DTPK-ASKGSYMEVRTGD
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pF1KSD GGDG----LARPEDDLPDLENGQGSAAEISTIAKEVDKVNQIINNCIDALKLDSASFLG-
. :.:: :: .:.:.::::::::::::::::::::::::: .:.:: :
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pF1KSD --GGSSSGDPELAFECQSLPAAAAASSATGPGALERPSFLSPSYKESSHHPLQRQLSADA
: : ..: :.. : : :: . .::.:.::.. : :::. :..:
XP_006 KSGPVSVAEPPLVL--LSEPLAA------------KHGFLAPGYKDAFGHSLQRHHSVEA
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pF1KSD AVTRKTCSVSSSGSIKSAKVFSLD-VPDHPAATGLAKGDSKYIEKGSPLNSPLDRLPLVP
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XP_006 AGPPRA-STSSSGSVRSPRAFRAEAVGVHKAAAA----EAKYIEKGSPAADAI--LTVTP
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pF1KSD AGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEGA-----------DSLSQRVSF
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XP_006 AAA---------VLRAEAEKGRQYGEHRHSYPGSHPAEPPAPPGPPPPPPHEGLGRKASI
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pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
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XP_006 LEPLTRPRPRDLAYSQLSPQYHSLSYSSSPEYTCRASQSIWERFRLSRRRHKEEEEFMAA
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pF1KSD GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQQKL
:::::::::::::::::::::::::::::.:
XP_006 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
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>>XP_011513699 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELFN1 i (828 aa)
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pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINS
: .:.:: . : .::::::::::::.::::::::::::::.:::.:::
XP_011 MAGRGWGALWVCVAAATLLHAGGLARADCWLIEGDKGFVWLAICSQNQPPYEAIPQQINS
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pF1KSD TVHDLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKL
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XP_011 TIVDLRLNENRIRSVQYASLSRFGNLTYLNLTKNEIGYIEDGAFSGQFNLQVLQLGYNRL
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pF1KSD SNLTEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLA
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XP_011 RNLTEGMLRGLGKLEYLYLQANLIEVVMASSFWECPNIVNIDLSMNRIQQLNSGTFAGLA
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pF1KSD SLMVCELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSL
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XP_011 KLSVCELYSNPFYCSCELLGFLRWLAAFTNATQTYDRMQCESPPVYSGYYLLGQGRRGHR
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pF1KSD NAIIVLQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQ--REPDENSGFNP-------DEILSVE--
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pF1KSD PP----ASSTTDASAGPAIKLHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLK
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XP_011 TPLVALPTLATQAEARPLIKVKQLTQNSATITVQLPSPFHRMYTLEHFNNSKASTVSRLT
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pF1KSD --GGSSSGDPELAFECQSLPAAAAASSATGPGALERPSFLSPSYKESSHHPLQRQLSADA
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XP_011 AGPPRA-STSSSGSVRSPRAFRAEAVGVHKAAAA----EAKYIEKGSPAADAI--LTVTP
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pF1KSD AGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEGA-----------DSLSQRVSF
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pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
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XP_011 LEPLTRPRPRDLAYSQLSPQYHSLSYSSSPEYTCRASQSIWERFRLSRRRHKEEEEFMAA
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XP_011 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
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>>XP_006715789 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELFN1 i (828 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINS
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XP_006 MAGRGWGALWVCVAAATLLHAGGLARADCWLIEGDKGFVWLAICSQNQPPYEAIPQQINS
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pF1KSD TVHDLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKL
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XP_006 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
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XP_006 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
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>>XP_011513700 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELFN1 i (828 aa)
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pF1KSD SNLTEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLA
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XP_011 RNLTEGMLRGLGKLEYLYLQANLIEVVMASSFWECPNIVNIDLSMNRIQQLNSGTFAGLA
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XP_011 KLSVCELYSNPFYCSCELLGFLRWLAAFTNATQTYDRMQCESPPVYSGYYLLGQGRRGHR
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pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
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XP_011 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
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>>NP_001122108 (OMIM: 614964) protein ELFN1 precursor [H (828 aa)
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NP_001 RNLTEGMLRGLGKLEYLYLQANLIEVVMASSFWECPNIVNIDLSMNRIQQLNSGTFAGLA
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pF1KSD SLMVCELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSL
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NP_001 KLSVCELYSNPFYCSCELLGFLRWLAAFTNATQTYDRMQCESPPVYSGYYLLGQGRRGHR
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pF1KSD NAIIVLQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQ--REPDENSGFNP-------DEILSVE--
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NP_001 TPLVALPTLATQAEARPLIKVKQLTQNSATITVQLPSPFHRMYTLEHFNNSKASTVSRLT
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pF1KSD NKKEIVTLDKLRAHTEYTFCVTSLRNSRRFNHTCLTFTT-RDPVPGDLAPSTSTTTHYIM
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NP_001 KAQEEIRLTNLFTLTNYTYCVVSTSAGLRHNHTCLTICLPRLPSPPGPVPSPSTATHYIM
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pF1KSD TILGCLFGMVIVLGAVYYCLRKRRMQEEKQKSV-------NVKKTILEMRYGADVDAGSI
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NP_001 TILGCLFGMVLVLGAVYYCLRRRRRQEEKHKKAASAAAAGSLKKTIIELKYGPELEAPGL
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NP_001 A----PLSQGPLLGPEAVTRIPYLPAA-GE-VEQYKLVESA-DTPK-ASKGSYMEVRTGD
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pF1KSD AGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEGA-----------DSLSQRVSF
:.. . . :.. . . .:::::.:. . : ..:....:.
NP_001 AAA---------VLRAEAEKGRQYGEHRHSYPGSHPAEPPAPPGPPPPPPHEGLGRKASI
690 700 710 720 730
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pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
:.:::: . :: .::::::... .:::::::. .....:::::: ..:..:: .:::
NP_001 LEPLTRPRPRDLAYSQLSPQYHSLSYSSSPEYTCRASQSIWERFRLSRRRHKEEEEFMAA
740 750 760 770 780 790
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:::::::::::::::::::::::::::::.:
NP_001 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
800 810 820
>>XP_011513703 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELFN1 i (828 aa)
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10 20 30 40 50
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: .:.:: . : .::::::::::::.::::::::::::::.:::.:::
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:. :::::::....: :.::.:::::: ::::::::.::::::: :: .:::::::::.:
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. . ::. : . : :. :. : : : .: : : .: :: .: .
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pF1KSD AVTRKTCSVSSSGSIKSAKVFSLD-VPDHPAATGLAKGDSKYIEKGSPLNSPLDRLPLVP
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pF1KSD AGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEGA-----------DSLSQRVSF
:.. . . :.. . . .:::::.:. . : ..:....:.
XP_011 AAA---------VLRAEAEKGRQYGEHRHSYPGSHPAEPPAPPGPPPPPPHEGLGRKASI
690 700 710 720 730
740 750 760 770 780
pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
:.:::: . :: .::::::... .:::::::. .....:::::: ..:..:: .:::
XP_011 LEPLTRPRPRDLAYSQLSPQYHSLSYSSSPEYTCRASQSIWERFRLSRRRHKEEEEFMAA
740 750 760 770 780 790
790 800 810 820
pF1KSD GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQQKL
:::::::::::::::::::::::::::::.:
XP_011 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
800 810 820
>>XP_016867692 (OMIM: 614964) PREDICTED: protein ELFN1 i (828 aa)
initn: 2061 init1: 1013 opt: 1557 Z-score: 1271.9 bits: 246.3 E(85289): 4.2e-64
Smith-Waterman score: 2348; 49.1% identity (71.3% similar) in 863 aa overlap (4-819:9-827)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINS
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XP_016 MAGRGWGALWVCVAAATLLHAGGLARADCWLIEGDKGFVWLAICSQNQPPYEAIPQQINS
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pF1KSD TVHDLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKL
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XP_016 TIVDLRLNENRIRSVQYASLSRFGNLTYLNLTKNEIGYIEDGAFSGQFNLQVLQLGYNRL
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pF1KSD SNLTEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLA
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XP_016 RNLTEGMLRGLGKLEYLYLQANLIEVVMASSFWECPNIVNIDLSMNRIQQLNSGTFAGLA
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pF1KSD SLMVCELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLLVPRPYHSL
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XP_016 KLSVCELYSNPFYCSCELLGFLRWLAAFTNATQTYDRMQCESPPVYSGYYLLGQGRRGHR
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pF1KSD NAIIVLQAKCRNGSLPARPVSHPTPYSTDAQ--REPDENSGFNP-------DEILSVE--
. . ::. : . : :. :. : : : .: : : .: :: .: .
XP_016 SILSKLQSVCTEDSYAAEVVGPPRPASGRSQPGRSPPPPPPPEPSDMPCADDECFSGDGT
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pF1KSD PP----ASSTTDASAGPAIKLHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLK
: . .:.: : : ::....: .:::..: .: :. .:: : ..::: : : :
XP_016 TPLVALPTLATQAEARPLIKVKQLTQNSATITVQLPSPFHRMYTLEHFNNSKASTVSRLT
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pF1KSD NKKEIVTLDKLRAHTEYTFCVTSLRNSRRFNHTCLTFTT-RDPVPGDLAPSTSTTTHYIM
. .: . : .: . :.::.::.: . : ::::::. : : : .:: ::.:::::
XP_016 KAQEEIRLTNLFTLTNYTYCVVSTSAGLRHNHTCLTICLPRLPSPPGPVPSPSTATHYIM
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pF1KSD TILGCLFGMVIVLGAVYYCLRKRRMQEEKQKSV-------NVKKTILEMRYGADVDAGSI
::::::::::.::::::::::.:: ::::.:.. ..::::.:..:: ...: ..
XP_016 TILGCLFGMVLVLGAVYYCLRRRRRQEEKHKKAASAAAAGSLKKTIIELKYGPELEAPGL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500
pF1KSD VHAAQKLGEPPVL-P--VSRMASIPSMIGEKLPTAKGLEAGLDTPKVATKGNYIEVRTGA
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XP_016 A----PLSQGPLLGPEAVTRIPYLPAA-GE-VEQYKLVESA-DTPK-ASKGSYMEVRTGD
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pF1KSD GGDG----LARPEDDLPDLENGQGSAAEISTIAKEVDKVNQIINNCIDALKLDSASFLG-
. :.:: :: .:.:.::::::::::::::::::::::::: .:.:: :
XP_016 PPERRDCELGRPG---PD---SQSSVAEISTIAKEVDKVNQIINNCIDALKSESTSFQGV
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pF1KSD --GGSSSGDPELAFECQSLPAAAAASSATGPGALERPSFLSPSYKESSHHPLQRQLSADA
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XP_016 KSGPVSVAEPPLVL--LSEPLAA------------KHGFLAPGYKDAFGHSLQRHHSVEA
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pF1KSD AVTRKTCSVSSSGSIKSAKVFSLD-VPDHPAATGLAKGDSKYIEKGSPLNSPLDRLPLVP
: .. :.:::::..: ..: . : : ::.. ..:::::::: . . : ..:
XP_016 AGPPRA-STSSSGSVRSPRAFRAEAVGVHKAAAA----EAKYIEKGSPAADAI--LTVTP
640 650 660 670 680
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pF1KSD AGSGGGSGGGGGIHHLEVKPAYHCSEHRHSFPALYYEEGA-----------DSLSQRVSF
:.. . . :.. . . .:::::.:. . : ..:....:.
XP_016 AAA---------VLRAEAEKGRQYGEHRHSYPGSHPAEPPAPPGPPPPPPHEGLGRKASI
690 700 710 720 730
740 750 760 770 780
pF1KSD LKPLTRSK-RDSTYSQLSPRHYYSGYSSSPEYSSESTHKIWERFR-PYKKHHREEVYMAA
:.:::: . :: .::::::... .:::::::. .....:::::: ..:..:: .:::
XP_016 LEPLTRPRPRDLAYSQLSPQYHSLSYSSSPEYTCRASQSIWERFRLSRRRHKEEEEFMAA
740 750 760 770 780 790
790 800 810 820
pF1KSD GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQQKL
:::::::::::::::::::::::::::::.:
XP_016 GHALRKKVQFAKDEDLHDILDYWKGVSAQHKS
800 810 820
>>XP_016877935 (OMIM: 614179) PREDICTED: immunoglobulin (468 aa)
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. ::..: ::.: ..:: . . :.. :.: :. ...::: : .:: .:..:
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pF1KSD ASSTTDASA-GPAIKLHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLKNKKEI
. .. .. . : . : .. . : . : : . .:. :.: . ... : . .
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: :::.: ::.:
XP_016 YT---CRAHNELGANSTSIRVAVAATGPPKHAPGAGGEPDGQAPTSERKSTAKGRGNSVL
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>>NP_065902 (OMIM: 614179) immunoglobulin superfamily co (745 aa)
initn: 364 init1: 299 opt: 309 Z-score: 260.5 bits: 59.0 E(85289): 9.1e-08
Smith-Waterman score: 323; 27.1% identity (52.6% similar) in 369 aa overlap (10-365:12-369)
10 20 30 40 50
pF1KSD MLRLGLCAAALLCVCRPGAVRADCWLIEGDKGYVWLAICSQNQPPYETIPQHINSTVH
::: : :. : . :: .: :. .. . .:. . ..:
NP_065 MFPLRALWLVWALLGVA--GSCPEPCACV--DKYAHQFADCAYKE--LREVPEGLPANVT
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pF1KSD DLRLNENKLKAVLYSSLNRFGNLTDLNLTKNEISYIEDGAFLGQSSLQVLQLGYNKLSNL
: :. ::. .. ... ..:.: :..::. .: ::. :.:. :.:..: .:..
NP_065 TLSLSANKITVLRRGAFADVTQVTSLWLAHNEVRTVEPGALAVLSQLKNLDLSHNFISSF
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pF1KSD TEGMLRGMSRLQFLFVQHNLIEVVTPTAFSECPSLISIDLSSNRLSRLDGATFASLASLM
. ::..: ::.: ..:: . . :.. :.: :. ...::: : .:: .:..:
NP_065 PWSDLRNLSALQLLKMNHNRLGSLPRDALGALPDLRSLRINNNRLRTLAPGTFDALSALS
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pF1KSD VCELAGNPFNCECDLFGFLAWLVVFNNVTKNYDRLQCESPREFAGYPLL-VPR-----PY
.: :::.: : : . :: . . : . : :: . : :. .: :
NP_065 HLQLYHNPFHCGCGLVWLQAWAASTRVSLPEPDSIACASPPALQGVPVYRLPALPCAPPS
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:.: :.: : : : .:::: . : . ..: .:: :
NP_065 VHLSAEPPLEAPGTPLRAGLAFVLHCIADGHPTPRLQWQLQIPGGTVVLEPP-VLSGEDD
240 250 260 270 280 290
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pF1KSD ASSTTDASA-GPAIKLHHVTFTSATLVVIIPHPYSKMYILVQYNNSYFSDVMTLKNKKEI
. .. .. . : . : .. . : . : : . .:. :.: . ... : . .
NP_065 GVGAEEGEGEGDGDLLTQTQAQTPTPAPAWPAPPATPRFLALANGSLLVPLLSAK-EAGV
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: :::.: ::.:
NP_065 YT---CRAHNELGANSTSIRVAVAATGPPKHAPGAGGEPDGQAPTSERKSTAKGRGNSVL
360 370 380 390 400
820 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:41:12 2016 done: Thu Nov 3 07:41:14 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]