Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1916
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1916, 545 aa
1>>>pF1KSDA1916 545 - 545 aa - 545 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7959+/-0.00123; mu= 15.8492+/- 0.072
mean_var=96.3176+/-19.352, 0's: 0 Z-trim(102.8): 168 B-trim: 50 in 1/50
Lambda= 0.130684
statistics sampled from 6911 (7101) to 6911 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.569), E-opt: 0.2 (0.218), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 ( 545) 3634 696.5 2.1e-200
CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 557) 2129 412.7 5.6e-115
CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 ( 548) 2006 389.5 5.3e-108
CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 509) 1733 338.0 1.6e-92
CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 ( 537) 1494 293.0 6e-79
CCDS76325.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 ( 291) 998 199.3 5.3e-51
CCDS7957.1 RTN4RL2 gene_id:349667|Hs108|chr11 ( 420) 348 76.9 5.4e-14
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 353 78.3 7.5e-14
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 352 78.1 8.6e-14
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 305 68.9 2.1e-11
CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1059) 307 69.4 2.3e-11
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119) 307 69.5 2.4e-11
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093) 305 69.1 3.1e-11
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 298 67.9 1e-10
>>CCDS3431.1 LGI2 gene_id:55203|Hs108|chr4 (545 aa)
initn: 3634 init1: 3634 opt: 3634 Z-score: 3711.3 bits: 696.5 E(32554): 2.1e-200
Smith-Waterman score: 3634; 99.8% identity (100.0% similar) in 545 aa overlap (1-545:1-545)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVP
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CCDS34 MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD WLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 WLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQLFGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQLFGGS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLSTVYKWNSKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLSTVYKWNSKG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKSHLILSSRSQVPIILQWNKSSKKFVPHGDIPNMEDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKSHLILSSRSQVPIILQWNKSSKKFVPHGDIPNMEDV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMTLQPFSFKDNHYLAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMTLQPFSFKDNHYLAL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFLFASSFKGKTKIFEHII
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CCDS34 GSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFFFASSFKGKTKIFEHII
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VDLSL
:::::
CCDS34 VDLSL
>>CCDS7431.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (557 aa)
initn: 2272 init1: 1484 opt: 2129 Z-score: 2177.7 bits: 412.7 E(32554): 5.6e-115
Smith-Waterman score: 2129; 56.1% identity (81.1% similar) in 540 aa overlap (11-544:19-556)
10 20 30 40 50
pF1KSD MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGS
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CCDS74 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAK--PKCPAVCTCTKDNALCENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLE
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CCDS74 RSIPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECD
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CCDS74 YLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD CKAKWLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVS
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CCDS74 CKLKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVV
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CCDS74 IDTFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLST
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CCDS74 VAQLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KSD VYKWNSKGFYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKS------HLILSSRSQVPIILQWNKSSK
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CCDS74 IYKWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQ
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KFVPHGDIPNMEDVLAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMT
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CCDS74 LFTNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMV
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LQPFSFKDNHYLALGSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFLFA
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CCDS74 FQPLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFA
480 490 500 510 520 530
530 540
pF1KSD SSFKGKTKIFEHIIVDLSL
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CCDS74 SSFKGNTQIYKHVIVDLSA
540 550
>>CCDS6025.1 LGI3 gene_id:203190|Hs108|chr8 (548 aa)
initn: 1980 init1: 1980 opt: 2006 Z-score: 2052.5 bits: 389.5 E(32554): 5.3e-108
Smith-Waterman score: 2006; 51.7% identity (80.4% similar) in 542 aa overlap (5-544:7-547)
10 20 30 40 50
pF1KSD MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVR--RLARCPATCSCTKESIICVGSSWVP
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CCDS60 MAGLRARGGPGP-GLLALSALGFCLMLQVSAKRPPKTPPCPPSCSCTRDTAFCVDSKAVP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD RIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFI
: .:... ::.:::..::::.: ::::: ::.::::::.::.: :.::.:: ::.::::
CCDS60 RNLPSEVISLTLVNAAFSEIQDGAFSHLPLLQFLLLNSNKFTLIGDNAFTGLSHLQYLFI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD EGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAK
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CCDS60 ENNDIWALSKFTFRGLKSLTHLSLANNNLQTLPRDIFRPLDILNDLDLRGNSLNCDCKVK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD WLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTF
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CCDS60 WLVEWLAHTNTTVAPIYCASPPRFQEHKVQDLPLREFDCITTDFVLYQTLAFPAVSAEPF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD NSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQL
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CCDS60 LYSSDLYLALAQPGVSACTILKWDYVERQLRDYDRIPAPSAVHCKPMVVDSQLYVVVAQL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD FGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLSTVYKW
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CCDS60 FGGSYIYHWDPNTTRFTRLQDIDPQRVRKPNDLEAFRIDGDWYFAVADSSKAGATSLYRW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD NSKGFYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKSHLILSSRSQVPIILQWNKSSKKFVPHGDIPN
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CCDS60 HQNGFYSHQALHPWHRDTDLEFVDGEGKPRLIVSSSSQAPVIYQWSRTQKQFVAQGEVTQ
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD MEDVLAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMTLQPFSFKDNH
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CCDS60 VPDAQAVKHFRAGRDSYLCLSRYIGDSKILRWEGTRFSEVQALPSRGSLALQPFLVGGRR
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD YLALGSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFLFASSFKGKTKIF
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CCDS60 YLALGSDFSFTQIYQWDEGRQKFVRFQELAVQAPRAFCYMPAGDAQLLLAPSFKGQTLVY
480 490 500 510 520 530
540
pF1KSD EHIIVDLSL
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CCDS60 RHIVVDLSA
540
>>CCDS81490.1 LGI1 gene_id:9211|Hs108|chr10 (509 aa)
initn: 1976 init1: 1092 opt: 1733 Z-score: 1774.7 bits: 338.0 E(32554): 1.6e-92
Smith-Waterman score: 1812; 50.2% identity (73.1% similar) in 540 aa overlap (11-544:19-508)
10 20 30 40 50
pF1KSD MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGS
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CCDS81 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAK--PKCPAVCTCTKDNALCENA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLE
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CCDS81 RSIPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLL----------------------
60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECD
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CCDS81 --------------------------SLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCD
100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KSD CKAKWLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVS
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CCDS81 CKLKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLS
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVV
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CCDS81 IDTFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITGTSTVVCKPIVIETQLYVI
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLST
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CCDS81 VAQLFGGSHIYKRDSFANKFIKIQDIEILKIRKPNDIETFKIENNWYFVVADSSKAGFTT
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400
pF1KSD VYKWNSKGFYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKS------HLILSSRSQVPIILQWNKSSK
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CCDS81 IYKWNGNGFYSHQSLHAWYRDTDVEYLEIVRTPQTLRTPHLILSSSSQRPVIYQWNKATQ
320 330 340 350 360 370
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KFVPHGDIPNMEDVLAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMT
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CCDS81 LFTNQTDIPNMEDVYAVKHFSVKGDVYICLTRFIGDSKVMKWGGSSFQDIQRMPSRGSMV
380 390 400 410 420 430
470 480 490 500 510 520
pF1KSD LQPFSFKDNHYLALGSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEIYVQAPRSFTAVSTDRRDFLFA
.::..... .: :::::.:.:.:.:: :: : ::.:. :::::::: :: ..:.::::
CCDS81 FQPLQINNYQYAILGSDYSFTQVYNWDAEKAKFVKFQELNVQAPRSFTHVSINKRNFLFA
440 450 460 470 480 490
530 540
pF1KSD SSFKGKTKIFEHIIVDLSL
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CCDS81 SSFKGNTQIYKHVIVDLSA
500
>>CCDS12444.1 LGI4 gene_id:163175|Hs108|chr19 (537 aa)
initn: 1507 init1: 1099 opt: 1494 Z-score: 1530.9 bits: 293.0 E(32554): 6e-79
Smith-Waterman score: 1494; 41.2% identity (71.1% similar) in 539 aa overlap (9-544:2-536)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVP
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CCDS12 MGGAGILLLLLAGAGVV--VAWRPPKGKCPLRCSCSKDSALCEGSPDLPVSFS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNK
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CCDS12 PTLLSLSLVRTGVTQLKAGSFLRIPSLHLLLFTSNSFSVIEDDAFAGLSHLQYLFIEDNE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD IETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYL
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CCDS12 IGSISKNALRGLRSLTHLSLANNHLETLPRFLFRGLDTLTHVDLRGNPFQCDCRVLWLLQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD WLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKN
:. .:..:. : :: .. .:. . ..: . .. ::. ...::. :. ..
CCDS12 WMPTVNASVGTGACAGPASLSHMQLHHLDPKTFKCRAIELSWFQTVGESALSVEPFSYQG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQLFGGS
. ....::: :..: ::. . :: ... . :.:.:: ... ..::..:.:.:::
CCDS12 EPHIVLAQPFAGRCLILSWDYSLQRFRPEEELPAASVVSCKPLVLGPSLFVLAARLWGGS
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KSD HIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLSTVYKWNSKG
... ... : . :. .::: ::. .. . ::.::.:::: .:. .. :
CCDS12 QLWARPSPGLRLAPTQTLAPRRLLRPNDAELLWLEGQPCFVVADASKAGSTTLLCRDGPG
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FYSYQSLHEWFRDTDAEFVDIDGKSHLILSSRSQVPIILQWNKSSKKFVPHGDIPNMEDV
:: .:::: : :::::: ...::. ::.:.: :: :....: .. .: . :::. :::
CCDS12 FYPHQSLHAWHRDTDAEALELDGRPHLLLASASQRPVLFHW--TGGRFERRTDIPEAEDV
360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KSD LAVKSFRMQNTLYLSLTRFIGDSRVMRWNSKQFVEIQALPSRGAMTLQPFSFKDNHYLAL
:.. :. . ..: :::.:::: ::::....: .: :::::: ..::. . .. :
CCDS12 YATRHFQAGGDVFLCLTRYIGDSMVMRWDGSMFRLLQQLPSRGAHVFQPLLIARDQLAIL
410 420 430 440 450 460
490 500 510 520 530
pF1KSD GSDYTFSQIYQWDKEKQLFKKFKEI---YVQAPRSFTAVSTDRRDFLFASSFKGKTKIFE
:::..:::. . . .: :.. ..:. . :::.:. .. : ::::. ::: :.:..
CCDS12 GSDFAFSQVLRLEPDKGLLEPLQELGPPALVAPRAFAHITMAGRRFLFAACFKGPTQIYQ
470 480 490 500 510 520
540
pF1KSD HIIVDLSL
: .:::
CCDS12 HHEIDLSA
530
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10 20 30 40 50
pF1KSD MALRRGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGS
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CCDS76 MESERSKRMGNACIPLKRIAYFLCLLSALLLTEGKKPAK--PKCPAVCTCTKDNALCENA
10 20 30 40 50
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pF1KSD SWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLE
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CCDS76 RSIPRTVPPDVISLSFVRSGFTEISEGSFLFTPSLQLLLFTSNSFDVISDDAFIGLPHLE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD YLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECD
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CCDS76 YLFIENNNIKSISRHTFRGLKSLIHLSLANNNLQTLPKDIFKGLDSLTNVDLRGNSFNCD
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD CKAKWLYLWLKMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVS
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CCDS76 CKLKWLVEWLGHTNATVEDIYCEGPPEYKKRKINSLSSKDFDCIITEFAKSQDLPYQSLS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD VDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVV
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CCDS76 IDTFSYLNDEYVVIAQPFTGKCIFLEWDHVEKTFRNYDNITVLREIHRFTNMS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VAQLFGGSHIYKYDESWTKFVKFQDIEVSRISKPNDIELFQIDDETFFVIADSSKAGLST
>>CCDS7957.1 RTN4RL2 gene_id:349667|Hs108|chr11 (420 aa)
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Smith-Waterman score: 348; 35.3% identity (62.9% similar) in 170 aa overlap (49-215:141-310)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD GAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVPGDIS--SLSLVNGTFSEI
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CCDS79 LDLGDNRHLRSLEPDTFQGLERLQSLHLYRCQLSSLPGNIFRGLVSLQYLYLQENSLLHL
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pF1KSD KDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNKIETISRNAFRGLRDLT
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CCDS79 QDDLFADLANLSHLFLHGNRLRLLTEHVFRGLGSLDRLLLHGNRLQGVHRAAFRGLSRLT
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140 150 160 170 180 190
pF1KSD HLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWLKMTNSTVSDVLCIG
: : :: . .:: ....:: :: : : .: . :::.:. :. :.. . . ::: :
CCDS79 ILYLFNNSLASLPGEALADLPSLEFLRLNANPWACDCRARPLWAWFQRARVSSSDVTCAT
240 250 260 270 280 290
200 210 220 230 240 250
pF1KSD PPEYQEKKLNDVTSFDYE-CTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKNDVYVAIAQPSMENCM
::: : . : . :.. :
CCDS79 PPERQGRDLRALREADFQACPPAAPTRPGSRARGNSSSNHLYGVAEAGAPPADPSTLYRD
300 310 320 330 340 350
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::: :.: . . : : .:: .: :
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.. : : .. .. . : .: : : :. :..::.... . .:... :: :.. :...
CCDS64 VTELYLEGNHLTAVP-RELSALRHLTLIDLSNNSISMLTNYTFSNMSHLSTLILSYNRLR
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pF1KSD TISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWL
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CCDS64 CIPVHAFNGLRSLRVLTLHGNDISSVPEGSFNDLTSLSHLALGTNPLHCDCSLRWLSEWV
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: . . . : .: . .. : . . ..: . :
CCDS64 KAGYKEPGIARCSSPEPMADRLLLTTPTHRFQCKVLWFCCPGPVDINIVAKCNACLSSPC
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250 260 270 280 290 300
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CCDS64 KNNGTCTQDPVELYRCACPYSYKGKDCTVPINTCIQNPCQHGGTCHLSDSHKDGFSCSCP
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>>CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KSD RGGCGALGLLLLLLGAACLIPRSAQVRRLARCPATCSCTKESIICV--GSSWVPRIVPGD
::: :.: . . : : .:: .: :
CCDS43 FFLKEIPIQDVAIQDFTCDGNEESSCQLSPRCPEQCTCMETVVRCSNKGLRALPRGMPKD
700 710 720 730 740 750
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pF1KSD ISSLSLVNGTFSEIKDRMFSHLPSLQLLLLNSNSFTIIRDDAFAGLFHLEYLFIEGNKIE
.. : : .. .. . : .: : : :. :..::.... . .:... :: :.. :...
CCDS43 VTELYLEGNHLTAVP-RELSALRHLTLIDLSNNSISMLTNYTFSNMSHLSTLILSYNRLR
760 770 780 790 800 810
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pF1KSD TISRNAFRGLRDLTHLSLANNHIKALPRDVFSDLDSLIELDLRGNKFECDCKAKWLYLWL
: .:: :::.: :.: .: :...:. :.:: :: .: : : ..:::. .:: :.
CCDS43 CIPVHAFNGLRSLRVLTLHGNDISSVPEGSFNDLTSLSHLALGTNPLHCDCSLRWLSEWV
820 830 840 850 860 870
190 200 210 220 230 240
pF1KSD KMTNSTVSDVLCIGPPEYQEKKLNDVTSFDYECTTTDFVVHQTLPYQSVSVDTFNSKNDV
: . . . : .: . .. : . . ..:
CCDS43 KAGYKEPGIARCSSPEPMADRLLLTTPTHRFQCKGPVDINIVAKCNACLSSPCKNNGTCT
880 890 900 910 920 930
250 260 270 280 290 300
pF1KSD YVAIAQPSMENCMVLEWDHIEMNFRSYDNITGQSIVGCKAILIDDQVFVVVAQLFGGSHI
CCDS43 QDPVELYRCACPYSYKGKDCTVPINTCIQNPCQHGGTCHLSDSHKDGFSCSCPLGFEGQR
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>>CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 (653 aa)
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40 50 60 70 80 90
pF1KSD RCPATCSCTKESIICVGSSWVPRIVPGDISSLSLVNGTFSEIKDR-MFSHLPSLQLLLLN
.:. .: . .::: .. : .:. : ..
CCDS57 FNRVPSLMRLDLGELKKLEYISEGAFEGLFNLKYLNLGMCNIKDMPNLTPLVGLEELEMS
170 180 190 200 210 220
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230 240 250 260 270 280
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CCDS57 TPLRYLVELHLHHNPWNCDCDILWLAWWLREYIPTNSTCCGR-CHAPMHMRGRYLVEVDQ
290 300 310 320 330 340
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...:.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]