Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1934
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1934, 448 aa
1>>>pF1KSDA1934 448 - 448 aa - 448 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1454+/-0.000742; mu= 15.0698+/- 0.045
mean_var=98.3892+/-19.368, 0's: 0 Z-trim(111.2): 21 B-trim: 58 in 1/51
Lambda= 0.129301
statistics sampled from 12178 (12196) to 12178 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16
Scan time: 2.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14718.1 PNMA5 gene_id:114824|Hs108|chrX ( 448) 2996 568.9 3.5e-162
CCDS65344.1 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX ( 455) 1135 221.8 1.1e-57
CCDS35435.2 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX ( 463) 1135 221.8 1.2e-57
CCDS9818.1 PNMA1 gene_id:9240|Hs108|chr14 ( 353) 1072 210.0 3.2e-54
CCDS34868.1 PNMA2 gene_id:10687|Hs108|chr8 ( 364) 1047 205.3 8.4e-53
CCDS9908.1 MOAP1 gene_id:64112|Hs108|chr14 ( 351) 1033 202.7 5e-52
CCDS14719.1 PNMA6A gene_id:84968|Hs108|chrX ( 399) 923 182.2 8.3e-46
CCDS65304.1 ZCCHC18 gene_id:644353|Hs108|chrX ( 403) 492 101.8 1.3e-21
CCDS14574.1 ZCCHC12 gene_id:170261|Hs108|chrX ( 402) 489 101.2 2e-21
CCDS46124.1 PNMAL1 gene_id:55228|Hs108|chr19 ( 378) 437 91.5 1.5e-18
CCDS33059.1 PNMAL1 gene_id:55228|Hs108|chr19 ( 439) 437 91.6 1.7e-18
>>CCDS14718.1 PNMA5 gene_id:114824|Hs108|chrX (448 aa)
initn: 2996 init1: 2996 opt: 2996 Z-score: 3025.1 bits: 568.9 E(32554): 3.5e-162
Smith-Waterman score: 2996; 100.0% identity (100.0% similar) in 448 aa overlap (1-448:1-448)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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CCDS14 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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CCDS14 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ARALGCCSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEETFEDWLE
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CCDS14 ARALGCCSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEETFEDWLE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD QVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALKQIFGDKED
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CCDS14 QVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALKQIFGDKED
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHLLARVAMTP
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CCDS14 FRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHLLARVAMTP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGASGRQARAEA
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CCDS14 ALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGASGRQARAEA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD SVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATYPKAENQTPG
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CCDS14 SVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATYPKAENQTPG
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KSD REGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
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CCDS14 REGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
430 440
>>CCDS65344.1 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX (455 aa)
initn: 1126 init1: 611 opt: 1135 Z-score: 1148.8 bits: 221.8 E(32554): 1.1e-57
Smith-Waterman score: 1142; 45.3% identity (72.8% similar) in 408 aa overlap (1-403:1-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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CCDS65 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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CCDS65 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD ARALGC---CSLPAESLDAE--VMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEETF
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CCDS65 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWTWAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGALAF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALKQIF
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CCDS65 DAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQVF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHLLAR
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CCDS65 GPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVLSG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGASGRQ
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CCDS65 ATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATL----GPDRESLEGLEVAPRP
310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD ARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATYPKAE
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CCDS65 PARITGVGAVPLPASGNSF-DARPS--QG-----YRRRRGRG-QHRRGGVARAGSRGSRK
360 370 380 390 400
420 430 440
pF1KSD NQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
CCDS65 RKRHTFCYSCGEDGHIRVQCINPSNLLLAKETKEILEGGEREAQTNSR
410 420 430 440 450
>>CCDS35435.2 PNMA3 gene_id:29944|Hs108|chrX (463 aa)
initn: 1157 init1: 611 opt: 1135 Z-score: 1148.7 bits: 221.8 E(32554): 1.2e-57
Smith-Waterman score: 1152; 43.1% identity (68.3% similar) in 464 aa overlap (1-444:1-459)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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CCDS35 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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CCDS35 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLNRLNRFLEEERRTVSDM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD ARALGC---CSLPAESLDAE--VMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEETF
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CCDS35 NRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWTWAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGALAF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALKQIF
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CCDS35 DAWLEHTTEMLQMWQVPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQQVF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KSD GDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHLLAR
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CCDS35 GPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRVLSG
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340
pF1KSD VAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT-----EAV--MKNKEKPSGR-
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CCDS35 ATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPDRESLEGLEVAPRPPARI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KSD -GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPL-----VKRRRLLGSEST
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CCDS35 TGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRR---GRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHTFCYSC
370 380 390 400 410
410 420 430 440
pF1KSD RGED-HGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
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CCDS35 -GEDGHIRVQCINPSNLLLVKQKKQAAVES-GNGNWAWDKSHPKSKAK
420 430 440 450 460
>>CCDS9818.1 PNMA1 gene_id:9240|Hs108|chr14 (353 aa)
initn: 889 init1: 557 opt: 1072 Z-score: 1086.9 bits: 210.0 E(32554): 3.2e-54
Smith-Waterman score: 1072; 46.9% identity (78.5% similar) in 339 aa overlap (1-335:1-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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CCDS98 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAM-PQVSYRMLGRMFWREE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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CCDS98 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLERLHLFLAREGWTVQDV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KSD ARALGCCS---LPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEETFED
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CCDS98 ARVLGFQNPTPTPGPEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEETFDP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD WLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALKQIFGD
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CCDS98 WLEHTNEVLEEWQVSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQVFGS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHLLARVA
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CCDS98 VESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVIAGAN
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD MTPALRGKLELLDQ-RGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGASGRQA
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CCDS98 HSGAIRRQLWLTGAGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGHF
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD RAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATYPKAEN
>>CCDS34868.1 PNMA2 gene_id:10687|Hs108|chr8 (364 aa)
initn: 1038 init1: 624 opt: 1047 Z-score: 1061.5 bits: 205.3 E(32554): 8.4e-53
Smith-Waterman score: 1047; 46.7% identity (76.5% similar) in 362 aa overlap (1-349:1-357)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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CCDS34 MALALLEDWCRIMSVDEQKSLMVTGIPADFEEAEIQEVLQETLKSLGRYRLLGKIFRKQE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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CCDS34 NANAVLLELLEDTDVSAIPSEVQGKGGVWKVIFKTPNQDTEFLERLNLFLEKEGQTVSGM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD ARALGC-----CSLPAES--LDAEVMPQV--RSP-PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSP
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CCDS34 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP----MRYRKLRVFSGSAVPAP
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD GEETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDA
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CCDS34 EEESFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD LKQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLK
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CCDS34 FKQVFGSLESRRTAQVRYLKTYQEEGEKVSAYVLRLETLLRRAVEKRAIPRRIADQVRLE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KSD HLLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENT---EAVMKNKEKPSGR
...: .... : .:. : ..: ::.::::::.::.::: : . :.. . .:. .:
CCDS34 QVMAGATLNQMLWCRLRELKDQGPPPSFLELMKVIREEEEEEASFENESIEEPEER-DGY
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD GRGASGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHG
::
CCDS34 GRWNHEGDD
360
>>CCDS9908.1 MOAP1 gene_id:64112|Hs108|chr14 (351 aa)
initn: 942 init1: 497 opt: 1033 Z-score: 1047.6 bits: 202.7 E(32554): 5e-52
Smith-Waterman score: 1033; 46.8% identity (74.4% similar) in 348 aa overlap (1-339:1-343)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
:.: ::::::.::::.:::::::.:: . :: .::.....::: :: ::.:::::::..
CCDS99 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
: :.... :. .... .:..:::::: :.:. :: .::. :::::: :: :: .. ..
CCDS99 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KSD ARALGCCSLPAESLDAE--VMPQVRSP-------PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPG
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CCDS99 SRALGHEN---GSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD EETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDAL
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CCDS99 EEEFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD KQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKH
...:: .. : : ..: : : ::.:...::::::::: :... . .... :: .
CCDS99 EEVFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA
..: :. ..: .:.: . : :.::.:. ::.: : :. ::...
CCDS99 VIAG-AVHKTIRRELNL-PEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD SGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATY
>>CCDS14719.1 PNMA6A gene_id:84968|Hs108|chrX (399 aa)
initn: 893 init1: 390 opt: 923 Z-score: 935.9 bits: 182.2 E(32554): 8.3e-46
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-391:1-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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CCDS14 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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CCDS14 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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CCDS14 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
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: :
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]