Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1956
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1956, 676 aa
1>>>pF1KSDA1956 676 - 676 aa - 676 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4669+/-0.000916; mu= 17.5659+/- 0.056
mean_var=361.0624+/-71.467, 0's: 0 Z-trim(111.3): 2066 B-trim: 81 in 1/49
Lambda= 0.067497
statistics sampled from 17533 (19830) to 17533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.538), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 10.650
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 2483 257.7 1e-67
NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [ ( 627) 2470 256.4 2.4e-67
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2169 227.2 1.7e-58
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 2169 227.2 1.7e-58
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 2169 227.2 1.7e-58
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 2073 217.8 1.1e-55
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 2073 217.8 1.1e-55
XP_016881869 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 2059 216.2 2.5e-55
XP_016881868 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 2059 216.2 2.5e-55
XP_016881871 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 527) 2059 216.2 2.5e-55
NP_001317411 (OMIM: 613904) zinc finger protein 56 ( 527) 2059 216.2 2.5e-55
XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 2059 216.4 2.7e-55
NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 2059 216.4 2.8e-55
XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2059 216.4 2.8e-55
XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2059 216.4 2.8e-55
XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2059 216.4 2.8e-55
XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2059 216.5 2.8e-55
XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2059 216.5 2.8e-55
XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2059 216.5 2.8e-55
XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2059 216.5 2.8e-55
XP_016881627 (OMIM: 606956) PREDICTED: zinc finger ( 474) 1992 209.6 2.2e-53
NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1958 206.6 2.5e-52
NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1958 206.6 2.5e-52
NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1958 206.6 2.5e-52
NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1958 206.6 2.5e-52
NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1958 206.6 2.5e-52
NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 1958 206.6 2.5e-52
NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 1958 206.7 2.7e-52
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1958 206.7 2.7e-52
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1958 206.8 2.8e-52
XP_016882746 (OMIM: 603977) PREDICTED: zinc finger (1168) 1953 206.5 4.5e-52
NP_009084 (OMIM: 603977) zinc finger protein 208 i (1280) 1953 206.6 4.7e-52
NP_001159354 (OMIM: 604753) zinc finger protein 26 ( 864) 1948 205.8 5.5e-52
NP_003406 (OMIM: 604753) zinc finger protein 268 i ( 947) 1948 205.9 5.7e-52
>>NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [Homo (706 aa)
initn: 3463 init1: 1845 opt: 2483 Z-score: 1336.5 bits: 257.7 E(85289): 1e-67
Smith-Waterman score: 2483; 51.0% identity (76.4% similar) in 679 aa overlap (1-670:34-706)
10 20 30
pF1KSD MQGTVAFEDVAVNFSQEEWSLLSEVQRCLY
... :.:::::: :::::: ::. .:: ::
NP_003 PSPQVLMGLPALLMGPAQHTSWPCGSAVPTLKSMVTFEDVAVYFSQEEWELLDAAQRHLY
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD HDVMLENWVLISSLGCWCGSEDEEAPSKKSISIQRVSQVSTPGAGVSPKKAHSCEMCGAI
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NP_003 HSVMLENLELVTSLGSWHGVEGEGAHPKQNVSVE-VLQVRIPNADPSTKKANSCDMCGPF
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KSD LGDILHLADHQGTHHKQKLHRCEAWGNKLYDSSN-RPHQNQYLGEKPYRSSVEEALFVKR
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NP_003 LKDILHLAEHQGTQSEEKPYTCGACGRDFWLNANLHQHQKEHSGGKPFRWYKDRDALMKS
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KSD CKFHVSEESSIFIQSGKDFLPSSGLLLQEATHTGEKSNSK----PE-CESPFQWGDTHYS
: :.::. ..:: .: : :: .:. .:.: :. :: : . . .
NP_003 SKVHLSENPFTCREGGKVILGSCDLLQLQAVDSGQKPYSNLGQLPEVCTT-----QKLFE
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD CGECMKHSSTKHVFVQQQRLPSREECYCWECGKSFSKYDSVSNHQRVHTGKRPYECGECG
:..: : . .. .. : :.: . : .: . :. .... :::. :. : :::
NP_003 CSNCGKAFLKSSTLPNHLRTHSEEIPFTCPTGGNFLEEKSILGNKKFHTGEIPHVCKECG
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KSFSHKGSLVQHQRVHTGKRPYECGECGKSFSHKGSLVQHQRVHTGERPYECGECGKSFS
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NP_003 KAFSHSSKLRKHQKFHTEVKYYECIACGKTFNHKLTFVHHQRIHSGERPYECDECGKAFS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD QNGTLIKHQRVHTGERPYECEECGKCFTQKGNLIQHQRGHTSERPYECEECGKCFSQKGT
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NP_003 NRSHLIRHEKVHTGERPFECLKCGRAFSQSSNFLRHQKVHTQVRPYECSQCGKSFSRSSA
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KSD LTEHHRVHTRERPYECGECGKSFSRKGHLRNHQRGHTGERPYECGECGKSFSRKGNLIQH
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NP_003 LIQHWRVHTGERPYECSECGRAFNNNSNLAQHQKVHTGERPFECSECGRDFSQSSHLLRH
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KSD QRSHTGERPYECRECRKLFRGKSHLIEHQRVHTGERPYECNECGKSFQDSSGFRVHQRVH
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NP_003 QKVHTGERPFECCDCGKAFSNSSTLIQHQKVHTGQRPYECSECRKSFSRSSSLIQHWRIH
480 490 500 510 520 530
510 520 530 540 550 560
pF1KSD TGEKPFECSECGKSFPQSCSLLRHRRVHTGERPYECGECGKSFHQSSSLLRHQKTHTAER
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NP_003 TGEKPYECSECGKAFAHSSTLIEHWRVHTKERPYECNECGKFFSQNSILIKHQKVHTGEK
540 550 560 570 580 590
570 580 590 600 610 620
pF1KSD PYECRECGKFFS---SLLEHRRVHTGERPYECRECGKTFTRRSAHFKHQRLHTRGKPYEC
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NP_003 PYKCSECGKFFSRKSSLICHWRVHTGERPYECSECGRAFSSNSHLVRHQRVHTQERPYEC
600 610 620 630 640 650
630 640 650 660 670
pF1KSD SECGKSFAETFSLTEHRRVHTGERPYECSECGKSFHRSSSLLRHQRVHTERSPYK
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NP_003 IQCGKAFSERSTLVRHQKVHTRERTYECSQCGKLFSHLCNLAQHKKIHT
660 670 680 690 700
>>NP_005764 (OMIM: 606956) zinc finger protein 256 [Homo (627 aa)
initn: 1918 init1: 1918 opt: 2470 Z-score: 1330.1 bits: 256.4 E(85289): 2.4e-67
Smith-Waterman score: 2470; 57.7% identity (76.8% similar) in 617 aa overlap (2-613:11-625)
10 20 30 40 50
pF1KSD MQGTVAFEDVAVNFSQEEWSLLSEVQRCLYHDVMLENWVLISSLGCWCGSE
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NP_005 MAAAELTAPAQGIVTFEDVAVYFSWKEWGLLDEAQKCLYHDVMLENLTLTTSLGG-SGAG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD DEEAPSKKSISIQRVSQVSTPGAGVSPKKAHSCEMCGAILGDILHLADHQGTHHKQKLHR
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NP_005 DEEAPYQQSTSPQRVSQVRIPKALPSPQKTNPCEICGPVLRQILHLVEHQGTHHGQKLYT
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD CEAWGNKL-YDSSNRPHQNQYLGEKPYRSSVEEALFVKRCKFHVSEESSIFIQSGKDFLP
: ..: . . . ::.:..:.: .::. . .:.. : :.:: . . :::::
NP_005 DGACRKQLQFTAYLHQHQKQHVGQKHFRSNGGRDMFLSSCTFEVSGKPFTCKEVGKDFLV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD SSGLLLQEATHTGEKSNSKPECESPFQWGDTHYSCGECMKHSSTKHVFVQQQRLPSREEC
: .: :.:.:: .::: . . :. .::. :::.: : ::: ::.: ::.
NP_005 RSRFLQQQAAHTRKKSN-RTKSAVAFHSVKNHYNWGECVKAFSYKHVRVQHQGDLIRERS
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KSD Y-CWECGKSFSKYDSVSNHQRVHTGKRPYECGECGKSFSHKGSLVQHQRVHTGKRPYECG
: : ::::::: :.:.: ::::...:: :::::::. ...::. :.:.::: ::..:
NP_005 YMCSECGKSFSTSCSLSDHLRVHTSEKPYTCGECGKSYRQSSSLITHRRIHTGVRPHQCD
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD ECGKSFSHKGSLVQHQRVHTGERPYECGECGKSFSQNGTLIKHQRVHTGERPYECEECGK
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NP_005 ECGKLFNRKYDLLIHQRVHTGERPYKCSECGKSFSHSSSLITHQRIHTGMRPYECSECGK
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD CFTQKGNLIQHQRGHTSERPYECEECGKCFSQKGTLTEHHRVHTRERPYECGECGKSFSR
: ....:: ::: ::. ::: : :::: :::. : .:.:.: : ::::.:::: :.
NP_005 SFIHSSSLITHQRVHTGTRPYMCSECGKSFSQSCHLIKHRRLHIGEGPYECSECGKLFTY
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KGHLRNHQRGHTGERPYECGECGKSFSRKGNLIQHQRSHTGERPYECRECRKLFRGKSHL
.... .::: ::: : .:: :::: :::: .:: :.: ::::::::: :: : : ::.:
NP_005 RSRFFQHQRVHTGVRSHECHECGKLFSRKFDLIVHERVHTGERPYECSECGKSFTCKSYL
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KSD IEHQRVHTGERPYECNECGKSFQDSSGFRVHQRVHTGEKPFECSECGKSFPQSCSLLRHR
: : .:::: :::::.:::::: :: . ::::::::.:.::.:::: : :: ::.:::
NP_005 ISHWKVHTGARPYECGECGKSFTHSSTLLQHQRVHTGERPYECNECGKFFSQSSSLIRHR
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KSD RVHTGERPYECGECGKSFHQSSSLLRHQKTHTAERPYECRECGKFFS---SLLEHRRVHT
: :::::::::.:: ::: . :::..:...::.:::::: :::: :: .: .:.:.:.
NP_005 RSHTGERPYECSECWKSFSNHSSLVKHRRVHTGERPYECSECGKSFSQSSNLTNHQRIHS
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KSD GERPYECRECGKTFTRRSAHFKHQRLHTRGKPYECSECGKSFAETFSLTEHRRVHTGERP
::::::: .::: :: : .::: .:
NP_005 GERPYECSDCGKFFTFNSNLLKHQNVHKG
600 610 620
>>NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 is (751 aa)
initn: 1594 init1: 1594 opt: 2169 Z-score: 1171.1 bits: 227.2 E(85289): 1.7e-58
Smith-Waterman score: 2169; 44.3% identity (73.7% similar) in 680 aa overlap (2-675:25-698)
10 20 30
pF1KSD MQGTVAFEDVAVNFSQEEWSLLSEVQRCLYHDVMLEN
: .:.:.:: :.:.::::. :. :: :..:: :::
NP_001 MEDLSSPDSTLLQGGHNLLSSASFQEAVTFKDVIVDFTQEEWKQLDPGQRDLFRDVTLEN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD WVLISSLGCWCGSEDEEAPSKKSISIQRVSQVSTPGAGVSPKKAHSCEMCGAILGDILHL
.. . :.: .. : . ... . . : : . . ... . .: :: .
NP_001 YTHLVSIGLQVSKPDVISQLEQGTEPW-IMEPSIPVGTCADWETRLENSVSAPEPDISE-
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KSD ADHQGTHHKQKLHRCEAWGNKLYDSSNRPHQNQYLGEKPYRSSVEEALFVKRCKFHVSEE
. . .: .: ..:...: .: . .... .. .... . . : . . :.
NP_001 EELSPEVIVEKHKRDDSWSSNLLESWE--YEGSLERQQANQQTLPKEIKVTEKTIPSWEK
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KSD SSIFIQSGKDFLPSSGLLLQEAT--HTGEKSNSKPECESPFQWGDTHYSCGECMKHSSTK
. . . ::. ::.:. :: . .:. : . : . .: . . .:.:: : :
NP_001 GPVNNEFGKSVNVSSNLVTQEPSPEETSTKRSIK-QNSNPVK-KEKSCKCNECGKAFSYC
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD HVFVQQQRLPSREECY-CWECGKSFSKYDSVSNHQRVHTGKRPYECGECGKSFSHKGSLV
.....:: . :. : : :: :.::. ... ::::.::: .::.: .:::.: . ::.
NP_001 SALIRHQRTHTGEKPYKCNECEKAFSRSENLINHQRIHTGDKPYKCDQCGKGFIEGPSLT
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD QHQRVHTGKRPYECGECGKSFSHKGSLVQHQRVHTGERPYECGECGKSFSQNGTLIKHQR
::::.:::..::.: ::::.::.. ::::::.::::.:: :.::::.::: : ...::.
NP_001 QHQRIHTGEKPYKCDECGKAFSQRTHLVQHQRIHTGEKPYTCNECGKAFSQRGHFMEHQK
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD VHTGERPYECEECGKCFTQKGNLIQHQRGHTSERPYECEECGKCFSQKGTLTEHHRVHTR
.::::.:..:.:: : ::.. .: :::. ::.:. :.:.:::: :. .:. .:: .::
NP_001 IHTGEKPFKCDECDKTFTRSTHLTQHQKIHTGEKTYKCNECGKAFNGPSTFIRHHMIHTG
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KSD ERPYECGECGKSFSRKGHLRNHQRGHTGERPYECGECGKSFSRKGNLIQHQRSHTGERPY
:.::::.::::.::....: .::. ::::.::.:.::::::: ..: :: . ::::.::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]