Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1959, 649 aa
1>>>pF1KSDA1959 649 - 649 aa - 649 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8684+/-0.000421; mu= 16.7986+/- 0.026
mean_var=112.5088+/-24.913, 0's: 0 Z-trim(112.7): 172 B-trim: 35 in 1/52
Lambda= 0.120915
statistics sampled from 21533 (21722) to 21533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.624), E-opt: 0.2 (0.255), width: 16
Scan time: 9.360
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_116262 (OMIM: 609201) ubiquitin-associated and ( 649) 4457 789.4 0
XP_005271769 (OMIM: 609201) PREDICTED: ubiquitin-a ( 677) 4104 727.9 2.9e-209
XP_011541344 (OMIM: 609201) PREDICTED: ubiquitin-a ( 614) 3987 707.4 3.8e-203
XP_011541343 (OMIM: 609201) PREDICTED: ubiquitin-a ( 630) 3987 707.4 3.9e-203
NP_001230396 (OMIM: 605736) ubiquitin-associated a ( 526) 1050 195.0 5.8e-49
NP_001001895 (OMIM: 605736) ubiquitin-associated a ( 623) 1050 195.1 6.5e-49
XP_011527912 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-a ( 389) 923 172.7 2.2e-42
XP_011527909 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-a ( 526) 923 172.9 2.7e-42
XP_011527908 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-a ( 526) 923 172.9 2.7e-42
XP_006724076 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-a ( 642) 923 172.9 3.1e-42
NP_061834 (OMIM: 605736) ubiquitin-associated and ( 661) 923 173.0 3.2e-42
XP_011527911 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-a ( 497) 588 114.4 1e-24
XP_011527907 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-a ( 559) 588 114.4 1.1e-24
XP_011543392 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 181) 200 46.3 0.00012
NP_001273006 (OMIM: 616378) UBX domain-containing ( 297) 200 46.5 0.00017
XP_016873363 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 297) 200 46.5 0.00017
XP_005274090 (OMIM: 616378) PREDICTED: UBX domain- ( 312) 200 46.5 0.00017
NP_056937 (OMIM: 616378) UBX domain-containing pro ( 312) 200 46.5 0.00017
>>NP_116262 (OMIM: 609201) ubiquitin-associated and SH3 (649 aa)
initn: 4457 init1: 4457 opt: 4457 Z-score: 4210.9 bits: 789.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4457; 100.0% identity (100.0% similar) in 649 aa overlap (1-649:1-649)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MAQYGHPSPLGMAAREELYSKVTPRRNRQQRPGTIKHGSALDVLLSMGFPRARAQKALAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MAQYGHPSPLGMAAREELYSKVTPRRNRQQRPGTIKHGSALDVLLSMGFPRARAQKALAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRPTGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 TGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRPTGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD HNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKCKFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 HNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKCKFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKED
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAYHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAYHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD DWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 DWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 LTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGET
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD TPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 TPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD MPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD ILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSELAAANLSVDTTYRPHIPISKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 ILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSELAAANLSVDTTYRPHIPISKL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD VVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 VVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KSD MVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGGFNWRETLLQE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 MVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGGFNWRETLLQE
610 620 630 640
>>XP_005271769 (OMIM: 609201) PREDICTED: ubiquitin-assoc (677 aa)
initn: 4093 init1: 4093 opt: 4104 Z-score: 3877.9 bits: 727.9 E(85289): 2.9e-209
Smith-Waterman score: 4104; 94.4% identity (96.1% similar) in 642 aa overlap (8-649:42-677)
10 20 30
pF1KSD MAQYGHPSPLGMAAREELYSKVTPRRNRQQRPGTIKH
: :. . :... .: : . :.
XP_005 CTEKKKARCVASDCLVSREETDKAATQQQLSTLSKCGNERVWVSVLPAFSAPAVPS----
20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GSALDVLLSMGFPRARAQKALASTGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRPT
:. .::: .: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GAEGSVLLLRNF--INLQKALASTGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRPT
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KSD GPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKCK
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KSD FSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAY
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KSD HFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 HFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVP
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD GDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KSD NSLTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NSLTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDV
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KSD VFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KSD ESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPP
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KSD SELAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SELAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHA
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KSD SSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPT
610 620 630 640 650 660
640
pF1KSD GGFNWRETLLQE
::::::::::::
XP_005 GGFNWRETLLQE
670
>>XP_011541344 (OMIM: 609201) PREDICTED: ubiquitin-assoc (614 aa)
initn: 3987 init1: 3987 opt: 3987 Z-score: 3768.1 bits: 707.4 E(85289): 3.8e-203
Smith-Waterman score: 3987; 99.3% identity (99.5% similar) in 583 aa overlap (67-649:32-614)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD HGSALDVLLSMGFPRARAQKALASTGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRP
: . :::::::::::::::::::::::::
XP_011 DRRWTCSSPWGSPEPAHKKPWHPREEEVFRQHVTGWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRP
10 20 30 40 50 60
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKC
70 80 90 100 110 120
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLA
130 140 150 160 170 180
220 230 240 250 260 270
pF1KSD YHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELV
190 200 210 220 230 240
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSS
250 260 270 280 290 300
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMD
310 320 330 340 350 360
400 410 420 430 440 450
pF1KSD VVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEAL
370 380 390 400 410 420
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIP
430 440 450 460 470 480
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PSELAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PSELAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAH
490 500 510 520 530 540
580 590 600 610 620 630
pF1KSD ASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGP
550 560 570 580 590 600
640
pF1KSD TGGFNWRETLLQE
:::::::::::::
XP_011 TGGFNWRETLLQE
610
>>XP_011541343 (OMIM: 609201) PREDICTED: ubiquitin-assoc (630 aa)
initn: 3987 init1: 3987 opt: 3987 Z-score: 3768.0 bits: 707.4 E(85289): 3.9e-203
Smith-Waterman score: 3987; 99.3% identity (99.5% similar) in 583 aa overlap (67-649:48-630)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD HGSALDVLLSMGFPRARAQKALASTGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRP
: . :::::::::::::::::::::::::
XP_011 QAEQRGLSCFSVTSSTYKKPWHPREEEVFRQHVTGWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRP
20 30 40 50 60 70
100 110 120 130 140 150
pF1KSD TGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKC
80 90 100 110 120 130
160 170 180 190 200 210
pF1KSD KFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLA
140 150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KSD YHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELV
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KSD PGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSS
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380 390
pF1KSD SNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMD
320 330 340 350 360 370
400 410 420 430 440 450
pF1KSD VVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEAL
380 390 400 410 420 430
460 470 480 490 500 510
pF1KSD LESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIP
440 450 460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
pF1KSD PSELAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PSELAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAH
500 510 520 530 540 550
580 590 600 610 620 630
pF1KSD ASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGP
560 570 580 590 600 610
640
pF1KSD TGGFNWRETLLQE
:::::::::::::
XP_011 TGGFNWRETLLQE
620 630
>>NP_001230396 (OMIM: 605736) ubiquitin-associated and S (526 aa)
initn: 1565 init1: 1027 opt: 1050 Z-score: 1000.1 bits: 195.0 E(85289): 5.8e-49
Smith-Waterman score: 1575; 46.2% identity (72.8% similar) in 522 aa overlap (12-532:1-506)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAQYGHPSPLGMAARE-ELYSKVTPRRNRQQRPGTIKHGSALDVLLSMGFPRARAQKALA
::: : .::.::. . . .. : : :. ::.:::: : ::::
NP_001 MAAGETQLYAKVSNKLKSRSSP------SLLEPLLAMGFPVHTALKALA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD STGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRPTGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNK
.:: .... : :: .: .:: ::::.:.::.:.: ::::: .::..::..::. :.::.
NP_001 ATGRKTAEEALAWLHDHCNDPSLDDPIPQEYALFLCPTGPLLEKLQEFWRESKRQCAKNR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKCKFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKE
::..:::.:::.:: :::.::. : :::. . .: .: . .:: :..: ...:.::.
NP_001 AHEVFPHVTLCDFFTCEDQKVECLYEALKRAGDRLLGSFPTAVPLALHSSISYLGFFVSG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAYHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLG
. :.:...:: ::.::. .. :.: ::::.:::..: : :::.::. : . .
NP_001 SPADVIREFAMTFATEASLLADCSVKPCTKQLHLTLAHKFYPHHQRTLEQLARAIPLGHS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD CDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGT
:.:.:...:::.::....::.... : ::: ::: : :::.::..: .: .::::. :
NP_001 CQWTAALYSRDMRFVHYQTLRALFQYKPQNVDELTLSPGDYIFVDPTQQDEASEGWVIGI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGE
: ::: :.::::: .:.: .::. : :.. ... :: :: : ::
NP_001 SQRTGCRGFLPENYTDRASESDTWVKHRMYTFSLATDLNSRK--DGEASSRCS-----GE
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KSD TTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNL
: : . .. :.. : .. ..: :::::.: .::: ::.:: :.: : .:
NP_001 FLPQT--ARSLSSLQA-LQATVARKSVLVVRHGERVDQIFGKAWLQQCSTPDGKYYRPDL
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KSD NMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAH
:.: :::.:: :..:.:.: :.. : .:.:..:.:::.:. :. :. ::.:::::::.
NP_001 NFPCSLPRRSRGIKDFENDPPLSSCGIFQSRIAGDALLDSGIRISSVFASPALRCVQTAK
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KSD NILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSELAAANLSVDTTYRPHIPISK
::. :. :...:::::::.:::::: ::.: :. . :: ::...:: ::
NP_001 LILEELKLEKKIKIRVEPGIFEWTKWEAGKTTPTLMSLEELKEANFNIDTDYRSLPWACA
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KSD LVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFV
NP_001 SVKKIKRKENGSW
520
>>NP_001001895 (OMIM: 605736) ubiquitin-associated and S (623 aa)
initn: 1934 init1: 1027 opt: 1050 Z-score: 999.1 bits: 195.1 E(85289): 6.5e-49
Smith-Waterman score: 1944; 46.3% identity (72.8% similar) in 633 aa overlap (12-643:1-617)
10 20 30 40 50
pF1KSD MAQYGHPSPLGMAARE-ELYSKVTPRRNRQQRPGTIKHGSALDVLLSMGFPRARAQKALA
::: : .::.::. . . .. : : :. ::.:::: : ::::
NP_001 MAAGETQLYAKVSNKLKSRSSP------SLLEPLLAMGFPVHTALKALA
10 20 30 40
60 70 80 90 100 110
pF1KSD STGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDPLPREYVLYLRPTGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNK
.:: .... : :: .: .:: ::::.:.::.:.: ::::: .::..::..::. :.::.
NP_001 ATGRKTAEEALAWLHDHCNDPSLDDPIPQEYALFLCPTGPLLEKLQEFWRESKRQCAKNR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KSD AHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGEALQTTVSRWKCKFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKE
::..:::.:::.:: :::.::. : :::. . .: .: . .:: :..: ...:.::.
NP_001 AHEVFPHVTLCDFFTCEDQKVECLYEALKRAGDRLLGSFPTAVPLALHSSISYLGFFVSG
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KSD DSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAYHFQASHLPTLEKLAQNIDVKLG
. :.:...:: ::.::. .. :.: ::::.:::..: : :::.::. : . .
NP_001 SPADVIREFAMTFATEASLLADCSVKPCTKQLHLTLAHKFYPHHQRTLEQLARAIPLGHS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KSD CDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGDFIFMSPMEQTSTSEGWIYGT
:.:.:...:::.::....::.... : ::: ::: : :::.::..: .: .::::. :
NP_001 CQWTAALYSRDMRFVHYQTLRALFQYKPQNVDELTLSPGDYIFVDPTQQDEASEGWVIGI
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNSLTFGDGVLERRPYEDQGLGE
: ::: :.::::: .:.: .::. : :.. ... :: :: : ::
NP_001 SQRTGCRGFLPENYTDRASESDTWVKHRMYTFSLATDLNSRK--DGEASSR-----CSGE
290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KSD TTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVFGKYWLSQCFDAKGRYIRTNL
: : . .. :.. : .. ..: :::::.: .::: ::.:: :.: : .:
NP_001 FLPQT--ARSLSSLQA-LQATVARKSVLVVRHGERVDQIFGKAWLQQCSTPDGKYYRPDL
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KSD NMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLESNTIIDHVYCSPSLRCVQTAH
:.: :::.:: :..:.:.: :.. : .:.:..:.:::.:. :. :. ::.:::::::.
NP_001 NFPCSLPRRSRGIKDFENDPPLSSCGIFQSRIAGDALLDSGIRISSVFASPALRCVQTAK
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KSD NILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSELAAANLSVDTTYRPHIPISK
::. :. :...:::::::.:::::: ::.: :. . :: ::...:: ::: .:.:
NP_001 LILEELKLEKKIKIRVEPGIFEWTKWEAGKTTPTLMSLEELKEANFNIDTDYRPAFPLSA
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KSD LVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASSLEACTCQLQGLSPQNSKDFV
:. .:::. :..: .:.. : . . ::::.:.:.:..:: : :: :.. ::.
NP_001 LMPAESYQEYMDRCTASMVQIVNTCPQDTGVILIVSHGSTLDSCTRPLLGLPPRECGDFA
520 530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KSD QMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGGFNWRETLLQE
:.::::: ::.: ::: : : :.:..::. :::: ...::::
NP_001 QLVRKIPSLGMCFCEENKEEGKWELVNPPVKTLTHGANAAFNWRNWISGN
580 590 600 610 620
>>XP_011527912 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-assoc (389 aa)
initn: 1219 init1: 921 opt: 923 Z-score: 882.0 bits: 172.7 E(85289): 2.2e-42
Smith-Waterman score: 1207; 46.1% identity (71.2% similar) in 393 aa overlap (251-643:1-383)
230 240 250 260 270 280
pF1KSD ASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGDF
.::....::.... : ::: ::: : :::.
XP_011 MRFVHYQTLRALFQYKPQNVDELTLSPGDY
10 20 30
290 300 310 320 330 340
pF1KSD IFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNSL
::..: .: .::::. : : ::: :.::::: .:.: .::. : :.. ... ::
XP_011 IFVDPTQQDEASEGWVIGISQRTGCRGFLPENYTDRASESDTWVKHRMYTFSLATDLNSR
40 50 60 70 80 90
350 360 370 380 390 400
pF1KSD TFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVFG
:: : :: : : . .. :.. : .. ..: :::::.: .::
XP_011 K--DGEASSRCS-----GEFLPQT--ARSLSSLQA-LQATVARKSVLVVRHGERVDQIFG
100 110 120 130 140
410 420 430 440 450 460
pF1KSD KYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLESN
: ::.:: :.: : .::.: :::.:: :..:.:.: :.. : .:.:..:.:::.:.
XP_011 KAWLQQCSTPDGKYYRPDLNFPCSLPRRSRGIKDFENDPPLSSCGIFQSRIAGDALLDSG
150 160 170 180 190 200
470 480 490 500 510 520
pF1KSD TIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSEL
:. :. ::.:::::::. ::. :. :...:::::::.:::::: ::.: :. . ::
XP_011 IRISSVFASPALRCVQTAKLILEELKLEKKIKIRVEPGIFEWTKWEAGKTTPTLMSLEEL
210 220 230 240 250 260
530 540 550 560 570 580
pF1KSD AAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASSL
::...:: ::: .:.: :. .:::. :..: .:.. : . . ::::.:.:.:
XP_011 KEANFNIDTDYRPAFPLSALMPAESYQEYMDRCTASMVQIVNTCPQDTGVILIVSHGSTL
270 280 290 300 310 320
590 600 610 620 630 640
pF1KSD EACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGGF
..:: : :: :.. ::.:.::::: ::.: ::: : : :.:..::. :::: ...:
XP_011 DSCTRPLLGLPPRECGDFAQLVRKIPSLGMCFCEENKEEGKWELVNPPVKTLTHGANAAF
330 340 350 360 370 380
pF1KSD NWRETLLQE
:::
XP_011 NWRNWISGN
>>XP_011527909 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-assoc (526 aa)
initn: 1413 init1: 921 opt: 923 Z-score: 880.3 bits: 172.9 E(85289): 2.7e-42
Smith-Waterman score: 1367; 45.4% identity (71.1% similar) in 454 aa overlap (190-643:77-520)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD APLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAYHF
:.:... . :.: ::::.:::..:
XP_011 IRHDLRHGSISLSSQVPGHGPNLRLSNLTRASFVSHYILQKYCSVKPCTKQLHLTLAHKF
50 60 70 80 90 100
220 230 240 250 260 270
pF1KSD QASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGD
: :::.::. : . .:.:.:...:::.::....::.... : ::: ::: : :::
XP_011 YPHHQRTLEQLARAIPLGHSCQWTAALYSRDMRFVHYQTLRALFQYKPQNVDELTLSPGD
110 120 130 140 150 160
280 290 300 310 320 330
pF1KSD FIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNS
.::..: .: .::::. : : ::: :.::::: .:.: .::. : :.. ... ::
XP_011 YIFVDPTQQDEASEGWVIGISQRTGCRGFLPENYTDRASESDTWVKHRMYTFSLATDLNS
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVF
:: : :: : : . .. :.. : .. ..: :::::.: .:
XP_011 RK--DGEASSRCS-----GEFLPQT--ARSLSSLQA-LQATVARKSVLVVRHGERVDQIF
230 240 250 260 270
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLES
:: ::.:: :.: : .::.: :::.:: :..:.:.: :.. : .:.:..:.:::.:
XP_011 GKAWLQQCSTPDGKYYRPDLNFPCSLPRRSRGIKDFENDPPLSSCGIFQSRIAGDALLDS
280 290 300 310 320 330
460 470 480 490 500 510
pF1KSD NTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSE
. :. :. ::.:::::::. ::. :. :...:::::::.:::::: ::.: :. . :
XP_011 GIRISSVFASPALRCVQTAKLILEELKLEKKIKIRVEPGIFEWTKWEAGKTTPTLMSLEE
340 350 360 370 380 390
520 530 540 550 560 570
pF1KSD LAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASS
: ::...:: ::: .:.: :. .:::. :..: .:.. : . . ::::.:.:.
XP_011 LKEANFNIDTDYRPAFPLSALMPAESYQEYMDRCTASMVQIVNTCPQDTGVILIVSHGST
400 410 420 430 440 450
580 590 600 610 620 630
pF1KSD LEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGG
:..:: : :: :.. ::.:.::::: ::.: ::: : : :.:..::. :::: ...
XP_011 LDSCTRPLLGLPPRECGDFAQLVRKIPSLGMCFCEENKEEGKWELVNPPVKTLTHGANAA
460 470 480 490 500 510
640
pF1KSD FNWRETLLQE
::::
XP_011 FNWRNWISGN
520
>>XP_011527908 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-assoc (526 aa)
initn: 1413 init1: 921 opt: 923 Z-score: 880.3 bits: 172.9 E(85289): 2.7e-42
Smith-Waterman score: 1367; 45.4% identity (71.1% similar) in 454 aa overlap (190-643:77-520)
160 170 180 190 200 210
pF1KSD APLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAASKTEVHVEPHKKQLHVTLAYHF
:.:... . :.: ::::.:::..:
XP_011 IRHDLRHGSISLSSQVPGHGPNLRLSNLTRASFVSHYILQKYCSVKPCTKQLHLTLAHKF
50 60 70 80 90 100
220 230 240 250 260 270
pF1KSD QASHLPTLEKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGD
: :::.::. : . .:.:.:...:::.::....::.... : ::: ::: : :::
XP_011 YPHHQRTLEQLARAIPLGHSCQWTAALYSRDMRFVHYQTLRALFQYKPQNVDELTLSPGD
110 120 130 140 150 160
280 290 300 310 320 330
pF1KSD FIFMSPMEQTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNS
.::..: .: .::::. : : ::: :.::::: .:.: .::. : :.. ... ::
XP_011 YIFVDPTQQDEASEGWVIGISQRTGCRGFLPENYTDRASESDTWVKHRMYTFSLATDLNS
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LTFGDGVLERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVF
:: : :: : : . .. :.. : .. ..: :::::.: .:
XP_011 RK--DGEASSRCS-----GEFLPQT--ARSLSSLQA-LQATVARKSVLVVRHGERVDQIF
230 240 250 260 270
400 410 420 430 440 450
pF1KSD GKYWLSQCFDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLES
:: ::.:: :.: : .::.: :::.:: :..:.:.: :.. : .:.:..:.:::.:
XP_011 GKAWLQQCSTPDGKYYRPDLNFPCSLPRRSRGIKDFENDPPLSSCGIFQSRIAGDALLDS
280 290 300 310 320 330
460 470 480 490 500 510
pF1KSD NTIIDHVYCSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSE
. :. :. ::.:::::::. ::. :. :...:::::::.:::::: ::.: :. . :
XP_011 GIRISSVFASPALRCVQTAKLILEELKLEKKIKIRVEPGIFEWTKWEAGKTTPTLMSLEE
340 350 360 370 380 390
520 530 540 550 560 570
pF1KSD LAAANLSVDTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASS
: ::...:: ::: .:.: :. .:::. :..: .:.. : . . ::::.:.:.
XP_011 LKEANFNIDTDYRPAFPLSALMPAESYQEYMDRCTASMVQIVNTCPQDTGVILIVSHGST
400 410 420 430 440 450
580 590 600 610 620 630
pF1KSD LEACTCQLQGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGG
:..:: : :: :.. ::.:.::::: ::.: ::: : : :.:..::. :::: ...
XP_011 LDSCTRPLLGLPPRECGDFAQLVRKIPSLGMCFCEENKEEGKWELVNPPVKTLTHGANAA
460 470 480 490 500 510
640
pF1KSD FNWRETLLQE
::::
XP_011 FNWRNWISGN
520
>>XP_006724076 (OMIM: 605736) PREDICTED: ubiquitin-assoc (642 aa)
initn: 1878 init1: 921 opt: 923 Z-score: 879.2 bits: 172.9 E(85289): 3.1e-42
Smith-Waterman score: 1796; 44.2% identity (69.6% similar) in 626 aa overlap (56-643:21-636)
30 40 50 60 70 80
pF1KSD RNRQQRPGTIKHGSALDVLLSMGFPRARAQKALASTGGRSVQAACDWLFSHVGDPFLDDP
::::.:: .... : :: .: .:: ::::
XP_006 MELQGCRVRLPAKAVHLAGLKALAATGRKTAEEALAWLHDHCNDPSLDDP
10 20 30 40 50
90 100 110 120 130 140
pF1KSD LPREYVLYLRPTGPLAQKLSDFWQQSKQICGKNKAHNIFPHITLCQFFMCEDSKVDALGE
.:.::.:.: ::::: .::..::..::. :.::.::..:::.:::.:: :::.::. : :
XP_006 IPQEYALFLCPTGPLLEKLQEFWRESKRQCAKNRAHEVFPHVTLCDFFTCEDQKVECLYE
60 70 80 90 100 110
150 160 170 180 190
pF1KSD ALQTTVSRWKCKFSAPLPLELYTSSNFIGLFVKEDSAEVLKKFAADFAAEAA--------
::. . .: .: . .:: :..: ...:.::. . :.:...:: ::.::.
XP_006 ALKRAGDRLLGSFPTAVPLALHSSISYLGFFVSGSPADVIREFAMTFATEASLLAGTSVS
120 130 140 150 160 170
200 210 220
pF1KSD -----SKTEVH-------------------------VEPHKKQLHVTLAYHFQASHLPTL
:.. : :.: ::::.:::..: : ::
XP_006 RFWIFSQVPGHGPNLRLSNLTRASFVSHYILQKYCSVKPCTKQLHLTLAHKFYPHHQRTL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD EKLAQNIDVKLGCDWVATIFSRDIRFANHETLQVIYPYTPQNDDELELVPGDFIFMSPME
:.::. : . .:.:.:...:::.::....::.... : ::: ::: : :::.::..: .
XP_006 EQLARAIPLGHSCQWTAALYSRDMRFVHYQTLRALFQYKPQNVDELTLSPGDYIFVDPTQ
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD QTSTSEGWIYGTSLTTGCSGLLPENYITKADECSTWIFHGSYSILNTSSSNSLTFGDGVL
: .::::. : : ::: :.::::: .:.: .::. : :.. ... :: ::
XP_006 QDEASEGWVIGISQRTGCRGFLPENYTDRASESDTWVKHRMYTFSLATDLNSRK--DGEA
300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KSD ERRPYEDQGLGETTPLTIICQPMQPLRVNSQPGPQKRCLFVCRHGERMDVVFGKYWLSQC
: :: : : . .. :.. : .. ..: :::::.: .::: ::.::
XP_006 SSRCS-----GEFLPQTA--RSLSSLQA-LQATVARKSVLVVRHGERVDQIFGKAWLQQC
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KSD FDAKGRYIRTNLNMPHSLPQRSGGFRDYEKDAPITVFGCMQARLVGEALLESNTIIDHVY
:.: : .::.: :::.:: :..:.:.: :.. : .:.:..:.:::.:. :. :.
XP_006 STPDGKYYRPDLNFPCSLPRRSRGIKDFENDPPLSSCGIFQSRIAGDALLDSGIRISSVF
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500 510 520
pF1KSD CSPSLRCVQTAHNILKGLQQENHLKIRVEPGLFEWTKWVAGSTLPAWIPPSELAAANLSV
::.:::::::. ::. :. :...:::::::.:::::: ::.: :. . :: ::...
XP_006 ASPALRCVQTAKLILEELKLEKKIKIRVEPGIFEWTKWEAGKTTPTLMSLEELKEANFNI
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KSD DTTYRPHIPISKLVVSESYDTYISRSFQVTKEIISECKSKGNNILIVAHASSLEACTCQL
:: ::: .:.: :. .:::. :..: .:.. : . . ::::.:.:.:..:: :
XP_006 DTDYRPAFPLSALMPAESYQEYMDRCTASMVQIVNTCPQDTGVILIVSHGSTLDSCTRPL
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KSD QGLSPQNSKDFVQMVRKIPYLGFCSCEELGETGIWQLTDPPILPLTHGPTGGFNWRETLL
:: :.. ::.:.::::: ::.: ::: : : :.:..::. :::: ...::::
XP_006 LGLPPRECGDFAQLVRKIPSLGMCFCEENKEEGKWELVNPPVKTLTHGANAAFNWRNWIS
590 600 610 620 630 640
pF1KSD QE
XP_006 GN
649 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:49:10 2016 done: Thu Nov 3 07:49:11 2016
Total Scan time: 9.360 Total Display time: 0.120
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]