Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1963
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1963, 323 aa
1>>>pF1KSDA1963 323 - 323 aa - 323 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4350+/-0.000803; mu= 12.1630+/- 0.049
mean_var=113.0160+/-22.322, 0's: 0 Z-trim(111.7): 5 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.120644
statistics sampled from 12597 (12602) to 12597 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.739), E-opt: 0.2 (0.387), width: 16
Scan time: 2.840
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4974.1 B3GAT2 gene_id:135152|Hs108|chr6 ( 323) 2195 392.3 2.7e-109
CCDS8500.1 B3GAT1 gene_id:27087|Hs108|chr11 ( 334) 985 181.7 6.9e-46
CCDS8025.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11 ( 335) 578 110.9 1.5e-24
CCDS76417.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11 ( 319) 513 99.6 3.6e-21
CCDS76418.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11 ( 315) 503 97.8 1.2e-20
>>CCDS4974.1 B3GAT2 gene_id:135152|Hs108|chr6 (323 aa)
initn: 2195 init1: 2195 opt: 2195 Z-score: 2075.7 bits: 392.3 E(32554): 2.7e-109
Smith-Waterman score: 2195; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
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CCDS49 MKSALFTRFFILLPWILIVIIMLDVDTRRPVPPLTPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 HGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 ARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYKRPGLPRATEQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 AIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWH
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KSD TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:::::::::::::::::::::::
CCDS49 TRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
310 320
>>CCDS8500.1 B3GAT1 gene_id:27087|Hs108|chr11 (334 aa)
initn: 1022 init1: 363 opt: 985 Z-score: 937.3 bits: 181.7 E(32554): 6.9e-46
Smith-Waterman score: 997; 50.3% identity (70.5% similar) in 336 aa overlap (10-323:12-334)
10 20 30 40
pF1KSD MKSALFTRFFILLPWILIVII--------MLDV------DTRRPVPP-LTPRPYFSPY
.:.::: :.. . .: : : :: .:: :: : .
CCDS85 MPKRRDILAIVLIVLPWTLLITVWHQSTLAPLLAVHKDEGSDPRRETPPGADPREYCTS-
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KSD AVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQLPTIYAITPTYSRPVQKAELTRLAN
: ... .: . .:: : . ::::...:::::::::::::::.::
CCDS85 --DRDIVEV-VRT--------EYVYTRPPPWSDT-LPTIHVVTPTYSRPVQKAELTRMAN
60 70 80 90 100
110 120 130 140 150
pF1KSD TFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPRRYK------RPGLPRAT
:. .: .:::..:::: :. :..:.: .:: ::::: ::: :: : .::.:
CCDS85 TLLHVPNLHWLVVEDAPRRTPLTARLLRDTGLNYTHLHVETPRNYKLRGDARDPRIPRGT
110 120 130 140 150 160
160 170 180 190 200 210
pF1KSD EQRNAGLAWLRQRHQHQRAQPGVLFFADDDNTYSLELFQEMRTTRKVSVWPVGLVGGRRY
::: .: :::. .. .::::..:::::::::::::.:::.::.::::::..::: ::
CCDS85 MQRNLALRWLRETFPRNSSQPGVVYFADDDNTYSLELFEEMRSTRRVSVWPVAFVGGLRY
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KSD ERPLVEN-GKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPKAVFKRRGSQPGMQESDF
: : :.. :::::: : . ::::::::::::.:..::. .: :: :: . :.:::..
CCDS85 EAPRVNGAGKVVGWKTVFDPHRPFAIDMAGFAVNLRLILQRSQAYFKLRGVKGGYQESSL
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KSD LKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTVKIEV
:....:...::::: ::::.::::::::: :.:: : . ..:.
CCDS85 LRELVTLNDLEPKAANCTKILVWHTRTEKPVLVNEGKKGFTDPSVEI
290 300 310 320 330
>>CCDS8025.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11 (335 aa)
initn: 835 init1: 392 opt: 578 Z-score: 554.5 bits: 110.9 E(32554): 1.5e-24
Smith-Waterman score: 837; 52.3% identity (73.9% similar) in 264 aa overlap (65-313:59-321)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
.: : :::. :::::..::::.: :
CCDS80 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
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CCDS80 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
.:: ::..:::: .: ::: : .. : ::..::::::::: :::.:::
CCDS80 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
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CCDS80 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KSD AVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTV
: : . . : ::..:.... ..:::.: :::.:::::::::: .. .: .
CCDS80 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRVLVWHTRTEKPKMKQEEQLQRQGR
270 280 290 300 310 320
320
pF1KSD KIEV
CCDS80 GSDPAIEV
330
>>CCDS76417.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11 (319 aa)
initn: 763 init1: 392 opt: 513 Z-score: 493.6 bits: 99.6 E(32554): 3.6e-21
Smith-Waterman score: 772; 51.0% identity (72.2% similar) in 255 aa overlap (65-304:59-312)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
.: : :::. :::::..::::.: :
CCDS76 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
:::::.::..:. : .:::.::::: . . ::: .:: .:: ::: : ::. :
CCDS76 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
.:: ::..:::: .: ::: : .. : ::..::::::::: :::.:::
CCDS76 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
:: ::::::::::: :.: : :..:.:::..:.:. .::: .:::::::.: ..:..:.
CCDS76 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KSD AVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTV
: : . . : ::..:.... ..:::.: :::. :. : :
CCDS76 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRSLAVSPRLECSSAILA
270 280 290 300 310
320
pF1KSD KIEV
>>CCDS76418.1 B3GAT3 gene_id:26229|Hs108|chr11 (315 aa)
initn: 760 init1: 392 opt: 503 Z-score: 484.3 bits: 97.8 E(32554): 1.2e-20
Smith-Waterman score: 762; 51.6% identity (73.2% similar) in 246 aa overlap (65-295:59-303)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD TPRPYFSPYAVGRGGARLPLRRGGPAHGTQKRNQSRPQPQPEPQ-LPTIYAITPTYSRPV
.: : :::. :::::..::::.: :
CCDS76 QPCDCLPPLRAAAEQLRQKDLRISQLQAELRRPPPAPAQPPEPEALPTIYVVTPTYARLV
30 40 50 60 70 80
100 110 120 130 140
pF1KSD QKAELTRLANTFRQVAQLHWILVEDAAARSELVSRFLARAGLPSTHLHVPTPR----RYK
:::::.::..:. : .:::.::::: . . ::: .:: .:: ::: : ::. :
CCDS76 QKAELVRLSQTLSLVPRLHWLLVEDAEGPTPLVSGLLAASGLLFTHLVVLTPKAQRLREG
90 100 110 120 130 140
150 160 170 180 190
pF1KSD RPGL--PRATEQRNAGLAWLRQRHQH---QRAQP-----GVLFFADDDNTYSLELFQEMR
.:: ::..:::: .: ::: : .. : ::..::::::::: :::.:::
CCDS76 EPGWVHPRGVEQRNKALDWLRGRGGAVGGEKDPPPPGTQGVVYFADDDNTYSRELFEEMR
150 160 170 180 190 200
200 210 220 230 240 250
pF1KSD TTRKVSVWPVGLVGGRRYERPLVENGKVVGWYTGWRADRPFAIDMAGFAVSLQVILSNPK
:: ::::::::::: :.: : :..:.:::..:.:. .::: .:::::::.: ..:..:.
CCDS76 WTRGVSVWPVGLVGGLRFEGPQVQDGRVVGFHTAWEPSRPFPVDMAGFAVALPLLLDKPN
210 220 230 240 250 260
260 270 280 290 300 310
pF1KSD AVFKRRGSQPGMQESDFLKQITTVEELEPKANNCTKVLVWHTRTEKVNLANEPKYHLDTV
: : . . : ::..:.... ..:::.: :::.
CCDS76 AQFDSTAPR-GHLESSLLSHLVDPKDLEPRAANCTRTESRCVTQAGVQ
270 280 290 300 310
320
pF1KSD KIEV
323 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:51:50 2016 done: Thu Nov 3 07:51:50 2016
Total Scan time: 2.840 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]