Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDA1990
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1990, 879 aa
1>>>pF1KSDA1990 879 - 879 aa - 879 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9877+/-0.00117; mu= 16.7358+/- 0.070
mean_var=67.1104+/-13.508, 0's: 0 Z-trim(102.0): 22 B-trim: 104 in 1/49
Lambda= 0.156559
statistics sampled from 6768 (6778) to 6768 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.208), width: 16
Scan time: 3.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45520.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 ( 879) 5960 1355.9 0
CCDS82007.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 ( 779) 5303 1207.5 0
CCDS4044.1 DMGDH gene_id:29958|Hs108|chr5 ( 866) 1289 300.9 6.7e-81
CCDS6978.1 SARDH gene_id:1757|Hs108|chr9 ( 918) 989 233.1 1.8e-60
CCDS11248.1 PIPOX gene_id:51268|Hs108|chr17 ( 390) 261 68.6 2.5e-11
>>CCDS45520.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 (879 aa)
initn: 5960 init1: 5960 opt: 5960 Z-score: 7267.6 bits: 1355.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5960; 100.0% identity (100.0% similar) in 879 aa overlap (1-879:1-879)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MMFYRLLSIVGRQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MMFYRLLSIVGRQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LSKMGWKDIVLLEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADYSNKLYYQLEQETGIQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LSKMGWKDIVLLEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADYSNKLYYQLEQETGIQT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD GYTRTGSIFLAQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GYTRTGSIFLAQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD PEDAVVSSADVALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PEDAVVSSADVALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD AGQWAYELGLSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLETPLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AGQWAYELGLSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLETPLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LSGGFEKNPKPIFTEGKNQLEIQNLQEDWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LSGGFEKNPKPIFTEGKNQLEIQNLQEDWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD RPKYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RPKYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD ALEVLQYLFSNDLDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHCWA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ALEVLQYLFSNDLDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHCWA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD WLKKHMPKDSNLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMSVGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WLKKHMPKDSNLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMSVGY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD ANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKFFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKFFA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD FWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSDLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSDLD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINRGEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINRGEY
790 800 810 820 830 840
850 860 870
pF1KSD EIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 EIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
850 860 870
>>CCDS82007.1 PDPR gene_id:55066|Hs108|chr16 (779 aa)
initn: 5303 init1: 5303 opt: 5303 Z-score: 6466.5 bits: 1207.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5303; 100.0% identity (100.0% similar) in 779 aa overlap (101-879:1-779)
80 90 100 110 120 130
pF1KSD LLEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADYSNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFL
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MADYSNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFL
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KSD AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KSD VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELGL
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KSD SNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLETPLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFEKNPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLETPLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFEKNPK
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KSD PIFTEGKNQLEIQNLQEDWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPETFTPDMRCIMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PIFTEGKNQLEIQNLQEDWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPETFTPDMRCIMG
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KSD ESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRFGALQSSRTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRFGALQSSRTFL
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KSD RHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFERPKYFVPPDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFERPKYFVPPDK
340 350 360 370 380 390
500 510 520 530 540 550
pF1KSD DLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQALEVLQYLFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQALEVLQYLFS
400 410 420 430 440 450
560 570 580 590 600 610
pF1KSD NDLDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHCWAWLKKHMPKDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NDLDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHCWAWLKKHMPKDS
460 470 480 490 500 510
620 630 640 650 660 670
pF1KSD NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMSVGYANGIRVMSMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMSVGYANGIRVMSMT
520 530 540 550 560 570
680 690 700 710 720 730
pF1KSD HTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKFFAFWGQDINNLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 HTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKFFAFWGQDINNLT
580 590 600 610 620 630
740 750 760 770 780 790
pF1KSD TPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSDLDLWPWWGEPIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSDLDLWPWWGEPIY
640 650 660 670 680 690
800 810 820 830 840 850
pF1KSD RNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINRGEYEIDIAGYRFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINRGEYEIDIAGYRFQ
700 710 720 730 740 750
860 870
pF1KSD AKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
760 770
>>CCDS4044.1 DMGDH gene_id:29958|Hs108|chr5 (866 aa)
initn: 998 init1: 424 opt: 1289 Z-score: 1565.8 bits: 300.9 E(32554): 6.7e-81
Smith-Waterman score: 1289; 32.3% identity (63.2% similar) in 801 aa overlap (42-827:49-828)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD RQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYHLSKMGWKDIVL
.:..:: ::: .:.:.::::.: : ::.::
CCDS40 LQGSPGRPRSVCGREGEEKPPLSAETQWKDRAETVIIGGGCVGVSLAYHLAKAGMKDVVL
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KSD LEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADY-SNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFL
::...:.:::: :: :.: : :. : : : ::: .::.::: .:. . ::: :
CCDS40 LEKSELTAGSTWHAAG-LTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLEEETGQVVGFHQPGSIRL
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KSD AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD
: : :. .: . . . . .: :.:. :. :::.. ...... : :. .. .
CCDS40 ATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNKVLAGLYNPGDGHIDPYS
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KSD VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELG-
...:::..: . :. . . : . ... . ::: .:... . .:: :: :: :.:
CCDS40 LTMALAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMRANRIVNAAGFWAREVGK
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KSD -LSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLET--PLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFE
.. :.:. ::. .: :..: . :. :.. : .: :.:. . :.: : .:
CCDS40 MIGLEHPL-IPV---QHQYVVTSTISEVKALKRELPVLRDLEGSYYLRQERDGLLFGPYE
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350 360
pF1KSD KNPK-----PIFTEGKNQLEIQNLQE-DWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET
.. : :.: ..: : : :.. ... .. .: :. .:...:: : :
CCDS40 SQEKMKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLKKADIINVVNGPIT
320 330 340 350 360 370
370 380 390 400 410 420
pF1KSD FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
..::. ..: .:..:.: :.. :. .::.::::..:..:: : .. ::: .:.
CCDS40 YSPDILPMVGPHQGVRNYWVAIGFGY-GIIHAGGVGKYLSDWILHGEPPFDLIELDPNRY
380 390 400 410 420 430
430 440 450 460 470
pF1KSD GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQL-RTSPLYDRLDAQGARWMEKH-G
: ... . . .. : . . . :. . .:: :.: ::.::... . : : :
CCDS40 GKWTTTQ-YTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQRLESKCS--MGFHAG
440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KSD FERPKYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTG
.:.:..: : .: . .: . .::. : :: : . : : :.: : ::.: :
CCDS40 WEQPHWFYKPGQDT---QYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKFNIK--G
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KSD DQALEVLQYLFSNDLDVP-VGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVH
......:..::.: .: :: . ::. : . .... . :..:. . ...:
CCDS40 QDSIRLLDHLFAN--VIPKVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSELH
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KSD CWAWLKKHMPKDS-NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEM
:.... : . .. ....: . .:.. ::.: ::..:. .. : : : : .
CCDS40 DLRWIEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTKSL
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KSD SVGYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIE
.:. . .. ...::: :. :: : .. .:. .:..::. :: : : ::. .::.:
CCDS40 KVSNIP-VTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRLE
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KSD KFFAFWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHD
: : :: ..: :.::: : : :::.: ::::..:: : : .:. .::. . : :
CCDS40 KAFRAWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKPADFIGKQALKQIKAKGLKRRLVCLTLATDD
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KSD SDLDLWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFIN
: : .: :. ::. ::.:::..::::... . ...: ..:..
CCDS40 VD----PEGNESIWYNGKVVGNTTSGSYSYSIQKSLAFAYVPVQLSEVGQQVEVELLGKN
790 800 810 820 830
840 850 860 870
pF1KSD RGEYEIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
CCDS40 YPAVIIQEPLVLTEPTRNRLQKKGGKDKT
840 850 860
>>CCDS6978.1 SARDH gene_id:1757|Hs108|chr9 (918 aa)
initn: 1121 init1: 432 opt: 989 Z-score: 1199.2 bits: 233.1 E(32554): 1.8e-60
Smith-Waterman score: 1517; 32.3% identity (60.9% similar) in 888 aa overlap (13-855:37-903)
10 20 30 40
pF1KSD MMFYRLLSIVGRQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQ
... : .. . ..... .:.. : ::.
CCDS69 ALRVAAAHPRQSPTRGMGPCNLSSAAGPTAEKSVPYQRTLKEGQGTSVVAQGPSRPLPST
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD AQVVICGGGITGTSVAYHLSKMGWKDIVLLEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMA
:.::. ::: : .. :::.:.: . ::::. ::..:.: ::.: : .: ..
CCDS69 ANVVVIGGGSLGCQTLYHLAKLGMSGAVLLERERLTSGTTWHTAGLLWQLRPSDVEVELL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD DYSNKLY-YQLEQETGIQTGYTRTGSIFLAQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKK
.. .. .::.:::..::. ..:..:.:....:: ::. . .. :. :...:: .
CCDS69 AHTRRVVSRELEEETGLHTGWIQNGGLFIASNRQRLDEYKRLMSLGKAYGVESHVLSPAE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD VAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSADVALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKG-
. :. :.:: :: :...::.:.... : . .:: ::: :.:. . : . :
CCDS69 TKTLYPLMNVDDLYGTLYVPHDGTMDPAGTCTTLARAASARGAQVIENCPVTGIRVWTDD
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KSD ----QVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELGLSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLETP
.:.::::..:.:. ::::: :: .: :..:: : .: :..:. .:
CCDS69 FGVRRVAGVETQHGSIQTPCVVNCAGVWASAVG--RMAGVKVPLVAMHHAYVVTERIEG-
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KSD LQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILS-GGFEKNPKPIF-TEGKNQLEIQNLQEDWDHFEP
.:. :.. : :. .:.: :: :: ::.: :: :: : .... . .. ::. :
CCDS69 IQN-MPNVRDHDASVYLR-LQGDALSVGGYEANP--IFWEEVSDKFAFGLFDLDWEVFTQ
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD LLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPETFTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGG
. . . :.: :: : . : ::.:::: . .:::.: ..:.:. :.::::. .:::
CCDS69 HIEGAINRVPVLEKTGIKSTVCGPESFTPDHKPLMGEAPELRGFFLGCGFNSAGMMLGGG
360 370 380 390 400 410
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