Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1990
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1990, 879 aa
1>>>pF1KSDA1990 879 - 879 aa - 879 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9802+/-0.000499; mu= 16.8308+/- 0.031
mean_var=74.1729+/-14.729, 0's: 0 Z-trim(108.4): 32 B-trim: 65 in 1/52
Lambda= 0.148920
statistics sampled from 16483 (16509) to 16483 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.194), width: 16
Scan time: 10.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_037523 (OMIM: 605849,605850) dimethylglycine de ( 866) 1289 287.4 2e-76
XP_011541656 (OMIM: 605849,605850) PREDICTED: dime ( 757) 1136 254.5 1.4e-66
XP_006714660 (OMIM: 605849,605850) PREDICTED: dime ( 774) 1125 252.1 7.4e-66
XP_011541657 (OMIM: 605849,605850) PREDICTED: dime ( 750) 1124 251.9 8.3e-66
XP_016869857 (OMIM: 268900,604455) PREDICTED: sarc ( 837) 989 222.9 5e-57
XP_016869856 (OMIM: 268900,604455) PREDICTED: sarc ( 878) 989 222.9 5.2e-57
NP_009032 (OMIM: 268900,604455) sarcosine dehydrog ( 918) 989 222.9 5.4e-57
NP_001128179 (OMIM: 268900,604455) sarcosine dehyd ( 918) 989 222.9 5.4e-57
NP_057602 (OMIM: 616713) peroxisomal sarcosine oxi ( 390) 261 66.4 3e-10
NP_001158184 (OMIM: 238310,605899) aminomethyltran ( 386) 233 60.4 1.9e-08
NP_000472 (OMIM: 238310,605899) aminomethyltransfe ( 403) 233 60.4 2e-08
NP_001158183 (OMIM: 238310,605899) aminomethyltran ( 347) 228 59.3 3.7e-08
NP_001158182 (OMIM: 238310,605899) aminomethyltran ( 359) 211 55.6 4.8e-07
XP_016873494 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 275) 161 44.8 0.00065
XP_006718944 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 275) 161 44.8 0.00065
XP_016873492 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 275) 161 44.8 0.00065
XP_016873493 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 275) 161 44.8 0.00065
XP_011541198 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 316) 161 44.9 0.00074
XP_011541197 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 316) 161 44.9 0.00074
XP_016873491 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 316) 161 44.9 0.00074
XP_016873490 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 316) 161 44.9 0.00074
XP_006718942 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 316) 161 44.9 0.00074
XP_016873495 (OMIM: 252010,256000,613622) PREDICTE ( 274) 157 44.0 0.0012
XP_016880211 (OMIM: 616713) PREDICTED: peroxisomal ( 294) 149 42.3 0.0041
XP_016877147 (OMIM: 236792,609584) PREDICTED: L-2- ( 236) 146 41.6 0.0053
>>NP_037523 (OMIM: 605849,605850) dimethylglycine dehydr (866 aa)
initn: 998 init1: 424 opt: 1289 Z-score: 1493.0 bits: 287.4 E(85289): 2e-76
Smith-Waterman score: 1289; 32.3% identity (63.2% similar) in 801 aa overlap (42-827:49-828)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD RQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYHLSKMGWKDIVL
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NP_037 LQGSPGRPRSVCGREGEEKPPLSAETQWKDRAETVIIGGGCVGVSLAYHLAKAGMKDVVL
20 30 40 50 60 70
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pF1KSD LEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADY-SNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFL
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NP_037 LEKSELTAGSTWHAAG-LTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLEEETGQVVGFHQPGSIRL
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KSD AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD
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NP_037 ATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNKVLAGLYNPGDGHIDPYS
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KSD VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELG-
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NP_037 LTMALAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMRANRIVNAAGFWAREVGK
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KSD -LSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLET--PLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFE
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NP_037 MIGLEHPL-IPV---QHQYVVTSTISEVKALKRELPVLRDLEGSYYLRQERDGLLFGPYE
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pF1KSD KNPK-----PIFTEGKNQLEIQNLQE-DWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET
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NP_037 SQEKMKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLKKADIINVVNGPIT
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370 380 390 400 410 420
pF1KSD FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
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pF1KSD GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQL-RTSPLYDRLDAQGARWMEKH-G
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NP_037 GKWTTTQ-YTEAKARESYGFNNIVGYPKEERFAGRPTQRVSGLYQRLESKCS--MGFHAG
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pF1KSD FERPKYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTG
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NP_037 WEQPHWFYKPGQDT---QYRPSFRRTNWFEPVGSEYKQVMQRVAVTDLSPFGKFNIK--G
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540 550 560 570 580 590
pF1KSD DQALEVLQYLFSNDLDVP-VGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVH
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NP_037 QDSIRLLDHLFAN--VIPKVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSELH
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pF1KSD CWAWLKKHMPKDS-NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEM
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NP_037 DLRWIEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTKSL
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pF1KSD SVGYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIE
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NP_037 KVSNIP-VTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRLE
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pF1KSD KFFAFWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHD
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NP_037 KAFRAWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKPADFIGKQALKQIKAKGLKRRLVCLTLATDD
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pF1KSD SDLDLWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFIN
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NP_037 VD----PEGNESIWYNGKVVGNTTSGSYSYSIQKSLAFAYVPVQLSEVGQQVEVELLGKN
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pF1KSD RGEYEIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
NP_037 YPAVIIQEPLVLTEPTRNRLQKKGGKDKT
840 850 860
>>XP_011541656 (OMIM: 605849,605850) PREDICTED: dimethyl (757 aa)
initn: 853 init1: 424 opt: 1136 Z-score: 1316.3 bits: 254.5 E(85289): 1.4e-66
Smith-Waterman score: 1136; 32.0% identity (62.9% similar) in 723 aa overlap (42-749:49-755)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD RQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYHLSKMGWKDIVL
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pF1KSD LEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADY-SNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFL
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XP_011 LEKSELTAGSTWHAAG-LTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLEEETGQVVGFHQPGSIRL
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pF1KSD AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD
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XP_011 ATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNKVLAGLYNPGDGHIDPYS
140 150 160 170 180 190
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pF1KSD VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELG-
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XP_011 LTMALAAGARKCGALLKYPAPVTSLKARSDGTWDVETPQGSMRANRIVNAAGFWAREVGK
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pF1KSD -LSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLET--PLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFE
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pF1KSD KNPK-----PIFTEGKNQLEIQNLQE-DWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET
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pF1KSD FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
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pF1KSD DQALEVLQYLFSNDLDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHC
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XP_011 QDSIRLLDHLFANVIP-KVGFTNISHMLTPKGRVYAELTVSHQSPGEFLLITGSGSELHD
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pF1KSD WAWLKKHMPKDS-NLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMS
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XP_011 LRWIEEEAVKGGYDVEIKNITDELGVLGVAGPQARKVLQKLTSEDLSDDVFKFLQTKSLK
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pF1KSD VGYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEK
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XP_011 VSNIP-VTAIRISYTGELGWELYHRREDSVALYDAIMNAGQEEGIDNFGTYAMNALRLEK
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pF1KSD FFAFWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKG-MDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHD
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XP_011 AFRAWGLEMNCDTNPLEAGLEYFVKLNKGSMDLRN
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pF1KSD SDLDLWPWWGEPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFIN
>>XP_006714660 (OMIM: 605849,605850) PREDICTED: dimethyl (774 aa)
initn: 836 init1: 424 opt: 1125 Z-score: 1303.3 bits: 252.1 E(85289): 7.4e-66
Smith-Waterman score: 1125; 31.7% identity (62.9% similar) in 722 aa overlap (42-748:49-753)
20 30 40 50 60 70
pF1KSD RQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYHLSKMGWKDIVL
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XP_006 LQGSPGRPRSVCGREGEEKPPLSAETQWKDRAETVIIGGGCVGVSLAYHLAKAGMKDVVL
20 30 40 50 60 70
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pF1KSD LEQGRLAAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADY-SNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFL
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XP_006 LEKSELTAGSTWHAAG-LTTYFHPGINLKKIHYDSIKLYEKLEEETGQVVGFHQPGSIRL
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pF1KSD AQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDAVVSSAD
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XP_006 ATTPVRVDEFKYQMTRTGWHATEQYLIEPEKIQEMFPLLNMNKVLAGLYNPGDGHIDPYS
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KSD VALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYELG-
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pF1KSD -LSNEEPVSIPLHACEHFYLLTRPLET--PLQSSTPTIVDADGRIYIRNWQGGILSGGFE
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pF1KSD KNPK-----PIFTEGKNQLEIQNLQE-DWDHFEPLLSSLLRRMPELETLEIMKLVNCPET
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XP_006 SQEKMKVQDSWVTNGVPPGFGKELFESDLDRIMEHIKAAMEMVPVLKKADIINVVNGPIT
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pF1KSD FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
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pF1KSD GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQL-RTSPLYDRLDAQGARWMEKH-G
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pF1KSD FERPKYFVPPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTG
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840 850 860 870
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pF1KSD AGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRFG-ALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQT
:. ::.:..:: : ... :..:: .: . ..:.: : . :.. :. . .
NP_009 CGQELAHWIIHGRPEKDMHGYDIRRFHHSLTDHPRWIRERSHESYAKNYSVVFPHDEPLA
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490
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::..: .::...: .:: ..:.::.::: .: : : . : . :.
NP_009 GRNMRRDPLHEELLGQGCVFQERHGWERPGWFHPRGPAPVLEYDYYGAYGSRAHEDYAYR
480 490 500 510 520 530
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pF1KSD -------TFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQALEVLQYLFSND
:: : : ...: :. :. :.::: : :: . .: .: .. ..::: :
NP_009 RLLADEYTFAFPPHHDTIKKECLACRGAAAVFDMSYFGKFYL--VGLDARKAADWLFSAD
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560 570 580 590
pF1KSD LDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKR-------------SFFMISPTDQQVHCW
.. : : :.: :::. :: :.: ...:: .... : :
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600 610 620 630 640 650
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. . . . :. : : . ... :: . .:.:. : .. . :: : . .
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660 670 680 690 700 710
pF1KSD GYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKF
. .. .:.: .. .:: :. :.:: . :: ::..: :.:. :::: :. :: :::
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720 730 740 750 760 770
pF1KSD FAFWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSD
. : :. .::: : ::.. . :.::.:: ::. :. .::. : ..:.
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780 790 800 810 820 830
pF1KSD LDLWPWWG-EPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINR
: .: : :.:::: ::.. . ....... . :..:. : : :. ::..
NP_009 ---VPMFGLEAIWRNGQVVGHVRRADFGFAIDKTIAYGYIHDPS--GGP---VSLDFVKS
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840 850 860 870
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:.: .. : . :.:.:
NP_009 GDYALERMGVTYGAQAHLKSPFDPNNKRVKGIY
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>>NP_001128179 (OMIM: 268900,604455) sarcosine dehydroge (918 aa)
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Smith-Waterman score: 1517; 32.3% identity (60.9% similar) in 888 aa overlap (13-855:37-903)
10 20 30 40
pF1KSD MMFYRLLSIVGRQRASPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQ
... : .. . ..... .:.. : ::.
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110 120 130 140 150 160
pF1KSD DYSNKLY-YQLEQETGIQTGYTRTGSIFLAQTQDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKK
.. .. .::.:::..::. ..:..:.:....:: ::. . .. :. :...:: .
NP_001 AHTRRVVSRELEEETGLHTGWIQNGGLFIASNRQRLDEYKRLMSLGKAYGVESHVLSPAE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
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. :. :.:: :: :...::.:.... : . .:: ::: :.:. . : . :
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190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
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NP_001 FGVRRVAGVETQHGSIQTPCVVNCAGVWASAVG--RMAGVKVPLVAMHHAYVVTERIEG-
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
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NP_001 HIEGAINRVPVLEKTGIKSTVCGPESFTPDHKPLMGEAPELRGFFLGCGFNSAGMMLGGG
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD AGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRFG-ALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQT
:. ::.:..:: : ... :..:: .: . ..:.: : . :.. :. . .
NP_001 CGQELAHWIIHGRPEKDMHGYDIRRFHHSLTDHPRWIRERSHESYAKNYSVVFPHDEPLA
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460 470 480 490
pF1KSD GRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFERPKYFVP--P----DKDLLALEQSK--------
::..: .::...: .:: ..:.::.::: .: : : . : . :.
NP_001 GRNMRRDPLHEELLGQGCVFQERHGWERPGWFHPRGPAPVLEYDYYGAYGSRAHEDYAYR
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pF1KSD -------TFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQALEVLQYLFSND
:: : : ...: :. :. :.::: : :: . .: .: .. ..::: :
NP_001 RLLADEYTFAFPPHHDTIKKECLACRGAAAVFDMSYFGKFYL--VGLDARKAADWLFSAD
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590
pF1KSD LDVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKR-------------SFFMISPTDQQVHCW
.. : : :.: :::. :: :.: ...:: .... : :
NP_001 VSRPPGSTVYTCMLNHRGGTESDLTVSRLAPSHQASPLAPAFEGDGYYLAMGGAVAQHNW
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600 610 620 630 640 650
pF1KSD AWLKKHMP-KDSNLLLEDVTWKYTALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPDHFPSLFCKEMSV
. . . . :. : : . ... :: . .:.:. : .. . :: : . .
NP_001 SHITTVLQDQKSQCQLIDSSEDLGMISIQGPASRAILQEVLDADLSNEAFPFSTHKLLRA
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660 670 680 690 700 710
pF1KSD GYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIEKF
. .. .:.: .. .:: :. :.:: . :: ::..: :.:. :::: :. :: :::
NP_001 A-GHLVRAMRLSFVGELGWELHIPKASCVPVYRAVMAAGAKHGLINAGYRAIDSLSIEKG
720 730 740 750 760 770
720 730 740 750 760 770
pF1KSD FAFWGQDINNLTTPLECGRESRVKLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILDDHDSD
. : :. .::: : ::.. . :.::.:: ::. :. .::. : ..:.
NP_001 YRHWHADLRPDDSPLEAGLAFTCKLKSPVPFLGREALEQQRAAGLRRRLVCFTMEDK---
780 790 800 810 820 830
780 790 800 810 820 830
pF1KSD LDLWPWWG-EPIYRNGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVTADFINR
: .: : :.:::: ::.. . ....... . :..:. : : :. ::..
NP_001 ---VPMFGLEAIWRNGQVVGHVRRADFGFAIDKTIAYGYIHDPS--GGP---VSLDFVKS
840 850 860 870 880
840 850 860 870
pF1KSD GEYEIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
:.: .. : . :.:.:
NP_001 GDYALERMGVTYGAQAHLKSPFDPNNKRVKGIY
890 900 910
>>NP_057602 (OMIM: 616713) peroxisomal sarcosine oxidase (390 aa)
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pF1KSD SPGWQNWSSARNSTSAAEARSMALPTQAQVVICGGGITGTSVAYHLSKMGWKDIVLLEQG
.. :.:: : .::::.: : :.::::
NP_057 MAAQKDLWDAIVIGAGIQGCFTAYHLAKHR-KRILLLEQF
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pF1KSD RL--AAGSTRFCAGILSTARHLTIEQKMADYSNKLYYQLEQETGIQTGYTRTGSIFLAQT
: . ::.. . :. : . .: ... :::.:.: : . .:: ..:..
NP_057 FLPHSRGSSHGQSRIIRKAYLEDFYTRMMHECYQIWAQLEHEAGTQL-HRQTGLLLLGMK
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pF1KSD QDRLISLKRINAGLNVIGIPSEIISPKKVAELHHLLNVHDLVGAMHVPEDA--VVSSADV
... :: :.:.:. . . .: ... . .. :.. : . . ... :. . .
NP_057 ENQ--ELKTIQANLSRQRVEHQCLSSEELKQ--RFPNIRLPRGEVGLLDNSGGVIYAYKA
100 110 120 130 140 150
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pF1KSD ALALASAASQNGVQIYDRTSVLHVMVKKGQVTGVETDKGQIECQYFVNCAGQWAYEL--G
:: .: : : . : .: : .. : .. :.: . . . . .: :: :. .:
NP_057 LRALQDAIRQLGGIVRDGEKV--VEINPGLLVTVKTTSRSYQAKSLVITAGPWTNQLLRP
160 170 180 190 200 210
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pF1KSD LSNEEPV-SIPLHACEHFYLLTRPLETPLQSSTPTIV---DADGRIYIRNWQGGILSGGF
:. : :. .. ...: .. : .... : .. .:: :. .: .
NP_057 LGIEMPLQTLRINVC--YWREMVPGSYGVSQAFPCFLWLGLCPHHIY------GLPTGEY
220 230 240 250 260
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pF1KSD EKNPKPIFTEGKN----QLEIQNLQEDWDHFEPLLSSLLR-RMPELETLEIMKLVNCPET
: . .:.. . . . . : . .:::..: ..:.:. : . .: :
NP_057 PGLMKVSYHHGNHADPEERDCPTARTDIGDVQ-ILSSFVRDHLPDLKP-EPAVIESCMYT
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pF1KSD FTPDMRCIMGESPAVQGYFVLAGMNSAGLSFGGGAGKYLAEWMVHGYPSENVWELDLKRF
::: . :. . : .. . ::... :.... .:: : : .. :: .. . ..::
NP_057 NTPDEQFILDRHPKYDNIVIGAGFSGHGFKLAPVVGKILYELSMKLTPSYDLAPFRISRF
330 340 350 360 370 380
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pF1KSD GALQSSRTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFE
.:
NP_057 PSLGKAHL
390
>>NP_001158184 (OMIM: 238310,605899) aminomethyltransfer (386 aa)
initn: 162 init1: 80 opt: 233 Z-score: 272.4 bits: 60.4 E(85289): 1.9e-08
Smith-Waterman score: 238; 23.4% identity (53.2% similar) in 376 aa overlap (457-817:33-365)
430 440 450 460 470 480
pF1KSD RTFLRHRVMEVMPLMYDLKVPRWDFQTGRQLRTSPLYDRLDAQGARWMEKHGFERPKYFV
:: .:::: :.:.. . :. : .
NP_001 RAVSVVARLGFRLQAFPPALCRPLSCAQEVLRRTPLYDFHLAHGGKMVAFAGWSLPVQYR
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD PPDKDLLALEQSKTFYKPDWFDIVESEVKCCKEAVCVIDMSSFTKFEITSTGDQALEVLQ
: . .... .: ..:.: . . .: :.. .....
NP_001 DSHTD----------------SHLHTRQHCS-----LFDVSHMLQTKIL--GSDRVKLME
70 80 90
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pF1KSD YLFSNDL-DVPVGHIVHTGMLNEGGGYENDCSIARLNKRSFFMISPTDQQVHCW----AW
: .:. .. .. . . . ::.:: .: .. .. ....: .. :: :
NP_001 SLVVGDIAELRPNQGTLSLFTNEAGGILDDLIVTNTSEGHLYVVS----NAGCWEKDLAL
100 110 120 130 140 150
610 620 630 640 650
pF1KSD LKKHMPKDSNLLLEDVTWKY---TALNLIGPRAVDVLSELSYAPMTPD--HFPSLFCKEM
.. .. . .: .:: . . : : :: :..::. : .. : ..: . :
NP_001 MQDKVRELQNQG-RDVGLEVLDNALLALQGPTAAQVLQ----AGVADDLRKLPFMTSAVM
160 170 180 190 200 210
660 670 680 690 700 710
pF1KSD SVGYANGIRVMSMTHTGEPGFMLYIPIEYALHVYNEVMSVGQKYGIRNAGYYALRSLRIE
: ..: :: .::: : . .:. :.:. . ... . .. :: : :::.:
NP_001 EVFGVSGCRVTRCGYTGEDGVEISVPVAGAVHLATAILKNPE---VKLAGLAARDSLRLE
220 230 240 250 260
720 730 740 750 760 770
pF1KSD KFFAFWGQDINNLTTPLECGRESRV---KLEKGMDFIGRDALLQQKQNGVYKRLTMFILD
. ..:.::.. :::.: : : . . . .::: : ... : .. : .: . .. .
NP_001 AGLCLYGNDIDEHTTPVE-GSLSWTLGKRRRAAMDFPGAKVIVPQLKGRVQRRRVGLMCE
270 280 290 300 310 320
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pF1KSD DHDSDLDLWPWWGE-PIYR-NGQYVGKTTSSAYSYSLERHVCLGFVHNFSEDTGEEQVVT
: .. :: .: .: .::. : ::...: .:.:
NP_001 GA-------PMRAHSPILNMEGTKIGTVTSGCPSPSLKKNVAMGYVPCEYSRPGTMLLVE
330 340 350 360 370
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pF1KSD ADFINRGEYEIDIAGYRFQAKAKLYPVASLFTQKRRKDDMELSDLHGK
NP_001 LPSGPCF
380
879 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 07:55:12 2016 done: Thu Nov 3 07:55:14 2016
Total Scan time: 10.480 Total Display time: 0.240
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]