FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDB0041, 463 aa
  1>>>pF1KSDB0041 463 - 463 aa - 463 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3914+/-0.000945; mu= 6.0310+/- 0.057
 mean_var=205.3486+/-42.269, 0's: 0 Z-trim(112.9): 23  B-trim: 321 in 1/51
 Lambda= 0.089501
 statistics sampled from 13585 (13602) to 13585 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.75), E-opt: 0.2 (0.418), width:  16
 Scan time:  3.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS46040.1 LSM14A gene_id:26065|Hs108|chr19       ( 463) 3146 418.6 6.8e-117
CCDS12435.1 LSM14A gene_id:26065|Hs108|chr19       ( 463) 3105 413.3 2.7e-115
CCDS46626.1 LSM14B gene_id:149986|Hs108|chr20      ( 385)  708 103.7 3.5e-22


>>CCDS46040.1 LSM14A gene_id:26065|Hs108|chr19            (463 aa)
 initn: 3146 init1: 3146 opt: 3146  Z-score: 2212.0  bits: 418.6 E(32554): 6.8e-117
Smith-Waterman score: 3146; 100.0% identity (100.0% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-463)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
              430       440       450       460   

>>CCDS12435.1 LSM14A gene_id:26065|Hs108|chr19            (463 aa)
 initn: 3105 init1: 3105 opt: 3105  Z-score: 2183.4  bits: 413.3 E(32554): 2.7e-115
Smith-Waterman score: 3105; 100.0% identity (100.0% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-457)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::      
CCDS12 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
              430       440       450       460   

>>CCDS46626.1 LSM14B gene_id:149986|Hs108|chr20           (385 aa)
 initn: 1202 init1: 596 opt: 708  Z-score: 511.8  bits: 103.7 E(32554): 3.5e-22
Smith-Waterman score: 1154; 50.1% identity (67.6% similar) in 451 aa overlap (1-440:1-381)

                 10        20        30        40        50        
pF1KSD MSG--GTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPR
       :::  ::::.::::::::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::: :::
CCDS46 MSGSSGTPYLGSKISLISKAQIRYEGILYTIDTDNSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPAPPR
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100        110       
pF1KSD DEVFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSS-FQSMGSYGPFGRM
       .:..::::::::::::.::::::: : .::::::::::::::...: ::    :.::  :
CCDS46 EEIYEYIIFRGSDIKDITVCEPPKAQHTLPQDPAIVQSSLGSASASPFQPHVPYSPFRGM
               70        80        90       100       110       120

       120       130       140       150       160       170       
pF1KSD PTYSQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQL
         :. .. :::..::..:         :.:              .:..:           
CCDS46 APYGPLAASSLLSQQYAA---------SLG--------------LGAGF-----------
              130                140                               

       180       190       200              210       220       230
pF1KSD SQGRSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAH-------LPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKA
             :.. :. ::: .::::::.::        ::. ...:  . .. :    .:. :
CCDS46 ------PSI-PVGKSPMVEQAVQTGSADNLNAKKLLPGKGTTG--TQLNGRQAQPSSKTA
               150       160       170       180         190       

              240       250       260       270       280       290
pF1KSD GENQEHRRAEVHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPM
       ..  .   : :.  .. ..:. : . .:       :. :: :.  :: ..:    ... .
CCDS46 SDVVQP--AAVQAQGQVNDENRRPQRRR-------SGNRRTRNRSRG-QNRPTNVKENTI
       200         210       220              230        240       

              300       310       320       330       340       350
pF1KSD KFEKDFDFESANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGN
       ::: ::::::::::::.::.:.::..::..:.:: ::      ::.: : .: ::..:. 
CCDS46 KFEGDFDFESANAQFNREELDKEFKKKLNFKDDKAEK------GEEK-DLAVVTQSAEAP
       250       260       270       280              290       300

              360       370        380       390       400         
pF1KSD ADEEDPLGPNCYYDKTKSFFDNISCD-DNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGY
       : ::: :::::::::.:::::::: .  .  :: ::::::.::.::::.  :  :::.. 
CCDS46 A-EEDLLGPNCYYDKSKSFFDNISSELKTSSRRTTWAEERKLNTETFGVSGRFLRGRSS-
               310       320       330       340       350         

     410       420       430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGLGFRGGRGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
         ::  ::::::: :  :      : . :.:                       
CCDS46 --RG--GFRGGRGNGTTR----RNPTSHRAGTGRV                   
        360         370           380                        




463 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 08:18:26 2016 done: Thu Nov  3 08:18:27 2016
 Total Scan time:  3.540 Total Display time:  0.020

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]