Result of FASTA (omim) for pF1KSDB0041
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDB0041, 463 aa
  1>>>pF1KSDB0041 463 - 463 aa - 463 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5591+/-0.000365; mu= 4.8364+/- 0.023
 mean_var=219.0332+/-44.382, 0's: 0 Z-trim(120.6): 60  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.086660
 statistics sampled from 35991 (36051) to 35991 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.423), width:  16
 Scan time: 10.360

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001107565 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog  ( 463) 3146 405.9 1.2e-112
NP_056393 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog A i ( 463) 3105 400.8  4e-111
XP_005258776 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 487) 3099 400.1  7e-111
XP_016882066 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 402) 1706 225.9 1.6e-58
XP_005258778 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 426) 1706 225.9 1.7e-58
XP_016882065 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 404) 1601 212.7 1.5e-54
XP_016882064 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 404) 1560 207.6 5.1e-53
XP_005258777 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 428) 1554 206.9   9e-53
XP_011525010 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 367) 1177 159.7 1.2e-38


>>NP_001107565 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog A is  (463 aa)
 initn: 3146 init1: 3146 opt: 3146  Z-score: 2143.7  bits: 405.9 E(85289): 1.2e-112
Smith-Waterman score: 3146; 100.0% identity (100.0% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-463)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
              430       440       450       460   

>>NP_056393 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog A isofo  (463 aa)
 initn: 3105 init1: 3105 opt: 3105  Z-score: 2116.0  bits: 400.8 E(85289): 4e-111
Smith-Waterman score: 3105; 100.0% identity (100.0% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-457)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::      
NP_056 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
              430       440       450       460   

>>XP_005258776 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (487 aa)
 initn: 3099 init1: 3099 opt: 3099  Z-score: 2111.6  bits: 400.1 E(85289): 7e-111
Smith-Waterman score: 3099; 100.0% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-456)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460                    
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP                 
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::                        
XP_005 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRVSVTVNKFFGVDMHFTRLKTFLLV
              430       440       450       460       470       480

XP_005 FVLGELF
              

>>XP_016882066 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (402 aa)
 initn: 2660 init1: 1697 opt: 1706  Z-score: 1171.5  bits: 225.9 E(85289): 1.6e-58
Smith-Waterman score: 2542; 86.7% identity (86.7% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-396)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::                                        
XP_016 VHKVSRPENEQLRNDNKRQV----------------------------------------
              250       260                                        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
                            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ---------------------EDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
                                   270       280       290         

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
     300       310       320       330       340       350         

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::      
XP_016 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
     360       370       380       390       400  

>>XP_005258778 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (426 aa)
 initn: 2654 init1: 1697 opt: 1706  Z-score: 1171.2  bits: 225.9 E(85289): 1.7e-58
Smith-Waterman score: 2536; 86.6% identity (86.6% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-395)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::                                        
XP_005 VHKVSRPENEQLRNDNKRQV----------------------------------------
              250       260                                        

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
                            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ---------------------EDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
                                   270       280       290         

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
     300       310       320       330       340       350         

              430       440       450       460                    
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP                 
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::                        
XP_005 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRVSVTVNKFFGVDMHFTRLKTFLLV
     360       370       380       390       400       410         

XP_005 FVLGELF
     420      

>>XP_016882065 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (404 aa)
 initn: 1594 init1: 1594 opt: 1601  Z-score: 1100.5  bits: 212.7 E(85289): 1.5e-54
Smith-Waterman score: 2628; 87.3% identity (87.3% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-404)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
XP_016 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
              130       140       150       160       170          

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
                                                                 ::
XP_016 ----------------------------------------------------------AE
                                                               180 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
             190       200       210       220       230       240 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
             250       260       270       280       290       300 

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
             310       320       330       340       350       360 

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
             370       380       390       400    

>>XP_016882064 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (404 aa)
 initn: 1553 init1: 1553 opt: 1560  Z-score: 1072.8  bits: 207.6 E(85289): 5.1e-53
Smith-Waterman score: 2587; 87.1% identity (87.1% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-398)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
XP_016 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
              130       140       150       160       170          

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
                                                                 ::
XP_016 ----------------------------------------------------------AE
                                                               180 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
             190       200       210       220       230       240 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
             250       260       270       280       290       300 

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
             310       320       330       340       350       360 

              430       440       450       460   
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::      
XP_016 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
             370       380       390       400    

>>XP_005258777 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (428 aa)
 initn: 1547 init1: 1547 opt: 1554  Z-score: 1068.4  bits: 206.9 E(85289): 9e-53
Smith-Waterman score: 2581; 87.1% identity (87.1% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-397)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
XP_005 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
              130       140       150       160       170          

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
                                                                 ::
XP_005 ----------------------------------------------------------AE
                                                               180 

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
             190       200       210       220       230       240 

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::                        
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XP_005 FVLGELF
              

>>XP_011525010 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h  (367 aa)
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
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XP_011 ----------------------------------------------------------AE
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       ::::::::::::::::::::                                        
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XP_011 FVLGELF
              




463 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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 start: Thu Nov  3 08:18:27 2016 done: Thu Nov  3 08:18:28 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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