Result of FASTA (omim) for
pF1KSDB0041
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0041, 463 aa
1>>>pF1KSDB0041 463 - 463 aa - 463 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5591+/-0.000365; mu= 4.8364+/- 0.023
mean_var=219.0332+/-44.382, 0's: 0 Z-trim(120.6): 60 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.086660
statistics sampled from 35991 (36051) to 35991 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.423), width: 16
Scan time: 10.360
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001107565 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog ( 463) 3146 405.9 1.2e-112
NP_056393 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog A i ( 463) 3105 400.8 4e-111
XP_005258776 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 487) 3099 400.1 7e-111
XP_016882066 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 402) 1706 225.9 1.6e-58
XP_005258778 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 426) 1706 225.9 1.7e-58
XP_016882065 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 404) 1601 212.7 1.5e-54
XP_016882064 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 404) 1560 207.6 5.1e-53
XP_005258777 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 428) 1554 206.9 9e-53
XP_011525010 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM ( 367) 1177 159.7 1.2e-38
>>NP_001107565 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog A is (463 aa)
initn: 3146 init1: 3146 opt: 3146 Z-score: 2143.7 bits: 405.9 E(85289): 1.2e-112
Smith-Waterman score: 3146; 100.0% identity (100.0% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-463)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
430 440 450 460
>>NP_056393 (OMIM: 610677) protein LSM14 homolog A isofo (463 aa)
initn: 3105 init1: 3105 opt: 3105 Z-score: 2116.0 bits: 400.8 E(85289): 4e-111
Smith-Waterman score: 3105; 100.0% identity (100.0% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-457)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
430 440 450 460
>>XP_005258776 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (487 aa)
initn: 3099 init1: 3099 opt: 3099 Z-score: 2111.6 bits: 400.1 E(85289): 7e-111
Smith-Waterman score: 3099; 100.0% identity (100.0% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-456)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRVSVTVNKFFGVDMHFTRLKTFLLV
430 440 450 460 470 480
XP_005 FVLGELF
>>XP_016882066 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (402 aa)
initn: 2660 init1: 1697 opt: 1706 Z-score: 1171.5 bits: 225.9 E(85289): 1.6e-58
Smith-Waterman score: 2542; 86.7% identity (86.7% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-396)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
::::::::::::::::::::
XP_016 VHKVSRPENEQLRNDNKRQV----------------------------------------
250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ---------------------EDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
300 310 320 330 340 350
430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
360 370 380 390 400
>>XP_005258778 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (426 aa)
initn: 2654 init1: 1697 opt: 1706 Z-score: 1171.2 bits: 225.9 E(85289): 1.7e-58
Smith-Waterman score: 2536; 86.6% identity (86.6% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-395)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
::::::::::::::::::::
XP_005 VHKVSRPENEQLRNDNKRQV----------------------------------------
250 260
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ---------------------EDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
270 280 290
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
300 310 320 330 340 350
430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRVSVTVNKFFGVDMHFTRLKTFLLV
360 370 380 390 400 410
XP_005 FVLGELF
420
>>XP_016882065 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (404 aa)
initn: 1594 init1: 1594 opt: 1601 Z-score: 1100.5 bits: 212.7 E(85289): 1.5e-54
Smith-Waterman score: 2628; 87.3% identity (87.3% similar) in 463 aa overlap (1-463:1-404)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::
XP_016 ----------------------------------------------------------AE
180
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
370 380 390 400
>>XP_016882064 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (404 aa)
initn: 1553 init1: 1553 opt: 1560 Z-score: 1072.8 bits: 207.6 E(85289): 5.1e-53
Smith-Waterman score: 2587; 87.1% identity (87.1% similar) in 457 aa overlap (1-457:1-398)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::
XP_016 ----------------------------------------------------------AE
180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
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370 380 390 400 410 420
pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
310 320 330 340 350 360
430 440 450 460
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKDNKVAA
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>>XP_005258777 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (428 aa)
initn: 1547 init1: 1547 opt: 1554 Z-score: 1068.4 bits: 206.9 E(85289): 9e-53
Smith-Waterman score: 2581; 87.1% identity (87.1% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-397)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
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::
XP_005 ----------------------------------------------------------AE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
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pF1KSD ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ANAQFNKEEIDREFHNKLKLKEDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
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pF1KSD CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
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430 440 450 460
pF1KSD RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRKTTAFGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRVSVTVNKFFGVDMHFTRLKTFLLV
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XP_005 FVLGELF
>>XP_011525010 (OMIM: 610677) PREDICTED: protein LSM14 h (367 aa)
initn: 2120 init1: 1163 opt: 1177 Z-score: 814.6 bits: 159.7 E(85289): 1.2e-38
Smith-Waterman score: 2018; 73.7% identity (73.7% similar) in 456 aa overlap (1-456:1-336)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSGGTPYIGSKISLISKAEIRYEGILYTIDTENSTVALAKVRSFGTEDRPTDRPIPPRDE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VFEYIIFRGSDIKDLTVCEPPKPQCSLPQDPAIVQSSLGSSTSSFQSMGSYGPFGRMPTY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SQFSPSSLVGQQFGAVGVAGSSLTSFGTETSNSGTLPQSSAVGSAFTQDTRSLKTQLSQ-
130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD RSSPQLDPLRKSPTMEQAVQTASAHLPAPAAVGRRSPVSTRPLPSASQKAGENQEHRRAE
::
XP_011 ----------------------------------------------------------AE
180
250 260 270 280 290 300
pF1KSD VHKVSRPENEQLRNDNKRQVAPGAPSAPRRGRGGHRGGRGRFGIRRDGPMKFEKDFDFES
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XP_011 VHKVSRPENEQLRNDNKRQV----------------------------------------
190 200
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XP_011 ---------------------EDKLEKQEKPVNGEDKGDSGVDTQNSEGNADEEDPLGPN
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XP_011 CYYDKTKSFFDNISCDDNRERRPTWAEERRLNAETFGIPLRPNRGRGGYRGRGGLGFRGG
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XP_011 RGRGGGRGGTFTAPRGFRGGFRGGRGGREFADFEYRVSVTVNKFFGVDMHFTRLKTFLLV
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XP_011 FVLGELF
463 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 08:18:27 2016 done: Thu Nov 3 08:18:28 2016
Total Scan time: 10.360 Total Display time: 0.050
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]