Result of FASTA (omim) for
pF1KSDB0057
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB0057, 793 aa
1>>>pF1KSDB0057 793 - 793 aa - 793 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.9519+/-0.000488; mu= -4.3863+/- 0.030
mean_var=387.7761+/-79.405, 0's: 0 Z-trim(120.1): 263 B-trim: 510 in 2/56
Lambda= 0.065130
statistics sampled from 34608 (34880) to 34608 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.409), width: 16
Scan time: 14.420
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002245 (OMIM: 602845) kinesin-like protein KIF3 ( 793) 5144 498.3 5.4e-140
XP_005264356 (OMIM: 602845) PREDICTED: kinesin-lik ( 792) 5127 496.7 1.6e-139
NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3 ( 747) 1315 138.5 1.1e-31
XP_006714589 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 724) 940 103.2 4.2e-21
NP_001287720 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 726) 940 103.2 4.2e-21
XP_005246008 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 984) 867 96.5 6e-19
XP_005246007 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 985) 867 96.5 6e-19
XP_011540147 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 992) 867 96.5 6e-19
XP_011540146 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 997) 867 96.5 6.1e-19
XP_011540145 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1017) 867 96.5 6.2e-19
NP_001116291 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K (1028) 867 96.5 6.2e-19
NP_065867 (OMIM: 605037) kinesin-like protein KIF1 (1029) 867 96.5 6.2e-19
XP_011540144 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1031) 867 96.5 6.2e-19
XP_011540143 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1038) 867 96.5 6.2e-19
XP_011540142 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1042) 867 96.5 6.3e-19
XP_011540141 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1043) 867 96.5 6.3e-19
XP_011540140 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1062) 867 96.5 6.3e-19
XP_011540139 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1063) 867 96.5 6.4e-19
NP_001274141 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K ( 929) 604 71.7 1.6e-11
XP_011540148 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 963) 604 71.8 1.6e-11
XP_016864484 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 700) 600 71.3 1.7e-11
NP_001287721 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 702) 600 71.3 1.7e-11
NP_001239032 (OMIM: 608322) kinesin-like protein K (1610) 604 72.0 2.3e-11
NP_001239031 (OMIM: 608322) kinesin-like protein K (1623) 604 72.0 2.4e-11
NP_060066 (OMIM: 608322) kinesin-like protein KIF2 (1624) 604 72.0 2.4e-11
NP_001239029 (OMIM: 608322) kinesin-like protein K (1637) 604 72.0 2.4e-11
XP_016864485 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 697) 594 70.7 2.5e-11
NP_008985 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3 ( 699) 594 70.7 2.5e-11
XP_016875099 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1607) 563 68.1 3.4e-10
XP_005269071 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1614) 563 68.1 3.4e-10
XP_005269070 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1627) 563 68.1 3.4e-10
XP_006719557 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1631) 563 68.1 3.4e-10
XP_005269069 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1632) 563 68.1 3.4e-10
XP_011536858 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1652) 563 68.1 3.5e-10
XP_005269068 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1657) 563 68.1 3.5e-10
XP_005269066 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1668) 563 68.1 3.5e-10
XP_005269065 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1670) 563 68.1 3.5e-10
NP_001166935 (OMIM: 135700,608283) kinesin-like pr (1674) 563 68.1 3.5e-10
XP_005269064 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1675) 563 68.1 3.5e-10
XP_016863148 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2551) 566 68.6 3.9e-10
XP_011529851 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2553) 566 68.6 3.9e-10
XP_011529850 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2604) 566 68.6 3.9e-10
XP_011529849 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2605) 566 68.6 3.9e-10
XP_011529848 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2633) 566 68.6 4e-10
XP_011529847 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2648) 566 68.6 4e-10
NP_001804 (OMIM: 117143,616051) centromere-associa (2701) 566 68.6 4e-10
NP_001273663 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2580) 562 68.2 5.1e-10
XP_011529846 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2676) 562 68.2 5.2e-10
XP_016875100 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1601) 554 67.3 6.1e-10
XP_016875098 (OMIM: 135700,608283) PREDICTED: kine (1607) 554 67.3 6.1e-10
>>NP_002245 (OMIM: 602845) kinesin-like protein KIF3C [H (793 aa)
initn: 5144 init1: 5144 opt: 5144 Z-score: 2634.3 bits: 498.3 E(85289): 5.4e-140
Smith-Waterman score: 5144; 100.0% identity (100.0% similar) in 793 aa overlap (1-793:1-793)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPKTFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPKTFTF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPELRGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPELRGVI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKAAIQDDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKAAIQDDRS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTNEQQKMLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTNEQQKMLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYAKLQAVKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYAKLQAVKA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD EIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEEKNKIMNRLFLDCEEEQWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 EIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEEKNKIMNRLFLDCEEEQWK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FQPLVPAGVSSSQMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHPRYRAENIMFLELDVSPPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 FQPLVPAGVSSSQMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHPRYRAENIMFLELDVSPPA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VFEMEFSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRSWCQSPQRPPPSTTHASLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 VFEMEFSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRSWCQSPQRPPPSTTHASLA
730 740 750 760 770 780
790
pF1KSD SASLRPATVADHE
:::::::::::::
NP_002 SASLRPATVADHE
790
>>XP_005264356 (OMIM: 602845) PREDICTED: kinesin-like pr (792 aa)
initn: 4329 init1: 4329 opt: 5127 Z-score: 2625.7 bits: 496.7 E(85289): 1.6e-139
Smith-Waterman score: 5127; 99.9% identity (99.9% similar) in 793 aa overlap (1-793:1-792)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPKTFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPKTFTF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPELRGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 DAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPELRGVI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKAAIQDDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKAAIQDDRS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD LVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTNEQQKMLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTNEQQKMLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD LKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYAKLQAVKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYAKLQAVKA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD EIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEEKNKIMNRLFLDCEEEQWK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 EIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEEKNKIMNRLFLDCEEEQWK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FQPLVPAGVSSSQMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHPRYRAENIMFLELDVSPPA
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FQPLVPAGVSS-QMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHPRYRAENIMFLELDVSPPA
670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KSD VFEMEFSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRSWCQSPQRPPPSTTHASLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VFEMEFSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRSWCQSPQRPPPSTTHASLA
720 730 740 750 760 770
790
pF1KSD SASLRPATVADHE
:::::::::::::
XP_005 SASLRPATVADHE
780 790
>>NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3B [H (747 aa)
initn: 2445 init1: 1289 opt: 1315 Z-score: 690.2 bits: 138.5 E(85289): 1.1e-31
Smith-Waterman score: 2978; 61.9% identity (81.9% similar) in 790 aa overlap (3-788:2-741)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPKTFTF
:: :.::...::.::::.. ::.::...... .:::::::...::... :.::::::
NP_004 MSKLKSSESVRVVVRCRPMNGKEKAASYDKVVDVDVKLGQVSVKNPKGTAHEMPKTFTF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KSD DAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPELRGVI
::::: ..:: .::::: :::.::::::::::.::::::::::::::.: .:: ::::
NP_004 DAVYDWNAKQFELYDETFRPLVDSVLQGFNGTIFAYGQTGTGKTYTMEGIRGDPEKRGVI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KSD PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
::.:.::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::::::: :.::::.:::
NP_004 PNSFDHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKDQTKRLELKERPDTGVYVKDL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
::::::.:::::::::.:::.:.::.:.::: ::::::::.::.:::: : ::..:::::
NP_004 SSFVTKSVKEIEHVMNVGNQNRSVGATNMNEHSSRSHAIFVITIECSEVGLDGENHIRVG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
::::::::::::: :.: : ::: :::.:::::::::
NP_004 KLNLVDLAGSERQAKTG------------------------AQGERLKEATKINLSLSAL
240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KSD GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
::::.::. ..:::::::::::::::::::::::::.:::..::::.. .:.:.:::.::
NP_004 GNVISALVDGKSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTVMVANVGPASYNVEETLTTLRYAN
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KSD RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::.. :.: ::.. ::. . :. :
NP_004 RAKNIKNKPRVNEDPKDALLREFQEEIARLKAQLEKRSI-GRRKRREK-RREGGGSGGGG
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pF1KSD YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKAAIQDDRS
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NP_004 EEEEE--EGEEGEEEGDDKDD------------------YWREQQEKLEIEKRAIVEDHS
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pF1KSD LVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTNEQQKMLE
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NP_004 LVAEEKMRLLKEKEKKMEDLRREKDAAEMLGAKIKAMESKLLVGGKNIVDHTNEQQKILE
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pF1KSD LKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYAKLQAVKA
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NP_004 QKRQEIAEQKRREREIQQQMESRDEETLELKETYSSLQQEVDIKTKKLKKLFSKLQAVKA
500 510 520 530 540 550
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pF1KSD EIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEEKNKIMNRLFLDCEEEQWK
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NP_004 EIHDLQEEHIKERQELEQTQNELTRELKLKHLIIENFIPLEEKSKIMNRAFFDEEEDHWK
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pF1KSD FQPLVPAGVSSSQMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHPRYRAENIMFLELDVSPPA
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NP_004 LHPIT--RLENQQMMKRPVSAVGYKRPLSQHARMSMMIRPEARYRAENIVLLELDMPSRT
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pF1KSD VFEME----FSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRSWCQSPQRPPPSTTH
. ..: . : ::. : ...:. . ...: :.: .: .. :..
NP_004 TRDYEGPAIAPKVQAALDAALQDEDEIQVDASSFESTANKKSKARP--KSGRKSGSSSSS
680 690 700 710 720
780 790
pF1KSD ASLASASLRPATVADHE
.. ...: : .
NP_004 SGTPASQLYPQSRGLVPK
730 740
>>XP_006714589 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-like pr (724 aa)
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: .. . .:::.:::::...:.. ..: ...: : .:... .. .: ::
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60 70 80 90 100 110
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pF1KSD RGVIPNAFEHIFTHISRSQ-NQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGV
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pF1KSD YIKDLSSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQD
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XP_006 YIKDLSAYVVNNADDMDRIMTLGHKNRSVGATNMNEHSSRSHAIFTITIECSEKGIDGNM
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pF1KSD HIRVGKLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINL
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pF1KSD SLSALGNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLST
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pF1KSD LRFANRAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAV
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pF1KSD EQKERLEEEKAAIQDDRSLVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLL
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pF1KSD IGGRNIMDHTNEQQKMLELKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVE
.:: ... ...::.:.:: . .:. :...: .....:. ...: .... :::::.:..
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pF1KSD VKTKKLKKLYAKLQAVKAEIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEE
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pF1KSD KNKIMNRLFLDCEEEQWKFQPLVPAGVSSSQMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHP
.. : : . . . .:... .. .: ... :. :. : :
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pF1KSD RYRAENIMFLELDVSPPAVFEMEFSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRS
XP_006 SLRQSLMKLERPRTSKGKARPKTGRSSGAMVSSFIKRYH
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>>NP_001287720 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3A (726 aa)
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Smith-Waterman score: 1860; 44.3% identity (73.9% similar) in 698 aa overlap (4-687:8-670)
10 20 30 40 50
pF1KSD MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPK
: .. . .:::.:::::...:.. ..: ...: : .:... .. .: ::
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pF1KSD TFTFDAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPEL
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NP_001 TFTFDTVFGPESKQLDVYNLTARPIIDSVLEGYNGTIFAYGQTGTGKTFTMEGVRAIPEL
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD RGVIPNAFEHIFTHISRSQ-NQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGV
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NP_001 RGIIPNSFAHIFGHIAKAEGDTRFLVRVSYLEIYNEEVRDLLGKDQTQRLEVKERPDVGV
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pF1KSD YIKDLSSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQD
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NP_001 YIKDLSAYVVNNADDMDRIMTLGHKNRSVGATNMNEHSSRSHAIFTITIECSEKGIDGNM
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD HIRVGKLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINL
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NP_001 HVRMGKLHLVDLAGSERQAKTG------------------------ATGQRLKEATKINL
240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KSD SLSALGNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLST
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NP_001 SLSTLGNVISALVDGKSTHVPYRNSKLTRLLQDSLGGNSKTMMCANIGPADYNYDETIST
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pF1KSD LRFANRAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAV
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NP_001 LRYANRAKNIKNKARINEDPKDALLRQFQKEIEELKKKLEE----GE----EISGSDISG
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pF1KSD SAPPGYPEGPVIEAWVAEEE---DDNNNNHRPPQPILESALEKNMENY----------LQ
: :: : : ... ...... ..:. :.: . : .
NP_001 SEEDDDEEGEVGEDGEKRKKRRGSSSSSSSDSTCSVIEKPLDKFLPNQAGKKKVSPDKMI
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pF1KSD EQKERLEEEKAAIQDDRSLVSEEKQKLLEEKEKMLEDLRREQQATELLAAKYKAMESKLL
:.. ...::. :.. .. ::..: : :: .:: . :: . : : .:.:.:..
NP_001 EMQAKIDEERKALETKLDMEEEERNKARAELEKREKDLLKAQQEHQSLLEKLSALEKKVI
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pF1KSD IGGRNIMDHTNEQQKMLELKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVE
.:: ... ...::.:.:: . .:. :...: .....:. ...: .... :::::.:..
NP_001 VGGVDLLAKAEEQEKLLEESNMELEERRKRAEQLRRELEEKEQERLDIEEKYTSLQEEAQ
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pF1KSD VKTKKLKKLYAKLQAVKAEIQDQHDEYIRVRQDLEEAQNEQTRELKLKYLIIENFIPPEE
:::::::... :.:.:.:. : ..:. : . : : . .:::.:..:::.:::: .
NP_001 GKTKKLKKVWTMLMAAKSEMADLQQEHQREIEGLLENIRQLSRELRLQMLIIDNFIPRDY
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pF1KSD KNKIMNRLFLDCEEEQWKFQPLVPAGVSSSQMKKRPTSAVGYKRPISQYARVAMAMGSHP
.. : : . . . .:... .. .: ... :. :. : :
NP_001 QEMIENYVHWNEDIGEWQLKCVAYTG--NNMRKQTPVPDKKEKDPFEVDLSHVYLAYTEE
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pF1KSD RYRAENIMFLELDVSPPAVFEMEFSHDQEQDPRALHMERLMRLDSFLERPSTSKVRKSRS
NP_001 SLRQSLMKLERPRTSKGKARPKTGRRKRSAKPETVIDSLLQ
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>>XP_005246008 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-like pr (984 aa)
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pF1KSD PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
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XP_005 PRAFEHVFESVQCAENTKFLVRASYLEIYNEDVRDLLGADTKQKLELKEHPEKGVYVKGL
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pF1KSD SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
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XP_005 SMHTVHSVAQCEHIMETGWKNRSVGYTLMNKDSSRSHSIFTISIEMSAVDERGKDHLRAG
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pF1KSD KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
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pF1KSD GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
::::.::. .: :.::::::::::::::::::.::.::: :.::...:::.:::::.::
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pF1KSD RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
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XP_005 RAKNIRNKPRINEDPKDALLREYQEEIKKLKAILTQQ----MSPSSLSALLSRQV--PPD
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pF1KSD YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKA---AIQD
:: : :. :::... .: . . .: .::: . :: : :.
XP_005 ----PV---QVEEKLL--------PQPVIQHDVEAEKQLIREEYEERLARLKADYKAEQE
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pF1KSD DRSLVSEEKQKLLEEKEKML----EDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTN
.:. . :. . . . : :.::.: .:. ... :::
XP_005 SRARLEEDITAMRNSYDVRLSTLEENLRKETEAVLQVGVLYKAEVMSRAEFASSAEYPPA
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pF1KSD EQQKMLELKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYA
XP_005 FQYETVVKPKVFSTTDTLPSDDVSKTQVSSRFAELPKVEPSKSEISLGSSESSSLEETSV
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>>XP_005246007 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-like pr (985 aa)
initn: 841 init1: 756 opt: 867 Z-score: 461.1 bits: 96.5 E(85289): 6e-19
Smith-Waterman score: 1419; 48.0% identity (70.2% similar) in 517 aa overlap (7-516:2-472)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MASKTKASEALKVVARCRPLSRKEEAAGHEQILTMDVKLGQVTLRNPRAAPGELPKTFTF
::::.:::.::::....:. . ..:.: .: ..:: :: : :: :::
XP_005 MASEAVKVVVRCRPMNQRERELRCQPVVTVDCARAQCCIQNPGAAD-EPPKQFTF
10 20 30 40 50
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pF1KSD DAVYDASSKQADLYDETVRPLIDSVLQGFNGTVFAYGQTGTGKTYTMQGTWVEPELRGVI
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XP_005 DGAYHVDHVTEQIYNEIAYPLVEGVTEGYNGTIFAYGQTGSGKSFTMQGLPDPPSQRGII
60 70 80 90 100 110
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pF1KSD PNAFEHIFTHISRSQNQQYLVRASYLEIYQEEIRDLLSKEPGKRLELKENPETGVYIKDL
: ::::.: .. ..: ..::::::::::.:..::::. . ..:::::.:: :::.: :
XP_005 PRAFEHVFESVQCAENTKFLVRASYLEIYNEDVRDLLGADTKQKLELKEHPEKGVYVKGL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KSD SSFVTKNVKEIEHVMNLGNQTRAVGSTHMNEVSSRSHAIFIITVECSERGSDGQDHIRVG
: ....: . ::.:. : ..:.:: : ::. :::::.:: :..: : :.::.:.:
XP_005 SMHTVHSVAQCEHIMETGWKNRSVGYTLMNKDSSRSHSIFTISIEMSAVDERGKDHLRAG
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KSD KLNLVDLAGSERQNKAGPNTAGGAATPSSGGGGGGGGSGGGAGGERPKEASKINLSLSAL
:::::::::::::.:.: : ::: :::.:::::::::
XP_005 KLNLVDLAGSERQSKTG------------------------ATGERLKEATKINLSLSAL
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pF1KSD GNVIAALAGNRSTHIPYRDSKLTRLLQDSLGGNAKTIMVATLGPASHSYDESLSTLRFAN
::::.::. .: :.::::::::::::::::::.::.::: :.::...:::.:::::.::
XP_005 GNVISALVDGRCKHVPYRDSKLTRLLQDSLGGNTKTLMVACLSPADNNYDETLSTLRYAN
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pF1KSD RAKNIKNKPRVNEDPKDTLLREFQEEIARLKAQLEKRGMLGKRPRRKSSRRKKAVSAPPG
:::::.::::.::::::.::::.:::: .::: : .. : :. .. : ::
XP_005 RAKNIRNKPRINEDPKDALLREYQEEIKKLKAILTQQ----MSPSSLSALLSRQV--PPD
340 350 360 370 380
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pF1KSD YPEGPVIEAWVAEEEDDNNNNHRPPQPILESALEKNMENYLQEQKERLEEEKA---AIQD
:: : :. :::... .: . . .: .::: . :: : :.
XP_005 ----PV---QVEEKLL--------PQPVIQHDVEAEKQLIREEYEERLARLKADYKAEQE
390 400 410 420
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pF1KSD DRSLVSEEKQKLLEEKEKML----EDLRREQQATELLAAKYKAMESKLLIGGRNIMDHTN
.:. . :. . . . : :.::.: .:. ... :::
XP_005 SRARLEEDITAMRNSYDVRLSTLEENLRKETEAVLQVGVLYKAEVMSRAEFASSAEYPPA
430 440 450 460 470 480
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pF1KSD EQQKMLELKRQEIAEQKRREREMQQEMMLRDEETMELRGTYTSLQQEVEVKTKKLKKLYA
XP_005 FQYETVVKPKVFSTTDTLPSDDVSKTQVSSRFAELPKVEPSKSEISLGSSESSSLEETSV
490 500 510 520 530 540
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]