FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDB0064, 832 aa 1>>>pF1KSDB0064 832 - 832 aa - 832 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.4170+/-0.00121; mu= -18.2929+/- 0.073 mean_var=629.7171+/-129.764, 0's: 0 Z-trim(116.6): 50 B-trim: 188 in 1/54 Lambda= 0.051109 statistics sampled from 17165 (17209) to 17165 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.529), width: 16 Scan time: 5.160 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30744.1 SGIP1 gene_id:84251|Hs108|chr1 ( 828) 5432 415.9 1.4e-115 CCDS76171.1 SGIP1 gene_id:84251|Hs108|chr1 ( 631) 2537 202.3 2.1e-51 CCDS54868.1 FCHO2 gene_id:115548|Hs108|chr5 ( 777) 1347 114.7 6.5e-25 CCDS47230.1 FCHO2 gene_id:115548|Hs108|chr5 ( 810) 1347 114.7 6.7e-25 CCDS59366.1 FCHO1 gene_id:23149|Hs108|chr19 ( 839) 1059 93.4 1.7e-18 CCDS32955.1 FCHO1 gene_id:23149|Hs108|chr19 ( 889) 1059 93.5 1.8e-18 CCDS59365.1 FCHO1 gene_id:23149|Hs108|chr19 ( 891) 1040 92.1 4.7e-18 >>CCDS30744.1 SGIP1 gene_id:84251|Hs108|chr1 (828 aa) initn: 5456 init1: 5246 opt: 5432 Z-score: 2188.3 bits: 415.9 E(32554): 1.4e-115 Smith-Waterman score: 5432; 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CCDS76 GVGDVSRPFSPPIHSSSPPPIAPLARAESTSSISSTNSLSAATTPTVVSEDD--VFYDKL 280 290 300 310 320 330 540 550 560 570 580 590 pF1KSD GKFYLTFE---GSSRGPSPLTMGAQDTLPVAAAFTETVNAYFKGADPSKCIVKITGEMVL .: : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 PSFERRCETPAGSSRGPSPLTMGAQDTLPVAAAFTETVNAYFKGADPSKCIVKITGEMVL 340 350 360 370 380 390 600 610 620 630 640 650 pF1KSD SFPAGITRHFANNPSPAALTFRVINFSRLEHVLPNPQLLCCDNTQNDANTKEFWVNMPNL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 SFPAGITRHFANNPSPAALTFRVINFSRLEHVLPNPQLLCCDNTQNDANTKEFWVNMPNL 400 410 420 430 440 450 660 670 680 690 700 710 pF1KSD MTHLKKVSEQKPQATYYNVDMLKYQVSAQGIQSTPLNLAVNWRCEPSSTDLRIDYKYNTD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 MTHLKKVSEQKPQATYYNVDMLKYQVSAQGIQSTPLNLAVNWRCEPSSTDLRIDYKYNTD 460 470 480 490 500 510 720 730 740 750 760 770 pF1KSD AMTTAVALNNVQFLVPIDGGVTKLQAVLPPAVWNAEQQRILWKIPDISQKSENGGVGSLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 AMTTAVALNNVQFLVPIDGGVTKLQAVLPPAVWNAEQQRILWKIPDISQKSENGGVGSLL 520 530 540 550 560 570 780 790 800 810 820 830 pF1KSD ARFQLSEGPSKPSPLVVQFTSEGSTLSGCDIELVGAGYRFSLIKKRFAAGKYLADN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 ARFQLSEGPSKPSPLVVQFTSEGSTLSGCDIELVGAGYRFSLIKKRFAAGKYLADN 580 590 600 610 620 630 >>CCDS54868.1 FCHO2 gene_id:115548|Hs108|chr5 (777 aa) initn: 1380 init1: 897 opt: 1347 Z-score: 560.8 bits: 114.7 E(32554): 6.5e-25 Smith-Waterman score: 1651; 42.2% identity (65.7% similar) in 740 aa overlap (112-831:106-776) 90 100 110 120 130 140 pF1KSD SPELDEEGYSIRPEEPGSTKGKHFYSSSESEEEEESHKKFNIKIKPLQSKDILRNAATVD ::. .:::: . .. . . ... .. CCDS54 FKTSTEKLANCHLDLVRKLQELIKEVQKYGEEQVKSHKKTKEEVAG--TLEAVQTIQSIT 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 pF1KSD E-LKASIGNIALSPSPVRKSPRRSPGAIKRNLSSEEVARPRRSTPTPELISKKPPDDTTA . :. : : . . :.. .. :: .:.. . : . ...: : .: .: : CCDS54 QALQKSKENY--NAKCVEQERLKKEGATQREIEKAAV-KSKKATDTYKLYVEK-----YA 140 150 160 170 180 210 220 230 240 250 pF1KSD LAPLFGPPLESAFDEQKTEVLLDQPEIWGSGQPINPSMES--PKLTRPFPTGTPPPL--- :: .. :... ::. . :. .. : ..:: :... :: : CCDS54 LA-------KADFEQKMTETAQVHEEFINNMA--NTTVESLIQKFAESKGTGKERPGLIE 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 pF1KSD -----PPKNVPATPPRTGSPLTIGPG---NDQSATEVKIEKLPSIN--DLDSIFGPVLSP . : . :: . ... :: ....: :. :.: :.: : ..: CCDS54 FEECDTASAVEGIKPRKRKTFAL-PGIIKKEKDAESVECPDADSLNIPDVDE-EGYSIKP 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KSD KSVAVNAEEKWVHFSDTSPEHVTPELTPREKVVSPPATPDNPADSPAPGPLGPPGPTGPP .. ...:. :: ..: : . .. : :.: . : . . CCDS54 ETNQNDTKEN--HFYSSSDSDSEDEEPKKYRIEIKPMHPNNSHHTMASLDELKVSIGNIT 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KSD GPPGPPRNVLSPLNLEEVQKKVAEQTFIKDDYLETISSPKDFGLGQRATPPPPPPPTYRT :. :. ::.... ...... . : :.: . :: : CCDS54 LSPAISRH--SPVQMN---RNLSNEELTK-------SKP---------SAPPNEKGTSDL 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KSD VVSSP--GPGSGPGPGTTSGASSPARPATPLVPCRSTTPPPPPPRPPSRPKLPPGK-PGV .. .: ::. . ... .:: :::.::: :. ::::: ::::: :: :. CCDS54 LAWDPLFGPSLDSSSSSSLTSSSSARPTTPL----SVGTIVPPPRPASRPKLTSGKLSGI 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 pF1KSD GDVSRPFSPPIHS-SSPPPIAPLARAESTSSISSTNSLSAATTPTVENEQPSLVWFDRGK ... ::::::. : .:::: ::::::::.:::::. :::::.:::: CCDS54 NEIPRPFSPPVTSNTSPPPAAPLARAESSSSISSSASLSAANTPTV-------------- 450 460 470 480 490 550 560 570 580 590 600 pF1KSD FYLTFEGSSRGPSPLTMGAQDTLPVAAAFTETVNAYFKGADPSKCIVKITGEMVLSFPAG : ::::::...: :::::::.:.::.::::::::::.::::::::.:..:::.: CCDS54 ------GVSRGPSPVSLGNQDTLPVAVALTESVNAYFKGADPTKCIVKITGDMTMSFPSG 500 510 520 530 540 610 620 630 640 650 660 pF1KSD ITRHFANNPSPAALTFRVINFSRLEHVLPNPQLLCCDNTQNDANTKEFWVNMPNLMTHLK : . :..::.::.: ::: :.::::..::: ::. : .: :.:::.::.:: . ..:: CCDS54 IIKVFTSNPTPAVLCFRVKNISRLEQILPNAQLVFSDPSQCDSNTKDFWMNMQAVTVYLK 550 560 570 580 590 600 670 680 690 700 710 720 pF1KSD KVSEQKPQATYYNVDMLKYQVSAQGIQSTPLNLAVNWRCEPSSTDLRIDYKYNTDAMTTA :.:::.: :.:::::.::::::..::::::::::. :.: :.::::.::::: .::.. CCDS54 KLSEQNPAASYYNVDVLKYQVSSNGIQSTPLNLATYWKCSASTTDLRVDYKYNPEAMVAP 610 620 630 640 650 660 730 740 750 760 770 780 pF1KSD VALNNVQFLVPIDGGVTKLQAVLPPAVWNAEQQRILWKIPDISQKSENGGVGSLLARFQL .:.:.: .::.:::::..:. ::::.:::::.. .::. .::.:::::: ::: :.:.: CCDS54 SVLSNIQVVVPVDGGVTNMQS-LPPAIWNAEQMKAFWKLSSISEKSENGGSGSLRAKFDL 670 680 690 700 710 720 790 800 810 820 830 pF1KSD SEGPSKPSPLVVQFTSEGSTLSGCDIELVGAGYRFSLIKKRFAAGKYLADN :::::::. :.::: :::::::: :.::::.:::.::::::::.:.:::: CCDS54 SEGPSKPTTLAVQFLSEGSTLSGVDFELVGTGYRLSLIKKRFATGRYLADC 730 740 750 760 770 >>CCDS47230.1 FCHO2 gene_id:115548|Hs108|chr5 (810 aa) initn: 1380 init1: 897 opt: 1347 Z-score: 560.6 bits: 114.7 E(32554): 6.7e-25 Smith-Waterman score: 1642; 48.2% identity (70.2% similar) in 581 aa overlap (260-831:279-809) 230 240 250 260 270 280 pF1KSD SGQPINPSMESPKLTRPFPTGTPPPLPPKNVPATPPRTGSPLTIGPG---NDQSATEVKI : . :: . ... :: ....: :. CCDS47 SLIQKFAESKGTGKERPGLIEFEECDTASAVEGIKPRKRKTFAL-PGIIKKEKDAESVEC 250 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KSD EKLPSIN--DLDSIFGPVLSPKSVAVNAEEKWVHFSDTSPEHVTPELTPREKVVSPPATP :.: :.: : ..:.. ...:. :: ..: : . .. : : CCDS47 PDADSLNIPDVDE-EGYSIKPETNQNDTKEN--HFYSSSDSDSEDEEPKKYRIEIKPMHP 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KSD DNPADSPAPGPLGPPGPTGPPGPPGPPRNVLSPLNLEEVQKKVAEQTFIKDDYLETISSP .: . : . . :. :. ::... ....... . : :.: CCDS47 NNSHHTMASLDELKVSIGNITLSPAISRH--SPVQM---NRNLSNEELTK-------SKP 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KSD KDFGLGQRATPPPPPPPTYRTVVSSP--GPGSGPGPGTTSGASSPARPATPLVPCRSTTP . :: : .. .: ::. . ... .:: :::.::: :. CCDS47 ---------SAPPNEKGTSDLLAWDPLFGPSLDSSSSSSLTSSSSARPTTPL----SVGT 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KSD PPPPPRPPSRPKLPPGK-PGVGDVSRPFSPPIHS-SSPPPIAPLARAESTSSISSTNSLS ::::: ::::: :: :.... ::::::. : .:::: ::::::::.:::::. ::: CCDS47 IVPPPRPASRPKLTSGKLSGINEIPRPFSPPVTSNTSPPPAAPLARAESSSSISSSASLS 460 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 580 pF1KSD AATTPTVENEQPSLVWFDRGKFYLTFEGSSRGPSPLTMGAQDTLPVAAAFTETVNAYFKG ::.:::: : ::::::...: :::::::.:.::.::::::: CCDS47 AANTPTV--------------------GVSRGPSPVSLGNQDTLPVAVALTESVNAYFKG 520 530 540 550 590 600 610 620 630 640 pF1KSD ADPSKCIVKITGEMVLSFPAGITRHFANNPSPAALTFRVINFSRLEHVLPNPQLLCCDNT :::.::::::::.:..:::.:: . :..::.::.: ::: :.::::..::: ::. : . 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CCDS47 SASTTDLRVDYKYNPEAMVAPSVLSNIQVVVPVDGGVTNMQS-LPPAIWNAEQMKAFWKL 680 690 700 710 720 730 770 780 790 800 810 820 pF1KSD PDISQKSENGGVGSLLARFQLSEGPSKPSPLVVQFTSEGSTLSGCDIELVGAGYRFSLIK .::.:::::: ::: :.:.::::::::. :.::: :::::::: :.::::.:::.:::: CCDS47 SSISEKSENGGSGSLRAKFDLSEGPSKPTTLAVQFLSEGSTLSGVDFELVGTGYRLSLIK 740 750 760 770 780 790 830 pF1KSD KRFAAGKYLADN ::::.:.:::: CCDS47 KRFATGRYLADC 800 810 >>CCDS59366.1 FCHO1 gene_id:23149|Hs108|chr19 (839 aa) initn: 1164 init1: 455 opt: 1059 Z-score: 445.6 bits: 93.4 E(32554): 1.7e-18 Smith-Waterman score: 1142; 35.1% identity (61.6% similar) in 606 aa overlap (254-829:251-836) 230 240 250 260 270 280 pF1KSD QPEIWGSGQPINPSMESPKLTRPFPTGTPPPLPPKNVPATPPRTGSPLTIGPGNDQSATE : :: : : .:. : :. . 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