Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB1316
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB1316, 862 aa
1>>>pF1KSDB1316 862 - 862 aa - 862 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8595+/-0.00099; mu= 13.6993+/- 0.060
mean_var=99.5814+/-20.098, 0's: 0 Z-trim(107.6): 55 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.128524
statistics sampled from 9632 (9686) to 9632 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16
Scan time: 3.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 862) 5793 1085.1 0
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 ( 738) 3748 705.9 6.7e-203
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 ( 833) 1700 326.2 1.5e-88
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15 ( 837) 1491 287.4 7.1e-77
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 843) 1486 286.5 1.4e-76
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10 ( 702) 1390 268.6 2.7e-71
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 770) 1370 265.0 3.8e-70
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 749) 1251 242.9 1.6e-63
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 748) 1246 242.0 3.1e-63
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7 ( 771) 1228 238.6 3.2e-62
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 754) 1144 223.0 1.5e-57
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7 ( 751) 1132 220.8 7.1e-57
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 775) 1120 218.6 3.4e-56
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7 ( 715) 1107 216.2 1.7e-55
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 737) 1085 212.1 2.9e-54
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 754) 1004 197.1 9.9e-50
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3 ( 686) 963 189.5 1.8e-47
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3 ( 782) 930 183.4 1.4e-45
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 761) 873 172.8 2.1e-42
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 597) 817 162.4 2.2e-39
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1011) 818 162.6 3.1e-39
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 998) 817 162.5 3.5e-39
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1017) 817 162.5 3.5e-39
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 (1073) 817 162.5 3.7e-39
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1030) 797 158.8 4.7e-38
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5 (1047) 797 158.8 4.7e-38
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2 ( 615) 768 153.3 1.2e-36
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 930) 730 146.3 2.3e-34
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1 ( 962) 730 146.3 2.4e-34
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19 ( 888) 718 144.1 1.1e-33
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15 ( 476) 696 139.9 1e-32
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1 ( 629) 566 115.8 2.4e-25
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7 ( 777) 548 112.5 2.9e-24
CCDS77745.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 ( 406) 543 111.5 3.1e-24
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5 (1074) 415 87.9 1e-16
CCDS53959.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 652) 411 87.1 1.1e-16
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1057) 408 86.6 2.5e-16
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1151) 408 86.6 2.7e-16
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3 (1205) 408 86.7 2.8e-16
CCDS10262.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 666) 399 84.9 5.2e-16
CCDS53958.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15 ( 501) 327 71.5 4.2e-12
>>CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 (862 aa)
initn: 5793 init1: 5793 opt: 5793 Z-score: 5804.4 bits: 1085.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5793; 99.9% identity (100.0% similar) in 862 aa overlap (1-862:1-862)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSEDKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSEDKD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQPLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQPLSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSGTSYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSGTSYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FLGSEPIISRNSSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFFTEVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 FLGSEPIISRNSSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFFTEVSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRDVFVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 EYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRDVFVLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCTYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKWVRYNG
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 SPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKWVRYNG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIKKDVNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIKKDVNY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQTLLLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQTLLLSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVALHQTESPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 KKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVALHQTESPSR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GLIQEMSGDASVCPDKSKGSYRQHFFKHGGTAELKCSQKSNLARVFWKFQNGVLKAESPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 GLIQEMSGDASVCPDKSKGSYRQHFFKHGGTAELKCSQKSNLARVFWKFQNGVLKAESPK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD YGLMGRKNLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQVVAKHVLEVKVVPKPVVAPTLSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 YGLMGRKNLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQVVAKHVLEVKVVPKPVVAPTLSV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD VQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITLPPKPAPTGTSCEPKIVINTVPQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITLPPKPAPTGTSCEPKIVINTVPQL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD HSEKTMYLKSSDNRLLMSLFLFFFVLFLCLFFYNCYKGYLPRQCLKFRSALLIGKKKPKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 HSEKTMYLKSSDNRLLMSLFLFFFVLFLCLFFYNCYKGYLPRQCLKFRSALLIGKKKPKS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD DFCDREQSLKETLVEPGSFSQQNGEHPKPALDTGYETEQDTITSKVPTDREDSQRIDDLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DFCDREQSLKETLVEPGSFSQQNGEHPKPALDTGYETEQDTITSKVPTDREDSQRIDDLS
790 800 810 820 830 840
850 860
pF1KSD ARDKPFDVKCELKFADSDADGD
::::::::::::::::::::::
CCDS66 ARDKPFDVKCELKFADSDADGD
850 860
>>CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9 (738 aa)
initn: 3748 init1: 3748 opt: 3748 Z-score: 3756.2 bits: 705.9 E(32554): 6.7e-203
Smith-Waterman score: 3748; 99.5% identity (99.8% similar) in 557 aa overlap (1-557:1-557)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSEDKD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSEDKD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD TLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQPLSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQPLSA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD TSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSGTSYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSGTSYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD FLGSEPIISRNSSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFFTEVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FLGSEPIISRNSSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFFTEVSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD EYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRDVFVLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRDVFVLR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD SPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCTYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKWVRYNG
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKWVRYNG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD PVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIKKDVNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIKKDVNY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD TQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQTLLLSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQTLLLSS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD KKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVALHQTESPSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVALHQTESPSR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GLIQEMSGDASVCPDKSKGSYRQHFFKHGGTAELKCSQKSNLARVFWKFQNGVLKAESPK
:::::::::::::: .:
CCDS47 GLIQEMSGDASVCPASSPKPLPPPGSSSLSCLGHVGDRRLSSPWTPWPASGAGPDSSSRV
550 560 570 580 590 600
>>CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2 (833 aa)
initn: 1279 init1: 441 opt: 1700 Z-score: 1703.1 bits: 326.2 E(32554): 1.5e-88
Smith-Waterman score: 1700; 45.1% identity (70.5% similar) in 623 aa overlap (19-629:20-632)
10 20 30 40 50
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLV--QFHEPDIYNYSALLLSE
:. . . .:: : :. : .: . : .. .: :.:
CCDS20 MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTLTE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQP
::.:::::.:: . .. : : . :.. .::..: .:::..::::.:.:: :::
CCDS20 PTGLLYVGAREALFAFS-MEALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRFLQP
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD LSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFL-GKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
.:. :::::: :::: : ..:. .: . :. :::::.::.:::.......:::::::.
CCDS20 YNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGELYSA
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TSYNFLGSEPIISRN-SSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
: ::::.:::: :: . : ..::: ::::: :: . . .: : :.::.:::::
CCDS20 TLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAFWLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDKVYFFF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TEVSVEYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRD
: .:: . . .. :.:::::::.:: ::::.:::.:::::: :: :. : :: :.
CCDS20 RERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAPNWQLYFNQLQA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KSD VFVLRSPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCTYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKW
. .:.. . . .:...: : ... :::.: :.: ..:: .: : . : ::
CCDS20 MHTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVF-EGPYKEYHEEAQ---KW
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KSD VRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIK
::. :::.::::.::.. : .:::::.:::. :.::: ::::...: : .:: :.:
CCDS20 DRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRPLLVK
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KSD KDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQT
: .:.:..:.::. .:::..: :.:..: : : ::.:: ::.::: ::: : ::...
CCDS20 KGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQLF-DQEPMRS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KSD LLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVALHQT
:.::..: ....::: : .:: :.: : :. .: ::::::::::::: :. :::.
CCDS20 LVLSQSK--KLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSRCVAVGG-
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580
pF1KSD ESPSRGLIQE-MSGDAS-VCPDKSKGSYR---QHFFKHGGTAE-LKCSQKSNLARVFWKF
.: : :::. :..:.: .: ... . : ... .:: : : .::::.. : :
CCDS20 HSGSL-LIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITVVAGTDLVLPCHLSSNLAHARWTF
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KSD QNGVLKAESPKYGLMGRK--NLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQVVAKHVLEVK
. : ::.: :. . :... . .:.:.:.:::.
CCDS20 GGRDLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVVAGPS
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KSD VVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITLPPKPAPTGTS
CCDS20 VTLEARAPLENLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLVYPLE
660 670 680 690 700 710
>>CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15 (837 aa)
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10 20 30 40
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:. ::. : .. ..: :::. .: ..
CCDS45 MLRTAMGLRSWLAAPWGALPPRPPLLLLLLLLLLLQPPPPTWALSPRISLPLGSEERPFL
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KSD QFHEPDIYNYSALLLSEDKDTLYIGAREAVFAVNALNISE----KQHEVYWKVSEDKKAK
.:. : ::.:::::.: :::.:::::.::... :.: . .:. : .. .:: .
CCDS45 RFEAEHISNYTALLLSRDGRTLYVGAREALFALSS-NLSFLPGGEYQELLWGADAEKKQQ
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KSD CAEKGKSKQTECLNYIRVLQPLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNE------
:. :::. : .: :::..: :::.. :..::: ::.: : ..:. .: :...:
CCDS45 CSFKGKDPQRDCQNYIKILLPLSGSHLFTCGTAAFSPMCTYINMENFT-LARDEKGNVLL
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KSD -DGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSGTSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYAIPWLNEP
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CCDS45 EDGKGRCPFDPNFKSTALVVDGELYTGTVSSFQGNDPAISRSQSLRPTKTESSLNWLQDP
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KSD SFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFFTEVSVEYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQK
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CCDS45 AFVASAYIPESLGSLQGDDDKIYFFFSETGQEFEFFENTIVSRIARICKGDEGGERVLQQ
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
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.:::::::.:.:::::.:. ::::.:::.: :: . .::..:: : . .. :::
CCDS45 RWTSFLKAQLLCSRPDDGFPFNVLQDVFTLSPSPQDWRDTLFYGVFTSQWHRGTTEGSAV
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KSD CTYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLN
:..... ...::: : : . :.. .: . ::: ::::::: . :: . .:::.
CCDS45 CVFTMKDVQRVFS-GLYKE---VNRETQQWYTVTHPVPTPRPGACITNSARERKINSSLQ
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KSD LPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDR
:::..:.:.::: ::: .: .: :.. .. : ...: :. .: : :::.:..:
CCDS45 LPDRVLNFLKDHFLMDGQVR---SRMLLLQPQARYQRVAVHRVPGLHHT-YDVLFLGTGD
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KSD GALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGK
: ::::.:. :::::: :.:.. .:::.:::....: ..::.:.:::::.:.: :.
CCDS45 GRLHKAVSVGPRVHIIEELQIFSSGQPVQNLLLDTHRG--LLYAASHSGVVQVPMANCSL
480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
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CCDS45 YRSCGDCLLARDPYCAWSGSSCKHVSLYQPQLATRPWIQDIEGASAKDLCSASSVVSPSF
530 540 550 560 570 580
570 580 590 600 610
pF1KSD --------RQHFFKHGGTAELKCSQKSNLARVFWKFQNGVLKAESPKYGLMGRKNLLIFN
.: :. . . : : :::: .: ..::. : . .. .::. .
CCDS45 VPTGEKPCEQVQFQPNTVNTLACPLLSNLATRLW-LRNGAPVNASASCHVLPTGDLLLVG
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620 630 640 650 660 670
pF1KSD LSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQVVAKHVLEVKVVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVL
.. : .:: : : . :.::.. :: : :. : ::. . :.
CCDS45 TQQ--LGEFQCWSLE----EGFQQLVASYCPEV--VEDGVADQT-----DEGGSVP--VI
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680 690 700 710 720 730
pF1KSD VASTQGSSPPTPAVQATSSGAITLPPKPAPTGTSCEPKIVINTVPQLHSEKTMYLKSSDN
..... :.:
CCDS45 ISTSRVSAPAGGKASWGADRSYWKEFLVMCTLFVLAVLLPVLFLLYRHRNSMKVFLKQGE
700 710 720 730 740 750
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10 20 30 40 50
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSE
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CCDS75 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEE
10 20 30 40 50 60
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CCDS75 ASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KSD PLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
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CCDS75 RLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYA-IPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
: :.: : : : :. :::: . . :::. :::. ..:.: : :.::.::.::
CCDS75 TRYEFR-SIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
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CCDS75 TERATEEGSGSFTQSRSSHRV--ARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP---
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
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....:: : : . . ::: :: : ... ::.: :.:. . ::. : ::.
CCDS75 -LYETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFA-GPYME-
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350 360 370 380 390 400
pF1KSD TTVEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVT
... .: ::.: ::.::::.:: . :. .:.:: .::. .:.::: :::: :.
CCDS75 --YQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVV
360 370 380 390 400 410
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pF1KSD PIDNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQ
: .:: :.:... ::... . . : .::..:..: : .:::. : ..:::::::
CCDS75 PTRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQ
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.:.. . :..:..: . . .:.:. :::.: ::. :... .: ::.:::::::.:.:
CCDS75 VFRESQSVENLVISLLQHS--LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPG
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KSD TATCVALHQTESPSRG----LIQEMS-GDASVCPDKSKGS---YRQHFFKHGGTAELKCS
: .:.: . :.: :::.. :. . ... : . . .: . : :.
CCDS75 THACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGCESSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPCD
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
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: :::::..: . :: . . . : .: .::. . . :: : : .:: . .
CCDS75 QPSNLARALW-LLNGSMGLSDGQGGYRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEE----NGLR
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pF1KSD QVVAKHVLEVK-VVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAI
..:.. : :. ..: : :: . : :...: :
CCDS75 TLLASYSLTVRPATPAP--APKAPA--TPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLL
650 660 670 680 690 700
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pF1KSD TLPPKPAPTGTSCEPKIVINTVPQLHSEKTMYLKSSDNRLLMSLFLFFFVLFLCLFFYNC
CCDS75 YVACLREGRRGRRRKYSLGRASRAGGSAVQLQTVSGQCPGEEDEGDDEGAGGLEGSCLQI
710 720 730 740 750 760
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10 20 30 40 50
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLVQFHEPDIYNYSALLLSE
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CCDS55 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGTRHFKGQAQNYSTLLLEE
10 20 30 40 50 60
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CCDS55 ASARLLVGARGALFSLSANDIGDGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVRFLQ
70 80 90 100 110 120
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pF1KSD PLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
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CCDS55 RLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTSFEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGGLYTA
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KSD TSYNFLGSEPIISRNSSHSPLRTEYA-IPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
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CCDS55 TRYEFR-SIPDIRRSRHPHSLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDKVYYFF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
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:: ..: :. . :.::::::: :: . ::::::::::::::: : .
CCDS55 TERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP----L
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD FNVLRDVFVLRSPGLKVPVFYALFT--PQLNNVGLSAVCTYNLSTAEEVFSHGKYMQSTT
...:: : : . . ::: :: : ... ::.: :.:. . ::. : ::.
CCDS55 YETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFA-GPYME---
300 310 320 330 340 350
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pF1KSD VEQSHTKWVRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPI
... .: ::.: ::.::::.:: . :. .:.:: .::. .:.::: :::: :.:
CCDS55 YQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVPT
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pF1KSD DNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLF
.:: :.:... ::... . . : .::..:..: : .:::. : ..:::::::.:
CCDS55 RGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQVF
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KSD QDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTA
.. . :..:..: . . .:.:. :::.: ::. :... .: ::.:::::::.:.: :
CCDS55 RESQSVENLVISLLQHS--LYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTH
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
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.:.: . :.: :::.. : ..:. . :
CCDS55 ACAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRGC-ESSRDTGRALQVHMGSMSPPSAWPCVLDG
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pF1KSD RVFWKFQNGVLKAESPKYGLMGRKNLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQVVAKHV
CCDS55 PETRQDLCQPPKPCVHSHAHMEECLSAGLQCPHPHLLLVHSCFIPASGLGVPSQLPHPIW
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10 20 30 40
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAP--IPRITWEHREVH--LVQFHEP
:. :::. : . . .: .:: . :. :..: :
CCDS19 MPASAARPRPGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD DIYNYSALLLSEDKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQ
::::.::.. . :::.:::...::.. .:. ... : : : .. .: .::: :.
CCDS19 HTYNYSVLLVDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGK-KE
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KSD TECLNYIRVLQPLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFLGKNEDGKGRCPFDPAHSYT
:: :....: .:. : .::: ::.: : .... :. . . :.:.:.:::.::. .
CCDS19 DECHNFVQILAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQQVERLESGRGKCPFEPAQRSA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KSD SVMVDGELYSGTSYNFLGSEPIISRNSSHSP--LRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDS
.::. : ::..: :.::.::::.: ... .::. ::: :.:: : .. . .
CCDS19 AVMAGGVLYAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWG
180 190 200 210 220 230
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pF1KSD PDGEDDRVYFFFTEVSVEYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSR
. ::..::::::.: .. :. .::.:::: :: :: .:::..::.:::: :.:
CCDS19 DEDGDDEIYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPG
240 250 260 270 280 290
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:. : . .::.:: ::: : .:.::..:. : ... .::::.. . . :.. : .
CCDS19 PEHGRASSVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLN-GPF
300 310 320 330 340 350
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. .. . .. ::.:::: :: .. . .. :::.:::..: :..::::::
CCDS19 RE--LKHDCNRGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRHFGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KSD SVTPIDNRPRLIKKDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIE
: : :..: :. :. : ..:. :. .:.: :::....:. : ::.:. . . ..:
CCDS19 PVFPADGHPLLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLE
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KSD ETQLFQDFEPVQTLLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAW
. :: . .::... : . .. .:: . :.:. . ::. .: .:.::.:: :::
CCDS19 DLALFPEPQPVENM----KLYHSWLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAW
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570
pF1KSD SPPTATCVALHQTESPSRGLIQEM-SGD-ASVCPDKSKGSYRQHFFKHGGTAE---LKCS
: ::: : : :::.:.. :.: .:.:: : : : .:: : ::
CCDS19 SFRLDECVA-HAGEH--RGLVQDIESADVSSLCP-KEPGERPVVFEVPVATAAHVVLPCS
540 550 560 570 580
580 590 600 610 620 630
pF1KSD QKSNLARVFWKFQNGVLKAESPKYGLMGRKNLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQ
.: : :. .:: : .: :.. : .. : :.: : .:
CCDS19 PSSAWASCVWHQPSGVT-ALTP------RRDGLEVVVTPGAMGAYACECQEGGAAHVVAA
590 600 610 620 630 640
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pF1KSD VVAKHVLEVKVVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITL
CCDS19 YSLVWGSQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARDKVGLD
650 660 670 680 690 700
>>CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3 (749 aa)
initn: 982 init1: 281 opt: 1251 Z-score: 1253.9 bits: 242.9 E(32554): 1.6e-63
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10 20 30 40 50
pF1KSD MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREV-HLVQ-FHEPDIYNYSALLL
: :: . :: .:.: : :..... .. : .: : :.:::.
CCDS74 MGRAGAAAVIPGLALLWAVGLGSAAPSPPRLRLSFQELQAWHGLQTFSLERTCCYQALLV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KSD SEDKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVL
.:.. :..::.. : ..: :::.. ... : . . . .: ::. :::.:....:
CCDS74 DEERGRLFVGAENHVASLNLDNISKRAKKLAWPAPVEWREECNWAGKDIGTECMNFVKLL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KSD QPLSATSLYVCGTNAFQPACDHLNL---TSFKFL----GKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVM
. . : : .:::.::.:.: ... . : :. :::::. :.:: : .::.
CCDS74 HAYNRTHLLACGTGAFHPTCAFVEVGHRAEEPVLRLDPGRIEDGKGKSPYDPRHRAASVL
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CCDS55 LLDEERSRLYVGAKDHIFSFDLVNIKDFQ-KIVWPVSYTRRDECKWAGKDILKECANFIK
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CCDS55 VLKAYNQTHLYACGTGAFHPICTYIEIGHHPEDNIFKLENSHFENGRGKSPYDPKLLTAS
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CCDS55 LLIDGELYSGTAADFMGRDFAIFRTLGHHHPIRTEQHDSRWLNDPKFISAHLISES-DNP
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CCDS55 --EDDKVYFFFRENAIDGEHSGKATHARIGQICKNDFGGHRSLVNKWTTFLKARLICSVP
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CCDS55 GPNGIDTHFDELQDVFLMNFKDPKNPVVYGVFTTSSNIFKGSAVCMYSMSDVRRVFL-GP
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862 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 08:34:33 2016 done: Thu Nov 3 08:34:33 2016
Total Scan time: 3.790 Total Display time: 0.250
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]