FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDB1426, 681 aa 1>>>pF1KSDB1426 681 - 681 aa - 681 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.8655+/-0.00118; mu= -14.6051+/- 0.070 mean_var=439.2127+/-91.923, 0's: 0 Z-trim(114.7): 617 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.061198 statistics sampled from 14579 (15270) to 14579 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.766), E-opt: 0.2 (0.469), width: 16 Scan time: 4.720 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS10054.1 PAK6 gene_id:56924|Hs108|chr15 ( 681) 4595 420.3 4.5e-117 CCDS61590.1 PAK6 gene_id:56924|Hs108|chr15 ( 636) 3917 360.4 4.4e-99 CCDS12528.1 PAK4 gene_id:10298|Hs108|chr19 ( 591) 1565 152.8 1.4e-36 CCDS33019.1 PAK4 gene_id:10298|Hs108|chr19 ( 438) 1537 150.2 5.9e-36 CCDS13107.1 PAK5 gene_id:57144|Hs108|chr20 ( 719) 1542 150.8 6.5e-36 CCDS8250.1 PAK1 gene_id:5058|Hs108|chr11 ( 545) 1010 103.7 7.2e-22 CCDS14554.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX ( 544) 1007 103.5 8.6e-22 CCDS48153.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX ( 559) 1007 103.5 8.8e-22 CCDS48152.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX ( 565) 1007 103.5 8.9e-22 CCDS3321.1 PAK2 gene_id:5062|Hs108|chr3 ( 524) 1006 103.4 8.9e-22 CCDS48151.1 PAK3 gene_id:5063|Hs108|chrX ( 580) 1007 103.5 9.1e-22 CCDS44687.1 PAK1 gene_id:5058|Hs108|chr11 ( 553) 978 100.9 5.1e-21 CCDS58707.1 MAP4K3 gene_id:8491|Hs108|chr2 ( 873) 687 75.4 4e-13 CCDS1803.1 MAP4K3 gene_id:8491|Hs108|chr2 ( 894) 687 75.4 4.1e-13 CCDS81582.1 MAP4K2 gene_id:5871|Hs108|chr11 ( 812) 682 74.9 5.1e-13 CCDS8082.1 MAP4K2 gene_id:5871|Hs108|chr11 ( 820) 682 74.9 5.2e-13 CCDS13341.1 STK4 gene_id:6789|Hs108|chr20 ( 487) 671 73.8 6.7e-13 CCDS42564.1 MAP4K1 gene_id:11184|Hs108|chr19 ( 821) 677 74.5 7e-13 CCDS59385.1 MAP4K1 gene_id:11184|Hs108|chr19 ( 833) 677 74.5 7.1e-13 CCDS47900.1 STK3 gene_id:6788|Hs108|chr8 ( 491) 670 73.7 7.2e-13 CCDS59108.1 STK3 gene_id:6788|Hs108|chr8 ( 519) 670 73.7 7.5e-13 CCDS32001.1 STK24 gene_id:8428|Hs108|chr13 ( 431) 667 73.4 7.8e-13 CCDS9488.1 STK24 gene_id:8428|Hs108|chr13 ( 443) 667 73.4 8e-13 CCDS2549.1 STK25 gene_id:10494|Hs108|chr2 ( 426) 656 72.4 1.5e-12 CCDS14631.1 STK26 gene_id:51765|Hs108|chrX ( 416) 642 71.2 3.5e-12 CCDS34290.1 STK10 gene_id:6793|Hs108|chr5 ( 968) 639 71.2 8.2e-12 CCDS76334.1 SLK gene_id:9748|Hs108|chr10 (1204) 634 70.8 1.3e-11 CCDS7553.1 SLK gene_id:9748|Hs108|chr10 (1235) 634 70.8 1.3e-11 >>CCDS10054.1 PAK6 gene_id:56924|Hs108|chr15 (681 aa) initn: 4595 init1: 4595 opt: 4595 Z-score: 2215.4 bits: 420.3 E(32554): 4.5e-117 Smith-Waterman score: 4595; 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CCDS12 TSIQPGAPKTIVRGSKGAKDGALTLLLDEFENMSVTRSNSLRRDSPPPPARARQENGMPE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KSD EHWATDPDMYLQSPQSERTDPHGLYLSCNGGTPAGHKQMPWPEPQSPRVLPNGLAAKAQS : .: .. . : :. .::. .. : .:.: : .: : CCDS12 EPATTARGGPGKAGSRGRFAGHS---EAGGGSGDRRRAGPEKRPKSSR---EG------S 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KSD LGPAEFQGASQRCLQLGACLQSSPPGASP-PTGTNRHGMKAAKHGSEEARPQSCLVGSAT :: : .. ..: : :.: ..: :.: : : : .:: . . : CCDS12 GGPQE-SSRDKRPL-------SGPDVGTPQPAGLAS-GAKLA-----AGRPFNTYPRADT 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KSD GRP--GGEGSPSPKTRESSLKRRLFRSMFLSTAATAPPSSSKPG-PPPQSKPNSSFRPPQ .: :..: : .:: . : : :::. .:: ::: CCDS12 DHPSRGAQGEPHD---------------------VAPNGPSAGGLAIPQSSSSSS-RPP- 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KSD KDNPPSLVAKAQSLPSDQPVGTFSPLTTSDTSSPQKSLRTAPATGQLPGRSSPAGSPRTW ..:.. :: : :...: .. .: .::: .:: : : ::. CCDS12 --------TRARGAPS--P-GVLGPHASEPQLAPPACTPAAPA---VPG---PPG-PRS- 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KSD HAQISTSNLYLPQDPTVAKGALAGEDTGVVTHEQFKAALRMVVDQGDPRLLLDSYVKIGE :: .. :.::::.:::..::: :::: ::...:::: CCDS12 -----------PQ-----------REPQRVSHEQFRAALQLVVDPGDPRSYLDNFIKIGE 300 310 320 420 430 440 450 460 470 pF1KSD GSTGIVCLAREKHSGRQVAVKMMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHFNVVEMYKSYLVGE :::::::.: . ::. :::: :::::::::::::::::::::::: ::::::.:::::. 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CCDS33 -----PNGPSAGGLAIPQSSSSSSRPPTRARGAPSPGVLGPHASEPQLAPPA--CTPAAP 80 90 100 110 120 370 380 390 400 410 420 pF1KSD NLYLPQDPTVAKGALAGEDTGVVTHEQFKAALRMVVDQGDPRLLLDSYVKIGEGSTGIVC . : : . .. :.::::.:::..::: :::: ::...::::::::::: CCDS33 AVPGPPGPRSPQ-----REPQRVSHEQFRAALQLVVDPGDPRSYLDNFIKIGEGSTGIVC 130 140 150 160 170 180 430 440 450 460 470 480 pF1KSD LAREKHSGRQVAVKMMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHFNVVEMYKSYLVGEELWVLME .: . ::. :::: :::::::::::::::::::::::: ::::::.:::::.::::.:: CCDS33 IATVRSSGKLVAVKKMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHENVVEMYNSYLVGDELWVVME 190 200 210 220 230 240 490 500 510 520 530 540 pF1KSD FLQGGALTDIVSQVRLNEEQIATVCEAVLQALAYLHAQGVIHRDIKSDSILLTLDGRVKL ::.::::::::...:.::::::.:: ::::::. ::::::::::::::::::: :::::: CCDS33 FLEGGALTDIVTHTRMNEEQIAAVCLAVLQALSVLHAQGVIHRDIKSDSILLTHDGRVKL 250 260 270 280 290 300 550 560 570 580 590 600 pF1KSD SDFGFCAQISKDVPKRKSLVGTPYWMAPEVISRSLYATEVDIWSLGIMVIEMVDGEPPYF ::::::::.::.::.::::::::::::::.::: :. :::::::::::::::::::::: CCDS33 SDFGFCAQVSKEVPRRKSLVGTPYWMAPELISRLPYGPEVDIWSLGIMVIEMVDGEPPYF 310 320 330 340 350 360 610 620 630 640 650 660 pF1KSD SDSPVQAMKRLRDSPPPKLKNSHKVSPVLRDFLERMLVRDPQERATAQELLDHPFLLQTG .. :..::: .::. ::.::: ::::: :. ::.:.::::: .:::: ::: :::: ..: CCDS33 NEPPLKAMKMIRDNLPPRLKNLHKVSPSLKGFLDRLLVRDPAQRATAAELLKHPFLAKAG 370 380 390 400 410 420 670 680 pF1KSD LPECLVPLIQLYRKQTSTC : .:::.. : CCDS33 PPASIVPLMRQNRTR 430 >>CCDS13107.1 PAK5 gene_id:57144|Hs108|chr20 (719 aa) initn: 1905 init1: 1518 opt: 1542 Z-score: 758.3 bits: 150.8 E(32554): 6.5e-36 Smith-Waterman score: 1889; 46.4% identity (68.3% similar) in 728 aa overlap (12-677:11-719) 10 20 30 40 50 pF1KSD MFRKKKKKRPEISAPQNFQHRVHTSFDPKEGKFVGLPPQWQNIL-DTLRRPKPVVDPSRI ::.:.::.:::::.:::.: ::.::: ::...: :: ::::.:::: : CCDS13 MFGKKKKKIEISGPSNFEHRVHTGFDPQEQKFTGLPQQWHSLLADTANRPKPMVDPSCI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KSD TRVQLQPMKTVVRGSAMPVDGYISGLLNDIQKLSVISSNTLRGRSPTSRRR--------- : .:: ::::.:::. . :.:::.:....:: ::.:: .:: . . CCDS13 TPIQLAPMKTIVRGNKPCKETSINGLLEDFDNISVTRSNSLRKESPPTPDQGASSHGPGH 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KSD AQSLGLLGDEHWATDPDM---YLQSPQSERT------DPHGLYLSCNGGTPAGH-KQMPW :. :.. ..... : : :.. ::. : . ... :: .: CCDS13 AEENGFITFSQYSSESDTTADYTTEKYREKSLYGDDLDPY--YRGSHAAKQNGHVMKMKH 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 pF1KSD PEPQSPRVLP--NGLA-------AKAQSLG-PAEFQGAS---QRCLQ---LGACLQSSPP : .: : . .: .. .::. :.:.. . :: . : .: .: CCDS13 GEAYYSEVKPLKSDFARFSADYHSHLDSLSKPSEYSDLKWEYQRASSSSPLDYSFQFTPS 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 pF1KSD GASPPTGTNRHGMKAAKH------GSEEARPQSCLVGSATGRPGGEGSPSPKTRESSLKR .. .: ..... .. . . ::.: .... ::.: :. : CCDS13 RTAGTSGCSKESLAYSESEWGPSLDDYDRRPKSSYLNQT--------SPQPTMRQRS--- 240 250 260 270 280 260 270 280 290 300 310 pF1KSD RLFRSMFLSTAATAPPSSSKPGPPPQSKPNSSFRPPQKDNPPSLVAKAQSLPSDQPVGTF :: : ..: ::.. .:. :. ..: . :.. :. .. CCDS13 ---RSGSGLQEPMMPFGASAFKTHPQGHSYNSYTYPRLSEPTMCIPKVDY---DRAQMVL 290 300 310 320 330 340 320 330 340 350 360 pF1KSD SP-LTTSDT--SSPQKSLRTAPATG-QLPGRSSPAGSPRTW---HAQISTSNLYLPQD-- :: :. ::: .: : .. .: . ... :.: .. : ....:. :. CCDS13 SPPLSGSDTYPRGPAKLPQSQSKSGYSSSSHQYPSGYHKATLYHHPSLQSSSQYISTASY 350 360 370 380 390 400 370 380 390 400 410 pF1KSD -----------PTVAKGALAGEDTGVVTHEQFKAALRMVVDQGDPRLLLDSYVKIGEGST : . :. . .. . :.::::.:::..::. :::: : ...::::::: CCDS13 LSSLSLSSSTYPPPSWGSSSDQQPSRVSHEQFRAALQLVVSPGDPREYLANFIKIGEGST 410 420 430 440 450 460 420 430 440 450 460 470 pF1KSD GIVCLAREKHSGRQVAVKMMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHFNVVEMYKSYLVGEELW ::::.: :::.:.::::: ::::::::::::::::::::::.: :::.::.:::::.::: CCDS13 GIVCIATEKHTGKQVAVKKMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYHHDNVVDMYSSYLVGDELW 470 480 490 500 510 520 480 490 500 510 520 530 pF1KSD VLMEFLQGGALTDIVSQVRLNEEQIATVCEAVLQALAYLHAQGVIHRDIKSDSILLTLDG :.::::.::::::::...:.::::::::: .::.::.::: :::::::::::::::: :: CCDS13 VVMEFLEGGALTDIVTHTRMNEEQIATVCLSVLRALSYLHNQGVIHRDIKSDSILLTSDG 530 540 550 560 570 580 540 550 560 570 580 590 pF1KSD RVKLSDFGFCAQISKDVPKRKSLVGTPYWMAPEVISRSLYATEVDIWSLGIMVIEMVDGE :.::::::::::.::.::::::::::::::::::::: :.:::::::::::::::.::: CCDS13 RIKLSDFGFCAQVSKEVPKRKSLVGTPYWMAPEVISRLPYGTEVDIWSLGIMVIEMIDGE 590 600 610 620 630 640 600 610 620 630 640 650 pF1KSD PPYFSDSPVQAMKRLRDSPPPKLKNSHKVSPVLRDFLERMLVRDPQERATAQELLDHPFL ::::.. :.:::.:.::: ::..:. :::: ::: ::. ::::.:..:::::::: :::: CCDS13 PPYFNEPPLQAMRRIRDSLPPRVKDLHKVSSVLRGFLDLMLVREPSQRATAQELLGHPFL 650 660 670 680 690 700 660 670 680 pF1KSD LQTGLPECLVPLIQLYRKQTSTC .: : :.:::.. ::.. 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CCDS82 AVPPVSEDEDDDDDDATPPPVIAPRPEHTKSVYTRSVIEPLPVTPTRDVATSPISPTENN 170 180 190 200 210 220 390 400 410 420 pF1KSD V------------------VTHEQFKAALRMVVDQGDPRLLLDSYVKIGEGSTGIVCLAR . .. :.. :: .:. :::. . :::.:..: : : CCDS82 TTPPDALTRNTEKQKKKPKMSDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTAM 230 240 250 260 270 280 430 440 450 460 470 480 pF1KSD EKHSGRQVAVKMMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHFNVVEMYKSYLVGEELWVLMEFLQ . .:..::.:.:.:..: ..::..::...::. .. :.:.. :::::.::::.::.: CCDS82 DVATGQEVAIKQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLA 290 300 310 320 330 340 490 500 510 520 530 540 pF1KSD GGALTDIVSQVRLNEEQIATVCEAVLQALAYLHAQGVIHRDIKSDSILLTLDGRVKLSDF ::.:::.:... ..: :::.::. :::: .::.. :::::::::.::: .:: :::.:: CCDS82 GGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALEFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDF 350 360 370 380 390 400 550 560 570 580 590 600 pF1KSD GFCAQISKDVPKRKSLVGTPYWMAPEVISRSLYATEVDIWSLGIMVIEMVDGEPPYFSDS ::::::. . ::...:::::::::::..:. :. .:::::::::.:::..:::::.... 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