FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDB1426, 681 aa 1>>>pF1KSDB1426 681 - 681 aa - 681 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.7908+/-0.000503; mu= -24.4203+/- 0.031 mean_var=639.9760+/-137.806, 0's: 0 Z-trim(122.6): 1733 B-trim: 1823 in 1/56 Lambda= 0.050698 statistics sampled from 38717 (40939) to 38717 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.771), E-opt: 0.2 (0.48), width: 16 Scan time: 13.910 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001263646 (OMIM: 608110) serine/threonine-prote ( 681) 4595 351.5 6e-96 NP_064553 (OMIM: 608110) serine/threonine-protein ( 681) 4595 351.5 6e-96 NP_001263647 (OMIM: 608110) serine/threonine-prote ( 636) 3917 301.9 4.8e-81 NP_005875 (OMIM: 605451) serine/threonine-protein ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 XP_011524621 (OMIM: 605451) PREDICTED: serine/thre ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 XP_011524618 (OMIM: 605451) PREDICTED: serine/thre ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 NP_001014832 (OMIM: 605451) serine/threonine-prote ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 NP_001014831 (OMIM: 605451) serine/threonine-prote ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 XP_011524619 (OMIM: 605451) PREDICTED: serine/thre ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 XP_011524620 (OMIM: 605451) PREDICTED: serine/thre ( 591) 1565 129.9 2.8e-29 NP_001014835 (OMIM: 605451) serine/threonine-prote ( 438) 1537 127.7 9.2e-29 NP_001014834 (OMIM: 605451) serine/threonine-prote ( 438) 1537 127.7 9.2e-29 XP_011524622 (OMIM: 605451) PREDICTED: serine/thre ( 438) 1537 127.7 9.2e-29 XP_016883454 (OMIM: 608038) PREDICTED: serine/thre ( 719) 1542 128.2 1e-28 XP_016883449 (OMIM: 608038) PREDICTED: serine/thre ( 719) 1542 128.2 1e-28 NP_817127 (OMIM: 608038) serine/threonine-protein ( 719) 1542 128.2 1e-28 XP_016883452 (OMIM: 608038) PREDICTED: serine/thre ( 719) 1542 128.2 1e-28 NP_065074 (OMIM: 608038) serine/threonine-protein ( 719) 1542 128.2 1e-28 XP_016883451 (OMIM: 608038) PREDICTED: serine/thre ( 719) 1542 128.2 1e-28 XP_016883450 (OMIM: 608038) PREDICTED: serine/thre ( 719) 1542 128.2 1e-28 XP_016883453 (OMIM: 608038) PREDICTED: serine/thre ( 719) 1542 128.2 1e-28 XP_016873339 (OMIM: 602590) PREDICTED: serine/thre ( 545) 1010 89.2 4.3e-17 XP_016873337 (OMIM: 602590) PREDICTED: serine/thre ( 545) 1010 89.2 4.3e-17 XP_016873338 (OMIM: 602590) PREDICTED: serine/thre ( 545) 1010 89.2 4.3e-17 XP_016873335 (OMIM: 602590) PREDICTED: serine/thre ( 545) 1010 89.2 4.3e-17 XP_016873336 (OMIM: 602590) PREDICTED: serine/thre ( 545) 1010 89.2 4.3e-17 NP_002567 (OMIM: 602590) serine/threonine-protein ( 545) 1010 89.2 4.3e-17 NP_001311254 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001311260 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001311261 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001121638 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_002569 (OMIM: 300142,300558) serine/threonine-p ( 544) 1007 89.0 5e-17 XP_016885050 (OMIM: 300142,300558) PREDICTED: seri ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001311259 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001311255 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001121639 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001311263 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 544) 1007 89.0 5e-17 NP_001311256 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 559) 1007 89.0 5.2e-17 XP_016885046 (OMIM: 300142,300558) PREDICTED: seri ( 559) 1007 89.0 5.2e-17 NP_001311257 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 559) 1007 89.0 5.2e-17 NP_001121645 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 559) 1007 89.0 5.2e-17 NP_001311258 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 559) 1007 89.0 5.2e-17 NP_001311262 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 559) 1007 89.0 5.2e-17 NP_002568 (OMIM: 605022) serine/threonine-protein ( 524) 1006 88.9 5.2e-17 XP_011511172 (OMIM: 605022) PREDICTED: serine/thre ( 524) 1006 88.9 5.2e-17 XP_016861990 (OMIM: 605022) PREDICTED: serine/thre ( 524) 1006 88.9 5.2e-17 NP_001121644 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 565) 1007 89.0 5.2e-17 NP_001121640 (OMIM: 300142,300558) serine/threonin ( 580) 1007 89.0 5.3e-17 XP_016885052 (OMIM: 300142,300558) PREDICTED: seri ( 580) 1007 89.0 5.3e-17 XP_011543384 (OMIM: 602590) PREDICTED: serine/thre ( 553) 978 86.9 2.2e-16 >>NP_001263646 (OMIM: 608110) serine/threonine-protein k (681 aa) initn: 4595 init1: 4595 opt: 4595 Z-score: 1843.6 bits: 351.5 E(85289): 6e-96 Smith-Waterman score: 4595; 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XP_011 --------TRARGAPS--P-GVLGPHASEPQLAPPACTPAAPA---VPG---PPG-PRS- 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KSD HAQISTSNLYLPQDPTVAKGALAGEDTGVVTHEQFKAALRMVVDQGDPRLLLDSYVKIGE :: .. :.::::.:::..::: :::: ::...:::: XP_011 -----------PQ-----------REPQRVSHEQFRAALQLVVDPGDPRSYLDNFIKIGE 300 310 320 420 430 440 450 460 470 pF1KSD GSTGIVCLAREKHSGRQVAVKMMDLRKQQRRELLFNEVVIMRDYQHFNVVEMYKSYLVGE :::::::.: . ::. :::: :::::::::::::::::::::::: ::::::.:::::. 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