FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KSDB1439, 2273 aa 1>>>pF1KSDB1439 2273 - 2273 aa - 2273 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6221+/-0.000476; mu= 20.8592+/- 0.030 mean_var=142.1664+/-28.848, 0's: 0 Z-trim(112.9): 249 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.107566 statistics sampled from 21679 (21938) to 21679 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16 Scan time: 22.660 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000341 (OMIM: 153800,248200,601691,601718,60411 (2273) 15305 2389.0 0 XP_016869871 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2242) 3708 589.3 1.7e-166 XP_005251830 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2263) 3708 589.3 1.7e-166 XP_016869869 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166 XP_016869867 (OMIM: 143890,205400,600046,604091) P (2288) 3708 589.3 1.7e-166 XP_016869870 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:::::.::.:.:.:.::.::.. : ..::. . .. XP_016 MPSAGTLPWVQGIICNANNPCFRYPTPGEAPGVVGNFNKSIVARLFSDARRLLLYSQKDT 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KSD HLGRIWTELHILSQFMDTLRTHPERIAGRGIRIRDILKDEETLTLFLIKNIGLSDSVVYL . . :. :.:. . .. .....:.: :.::.. :: .:..: :.: XP_016 SMKDMRKVLRTLQQI---------KKSSSNLKLQDFLVDNETFSGFLYHNLSLPKSTVDK 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KSD LINSQVRPEQ-FAHGVPDLALKDIACSEALLERFIIFSQRRGAKTVRYALCSLSQGTLQW .. ..: .. : .: .: : .. :. . :..: . : . : ::.: . : XP_016 MLRADVILHKVFLQGY-QLHLTSL-CNGSKSEEMI----QLGDQEVS-ELCGLPREKLAA 160 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 pF1KSD IEDTLYANVDFFK-LFRVLPTLLDSRSQGINLRSWGGILSDMSPRIQEFIHRPSMQDLLW : .: .:.:..: ..:.: . :. . .. .: ... ::.. : .:. XP_016 AERVLRSNMDILKPILRTLNSTSPFPSKELA-EATKTLLHSLGTLAQELFSMRSWSDMRQ 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KSD VTRPLMQNGGPETFTKLMGILSDLLCGYPEGGGSRVLSFNWYEDNNYKAFLGIDSTRKDP . : . .. . :... .: ..::.::::: .. :.::::::::::..: ..:..: XP_016 EVMFLTNVNSSSSSTQIYQAVSRIVCGHPEGGGLKIKSLNWYEDNNYKALFGGNGTEEDA 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KSD IYSYDRRTTSFCNALIQSLESNPLTKIAWRAAKPLLMGKILYTPDSPAARRILKNANSTF :: :: .:: :...:::.::..: :.: ::::.::::::::.::.:... ..:.:: XP_016 ETFYDNSTTPYCNDLMKNLESSPLSRIIWKALKPLLVGKILYTPDTPATRQVMAEVNKTF 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KSD EELEHVRKLVKAWEEVGPQIWYFFDNSTQMNMIRDTLGNPTVKDFLNRQLGEEGITAEAI .:: . : :::..:.:: :..:: .:...: : . : ..:: ::. : XP_016 QELAVFHDLEGMWEELSPKIWTFMENSQEMDLVRMLLDSRDNDHFWEQQLDGLDWTAQDI 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KSD LNFLYKGPRESQADDMANFDWRDIFNITDRTLRLVNQYLECLVLDKFESYNDETQLTQRA . :: : :.. :... . . ::. :: :....: .....::. :.:.: :. : ... 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XP_016 MTLAWIYSVAVIIKGIVYEKEARLKETMRIMGLDNSILWFSWFISSLIPLLVSAGLLVVI 630 640 650 660 670 680 720 730 740 750 760 770 pF1KSD IMHGRILHYSDPFILFLFLLAFSTATIMLCFLLSTFFSKASLAAACSGVIYFTLYLPHIL . : .: :::: ..:.:: .:...::. :::.::.::.:.:::::.:.::::::::..: XP_016 LKLGNLLPYSDPSVVFVFLSVFAVVTILQCFLISTLFSRANLAAACGGIIYFTLYLPYVL 690 700 710 720 730 740 780 790 800 810 820 830 pF1KSD CFAWQDRMTAELKKAVSLLSPVAFGFGTEYLVRFEEQGLGLQWSNIGNSPTEGDEFSFLL : :::: . :: .::::::::::: ::.. :::::.:.::.:. .::.: : :.. XP_016 CVAWQDYVGFTLKIFASLLSPVAFGFGCEYFALFEEQGIGVQWDNLFESPVEEDGFNLTT 750 760 770 780 790 800 840 850 860 870 880 890 pF1KSD SMQMMLLDAAVYGLLAWYLDQVFPGDYGTPLPWYFLLQESYWLGGEGCSTREERALEKTE :..:::.:. .::...::.. ::::.:: : :::: .:::.: :.. ::.. 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XP_016 QQLSEVALMTTSVDVLVSICVIFAMSFVPASFVVFLIQERVSKAKHLQFISGVKPVIYWL 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1730 1740 1750 1760 1770 1780 pF1KSD TNFLWDIMNYSVSAGLVVGIFIGFQKKAYTSPENLPALVALLLLYGWAVIPMMYPASFLF .::.::. :: : : ::. ::: ::.:.:.: :::.:. :::::::.. :.::::::.: XP_016 SNFVWDMCNYVVPATLVIIIFICFQQKSYVSSTNLPVLALLLLLYGWSITPLMYPASFVF 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1790 1800 1810 1820 1830 1840 pF1KSD DVPSTAYVALSCANLFIGINSSAITFILELFENNRTLLRFNAVLRKLLIVFPHFCLGRGL .::::::.:. .:::::::.:. ::.:::: .:. : .: .:......:::::::::: XP_016 KIPSTAYVVLTSVNLFIGINGSVATFVLELFTDNK-LNNINDILKSVFLIFPHFCLGRGL 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1850 1860 1870 1880 1890 1900 pF1KSD IDLALSQAVTDVYARFGEEHSANPFHWDLIGKNLFAMVVEGVVYFLLTLLVQRHFFLSQW ::.. .::..:. ::::.. ..:. :::.:.:::::.:::::.::.:.:.: .::. 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XP_005 MPSAGTLPWVQGIICNANNPCFRYPTPGEAPGVVGNFNKSIVARLFSDARRLLLYSQKDT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KSD HLGRIWTELHILSQFMDTLRTHPERIAGRGIRIRDILKDEETLTLFLIKNIGLSDSVVYL . . :. :.:. . .. .....:.: :.::.. :: .:..: :.: XP_005 SMKDMRKVLRTLQQI---------KKSSSNLKLQDFLVDNETFSGFLYHNLSLPKSTVDK 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KSD LINSQVRPEQ-FAHGVPDLALKDIACSEALLERFIIFSQRRGAKTVRYALCSLSQGTLQW .. ..: .. : .: .: : .. :. . :..: . : . : ::.: . : XP_005 MLRADVILHKVFLQGY-QLHLTSL-CNGSKSEEMIQL----GDQEVS-ELCGLPREKLAA 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KSD IEDTLYANVDFFK-LFRVLPTLLDSRSQGINLRSWGGILSDMSPRIQEFIHRPSMQDLLW : .: .:.:..: ..:.: . :. . .. .: ... ::.. : .:. XP_005 AERVLRSNMDILKPILRTLNSTSPFPSKELA-EATKTLLHSLGTLAQELFSMRSWSDMRQ 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KSD VTRPLMQNGGPETFTKLMGILSDLLCGYPEGGGSRVLSFNWYEDNNYKAFLGIDSTRKDP . : . .. . :... .: ..::.::::: .. :.::::::::::..: ..:..: XP_005 EVMFLTNVNSSSSSTQIYQAVSRIVCGHPEGGGLKIKSLNWYEDNNYKALFGGNGTEEDA 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KSD IYSYDRRTTSFCNALIQSLESNPLTKIAWRAAKPLLMGKILYTPDSPAARRILKNANSTF :: :: .:: :...:::.::..: :.: ::::.::::::::.::.:... ..:.:: XP_005 ETFYDNSTTPYCNDLMKNLESSPLSRIIWKALKPLLVGKILYTPDTPATRQVMAEVNKTF 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KSD EELEHVRKLVKAWEEVGPQIWYFFDNSTQMNMIRDTLGNPTVKDFLNRQLGEEGITAEAI .:: . : :::..:.:: :..:: .:...: : . : ..:: ::. : XP_005 QELAVFHDLEGMWEELSPKIWTFMENSQEMDLVRMLLDSRDNDHFWEQQLDGLDWTAQDI 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KSD LNFLYKGPRESQADDMANFDWRDIFNITDRTLRLVNQYLECLVLDKFESYNDETQLTQRA . :: : :.. :... . . ::. :: :....: .....::. :.:.: :. : ... 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XP_005 MTLAWIYSVAVIIKGIVYEKEARLKETMRIMGLDNSILWFSWFISSLIPLLVSAGLLVVI 650 660 670 680 690 700 720 730 740 750 760 770 pF1KSD IMHGRILHYSDPFILFLFLLAFSTATIMLCFLLSTFFSKASLAAACSGVIYFTLYLPHIL . : .: :::: ..:.:: .:...::. :::.::.::.:.:::::.:.::::::::..: XP_005 LKLGNLLPYSDPSVVFVFLSVFAVVTILQCFLISTLFSRANLAAACGGIIYFTLYLPYVL 710 720 730 740 750 760 780 790 800 810 820 830 pF1KSD CFAWQDRMTAELKKAVSLLSPVAFGFGTEYLVRFEEQGLGLQWSNIGNSPTEGDEFSFLL : :::: . :: .::::::::::: ::.. :::::.:.::.:. .::.: : :.. XP_005 CVAWQDYVGFTLKIFASLLSPVAFGFGCEYFALFEEQGIGVQWDNLFESPVEEDGFNLTT 770 780 790 800 810 820 840 850 860 870 880 890 pF1KSD SMQMMLLDAAVYGLLAWYLDQVFPGDYGTPLPWYFLLQESYWLGGEGCSTREERALEKTE :..:::.:. .::...::.. ::::.:: : :::: .:::.: :.. ::.. 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XP_005 RSRKGFFAQIVLPAVFVCIALVFSLIVPPFGKYPSLELQPWMYNEQYTFVSNDAPEDTGT 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KSD TVLADVLLNKPGFGNRCLKEGWLPEYPC-GNSTPWKTPSVSPNITQLFQKQKWTQVNPSP : ..: . ::::.::.. . .:. :: .. : : : .: .:::. .::. :::: XP_005 LELLNALTKDPGFGTRCMEGNPIPDTPCQAGEEEWTTAPVPQTIMDLFQNGNWTMQNPSP 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KSD SCRCSTREKLTMLPECPEGAGGLPPPQRTQRSTEILQDLTDRNISDFLVKTYPALIRSSL .:.::. . ::: :: :::::::::: : ...:::::: :::::.::::: .: .:: XP_005 ACQCSSDKIKKMLPVCPPGAGGLPPPQRKQNTADILQDLTGRNISDYLVKTYVQIIAKSL 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1550 1560 1570 1580 1590 1600 pF1KSD KSKFWVNEQRYGGISIG-GKLPVVPITGEALVGFLSDLGRIMNVSGGPITREASKEIPDF :.:.:::: ::::.:.: .. ..: . : . .... . .... . . . . : XP_005 KNKIWVNEFRYGGFSLGVSNTQALPPSQE-VNDAIKQMKKHLKLAKDSSADRFLNSLGRF 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1610 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KSD LKHLETEDNIKVWFNNKGWHALVSFLNVAHNAILRASLPKDRSPEEYGITVISQPLNLTK . :.:..:.:::::::::::. ::::: .::::::.: : ..: .::::....:::::: XP_005 MTGLDTKNNVKVWFNNKGWHAISSFLNVINNAILRANLQKGENPSHYGITAFNHPLNLTK 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1670 1680 1690 1700 1710 1720 pF1KSD EQLSEITVLTTSVDAVVAICVIFSMSFVPASFVLYLIQERVNKSKHLQFISGVSPTTYWV .::::....:::::..:.:::::.:::::::::..::::::.:.:::::::::.:. ::. 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XP_005 IDMVKNQAMADALERFGENRFVSPLSWDLVGRNLFAMAVEGVVFFLITVLIQYRFFIRPR 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1910 1920 1930 1940 1950 1960 pF1KSD IAEPTKEPIVDEDDDVAEERQRIITGGNKTDILRLHELTKIYPGTSSPAVDRLCVGVRPG .. :. :::.:: .:::::. ::...:::...:::::: .:::::.:::. :: XP_005 PVNAKLSPLNDEDEDVRRERQRILDGGGQNDILEIKELTKIYRRKRKPAVDRICVGIPPG 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1970 1980 1990 2000 2010 2020 pF1KSD ECFGLLGVNGAGKTTTFKMLTGDTTVTSGDATVAGKSILTNISEVHQNMGYCPQFDAIDE :::::::::::::..:::::::::::: ::: . .:::.:: ::::::::::::::: : XP_005 ECFGLLGVNGAGKSSTFKMLTGDTTVTRGDAFLNKNSILSNIHEVHQNMGYCPQFDAITE 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2030 2040 2050 2060 2070 2080 pF1KSD LLTGREHLYLYARLRGVPAEEIEKVANWSIKSLGLTVYADCLAGTYSGGNKRKLSTAIAL :::::::. ..: ::::: .:. ::..:.:..:::. :.. ::.::::::::::::.:: XP_005 LLTGREHVEFFALLRGVPEKEVGKVGEWAIRKLGLVKYGEKYAGNYSGGNKRKLSTAMAL 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2090 2100 2110 2120 2130 2140 pF1KSD IGCPPLVLLDEPTTGMDPQARRMLWNVIVSIIREGRAVVLTSHSMEECEALCTRLAIMVK :: ::.:.::::::::::.:::.::: .:...:::.:::::::::::::::::.::::. 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XP_016 MACWPQLRLLLWKNLTFRRRQTRVLSHSLPRWANNALSNLEIIFNAQCQLLLEVAWPLFI 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KSD FLVLIWLRNANPLYSHHECHFPNKAMPSAGMLPWLQGIFCNVNNPCFQSPTPGESPGIVS ::.:: .: . : : .:::::::::::::: :::.:::.::.:::::. :::::.::.:. XP_016 FLILISVRLSYPPYEQHECHFPNKAMPSAGTLPWVQGIICNANNPCFRYPTPGEAPGVVG 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KSD NYNNSILARVYRDFQELLMNAPESQHLGRIWTELHILSQFMDTLRTHPERIAGRGIRIRD :.:.::.::.. : ..::. . .. . . :. :.:. . .. .....: XP_016 NFNKSIVARLFSDARRLLLYSQKDTSMKDMRKVLRTLQQI---------KKSSSNLKLQD 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KSD ILKDEETLTLFLIKNIGLSDSVVYLLINSQVRPEQ-FAHGVPDLALKDIACSEALLERFI .: :.::.. :: .:..: :.: .. ..: .. : .: .: : .. :. . :..: XP_016 FLVDNETFSGFLYHNLSLPKSTVDKMLRADVILHKVFLQGY-QLHLTSL-CNGSKSEEMI 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KSD IFSQRRGAKTVRYALCSLSQGTLQWIEDTLYANVDFFK-LFRVLPTLLDSRSQGINLRSW . : . : ::.: . : : .: .:.:..: ..:.: . :. . .. XP_016 QL----GDQEVS-ELCGLPREKLAAAERVLRSNMDILKPILRTLNSTSPFPSKELA-EAT 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KSD GGILSDMSPRIQEFIHRPSMQDLLWVTRPLMQNGGPETFTKLMGILSDLLCGYPEGGGSR .: ... ::.. : .:. . : . .. . :... .: ..::.::::: . XP_016 KTLLHSLGTLAQELFSMRSWSDMRQEVMFLTNVNSSSSSTQIYQAVSRIVCGHPEGGGLK 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KSD VLSFNWYEDNNYKAFLGIDSTRKDPIYSYDRRTTSFCNALIQSLESNPLTKIAWRAAKPL . :.::::::::::..: ..:..: :: :: .:: :...:::.::..: :.: ::: XP_016 IKSLNWYEDNNYKALFGGNGTEEDAETFYDNSTTPYCNDLMKNLESSPLSRIIWKALKPL 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KSD LMGKILYTPDSPAARRILKNANSTFEELEHVRKLVKAWEEVGPQIWYFFDNSTQMNMIRD :.::::::::.::.:... ..:.::.:: . : :::..:.:: :..:: .:...: XP_016 LVGKILYTPDTPATRQVMAEVNKTFQELAVFHDLEGMWEELSPKIWTFMENSQEMDLVRM 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KSD TLGNPTVKDFLNRQLGEEGITAEAILNFLYKGPRESQADDMANFDWRDIFNITDRTLRLV : . : ..:: ::. :. :: : :.. :... . . ::. :: :....: . 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XP_016 LQDLTGRNISDYLVKTYVQIIAKSLKNKIWVNEFRYGGFSLGVSNTQALPPSQE-VNDAI 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KSD SDLGRIMNVSGGPITREASKEIPDFLKHLETEDNIKVWFNNKGWHALVSFLNVAHNAILR ... . .... . . . . :. :.:..:.:::::::::::. ::::: .::::: XP_016 KQMKKHLKLAKDSSADRFLNSLGRFMTGLDTKNNVKVWFNNKGWHAISSFLNVINNAILR 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KSD ASLPKDRSPEEYGITVISQPLNLTKEQLSEITVLTTSVDAVVAICVIFSMSFVPASFVLY :.: : ..: .::::....::::::.::::....:::::..:.:::::.:::::::::.. 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XP_016 QL----GDQEVS-ELCGLPREKLAAAERVLRSNMDILKPILRTLNSTSPFPSKELA-EAT 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KSD GGILSDMSPRIQEFIHRPSMQDLLWVTRPLMQNGGPETFTKLMGILSDLLCGYPEGGGSR .: ... ::.. : .:. . : . .. . :... .: ..::.::::: . XP_016 KTLLHSLGTLAQELFSMRSWSDMRQEVMFLTNVNSSSSSTQIYQAVSRIVCGHPEGGGLK 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KSD VLSFNWYEDNNYKAFLGIDSTRKDPIYSYDRRTTSFCNALIQSLESNPLTKIAWRAAKPL . :.::::::::::..: ..:..: :: :: .:: :...:::.::..: :.: ::: XP_016 IKSLNWYEDNNYKALFGGNGTEEDAETFYDNSTTPYCNDLMKNLESSPLSRIIWKALKPL 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KSD LMGKILYTPDSPAARRILKNANSTFEELEHVRKLVKAWEEVGPQIWYFFDNSTQMNMIRD :.::::::::.::.:... ..:.::.:: . : :::..:.:: :..:: .:...: XP_016 LVGKILYTPDTPATRQVMAEVNKTFQELAVFHDLEGMWEELSPKIWTFMENSQEMDLVRM 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KSD TLGNPTVKDFLNRQLGEEGITAEAILNFLYKGPRESQADDMANFDWRDIFNITDRTLRLV : . : ..:: ::. :. :: : :.. :... . . ::. :: :....: . 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