Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDB2506
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB2506, 403 aa
1>>>pF1KSDB2506 403 - 403 aa - 403 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6119+/-0.000938; mu= 15.8813+/- 0.056
mean_var=77.8242+/-15.655, 0's: 0 Z-trim(106.3): 29 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.145384
statistics sampled from 8902 (8929) to 8902 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.274), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10581.1 GPRC5B gene_id:51704|Hs108|chr16 ( 403) 2696 575.1 4e-164
CCDS8658.1 GPRC5D gene_id:55507|Hs108|chr12 ( 345) 671 150.3 2.6e-36
CCDS8657.1 GPRC5A gene_id:9052|Hs108|chr12 ( 357) 652 146.3 4.2e-35
CCDS42378.1 GPRC5C gene_id:55890|Hs108|chr17 ( 453) 541 123.1 5.1e-28
CCDS11699.1 GPRC5C gene_id:55890|Hs108|chr17 ( 486) 541 123.1 5.4e-28
>>CCDS10581.1 GPRC5B gene_id:51704|Hs108|chr16 (403 aa)
initn: 2696 init1: 2696 opt: 2696 Z-score: 3060.0 bits: 575.1 E(32554): 4e-164
Smith-Waterman score: 2696; 100.0% identity (100.0% similar) in 403 aa overlap (1-403:1-403)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MFVASERKMRAHQVLTFLLLFVITSVASENASTSRGCGLDLLPQYVSLCDLDAIWGIVVE
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CCDS10 MFVASERKMRAHQVLTFLLLFVITSVASENASTSRGCGLDLLPQYVSLCDLDAIWGIVVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AVAGAGALITLLLMLILLVRLPFIKEKEKKSPVGLHFLFLLGTLGLFGLTFAFIIQEDET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AVAGAGALITLLLMLILLVRLPFIKEKEKKSPVGLHFLFLLGTLGLFGLTFAFIIQEDET
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD ICSVRRFLWGVLFALCFSCLLSQAWRVRRLVRHGTGPAGWQLVGLALCLMLVQVIIAVEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ICSVRRFLWGVLFALCFSCLLSQAWRVRRLVRHGTGPAGWQLVGLALCLMLVQVIIAVEW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD LVLTVLRDTRPACAYEPMDFVMALIYDMVLLVVTLGLALFTLCGKFKRWKLNGAFLLITA
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CCDS10 LVLTVLRDTRPACAYEPMDFVMALIYDMVLLVVTLGLALFTLCGKFKRWKLNGAFLLITA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD FLSVLIWVAWMTMYLFGNVKLQQGDAWNDPTLAITLAASGWVFVIFHAIPEIHCTLLPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 FLSVLIWVAWMTMYLFGNVKLQQGDAWNDPTLAITLAASGWVFVIFHAIPEIHCTLLPAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD QENTPNYFDTSQPRMRETAFEEDVQLPRAYMENKAFSMDEHNAALRTAGFPNGSLGKRPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QENTPNYFDTSQPRMRETAFEEDVQLPRAYMENKAFSMDEHNAALRTAGFPNGSLGKRPS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KSD GSLGKRPSAPFRSNVYQPTEMAVVLNGGTIPTAPPSHTGRHLW
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GSLGKRPSAPFRSNVYQPTEMAVVLNGGTIPTAPPSHTGRHLW
370 380 390 400
>>CCDS8658.1 GPRC5D gene_id:55507|Hs108|chr12 (345 aa)
initn: 638 init1: 360 opt: 671 Z-score: 765.5 bits: 150.3 E(32554): 2.6e-36
Smith-Waterman score: 671; 35.2% identity (67.3% similar) in 324 aa overlap (35-351:3-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD SERKMRAHQVLTFLLLFVITSVASENASTSRGCGLDLLPQYVSLCDLDAIWGIVVEAVAG
. : .. .: ::: .. :::..:..:
CCDS86 MYKDC-IESTGDYFLLCDAEGPWGIILESLAI
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD AGALITLLLMLILLVRLPFIKEKEKKSPVGLHFLFLLGTLGLFGLTFAFIIQEDETICSV
: ..:.::.: .: . :.. . . . ..::::..::::::.:::::. .. :
CCDS86 LGIVVTILLLLAFLFLMRKIQDCSQWNVLPTQLLFLLSVLGLFGLAFAFIIELNQQTAPV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RRFLWGVLFALCFSCLLSQAWRVRRLVRHGTGPAGWQLV-GLALCLMLVQVIIAVEWLVL
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CCDS86 RYFLFGVLFALCFSCLLAHASNLVKLVR-GCVSFSWTTILCIAIGCSLLQIIIATEYVTL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KSD TVLR-----DTRPACAYEPMDFVMALIYDMVLLVVTLGLALFTLCGKFKRWKLNGAFLLI
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CCDS86 IMTRGMMFVNMTP-CQLN-VDFVVLLVYVLFLMALTFFVSKATFCGPCENWKQHGRLIFI
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280 290
pF1KSD TAFLSVLIWVAWMTMYLFGNVKLQQGDAWNDPTLAITLAASGWVFVIFHAIPEIHCTLLP
:...:..:::.:..: : :: ..:. :.::.. :.:....:::.... .::. : :
CCDS86 TVLFSIIIWVVWISMLLRGNPQFQRQPQWDDPVVCIALVTNAWVFLLLYIVPEL-CILYR
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KSD ALQENTPNYFDTSQPRMRETAFE-EDVQLPRAYMENKAFSMDEHNAALRTAGFPNGSLGK
. ... : .. . .:. :. .: :: . : :...:: . : :
CCDS86 SCRQECPLQGNACPVTAYQHSFQVENQELSRARDSDGA----EEDVALTSYGTPIQPQTV
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400
pF1KSD RPSGSLGKRPSAPFRSNVYQPTEMAVVLNGGTIPTAPPSHTGRHLW
CCDS86 DPTQECFIPQAKLSPQQDAGGV
330 340
>>CCDS8657.1 GPRC5A gene_id:9052|Hs108|chr12 (357 aa)
initn: 586 init1: 404 opt: 652 Z-score: 743.8 bits: 146.3 E(32554): 4.2e-35
Smith-Waterman score: 670; 37.4% identity (66.4% similar) in 321 aa overlap (36-349:8-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD ERKMRAHQVLTFLLLFVITSVASENASTSRGCGLDLLPQYVSLCDLDAIWGIVVEAVAGA
:: : .: ::: ::::.:.:: :
CCDS86 MATTVPDGCRNGLKSKYYRLCDKAEAWGIVLETVATA
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KSD GALITLLLMLILLVRLPFIKEKEKKSPVGLHFLFLLGTLGLFGLTFAFIIQEDETICSVR
:.. .. .:: : . . ........ . .::::::.::.::::::::: : . .:
CCDS86 GVVTSVAFMLTLPILVCKVQDSNRRKMLPTQFLFLLGVLGIFGLTFAFIIGLDGSTGPTR
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KSD RFLWGVLFALCFSCLLSQAWRVRRLVRHGTGPAGWQLV-GLALCLMLVQVIIAVEWLVLT
::.:.::..::::::..: . .::: : : . .. :::. . ::: .::.:..:::
CCDS86 FFLFGILFSICFSCLLAHAVSLTKLVR-GRKPLSLLVILGLAVGFSLVQDVIAIEYIVLT
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KSD VLRD-----TRPACAYEPMDFVMALIYDMVLLVVTLGLALFTLCGKFKRWKLNGAFLLIT
. : .. . . :::. : : . :...:. .. ::.::.: :: .:: . .:
CCDS86 MNRTNVNVFSELSAPRRNEDFVLLLTYVLFLMALTFLMSSFTFCGSFTGWKRHGAHIYLT
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KSD AFLSVLIWVAWMTMYLFGNVKLQQGDAWNDPTLAITLAASGWVFVIFHAIPEIHCTLLPA
.::. :::::.:. .. . . :.: :. .:::.::::.. .. ::. : .
CCDS86 MLLSIAIWVAWITLLMLPDFDRR----WDDTILSSALAANGWVFLLAYVSPEF---WLLT
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KSD LQENTPNYFDTSQPRMRETAFEEDVQLPRAY-MENKAFSMDEHNAALRTAGFPNGSLGKR
:.: .: : : :: . . ..: .::.:.:..: . ... .:
CCDS86 KQRNPMDY-----PV--EDAFCKPQLVKKSYGVENRAYSQEEITQGFEETGDTLYAPYST
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400
pF1KSD PSGSLGKRPSAPFRSNVYQPTEMAVVLNGGTIPTAPPSHTGRHLW
CCDS86 HFQLQNQPPQKEFSIPRAHAWPSPYKDYEVKKEGS
330 340 350
>>CCDS42378.1 GPRC5C gene_id:55890|Hs108|chr17 (453 aa)
initn: 944 init1: 534 opt: 541 Z-score: 616.4 bits: 123.1 E(32554): 5.1e-28
Smith-Waterman score: 945; 40.5% identity (68.9% similar) in 395 aa overlap (8-384:12-390)
10 20 30 40 50
pF1KSD MFVASERKMRAHQVLTFLL---LFVITSVASENASTSRGCGLDLLPQYVSLCDLDA
.: :..:.. : ::.. .. ... . ::. : : : .::: ..
CCDS42 MGTQPEPGLGARMAIHKALVMCLGLPLFLFPGAWAQG-HVPPGCSQGLNPLYYNLCDRSG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KSD IWGIVVEAVAGAGALITLLLMLILLVRLPFIKEKEKKSPVGLHFLFLLGTLGLFGLTFAF
::::.::::::: . :..: .::.. :::... .:.: .: . .::::::::: :.::
CCDS42 AWGIVLEAVAGAGIVTTFVLTIILVASLPFVQDTKKRSLLGTQVFFLLGTLGLFCLVFAC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KSD IIQEDETICSVRRFLWGVLFALCFSCLLSQAWRVRRLVRHGTGPAGWQLVGLALCLMLVQ
... : . :. ::::.:::::.::::: .... . :.:.. :: :: . .:: : ::.
CCDS42 VVKPDFSTCASRRFLFGVLFAICFSCLAAHVFALNFLARKNHGPRGWVIFTVALLLTLVE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210
pF1KSD VIIAVEWLVLTVLRDTRPA---------------CAYEPMDFVMALIYDMVLLVVTLGLA
::: .:::..:..: . . :: ::::::::: :.::. .. :
CCDS42 VIINTEWLIITLVRGSGEGGPQGNSSAGWAVASPCAIANMDFVMALIYVMLLLLGAFLGA
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KSD LFTLCGKFKRWKLNGAFLLITAFLSVLIWVAWMTMYLFGNVKLQQGDAWNDPTLAITLAA
.:::..:::. .:.:.:.:. :: :::.:..:: .:: : ... .:.::::::.:::
CCDS42 WPALCGRYKRWRKHGVFVLLTTATSVAIWVVWIVMYTYGN-KQHNSPTWDDPTLAIALAA
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KSD SGWVFVIFHAIPEIHCTLLPALQENTPNYFDTSQPRMRETAFEEDVQLPRAYMENKAFSM
..:.::.:..:::. . . ... . . .. :: ..:. . ..:::::::
CCDS42 NAWAFVLFYVIPEVSQVTKSSPEQSYQGDMYPTRGVGYETILKEQ-KGQSMFVENKAFSM
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KSD DEHNAALRTAGFPNGSLGKRPSGSLGKRPSAPFRSNVYQPTEMAVVLNGGTIPTAPPSHT
:: :: : .. .: :. . ..::::::::..
CCDS42 DEPVAAKRPVSPYSGYNGQ-------------LLTSVYQPTEMALMHKVPSEGAYDIILP
360 370 380 390 400
400
pF1KSD GRHLW
CCDS42 RATANSQVMGSANSTLRAEDMYSAQSHQAATPPKDGKNSQVFRNPYVWD
410 420 430 440 450
>>CCDS11699.1 GPRC5C gene_id:55890|Hs108|chr17 (486 aa)
initn: 944 init1: 534 opt: 541 Z-score: 616.0 bits: 123.1 E(32554): 5.4e-28
Smith-Waterman score: 945; 40.5% identity (68.9% similar) in 395 aa overlap (8-384:45-423)
10 20 30
pF1KSD MFVASERKMRAHQVLTFLL---LFVITSVASENASTS
.: :..:.. : ::.. .. ... .
CCDS11 QGQKLPSPSPAGKYESAQPGGTQPEPGLGARMAIHKALVMCLGLPLFLFPGAWAQG-HVP
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KSD RGCGLDLLPQYVSLCDLDAIWGIVVEAVAGAGALITLLLMLILLVRLPFIKEKEKKSPVG
::. : : : .::: .. ::::.::::::: . :..: .::.. :::... .:.: .:
CCDS11 PGCSQGLNPLYYNLCDRSGAWGIVLEAVAGAGIVTTFVLTIILVASLPFVQDTKKRSLLG
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KSD LHFLFLLGTLGLFGLTFAFIIQEDETICSVRRFLWGVLFALCFSCLLSQAWRVRRLVRHG
. .::::::::: :.:: ... : . :. ::::.:::::.::::: .... . :.:..
CCDS11 TQVFFLLGTLGLFCLVFACVVKPDFSTCASRRFLFGVLFAICFSCLAAHVFALNFLARKN
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190
pF1KSD TGPAGWQLVGLALCLMLVQVIIAVEWLVLTVLRDTRPA---------------CAYEPMD
:: :: . .:: : ::.::: .:::..:..: . . :: ::
CCDS11 HGPRGWVIFTVALLLTLVEVIINTEWLIITLVRGSGEGGPQGNSSAGWAVASPCAIANMD
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KSD FVMALIYDMVLLVVTLGLALFTLCGKFKRWKLNGAFLLITAFLSVLIWVAWMTMYLFGNV
::::::: :.::. .. : .:::..:::. .:.:.:.:. :: :::.:..:: .::
CCDS11 FVMALIYVMLLLLGAFLGAWPALCGRYKRWRKHGVFVLLTTATSVAIWVVWIVMYTYGN-
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300 310
pF1KSD KLQQGDAWNDPTLAITLAASGWVFVIFHAIPEIHCTLLPALQENTPNYFDTSQPRMRETA
: ... .:.::::::.:::..:.::.:..:::. . . ... . . .. ::
CCDS11 KQHNSPTWDDPTLAIALAANAWAFVLFYVIPEVSQVTKSSPEQSYQGDMYPTRGVGYETI
320 330 340 350 360 370
320 330 340 350 360 370
pF1KSD FEEDVQLPRAYMENKAFSMDEHNAALRTAGFPNGSLGKRPSGSLGKRPSAPFRSNVYQPT
..:. . ..::::::::: :: : .. .: :. . ..:::::
CCDS11 LKEQ-KGQSMFVENKAFSMDEPVAAKRPVSPYSGYNGQ-------------LLTSVYQPT
380 390 400 410
380 390 400
pF1KSD EMAVVLNGGTIPTAPPSHTGRHLW
:::..
CCDS11 EMALMHKVPSEGAYDIILPRATANSQVMGSANSTLRAEDMYSAQSHQAATPPKDGKNSQV
420 430 440 450 460 470
403 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 08:43:01 2016 done: Thu Nov 3 08:43:02 2016
Total Scan time: 2.900 Total Display time: 0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]