Result of FASTA (omim) for
pF1KSDB3041
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDB3041, 1232 aa
1>>>pF1KSDB3041 1232 - 1232 aa - 1232 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.5714+/-0.000595; mu= -23.3570+/- 0.036
mean_var=567.1647+/-118.461, 0's: 0 Z-trim(117.1): 579 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.053854
statistics sampled from 28294 (28896) to 28294 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.658), E-opt: 0.2 (0.339), width: 16
Scan time: 17.840
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_036442 (OMIM: 300521,300923) chromosome-associa (1232) 7922 632.2 6.4e-180
NP_001092763 (OMIM: 609184) chromosome-associated (1234) 7456 596.0 5.1e-169
XP_016863148 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2551) 1145 105.9 3.6e-21
XP_011529851 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2553) 1145 105.9 3.6e-21
XP_011529850 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2604) 1145 105.9 3.7e-21
XP_011529849 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2605) 1145 105.9 3.7e-21
XP_011529848 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2633) 1145 105.9 3.7e-21
XP_011529847 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2648) 1145 105.9 3.7e-21
NP_001804 (OMIM: 117143,616051) centromere-associa (2701) 1145 105.9 3.8e-21
NP_940927 (OMIM: 200990,607131,611254,614120) kine (1343) 1029 96.7 1.1e-18
XP_011519833 (OMIM: 200990,607131,611254,614120) P (1384) 1029 96.7 1.2e-18
XP_005246008 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 984) 1020 95.9 1.4e-18
XP_005246007 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 985) 1020 95.9 1.4e-18
XP_011540147 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 992) 1020 95.9 1.4e-18
XP_011540146 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 997) 1020 95.9 1.4e-18
XP_011540145 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1017) 1020 95.9 1.5e-18
NP_001116291 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K (1028) 1020 95.9 1.5e-18
NP_065867 (OMIM: 605037) kinesin-like protein KIF1 (1029) 1020 95.9 1.5e-18
XP_011540144 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1031) 1020 95.9 1.5e-18
XP_011540143 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1038) 1020 95.9 1.5e-18
XP_011540142 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1042) 1020 95.9 1.5e-18
XP_011540141 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1043) 1020 95.9 1.5e-18
XP_011540140 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1062) 1020 95.9 1.5e-18
XP_011540139 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1063) 1020 95.9 1.5e-18
XP_016864484 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 700) 1002 94.4 2.9e-18
NP_001287721 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 702) 1002 94.4 2.9e-18
XP_016864485 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 697) 991 93.5 5.2e-18
NP_008985 (OMIM: 604683) kinesin-like protein KIF3 ( 699) 991 93.5 5.2e-18
XP_006714589 (OMIM: 604683) PREDICTED: kinesin-lik ( 724) 982 92.8 8.7e-18
NP_001287720 (OMIM: 604683) kinesin-like protein K ( 726) 982 92.8 8.7e-18
NP_001273663 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2580) 991 93.9 1.5e-17
XP_011529846 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2676) 991 93.9 1.5e-17
XP_016859551 (OMIM: 604593,615282) PREDICTED: kine ( 957) 950 90.4 6.1e-17
NP_004513 (OMIM: 604593,615282) kinesin heavy chai ( 957) 950 90.4 6.1e-17
NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3 ( 747) 944 89.9 6.9e-17
NP_904325 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1153) 918 88.0 3.9e-16
NP_055889 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1770) 914 87.8 6.8e-16
NP_004975 (OMIM: 602821,604187) kinesin heavy chai (1032) 899 86.5 1e-15
NP_004512 (OMIM: 602809) kinesin-1 heavy chain [Ho ( 963) 894 86.1 1.2e-15
XP_016870394 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1361) 891 85.9 1.9e-15
XP_011517158 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1162) 883 85.3 2.6e-15
XP_011517151 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1427) 883 85.3 3.1e-15
XP_016870391 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1427) 883 85.3 3.1e-15
XP_016870389 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1427) 883 85.3 3.1e-15
XP_016870390 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1427) 883 85.3 3.1e-15
XP_011517152 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1427) 883 85.3 3.1e-15
XP_011517150 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1427) 883 85.3 3.1e-15
XP_016870395 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1355) 878 84.9 3.9e-15
XP_016870396 (OMIM: 611253) PREDICTED: kinesin-lik (1335) 857 83.3 1.2e-14
NP_001258856 (OMIM: 611253) kinesin-like protein K (1335) 857 83.3 1.2e-14
>>NP_036442 (OMIM: 300521,300923) chromosome-associated (1232 aa)
initn: 7922 init1: 7922 opt: 7922 Z-score: 3351.1 bits: 632.2 E(85289): 6.4e-180
Smith-Waterman score: 7922; 99.9% identity (99.9% similar) in 1232 aa overlap (1-1232:1-1232)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKEEVKGIPVRVALRCRPLVPKEISEGCQMCLSFVPGEPQVVVGTDKSFTYDFVFDPSTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MKEEVKGIPVRVALRCRPLVPKEISEGCQMCLSFVPGEPQVVVGTDKSFTYDFVFDPSTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QEEVFNTAVAPLIKGVFKGYNATVLAYGQTGSGKTYSMGGAYTAEQENEPTVGVIPRVIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 QEEVFNTAVAPLIKGVFKGYNATVLAYGQTGSGKTYSMGGAYTAEQENEPTVGVIPRVIQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LLFKEIDKKSDFEFTLKVSYLEIYNEEILDLLCPSREKAQINIREDPKEGIKIVGLTEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LLFKEIDKKSDFEFTLKVSYLEIYNEEILDLLCPSREKAQINIREDPKEGIKIVGLTEKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VLVALDTVSCLEQGNNSRTVASTAMNSQSSRSHAIFTISLEQRKKSDKNSSFRSKLHLVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 VLVALDTVSCLEQGNNSRTVASTAMNSQSSRSHAIFTISLEQRKKSDKNSSFRSKLHLVD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LAGSERQKKTKAEGDRLKEGININRGLLCLGNVISALGDDKKGGFVPYRDSKLTRLLQDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LAGSERQKKTKAEGDRLKEGININRGLLCLGNVISALGDDKKGGFVPYRDSKLTRLLQDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LGGNSHTLMIACVSPADSNLEETLNTLRYADRARKIKNKPIVNIDPQTAELNHLKQQVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LGGNSHTLMIACVSPADSNLEETLNTLRYADRARKIKNKPIVNIDPQTAELNHLKQQVQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LQVLLLQAHGGTLPGSITVEPSENLQSLMEKNQSLVEENEKLSRGLSEAAGQTAQMLERI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LQVLLLQAHGGTLPGSITVEPSENLQSLMEKNQSLVEENEKLSRGLSEAAGQTAQMLERI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD IWTEQANEKMNAKLEELRQHAACKLDLQKLVETLEDQELKENVEIICNLQQLITQLSDET
: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 ILTEQANEKMNAKLEELRQHAACKLDLQKLVETLEDQELKENVEIICNLQQLITQLSDET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VACMAAAIDTAVEQEAQVETSPETSRSSDAFTTQHALRQAQMSKELVELNKALALKEALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 VACMAAAIDTAVEQEAQVETSPETSRSSDAFTTQHALRQAQMSKELVELNKALALKEALA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKMTQNDSQLQPIQYQYQDNIKELELEVINLQKEKEELVLELQTAKKDANQAKLSERRRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 RKMTQNDSQLQPIQYQYQDNIKELELEVINLQKEKEELVLELQTAKKDANQAKLSERRRK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLQELEGQIADLKKKLNEQSKLLKLKESTERTVSKLNQEIRMMKNQRVQLMRQMKEDAEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 RLQELEGQIADLKKKLNEQSKLLKLKESTERTVSKLNQEIRMMKNQRVQLMRQMKEDAEK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FRQWKQKKDKEVIQLKERDRKRQYELLKLERNFQKQSNVLRRKTEEAAAANKRLKDALQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 FRQWKQKKDKEVIQLKERDRKRQYELLKLERNFQKQSNVLRRKTEEAAAANKRLKDALQK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD QREVADKRKETQSRGMEGTAARVKNWLGNEIEVMVSTEEAKRHLNDLLEDRKILAQDVAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 QREVADKRKETQSRGMEGTAARVKNWLGNEIEVMVSTEEAKRHLNDLLEDRKILAQDVAQ
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KSD LKEKKESGENPPPKLRRRTFSLTEVRGQVSESEDSITKQIESLETEMEFRSAQIADLQQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LKEKKESGENPPPKLRRRTFSLTEVRGQVSESEDSITKQIESLETEMEFRSAQIADLQQK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KSD LLDAESEDRPKQRWENIATILEAKCALKYLIGELVSSKIQVSKLESSLKQSKTSCADMQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 LLDAESEDRPKQRWENIATILEAKCALKYLIGELVSSKIQVSKLESSLKQSKTSCADMQK
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KSD MLFEERNHFAEIETELQAELVRMEQQHQEKVLYLLSQLQQSQMAEKQLEESVSEKEQQLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 MLFEERNHFAEIETELQAELVRMEQQHQEKVLYLLSQLQQSQMAEKQLEESVSEKEQQLL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KSD STLKCQDEELEKMREVCEQNQQLLRENEIIKQKLTLLQVASRQKHLPKDTLLSPDSSFEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 STLKCQDEELEKMREVCEQNQQLLRENEIIKQKLTLLQVASRQKHLPKDTLLSPDSSFEY
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KSD VPPKPKPSRVKEKFLEQSMDIEDLKYCSEHSVNEHEDGDGDDDEGDDEEWKPTKLVKVSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 VPPKPKPSRVKEKFLEQSMDIEDLKYCSEHSVNEHEDGDGDDDEGDDEEWKPTKLVKVSR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KSD KNIQGCSCKGWCGNKQCGCRKQKSDCGVDCCCDPTKCRNRQQGKDSLGTVERTQDSEGSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KNIQGCSCKGWCGNKQCGCRKQKSDCGVDCCCDPTKCRNRQQGKDSLGTVERTQDSEGSF
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KSD KLEDPTEVTPGLSFFNPVCATPNSKILKEMCDVEQVLSKKTPPAPSPFDLPELKHVATEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 KLEDPTEVTPGLSFFNPVCATPNSKILKEMCDVEQVLSKKTPPAPSPFDLPELKHVATEY
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230
pF1KSD QENKAPGKKKKRALASNTSFFSGCSPIEEEAH
::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_036 QENKAPGKKKKRALASNTSFFSGCSPIEEEAH
1210 1220 1230
>>NP_001092763 (OMIM: 609184) chromosome-associated kine (1234 aa)
initn: 6323 init1: 6323 opt: 7456 Z-score: 3155.5 bits: 596.0 E(85289): 5.1e-169
Smith-Waterman score: 7456; 93.7% identity (98.0% similar) in 1234 aa overlap (1-1232:1-1234)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MKEEVKGIPVRVALRCRPLVPKEISEGCQMCLSFVPGEPQVVVGTDKSFTYDFVFDPSTE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::: ::
NP_001 MKEEVKGIPVRVALRCRPLVPKEISEGCQMCLSFVPGETQVVVGTDKSFTYDFVFDPCTE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD QEEVFNTAVAPLIKGVFKGYNATVLAYGQTGSGKTYSMGGAYTAEQENEPTVGVIPRVIQ
:::::: ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
NP_001 QEEVFNKAVAPLIKGIFKGYNATVLAYGQTGSGKTYSMGGAYTAEQENEPTVGIIPRVIQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LLFKEIDKKSDFEFTLKVSYLEIYNEEILDLLCPSREKAQINIREDPKEGIKIVGLTEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLFKEIDKKSDFEFTLKVSYLEIYNEEILDLLCPSREKAQINIREDPKEGIKIVGLTEKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD VLVALDTVSCLEQGNNSRTVASTAMNSQSSRSHAIFTISLEQRKKSDKNSSFRSKLHLVD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::: ::::::::::
NP_001 VLVALDTVSCLEQGNNSRTVASTAMNSQSSRSHAIFTISIEQRKKSDKNCSFRSKLHLVD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD LAGSERQKKTKAEGDRLKEGININRGLLCLGNVISALGDDKKGGFVPYRDSKLTRLLQDS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::
NP_001 LAGSERQKKTKAEGDRLKEGININRGLLCLGNVISALGDDKKGSFVPYRDSKLTRLLQDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD LGGNSHTLMIACVSPADSNLEETLNTLRYADRARKIKNKPIVNIDPQTAELNHLKQQVQQ
::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.:::::::::::::
NP_001 LGGNSHTLMIACVSPADSNLEETLSTLRYADRARKIKNKPIVNIDPHTAELNHLKQQVQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LQVLLLQAHGGTLPGSITVEPSENLQSLMEKNQSLVEENEKLSRGLSEAAGQTAQMLERI
:::::::::::::::::..::::::::::::::::::::::::: ::.::::::::::::
NP_001 LQVLLLQAHGGTLPGSINAEPSENLQSLMEKNQSLVEENEKLSRCLSKAAGQTAQMLERI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD IWTEQANEKMNAKLEELRQHAACKLDLQKLVETLEDQELKENVEIICNLQQLITQLSDET
: :::.:::.::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILTEQVNEKLNAKLEELRQHVACKLDLQKLVETLEDQELKENVEIICNLQQLITQLSDET
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD VACMAAAIDTAVEQEAQVETSPETSRSSDAFTTQHALRQAQMSKELVELNKALALKEALA
::: :::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::.::::.::::::::.
NP_001 VACTAAAIDTAVEEEAQVETSPETSRSSDAFTTQHALHQAQMSKEVVELNNALALKEALV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD RKMTQNDSQLQPIQYQYQDNIKELELEVINLQKEKEELVLELQTAKKDANQAKLSERRRK
:::::::.::::::.:::::::.:::::::::::::::: :::::::..:::::::.:.:
NP_001 RKMTQNDNQLQPIQFQYQDNIKNLELEVINLQKEKEELVRELQTAKKNVNQAKLSEHRHK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD RLQELEGQIADLKKKLNEQSKLLKLKESTERTVSKLNQEIRMMKNQRVQLMRQMKEDAEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
NP_001 LLQELEGQIADLKKKLNEQSKLLKLKESTERTVSKLNQEIWMMKNQRVQLMRQMKEDAEK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD FRQWKQKKDKEVIQLKERDRKRQYELLKLERNFQKQSNVLRRKTEEAAAANKRLKDALQK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
NP_001 FRQWKQKKDKEVIQLKERDRKRQYELLKLERNFQKQSSVLRRKTEEAAAANKRLKDALQK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KSD QREVADKRKETQSRGMEGTAARVKNWLGNEIEVMVSTEEAKRHLNDLLEDRKILAQDVAQ
::::.::::::::.: :: ::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
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......:. : .. .: . ...: .:.:... : . .::: :.: : .
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.. : :. .:. : .:: : . .. .. .. : . :.:
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. ..: ..... ..: ..::: : ..: ...: .. : . . .:.. . ::..
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.:. : . . : . . : : :. . ...: .:: ... :. : : . : .:.
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:.. :: . . ..
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360 370 380 390 400
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:: :::. : :::. . :: .. : .: .: ... ..:
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. :.: : . ... :. :. . : ::. ..:. ::. ..: : :.. :
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:. .:.. : . .:
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:... :. : . . .. .: :.: . : :. . :. . .:.:
NP_940 RGEQVTNGREAGAELLTEVNRLGSGSSAASEEEEEEEEPPRRTLHLRRNRISNCSQRAGA
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: ... .. : ::. :. ..:.. : . :. : : :..:.::
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... . ::::. :: .:.: ..:.: :.::: .:. :.:
NP_940 AINI----RMKEELIGELVRTGKAAQALNRQHSQRIRELEQEAEQVRAELSEGQRQ-LRE
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pF1KSD LEG---QIADLKKKLNE--------QSKLLKLKE---STERTVSKLNQ-EIRMMKNQR-V
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NP_940 LEGKELQDAGERSRLQEFRRRVAAAQSQVQVLKEKKQATERLVSLSAQSEKRLQELERNV
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NP_940 AAFQRKRRSGSNGSVVSLEQQQKIEEQKKWLDQE-MEKVLQQRRALEELGEELHKREAIL
890 900 910 920 930 940
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NP_940 AKKEALMQEKTGLESKRLRSSQALNEDIVRVSSRLEHLEKELSEKSGQLRQGSAQSQQQI
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