FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDF0380, 772 aa
1>>>pF1KSDF0380 772 - 772 aa - 772 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4454+/-0.000928; mu= 1.3317+/- 0.056
mean_var=193.7366+/-38.975, 0's: 0 Z-trim(111.8): 35 B-trim: 30 in 1/53
Lambda= 0.092144
statistics sampled from 12687 (12710) to 12687 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16
Scan time: 5.000
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS8876.1 NFE2 gene_id:4778|Hs108|chr12 ( 373) 619 95.0 2.4e-19
>>CCDS11524.1 NFE2L1 gene_id:4779|Hs108|chr17 (772 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TLDGYGIHPKSIDLDNYFTARRLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVHRDPEGSVSGSQPNS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QVPSGEDQTALSLEECLRLLEATCPFGENAEFPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LDSSHSPSSLSSSEGSSSSSSSSSSSSSSASSSASSSFSEEGAVGYSSDSETLDLEEAEG
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550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AVGYQPEYSKFCRMSYQDPAQLSCLPYLEHVGHNHTYNMAPSALDSADLPPPSALKKGSK
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610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EKQADFLDKQMSRDEHRARAMKIPFTNDKIINLPVEEFNELLSKYQLSEAQLSLIRDIRR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RGKNKMAAQNCRKRKLDTILNLERDVEDLQRDKARLLREKVEFLRSLRQMKQKVQSLYQE
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730 740 750 760 770
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK
730 740 750 760 770
>>CCDS82151.1 NFE2L1 gene_id:4779|Hs108|chr17 (761 aa)
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Smith-Waterman score: 4914; 98.6% identity (98.6% similar) in 772 aa overlap (1-772:1-761)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TLDGYGIHPKSIDLDNYFTARRLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVHRDPEGSVSGSQPNS
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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190 200 210 220 230 240
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LTGTESPFDLEQQWQDLMSIMEMQAMEVNTSASEILYSAPPGDPLSTNYSLAPNTPINQN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LDSSHSPSSLSSSEGSSSSSSSSSSSSSSASSSASSSFSEEGAVGYSSDSETLDLEEAEG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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730 740 750 760 770
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK
710 720 730 740 750 760
>>CCDS82150.1 NFE2L1 gene_id:4779|Hs108|chr17 (742 aa)
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MLSLKKYLTEGLLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPPLREIILGPSSAYTQTQFHNLRN
10 20 30 40 50 60
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pF1KSD TLDGYGIHPKSIDLDNYFTARRLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVHRDPEGSVSGSQPNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TLDGYGIHPKSIDLDNYFTARRLLSQVRALDRFQVPTTEVNAWLVHRDPEGSVSGSQPNS
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GLALESSSGLQDVTGPDNGVRESETEQGFGEDLEDLGAVAPPVSGDLTKEDIDLIDILWR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 QDIDLGAGREVFDYSHRQKEQDVEKELRDGGEQDTWAGEGAEALARNLLVDGETGESFPA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD QVPSGEDQTALSLEECLRLLEATCPFGENAEFPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPL
: :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 Q------------------------------FPADISSITEAVPSESEPPALQNNLLSPL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LTGTESPFDLEQQWQDLMSIMEMQAMEVNTSASEILYSAPPGDPLSTNYSLAPNTPINQN
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pF1KSD VSLHQASLGGCSQDFLLFSPEVESLPVASSSTLLPLAPSNSTSLNSTFGSTNLTGLFFPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD QLNGTANDTAGPELPDPLGGLLDEAMLDEISLMDLAIEEGFNPVQASQLEEEFDSDSGLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD LDSSHSPSSLSSSEGSSSSSSSSSSSSSSASSSASSSFSEEGAVGYSSDSETLDLEEAEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AVGYQPEYSKFCRMSYQDPAQLSCLPYLEHVGHNHTYNMAPSALDSADLPPPSALKKGSK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KSD RGKNKMAAQNCRKRKLDTILNLERDVEDLQRDKARLLREKVEFLRSLRQMKQKVQSLYQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RGKNKMAAQNCRKRKLDTILNLERDVEDLQRDKARLLREKVEFLRSLRQMKQKVQSLYQE
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pF1KSD VFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARRQERKPKDRRK
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>>CCDS42782.1 NFE2L2 gene_id:4780|Hs108|chr2 (605 aa)
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Smith-Waterman score: 1048; 35.9% identity (61.9% similar) in 632 aa overlap (161-754:7-597)
140 150 160 170 180 190
pF1KSD QDVTGPDNGVRESETEQGFGEDLEDLGAVAPPVSGDLTKEDIDLIDILWRQDIDLGAGRE
:: : ...:.::::::::::::::..::
CCDS42 MMDLELPP-PGLPSQQDMDLIDILWRQDIDLGVSRE
10 20 30
200 210 220 230 240
pF1KSD VFDYSHRQKEQDVEKELRDGGE-QDTWAGEGAEALARNLLVDGETGESFPAQVPSGEDQT
:::.:.:.:: ..::. . : :. : .:. .: .: :::: .: : :. . :.
CCDS42 VFDFSQRRKEYELEKQKKLEKERQEQLQKEQEKAFFAQLQLDEETGEFLPIQ-PAQHIQS
40 50 60 70 80 90
250 260 270 280 290
pF1KSD ------------------ALSLEECLRLLEATCPFGENAEFP-ADISSITEAVPSESEPP
:: ...:..:: : :: .. : : ..:.. .:.. : :
CCDS42 ETSGSANYSQVAHIPKSDALYFDDCMQLLAQTFPFVDDNEVSSATFQSLVPDIPGHIESP
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330
pF1KSD AL--QNNLLSPLLTGTE-SPFDL-------EQQWQDLMSIMEMQAMEV-NTSASEILYSA
.. :. :: . .. .: :: :: :..:.:: :.: ... : . : .
CCDS42 VFIATNQAQSPETSVAQVAPVDLDGMQQDIEQVWEELLSIPELQCLNIENDKLVETTMVP
160 170 180 190 200 210
340 350 360 370 380 390
pF1KSD PPGDPLST--NYSLAPNTPINQNVSLHQASLGGCSQDFL-LFSPEVESLPVASSSTLLPL
: :. :: . . : :... .:.:: :: : :. . . . : .
CCDS42 SPEAKLTEVDNYHFYSSIP-----SMEKE-VGNCSPHFLNAFEDSFSSILSTEDPNQLTV
220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KSD APSNS-TSLNSTFGSTNLTGLFFPPQLNGTANDTAGPELPDPLGGLLDEAMLDEISLMDL
:: ...:. ::. .... :..... : : :. :.: . :.. ::
CCDS42 NSLNSDATVNTDFGDEFYSAFIAEPSISNSM-----PS-PATLSHSLSELLNGPIDVSDL
270 280 290 300 310 320
460 470 480 490 500 510
pF1KSD AIEEGFNPVQASQLEEEFDSDSGLSLDSSHSPSSLSSSEGSSSSSSSSSSSSSSASSSAS
.. ..:: . . : :::::.::..: :: ..: : : ::: ...
CCDS42 SLCKAFNQNHPESTAEFNDSDSGISLNTS--PS-VASPEHSVESSSYGDT----------
330 340 350 360
520 530 540 550 560 570
pF1KSD SSFSEEGAVGYSSDSETLDLEEAEGAVGYQPEYSKFCRMSYQDPAQLSCLPYLEHVGHN-
.: : :::. .:. : :.: . . : : : .: : :..
CCDS42 -------LLGLS-DSEVEELDSAPGSV--KQNGPKTPVHSSGDMVQ----PLSPSQGQST
370 380 390 400 410
580 590 600 610 620 630
pF1KSD HTYNMAPSALDSADLPPPSALKKG--SKEKQADFLDKQMSRDEHRARAMKIPFTNDKIIN
:... .:: . .: .:.:... :. ...::: ::.:..::: .::::
CCDS42 HVHDAQCENTPEKELPVSPGHRKTPFTKDKHSSRLEAHLTRDELRAKALHIPFPVEKIIN
420 430 440 450 460 470
640 650 660 670 680 690
pF1KSD LPVEEFNELLSKYQLSEAQLSLIRDIRRRGKNKMAAQNCRKRKLDTILNLERDVEDLQRD
::: .:::..:: :..::::.::::::::::::.::::::::::..:..::.:.. :. .
CCDS42 LPVVDFNEMMSKEQFNEAQLALIRDIRRRGKNKVAAQNCRKRKLENIVELEQDLDHLKDE
480 490 500 510 520 530
700 710 720 730 740 750
pF1KSD KARLLREKVEFLRSLRQMKQKVQSLYQEVFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIP
: .::.:: : .::. .:.....:: :::. ::::.:.:::::.:.:: . ::.:.:.:
CCDS42 KEKLLKEKGENDKSLHLLKKQLSTLYLEVFSMLRDEDGKPYSPSEYSLQQTRDGNVFLVP
540 550 560 570 580 590
760 770
pF1KSD RTMADQQARRQERKPKDRRK
..
CCDS42 KSKKPDVKKN
600
>>CCDS5396.1 NFE2L3 gene_id:9603|Hs108|chr7 (694 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KSD MLSLKKYLTEG--LLQFTILLSLIGVRVDVDTYLTSQLPP---LREIIL---GP-SSAYT
: ::.. . : ::..:.:::: :.:::.: :: ::: :.. .: :: ::::.
CCDS53 MKHLKRWWSAGGGLLHLTLLLSLAGLRVDLDLYLL--LPPPTLLQDELLFLGGPASSAYA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
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. : .. :.: .:::. .:: . .:: .:::: :: : :.:::::
CCDS53 LSPF----SASGGWGRAGHLHPKGRELDPAAPPEGQLLREVRALGVPFVPRTSVDAWLVH
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
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::.. .. : : ::.: .. :.: :.. :: : : . .: . :
CCDS53 SVAAGSADEAHGLLGAAAASSTGGAGAS-VDGG---SQAVQGGGGDPR--AARSGP----
120 130 140 150 160
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: ::.: :: . : :: : .
CCDS53 ------------------LDAGEE-------------EKAPAEPTAQVPDAG-GCASEEN
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..: . . . . .: .:.... . :. :. .: . : ..:.: :
CCDS53 GVLREKHEAVDHSSQHEENEERVSAQKENSLQ---------QNDD---DENKIAEKPDWE
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.: . . : :.::.. :.::. .: : : : . .. . . : : :
CCDS53 AEKTTESRN--ERHLNGTDTSFSLEDLFQLLSSQPENSLEGISLGDIPLPGSISDGMNSS
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..: . . :.:.:.::.: : : .. . .: ... :. .: : :..:. ..
CCDS53 AHYHVNFSQAISQDVNLHEAILL-CPNNTFRRDPTART--SQSQEPFLQLN-SHTTNPEQ
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pF1KSD TFGSTNLTGLFFPPQLNGTANDTAGPELPDPLGGLLDEAMLDEISLMDLAIEEGFNPVQA
:. .::::: :. : : : :. : : :: ..:::.::.:: :..:.:...
CCDS53 TLPGTNLTG-FLSPVDNHMRNLTSQDLLYD-----LDINIFDEINLMSLATEDNFDPIDV
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::: .: ::::::::::::. ..: .:..: : .:::.::
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pF1KSD SSDSETLDLEEAEGAVG-YQPEYSKFCRMSYQDPAQLSCLPYLEHVGHNHTYNMAPSALD
.: :. . .. ::::: : :: ::.:... .: . : . .:: :::::.. :.: .
CCDS53 CTDHESSSHHDLEGAVGGYYPEPSKLCHLDQSDSDFHGDLTF-QHVFHNHTYHLQPTAPE
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pF1KSD SADLPPPSALKKGSKEKQADFL---DKQMSRDEHRARAMKIPFTNDKIINLPVEEFNELL
:.. : : : :.. .. .: :...::::.::.:..:::. :.:...::. :: .:
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pF1KSD SKYQLSEAQLSLIRDIRRRGKNKMAAQNCRKRKLDTILNLERDVEDLQRDKARLLREKVE
:.: :.. :.:::::::::::::.::::::::::: ::::: :: .:: : : ::...
CCDS53 SRYYLTDLQVSLIRDIRRRGKNKVAAQNCRKRKLDIILNLEDDVCNLQAKKETLKREQAQ
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pF1KSD FLRSLRQMKQKVQSLYQEVFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQARR
... ::::...::...:.::::..::: .:..:::: . :::.:..:. .. . ..
CCDS53 CNKAINIMKQKLHDLYHDIFSRLRDDQGRPVNPNHYALQCTHDGSILIVPKELVASGHKK
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770
pF1KSD QERKPKDRRK
. .: : .
CCDS53 ETQKGKRK
690
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..::. . : :. : .:. .: .: :::: .: : :. . :.
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:: ...:..:: : :: .. : : ..:.. .:.. : :.. :. ::
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. .. .: :: :: :..:.:: :.: ... : . : . : :. :
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: . . : :... .:.:: :: : :. . . . : . :: ...:.
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::. .... :..... .:.: :. :.: . :.. ::.. ..::
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. . : :::::.::..: :: ..: : : ::: ... .
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: : :::. .:. : :.: . . : : : .: : :.. :...
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.:: . .: .:.:... :. ...::: ::.:..::: .::::::: .:::.
CCDS46 TPEKELPVSPGHRKTPFTKDKHSSRLEAHLTRDELRAKALHIPFPVEKIINLPVVDFNEM
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.:: :..::::.::::::::::::.::::::::::..:..::.:.. :. .: .::.::
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pF1KSD EFLRSLRQMKQKVQSLYQEVFGRLRDENGRPYSPSQYALQYAGDGSVLLIPRTMADQQAR
: .::. .:.....:: :::. ::::.:.:::::.:.:: . ::.:.:.:..
CCDS46 ENDKSLHLLKKQLSTLYLEVFSMLRDEDGKPYSPSEYSLQQTRDGNVFLVPKSKKPDVKK
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770
pF1KSD RQERKPKDRRK
CCDS46 N
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.::::::::::::::..:::::.:.:.::
CCDS46 MDLIDILWRQDIDLGVSREVFDFSQRRKEY
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210 220 230 240
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..::. . : :. : .:. .: .: :::: .: : :. . :.
CCDS46 ELEKQKKLEKERQEQLQKEQEKAFFAQLQLDEETGEFLPIQ-PAQHIQSETSGSANYSQV
40 50 60 70 80
250 260 270 280 290
pF1KSD -------ALSLEECLRLLEATCPFGENAE-----FPADISSITEAVPSESEPPALQNNLL
:: ...:..:: : :: .. : .:. : : . . .... : . .
CCDS46 AHIPKSDALYFDDCMQLLAQTFPFVDDNESLVPDIPGHIESPVFIATNQAQSPETSVAQV
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.:. : : .. :.:: :..:.:: :.: ... : . : . : :. :: .
CCDS46 APVDLDGMQQ--DIEQVWEELLSIPELQCLNIENDKLVETTMVPSPEAKLTEVDNYHFYS
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. : :... .:.:: :: : :. . . . : . :: ...:. ::.
CCDS46 SIP-----SMEKE-VGNCSPHFLNAFEDSFSSILSTEDPNQLTVNSLNSDATVNTDFGDE
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.... :..... .:.: :. :.: . :.. ::.. ..:: . .
CCDS46 FYSAFIAEPSISNS--------MPSPATLSHSLSELLNGPIDVSDLSLCKAFNQNHPEST
270 280 290 300 310
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: :::::.::..: :: ..: : : ::: ... .: : :
CCDS46 AEFNDSDSGISLNTS--PS-VASPEHSVESSSYGDT-----------------LLGLS-D
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::. .:. : :.: . . : : : .: : :.. :... .
CCDS46 SEVEELDSAPGSV--KQNGPKTPVHSSGDMVQ----PLSPSQGQSTHVHDAQCENTPEKE
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:: . .: .:.:... :. ...::: ::.:..::: .::::::: .:::..:: :
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..::::.::::::::::::.::::::::::..:..::.:.. :. .: .::.:: : .:
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CCDS88 MSPCPPQQSRNRVIQLSTSELG--EMELTWQEIM
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pF1KSD SIMEMQAMEVNTSASEILYSAPPGDPLSTNYSLAPNTPINQN-VSLHQASLGGCSQDFLL
:: :.:.... : : .: . :.: : . :.: : : :
CCDS88 SITELQGLNAP--------SEPSFEPQAPAPYLGPPPPTTYCPCSIHPDS------GFPL
40 50 60 70
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CCDS88 PPPPYE-LPASTSHV-----PD-------------------PPYSYG---NMAIPVSKPL
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:.:::.: . : ..:.:... : : . .:. .:::::::. :
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120 130 140 150
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190 200 210 220
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CCDS88 ETIVQLERELERLTNERERLLRARGEADRTLEVMRQQLTELYRDIFQHLRDESGNSYSPE
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.:::: :.::...:.::
CCDS88 EYALQQAADGTIFLVPRGTKMEATD
350 360 370
772 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]