Result of FASTA (ccds) for
pF1KSDF0400
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDF0400, 726 aa
1>>>pF1KSDF0400 726 - 726 aa - 726 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5566+/-0.000936; mu= 11.4001+/- 0.056
mean_var=169.8884+/-33.911, 0's: 0 Z-trim(112.6): 19 B-trim: 131 in 1/51
Lambda= 0.098399
statistics sampled from 13359 (13376) to 13359 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.411), width: 16
Scan time: 4.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32749.1 TMC8 gene_id:147138|Hs108|chr17 ( 726) 4920 710.9 1.7e-204
CCDS12882.1 TMC4 gene_id:147798|Hs108|chr19 ( 706) 1182 180.2 9.3e-45
CCDS46174.1 TMC4 gene_id:147798|Hs108|chr19 ( 712) 1182 180.2 9.4e-45
CCDS53992.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 ( 613) 1051 161.6 3.3e-39
CCDS10573.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 ( 723) 1051 161.6 3.8e-39
CCDS73837.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 ( 758) 1032 159.0 2.5e-38
CCDS45324.1 TMC3 gene_id:342125|Hs108|chr15 (1100) 393 68.4 6.8e-11
>>CCDS32749.1 TMC8 gene_id:147138|Hs108|chr17 (726 aa)
initn: 4920 init1: 4920 opt: 4920 Z-score: 3784.7 bits: 710.9 E(32554): 1.7e-204
Smith-Waterman score: 4920; 99.7% identity (99.7% similar) in 726 aa overlap (1-726:1-726)
10 20 30 40 50 60
pF1KSD MLLPWSVSSERAPGVPEPEELWEAEMERLRGSGTPVRGLPYAMMDKRLIWQLREPAGVQT
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CCDS32 MLLPRSVSSERAPGVPEPEELWEAEMERLRGSGTPVRGLPYAMMDKRLIWQLREPAGVQT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KSD LRWQRWQRRRQTVERRLREAAQRLARGLGLWEGALYEIGGLFGTGIRSYFTFLRFLLLLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LRWQRWQRRRQTVERRLREAAQRLARGLGLWEGALYEIGGLFGTGIRSYFTFLRFLLLLN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KSD LLSLLLTASFVLLPLVWLRPPDPGPTLNLTLQCPGSRQSPPGVLRFHNQLWHVLTGRAFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LLSLLLTASFVLLPLVWLRPPDPGPTLNLTLQCPGSRQSPPGVLRFHNQLWHVLTGRAFT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KSD NTYLFYGAYRVGPESSSVYSIRLAYLLSPLACLLLCFCGTLRRMVKGLPQKTLLGQGYQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NTYLFYGAYRVGPESSSVYSIRLAYLLSPLACLLLCFCGTLRRMVKGLPQKTLLGQGYQA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KSD PLSAKVFSSWDFCIRVQEAATIKKHEISNEFKVELEEGRRFQLMQQQTRAQTACRLLSYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PLSAKVFSSWDFCIRVQEAATIKKHEISNEFKVELEEGRRFQLMQQQTRAQTACRLLSYL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KSD RVNVLIGLLVVGAISAIFWATKYSQDNKEESLFLLLQYLPPGVIALVNFLGPLLFTFLVQ
::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RVNVLNGLLVVGAISAIFWATKYSQDNKEESLFLLLQYLPPGVIALVNFLGPLLFTFLVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KSD LENYPPNTEVNLTLIWCVVLKLASLGMFSVSLGQTILCIGRDKSSCESYGYNVCDYQCWE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LENYPPNTEVNLTLIWCVVLKLASLGMFSVSLGQTILCIGRDKSSCESYGYNVCDYQCWE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KSD NSVGEELYKLSIFNFLLTVAFAFLVTLPRRLLVDRFSGRFWAWLEREEFLVPKNVLDIVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NSVGEELYKLSIFNFLLTVAFAFLVTLPRRLLVDRFSGRFWAWLEREEFLVPKNVLDIVA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KSD GQTVTWMGLFYCPLLPLLNSVFLFLTFYIKKYTLLKNSRASSRPFRASSSTFFFQLVLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GQTVTWMGLFYCPLLPLLNSVFLFLTFYIKKYTLLKNSRASSRPFRASSSTFFFQLVLLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GLLLAAVPLGYVVSSIHSSWDCGLFTNYSAPWQVVPELVALGLPPIGQRALHYLGSHAFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GLLLAAVPLGYVVSSIHSSWDCGLFTNYSAPWQVVPELVALGLPPIGQRALHYLGSHAFS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KSD FPLLIMLSLVLTVCVSQTQANARAIHRLRKQLVWQVQEKWHLVEDLSRLLPEPGPSDSPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FPLLIMLSLVLTVCVSQTQANARAIHRLRKQLVWQVQEKWHLVEDLSRLLPEPGPSDSPG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PKYPASQASRPQSFCPGCPCPGSPGHQAPRPGPSVVDAAGLRSPCPGQHGAPASARRFRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PKYPASQASRPQSFCPGCPCPGSPGHQAPRPGPSVVDAAGLRSPCPGQHGAPASARRFRF
670 680 690 700 710 720
pF1KSD PSGAEL
::::::
CCDS32 PSGAEL
>>CCDS12882.1 TMC4 gene_id:147798|Hs108|chr19 (706 aa)
initn: 923 init1: 525 opt: 1182 Z-score: 917.0 bits: 180.2 E(32554): 9.3e-45
Smith-Waterman score: 1182; 35.3% identity (62.1% similar) in 660 aa overlap (2-642:50-692)
10 20 30
pF1KSD MLLPW-SVSSERAPGVPEPEELWEAEMERLR
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CCDS12 APREARGGPSLSSVLNELPSAATLRYRDPGVLPWGALEEEEEDGGRSRKAFTEVTQTELQ
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80
pF1KSD GSGTPVRGLPYAMMDKRLIWQL---REP----AGVQTLRWQRWQRRRQTVERRLREAAQR
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CCDS12 -DPHPSRELPWPMQARRAHRQRNASRDQVVYGSGTKTDRWARLLRRS-------KEKTKE
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KSD LARGLGLWEGALYEIGGLFGTGIRSYFTFLRFLLLLNLLSLLLTASFVLLPLVWL--RPP
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CCDS12 GLRSLQPWAWTLKRIGGQFGAGTESYFSLLRFLLLLNVLASVLMACMTLLP-TWLGGAPP
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KSD DPGPTLNLTLQCPGSRQSPPGVLRFHNQLWHVLTGRAFTN-TYLFYGAYRVGPESSSVYS
: : ... : . :.. : .::...:.:... . . :::: : :.
CCDS12 GP-PGPDISSPCGSYNPHSQGLVTFATQLFNLLSGEGYLEWSPLFYGFYPPRPR------
200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KSD IRLAYLLSPLACLLLCFCGTLRRMVKGLPQKTLLGQGYQAPLSAKVFSSWDFCIRVQEAA
. ..:: .: :.:. :.: :.:: : : . . : .:::.::: . . .
CCDS12 LAVTYLCWAFAVGLICLLLILHRSVSGLKQTLLAESEALTSYSHRVFSAWDFGLCGDVHV
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KSD TIKKHEISNEFKVELEEGRRFQLMQQQTRAQTACRLLSYLRVNVLIGLLVVGAISAIFWA
.... : :.:::::: . .: .: : : . .:.:. :. .:. ...::
CCDS12 RLRQRIILYELKVELEETVVRRQAAVRTLGQQARVWLVRVLLNLLVVALLGAAFYGVYWA
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370
pF1KSD TKYSQDNKEESLF-------LLLQYLPPGVIALVNFLGPLLFTFLVQLENYPPNTEVNLT
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CCDS12 TGCTVELQEMPLVQELPLLKLGVNYLPSIFIAGVNFVLPPVFKLIAPLEGYTRSRQIVFI
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LIWCVVLKLASLGMFSVSLGQTILCIGRDKS-SCESYGYNVCDYQCWENSVGEELYKLSI
:. : :.:::: .. :: . : : : ... .:.. ::: . :::. .:.:.::: .
CCDS12 LLRTVFLRLASLVVLLFSLWNQITCGGDSEAEDCKTCGYNYKQLPCWETVLGQEMYKLLL
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KSD FNFLLTVAFAFLVTLPRRLLVDRFSGRFWAWLEREEFLVPKNVLDIVAGQTVTWMGLFYC
:..: ..: :.:. .::.:: : . .:: :: .:: .. .:::.:.: :.:
CCDS12 FDLLTVLAVALLIQFPRKLLCGLCPGALGRLAGTQEFQVPDEVLGLIYAQTVVWVGSFFC
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530 540 550
pF1KSD PLLPLLNSVFLFLTFYIKKYTLLKNSRASSRPFRASSSTFFFQLVLLLGLLLAAVPLGYV
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CCDS12 PLLPLLNTVKFLLLFYLKKLTLFSTCSPAARTFRASAANFFFPLVLLLGLAISSVPLLYS
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590 600 610
pF1KSD VSSIHSSWDCGLFTNYSAPWQVVPELVALGLPPIGQRALHYLGSHAFSFPLLIMLSLVLT
. : : :: : . :. : .:: .. .:: : : .::..::. :::.. :....
CCDS12 IFLIPPSKLCGPFRGQSSIWAQIPESIS-SLPETTQNFLFFLGTQAFAVPLLLISSILMA
610 620 630 640 650 660
620 630 640 650 660 670
pF1KSD VCVSQTQANARAIHRLRKQLVWQVQEKWHLVEDLSRLLPEPGPSDSPGPKYPASQASRPQ
:. ... .: : .:..: ..:.: :
CCDS12 YTVALANSYGRLISELKRQRETEAQNKVFLARRAVALTSTKPAL
670 680 690 700
>>CCDS46174.1 TMC4 gene_id:147798|Hs108|chr19 (712 aa)
initn: 923 init1: 525 opt: 1182 Z-score: 917.0 bits: 180.2 E(32554): 9.4e-45
Smith-Waterman score: 1182; 35.3% identity (62.1% similar) in 660 aa overlap (2-642:56-698)
10 20 30
pF1KSD MLLPW-SVSSERAPGVPEPEELWEAEMERLR
.::: .. :. : . . :. . .:.
CCDS46 GAPCSSPGPSLSSVLNELPSAATLRYRDPGVLPWGALEEEEEDGGRSRKAFTEVTQTELQ
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80
pF1KSD GSGTPVRGLPYAMMDKRLIWQL---REP----AGVQTLRWQRWQRRRQTVERRLREAAQR
. : : ::. :. .: : :. .:..: :: : :: .: ...
CCDS46 -DPHPSRELPWPMQARRAHRQRNASRDQVVYGSGTKTDRWARLLRRS-------KEKTKE
90 100 110 120 130
90 100 110 120 130 140
pF1KSD LARGLGLWEGALYEIGGLFGTGIRSYFTFLRFLLLLNLLSLLLTASFVLLPLVWL--RPP
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CCDS46 GLRSLQPWAWTLKRIGGQFGAGTESYFSLLRFLLLLNVLASVLMACMTLLP-TWLGGAPP
140 150 160 170 180 190
150 160 170 180 190 200
pF1KSD DPGPTLNLTLQCPGSRQSPPGVLRFHNQLWHVLTGRAFTN-TYLFYGAYRVGPESSSVYS
: : ... : . :.. : .::...:.:... . . :::: : :.
CCDS46 GP-PGPDISSPCGSYNPHSQGLVTFATQLFNLLSGEGYLEWSPLFYGFYPPRPR------
200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KSD IRLAYLLSPLACLLLCFCGTLRRMVKGLPQKTLLGQGYQAPLSAKVFSSWDFCIRVQEAA
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CCDS46 LAVTYLCWAFAVGLICLLLILHRSVSGLKQTLLAESEALTSYSHRVFSAWDFGLCGDVHV
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KSD TIKKHEISNEFKVELEEGRRFQLMQQQTRAQTACRLLSYLRVNVLIGLLVVGAISAIFWA
.... : :.:::::: . .: .: : : . .:.:. :. .:. ...::
CCDS46 RLRQRIILYELKVELEETVVRRQAAVRTLGQQARVWLVRVLLNLLVVALLGAAFYGVYWA
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370
pF1KSD TKYSQDNKEESLF-------LLLQYLPPGVIALVNFLGPLLFTFLVQLENYPPNTEVNLT
: . . .: : : ..::: :: :::. : .: ... ::.: . .. .
CCDS46 TGCTVELQEMPLVQELPLLKLGVNYLPSIFIAGVNFVLPPVFKLIAPLEGYTRSRQIVFI
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420 430
pF1KSD LIWCVVLKLASLGMFSVSLGQTILCIGRDKS-SCESYGYNVCDYQCWENSVGEELYKLSI
:. : :.:::: .. :: . : : : ... .:.. ::: . :::. .:.:.::: .
CCDS46 LLRTVFLRLASLVVLLFSLWNQITCGGDSEAEDCKTCGYNYKQLPCWETVLGQEMYKLLL
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470 480 490
pF1KSD FNFLLTVAFAFLVTLPRRLLVDRFSGRFWAWLEREEFLVPKNVLDIVAGQTVTWMGLFYC
:..: ..: :.:. .::.:: : . .:: :: .:: .. .:::.:.: :.:
CCDS46 FDLLTVLAVALLIQFPRKLLCGLCPGALGRLAGTQEFQVPDEVLGLIYAQTVVWVGSFFC
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530 540 550
pF1KSD PLLPLLNSVFLFLTFYIKKYTLLKNSRASSRPFRASSSTFFFQLVLLLGLLLAAVPLGYV
:::::::.: ..: ::.:: ::... ..: ::::...::: ::::::: ...::: :
CCDS46 PLLPLLNTVKFLLLFYLKKLTLFSTCSPAARTFRASAANFFFPLVLLLGLAISSVPLLYS
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590 600 610
pF1KSD VSSIHSSWDCGLFTNYSAPWQVVPELVALGLPPIGQRALHYLGSHAFSFPLLIMLSLVLT
. : : :: : . :. : .:: .. .:: : : .::..::. :::.. :....
CCDS46 IFLIPPSKLCGPFRGQSSIWAQIPESIS-SLPETTQNFLFFLGTQAFAVPLLLISSILMA
610 620 630 640 650 660
620 630 640 650 660 670
pF1KSD VCVSQTQANARAIHRLRKQLVWQVQEKWHLVEDLSRLLPEPGPSDSPGPKYPASQASRPQ
:. ... .: : .:..: ..:.: :
CCDS46 YTVALANSYGRLISELKRQRETEAQNKVFLARRAVALTSTKPAL
670 680 690 700 710
>>CCDS53992.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 (613 aa)
initn: 1067 init1: 409 opt: 1051 Z-score: 817.3 bits: 161.6 E(32554): 3.3e-39
Smith-Waterman score: 1281; 37.0% identity (65.8% similar) in 608 aa overlap (63-647:7-605)
40 50 60 70 80 90
pF1KSD GTPVRGLPYAMMDKRLIWQLREPAGVQTLRWQRWQRRRQTVERRLREAAQRLARGLGLWE
:..:.: . .:. : :.... : ::.
CCDS53 MKYLSEWDQWKRYSSKSWKRFLEKAREMTTHLELWR
10 20 30
100 110 120 130 140
pF1KSD GALYEIGGLFGTGIRSYFTFLRFLLLLNLLSLLLTASFVLLPLVWLRPPDPG------PT
. : : :::::.:::.:::::.::::. .:. .::::.. . . :
CCDS53 EDIRSIEGKFGTGIQSYFSFLRFLVLLNLVIFLIIFMLVLLPVLLTKYKITNSSFVLIPF
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KSD LNLTLQCPGSRQSPPGVLRFHNQLWHVLTGRAFTN-TYLFYGAYRV-GPESSS-VYSIRL
.. :: : :.. :.. . .:.: .: . : :::: : . : . .. .:.. :
CCDS53 KDMDKQCTVYPVSSSGLIYFYSYIIDLLSGTGFLEETSLFYGHYTIDGVKFQNFTYDLPL
100 110 120 130 140 150
210 220 230 240 250 260
pF1KSD AYLLSPLACLLLCFCGTLRRMVKGLPQKTLLGQGYQAPLSAKVFSSWDFCIRVQEAATIK
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CCDS53 AYLLSTIASLALSLLWIVKRSVEGFKINLIRSEEHFQSYCNKIFAGWDFCITNRSMADLK
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KSD KHEISNEFKVELEEGRRFQLMQQQTRAQTACRLLSY-LRVNVLIGLLVVGA-ISAIFWAT
. . :....::: : : . ..: .: :. : : .: .. : :.:: . ::. ::
CCDS53 HSSLRYELRADLEEERMRQKIAERTSEETI-RIYSLRLFLNCIV-LAVLGACFYAIYVAT
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370
pF1KSD KYSQDN--KE-------ESLFLLLQYLPPGVIALVNFLGPLLFTFLVQLENYPPNTEVNL
.::.. :: :.::.: ::: ::.:.::. :..:. ... :.: :. :. :
CCDS53 VFSQEHMKKEIDKMVFGENLFIL--YLPSIVITLANFITPMIFAKIIRYEDYSPGFEIRL
280 290 300 310 320 330
380 390 400 410 420 430
pF1KSD TLIWCVVLKLASLGMFSVSLGQTIL-CIGRDKSSCESYGYNVCDYQCWENSVGEELYKLS
:.. :: ..::.. .. .::. : : : ..:. ::: : :::..::.:.:::
CCDS53 TILRCVFMRLATICVLVFTLGSKITSC---DDDTCDLCGYNQKLYPCWETQVGQEMYKLM
340 350 360 370 380
440 450 460 470 480
pF1KSD IFNFLLTVAFAFLVTLPRRLLVDRFSG--RFWAWLEREEFLVPKNVLDIVAGQTVTWMGL
::.:.. .: ...: .::.::: :. . : . .:: .: ::: :: :::. :.:
CCDS53 IFDFIIILAVTLFVDFPRKLLVTYCSSCKLIQCWGQ-QEFAIPDNVLGIVYGQTICWIGA
390 400 410 420 430 440
490 500 510 520 530 540
pF1KSD FYCPLLPLLNSVFLFLTFYIKKYTLLKNSRASSRPFRASSSTFFFQLVLLLGLLLAAVPL
:. :::: . .. ... ::.:...:: . : : ::::::.:.::: ::::.:: :: .::
CCDS53 FFSPLLPAIATLKFIIIFYVKEWSLLYTCRPSPRPFRASNSNFFFLLVLLIGLCLAIIPL
450 460 470 480 490 500
550 560 570 580 590 600
pF1KSD GYVVSSIHSSWDCGLFTNYSAPWQVVPELVALGLPPIGQRALHYLGSHAFSFPLLIMLSL
.: : :: :: :::... :.:.:. :. .: : .: . :.::. :..... :
CCDS53 TISISRIPSSKACGPFTNFNTTWEVIPKTVST-FPSSLQSFIHGVTSEAFAVPFFMIICL
510 520 530 540 550 560
610 620 630 640 650 660
pF1KSD VLTVCVSQTQANARAIHRLRKQLVWQVQEKWHLVEDLSRLLPEPGPSDSPGPKYPASQAS
.. .. . :. :.. .::.:: . ..: .:.. :.
CCDS53 IMFYFIALAGAHKRVVIQLREQLSLESRDKCYLIQKLTEAQRDMRN
570 580 590 600 610
670 680 690 700 710 720
pF1KSD RPQSFCPGCPCPGSPGHQAPRPGPSVVDAAGLRSPCPGQHGAPASARRFRFPSGAEL
>>CCDS10573.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 (723 aa)
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>>CCDS73837.1 TMC7 gene_id:79905|Hs108|chr16 (758 aa)
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>>CCDS45324.1 TMC3 gene_id:342125|Hs108|chr15 (1100 aa)
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CCDS45 ----LRIIANILVLLSLAGSIYLIYFVVDRSQKLEQSKKELTLWEKNEVSVVVSLVTMIA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]