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SpecieshumanProduct IDFXC01432Cloning SiteSgfI-PmeIGeneKIBB4737SymbolCOL1A2
Alias : EDSARTH2, EDSCV, OI4Descriptioncollagen, type I, alpha 2Original Clone IDsj01762
Length: 4098 bp
Restriction map A
Restriction map B
Genomic Structure
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Length: 1366 aa
Result of homology search against CCDS protein database (
FASTA output,
Multiple alignment)
Entry Exp ID% symbol CCDS34682.1 6.6e-210 99.9 COL1A2 CCDS11561.1 1.8e-118 64.3 COL1A1 CCDS8759.1 1.1e-107 64.9 COL2A1 CCDS41778.1 1.2e-107 64.9 COL2A1 CCDS33350.1 5.7e-94 56.9 COL5A2
The numbers on the left and right sides of a black line in the graphical overview indicate the lengths (in amino acid residues) of the non-homologous N-terminal and C-terminal portions flanking the homologous region (indicated by the black line), respectively.
Result of motif / domain search (InterProScan and SOSUI)
[ zoom out (x2) ]
Result of InterProScan
Search method interpro_ID From To Entry Definition BlastProDom IPR000885 1256 1365 PD002078 Fibrillar collagen HMMPfam IPR008160 32 75 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 91 149 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 148 205 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 246 302 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 604 661 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 848 896 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 874 932 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR008160 1045 1102 PF01391 Collagen triple helix repeat IPR000885 1150 1365 PF01410 Fibrillar collagen HMMSmart IPR000885 1132 1366 SM00038 Fibrillar collagen ProfileScan IPR000885 1133 1366 PS51461 Fibrillar collagen Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.comCloned ORF Nucleotide sequence for pF1KB4737 Download>KIBB4737 4098 bp ATGCTCAGCTTTGTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTTGCAGTAACCTTATGCCTAGCA ACATGCCAATCTTTACAAGAGGAAACTGTAAGAAAGGGCCCAGCCGGAGATAGAGGACCA CGTGGAGAAAGGGGTCCACCAGGCCCCCCAGGCAGAGATGGTGAAGATGGTCCCACAGGC CCTCCTGGTCCACCTGGTCCTCCTGGCCCCCCTGGTCTCGGTGGGAACTTTGCTGCTCAG TATGATGGAAAAGGAGTTGGACTTGGCCCTGGACCAATGGGCTTAATGGGACCTAGAGGC CCACCTGGTGCAGCTGGAGCCCCAGGCCCTCAAGGTTTCCAAGGACCTGCTGGTGAGCCT GGTGAACCTGGTCAAACTGGTCCTGCAGGTGCTCGTGGTCCAGCTGGCCCTCCTGGCAAG GCTGGTGAAGATGGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCTGGTGAGAGAGGAGTTGTTGGA CCACAGGGTGCTCGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTTCCTGGCTTCAAAGGCATTAGG GGACACAATGGTCTGGATGGATTGAAGGGACAGCCCGGTGCTCCTGGTGTGAAGGGTGAA CCTGGTGCCCCTGGTGAAAATGGAACTCCAGGTCAAACAGGAGCCCGTGGGCTTCCTGGT GAGAGAGGACGTGTTGGTGCCCCTGGCCCAGCTGGTGCCCGTGGCAGTGATGGAAGTGTG GGTCCCGTGGGTCCTGCTGGTCCCATTGGGTCTGCTGGCCCTCCAGGCTTCCCAGGTGCC CCTGGCCCCAAGGGTGAAATTGGAGCTGTTGGTAACGCTGGTCCTGCTGGTCCCGCCGGT CCCCGTGGTGAAGTGGGTCTTCCAGGCCTCTCCGGCCCCGTTGGACCTCCTGGTAATCCT GGAGCAAACGGCCTTACTGGTGCCAAGGGTGCTGCTGGCCTTCCCGGCGTTGCTGGGGCT CCCGGCCTCCCTGGACCCCGCGGTATTCCTGGCCCTGTTGGTGCTGCCGGTGCTACTGGT GCCAGAGGACTTGTTGGTGAGCCTGGTCCAGCTGGCTCCAAAGGAGAGAGCGGTAACAAG GGTGAGCCCGGCTCTGCTGGGCCCCAAGGTCCTCCTGGTCCCAGTGGTGAAGAAGGAAAG AGAGGCCCTAATGGGGAAGCTGGATCTGCCGGCCCTCCAGGACCTCCTGGGCTGAGAGGT AGTCCTGGTTCTCGTGGTCTTCCTGGAGCTGATGGCAGAGCTGGCGTCATGGGCCCTCCT GGTAGTCGTGGTGCAAGTGGCCCTGCTGGAGTCCGAGGACCTAATGGAGATGCTGGTCGC CCTGGGGAGCCTGGTCTCATGGGACCCAGAGGTCTTCCTGGTTCCCCTGGAAATATCGGC CCCGCTGGAAAAGAAGGTCCTGTCGGCCTCCCTGGCATCGACGGCAGGCCTGGCCCAATT GGCCCCGCTGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGCAACATTGGATTCCCTGGACCCAAAGGCCCC ACTGGTGATCCTGGCAAAAACGGTGATAAAGGTCATGCTGGTCTTGCTGGTGCTCGGGGT GCTCCAGGTCCTGATGGAAACAATGGTGCTCAGGGACCTCCTGGACCACAGGGTGTTCAA GGTGGAAAAGGTGAACAGGGTCCCGCTGGTCCTCCAGGCTTCCAGGGTCTGCCTGGCCCC TCAGGTCCCGCTGGTGAAGTTGGCAAACCAGGAGAAAGGGGTCTCCATGGTGAGTTTGGT CTCCCTGGTCCTGCTGGTCCAAGAGGGGAACGCGGTCCCCCAGGTGAGAGTGGTGCTGCC GGTCCTACTGGTCCTATTGGAAGCCGAGGTCCTTCTGGACCCCCAGGGCCTGATGGAAAC AAGGGTGAACCTGGTGTGGTTGGTGCTGTGGGCACTGCTGGTCCATCTGGTCCTAGTGGA CTCCCAGGAGAGAGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGCAAGGGAGAAAAGGGTGAACCT GGTCTCAGAGGTGAAATTGGTAACCCTGGCAGAGATGGTGCTCGTGGTGCTCCTGGTGCT GTAGGTGCCCCTGGTCCTGCTGGAGCCACAGGTGACCGGGGCGAAGCTGGGGCTGCTGGT CCTGCTGGTCCTGCTGGTCCTCGGGGAAGCCCTGGTGAACGTGGTGAGGTCGGTCCTGCT GGCCCCAATGGATTTGCTGGTCCTGCTGGTGCTGCTGGTCAACCTGGTGCTAAAGGAGAA AGAGGAGCCAAAGGGCCTAAGGGTGAAAACGGTGTTGTTGGTCCCACAGGCCCCGTTGGA GCTGCTGGCCCAGCTGGTCCAAATGGTCCCCCCGGTCCTGCTGGAAGTCGTGGTGATGGA GGCCCCCCTGGTATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGACGGACTGGTCCCCCAGGACCC TCTGGTATTTCTGGCCCTCCTGGTCCCCCTGGTCCTGCTGGGAAAGAAGGGCTTCGTGGT CCTCGTGGTGACCAAGGTCCAGTTGGCCGAACTGGAGAAGTAGGTGCAGTTGGTCCCCCT GGCTTCGCTGGTGAGAAGGGTCCCTCTGGAGAGGCTGGTACTGCTGGACCTCCTGGCACT CCAGGTCCTCAGGGTCTTCTTGGTGCTCCTGGTATTCTGGGTCTCCCTGGCTCGAGAGGT GAACGTGGTCTACCAGGTGTTGCTGGTGCTGTGGGTGAACCTGGTCCTCTTGGCATTGCC GGCCCTCCTGGGGCCCGTGGTCCTCCTGGTGCTGTGGGTAGTCCTGGAGTCAACGGTGCT CCTGGTGAAGCTGGTCGTGATGGCAACCCTGGGAACGATGGTCCCCCAGGTCGCGATGGT CAACCCGGACACAAGGGAGAGCGCGGTTACCCTGGCAATATTGGTCCCGTTGGTGCTGCA GGTGCACCTGGTCCTCATGGCCCCGTGGGTCCTGCTGGCAAACATGGAAACCGTGGTGAA ACTGGTCCTTCTGGTCCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTTGGCCCAAGAGGTCCTAGTGGC CCACAAGGCATTCGTGGCGATAAGGGAGAGCCCGGTGAAAAGGGGCCCAGAGGTCTTCCT GGCTTAAAGGGACACAATGGATTGCAAGGTCTGCCTGGTATCGCTGGTCACCATGGTGAT CAAGGTGCTCCTGGCTCCGTGGGTCCTGCTGGTCCTAGGGGCCCTGCTGGTCCTTCTGGC CCTGCTGGAAAAGATGGTCGCACTGGACATCCTGGTACAGTTGGACCTGCTGGCATTCGA GGCCCTCAGGGTCACCAAGGCCCTGCTGGCCCCCCTGGTCCCCCTGGCCCTCCTGGACCT CCAGGTGTAAGCGGTGGTGGTTATGACTTTGGTTACGATGGAGACTTCTACAGGGCTGAC CAGCCTCGCTCAGCACCTTCTCTCAGACCCAAGGACTATGAAGTTGATGCTACTCTGAAG TCTCTCAACAACCAGATTGAGACCCTTCTTACTCCTGAAGGCTCTAGAAAGAACCCAGCT CGCACATGCCGTGACTTGAGACTCAGCCACCCAGAGTGGAGCAGTGGTTACTACTGGATT GACCCTAACCAAGGATGCACTATGGATGCTATCAAAGTATACTGTGATTTCTCTACTGGC GAAACCTGTATCCGGGCCCAACCTGAAAACATCCCAGCCAAGAACTGGTATAGGAGCTCC AAGGACAAGAAACACGTCTGGCTAGGAGAAACTATCAATGCTGGCAGCCAGTTTGAATAT AATGTAGAAGGAGTGACTTCCAAGGAAATGGCTACCCAACTTGCCTTCATGCGCCTGCTG GCCAACTATGCCTCTCAGAACATCACCTACCACTGCAAGAACAGCATTGCATACATGGAT GAGGAGACTGGCAACCTGAAAAAGGCTGTCATTCTACAGGGCTCTAATGATGTTGAACTT GTTGCTGAGGGCAACAGCAGGTTCACTTACACTGTTCTTGTAGATGGCTGCTCTAAAAAG ACAAATGAATGGGGAAAGACAATCATTGAATACAAAACAAATAAGCCATCACGCCTGCCC TTCCTTGATATTGCACCTTTGGACATCGGTGGTGCTGACCAGGAATTCTTTGTGGACATT GGCCCAGTCTGTTTCAAA
Cloned ORF protein sequence for pF1KB4737 Download>KIBB4737 1366 aa MLSFVDTRTLLLLAVTLCLATCQSLQEETVRKGPAGDRGPRGERGPPGPPGRDGEDGPTG PPGPPGPPGPPGLGGNFAAQYDGKGVGLGPGPMGLMGPRGPPGAAGAPGPQGFQGPAGEP GEPGQTGPAGARGPAGPPGKAGEDGHPGKPGRPGERGVVGPQGARGFPGTPGLPGFKGIR GHNGLDGLKGQPGAPGVKGEPGAPGENGTPGQTGARGLPGERGRVGAPGPAGARGSDGSV GPVGPAGPIGSAGPPGFPGAPGPKGEIGAVGNAGPAGPAGPRGEVGLPGLSGPVGPPGNP GANGLTGAKGAAGLPGVAGAPGLPGPRGIPGPVGAAGATGARGLVGEPGPAGSKGESGNK GEPGSAGPQGPPGPSGEEGKRGPNGEAGSAGPPGPPGLRGSPGSRGLPGADGRAGVMGPP GSRGASGPAGVRGPNGDAGRPGEPGLMGPRGLPGSPGNIGPAGKEGPVGLPGIDGRPGPI GPAGARGEPGNIGFPGPKGPTGDPGKNGDKGHAGLAGARGAPGPDGNNGAQGPPGPQGVQ GGKGEQGPAGPPGFQGLPGPSGPAGEVGKPGERGLHGEFGLPGPAGPRGERGPPGESGAA GPTGPIGSRGPSGPPGPDGNKGEPGVVGAVGTAGPSGPSGLPGERGAAGIPGGKGEKGEP GLRGEIGNPGRDGARGAPGAVGAPGPAGATGDRGEAGAAGPAGPAGPRGSPGERGEVGPA GPNGFAGPAGAAGQPGAKGERGAKGPKGENGVVGPTGPVGAAGPAGPNGPPGPAGSRGDG GPPGMTGFPGAAGRTGPPGPSGISGPPGPPGPAGKEGLRGPRGDQGPVGRTGEVGAVGPP GFAGEKGPSGEAGTAGPPGTPGPQGLLGAPGILGLPGSRGERGLPGVAGAVGEPGPLGIA GPPGARGPPGAVGSPGVNGAPGEAGRDGNPGNDGPPGRDGQPGHKGERGYPGNIGPVGAA GAPGPHGPVGPAGKHGNRGETGPSGPVGPAGAVGPRGPSGPQGIRGDKGEPGEKGPRGLP GLKGHNGLQGLPGIAGHHGDQGAPGSVGPAGPRGPAGPSGPAGKDGRTGHPGTVGPAGIR GPQGHQGPAGPPGPPGPPGPPGVSGGGYDFGYDGDFYRADQPRSAPSLRPKDYEVDATLK SLNNQIETLLTPEGSRKNPARTCRDLRLSHPEWSSGYYWIDPNQGCTMDAIKVYCDFSTG ETCIRAQPENIPAKNWYRSSKDKKHVWLGETINAGSQFEYNVEGVTSKEMATQLAFMRLL ANYASQNITYHCKNSIAYMDEETGNLKKAVILQGSNDVELVAEGNSRFTYTVLVDGCSKK TNEWGKTIIEYKTNKPSRLPFLDIAPLDIGGADQEFFVDIGPVCFK
Nucleotide Sequence (with vector) for pF1KB4737 Download>pF1KB4737 7211 bp GGATCTCGATCCCGCGAAATTAATACGACTCACTATAGGGGAATTGTGAGCGGATAACAA TTCCCCACTAGTAATAATTTTCTTTAACTTTAGTAAGGAGCGATCGCCATGCTCAGCTTT GTGGATACGCGGACTTTGTTGCTGCTTGCAGTAACCTTATGCCTAGCAACATGCCAATCT TTACAAGAGGAAACTGTAAGAAAGGGCCCAGCCGGAGATAGAGGACCACGTGGAGAAAGG GGTCCACCAGGCCCCCCAGGCAGAGATGGTGAAGATGGTCCCACAGGCCCTCCTGGTCCA CCTGGTCCTCCTGGCCCCCCTGGTCTCGGTGGGAACTTTGCTGCTCAGTATGATGGAAAA GGAGTTGGACTTGGCCCTGGACCAATGGGCTTAATGGGACCTAGAGGCCCACCTGGTGCA GCTGGAGCCCCAGGCCCTCAAGGTTTCCAAGGACCTGCTGGTGAGCCTGGTGAACCTGGT CAAACTGGTCCTGCAGGTGCTCGTGGTCCAGCTGGCCCTCCTGGCAAGGCTGGTGAAGAT GGTCACCCTGGAAAACCCGGACGACCTGGTGAGAGAGGAGTTGTTGGACCACAGGGTGCT CGTGGTTTCCCTGGAACTCCTGGACTTCCTGGCTTCAAAGGCATTAGGGGACACAATGGT CTGGATGGATTGAAGGGACAGCCCGGTGCTCCTGGTGTGAAGGGTGAACCTGGTGCCCCT GGTGAAAATGGAACTCCAGGTCAAACAGGAGCCCGTGGGCTTCCTGGTGAGAGAGGACGT GTTGGTGCCCCTGGCCCAGCTGGTGCCCGTGGCAGTGATGGAAGTGTGGGTCCCGTGGGT CCTGCTGGTCCCATTGGGTCTGCTGGCCCTCCAGGCTTCCCAGGTGCCCCTGGCCCCAAG 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GCTGGTCCAAGAGGGGAACGCGGTCCCCCAGGTGAGAGTGGTGCTGCCGGTCCTACTGGT CCTATTGGAAGCCGAGGTCCTTCTGGACCCCCAGGGCCTGATGGAAACAAGGGTGAACCT GGTGTGGTTGGTGCTGTGGGCACTGCTGGTCCATCTGGTCCTAGTGGACTCCCAGGAGAG AGGGGTGCTGCTGGCATACCTGGAGGCAAGGGAGAAAAGGGTGAACCTGGTCTCAGAGGT GAAATTGGTAACCCTGGCAGAGATGGTGCTCGTGGTGCTCCTGGTGCTGTAGGTGCCCCT GGTCCTGCTGGAGCCACAGGTGACCGGGGCGAAGCTGGGGCTGCTGGTCCTGCTGGTCCT GCTGGTCCTCGGGGAAGCCCTGGTGAACGTGGTGAGGTCGGTCCTGCTGGCCCCAATGGA TTTGCTGGTCCTGCTGGTGCTGCTGGTCAACCTGGTGCTAAAGGAGAAAGAGGAGCCAAA GGGCCTAAGGGTGAAAACGGTGTTGTTGGTCCCACAGGCCCCGTTGGAGCTGCTGGCCCA GCTGGTCCAAATGGTCCCCCCGGTCCTGCTGGAAGTCGTGGTGATGGAGGCCCCCCTGGT ATGACTGGTTTCCCTGGTGCTGCTGGACGGACTGGTCCCCCAGGACCCTCTGGTATTTCT GGCCCTCCTGGTCCCCCTGGTCCTGCTGGGAAAGAAGGGCTTCGTGGTCCTCGTGGTGAC CAAGGTCCAGTTGGCCGAACTGGAGAAGTAGGTGCAGTTGGTCCCCCTGGCTTCGCTGGT GAGAAGGGTCCCTCTGGAGAGGCTGGTACTGCTGGACCTCCTGGCACTCCAGGTCCTCAG GGTCTTCTTGGTGCTCCTGGTATTCTGGGTCTCCCTGGCTCGAGAGGTGAACGTGGTCTA CCAGGTGTTGCTGGTGCTGTGGGTGAACCTGGTCCTCTTGGCATTGCCGGCCCTCCTGGG GCCCGTGGTCCTCCTGGTGCTGTGGGTAGTCCTGGAGTCAACGGTGCTCCTGGTGAAGCT GGTCGTGATGGCAACCCTGGGAACGATGGTCCCCCAGGTCGCGATGGTCAACCCGGACAC AAGGGAGAGCGCGGTTACCCTGGCAATATTGGTCCCGTTGGTGCTGCAGGTGCACCTGGT CCTCATGGCCCCGTGGGTCCTGCTGGCAAACATGGAAACCGTGGTGAAACTGGTCCTTCT GGTCCTGTTGGTCCTGCTGGTGCTGTTGGCCCAAGAGGTCCTAGTGGCCCACAAGGCATT CGTGGCGATAAGGGAGAGCCCGGTGAAAAGGGGCCCAGAGGTCTTCCTGGCTTAAAGGGA CACAATGGATTGCAAGGTCTGCCTGGTATCGCTGGTCACCATGGTGATCAAGGTGCTCCT GGCTCCGTGGGTCCTGCTGGTCCTAGGGGCCCTGCTGGTCCTTCTGGCCCTGCTGGAAAA GATGGTCGCACTGGACATCCTGGTACAGTTGGACCTGCTGGCATTCGAGGCCCTCAGGGT CACCAAGGCCCTGCTGGCCCCCCTGGTCCCCCTGGCCCTCCTGGACCTCCAGGTGTAAGC GGTGGTGGTTATGACTTTGGTTACGATGGAGACTTCTACAGGGCTGACCAGCCTCGCTCA GCACCTTCTCTCAGACCCAAGGACTATGAAGTTGATGCTACTCTGAAGTCTCTCAACAAC CAGATTGAGACCCTTCTTACTCCTGAAGGCTCTAGAAAGAACCCAGCTCGCACATGCCGT GACTTGAGACTCAGCCACCCAGAGTGGAGCAGTGGTTACTACTGGATTGACCCTAACCAA GGATGCACTATGGATGCTATCAAAGTATACTGTGATTTCTCTACTGGCGAAACCTGTATC CGGGCCCAACCTGAAAACATCCCAGCCAAGAACTGGTATAGGAGCTCCAAGGACAAGAAA 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CCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCA CAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGC GTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATA CCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTA TCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCA GCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGA CTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGG TGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGGACAGTATTTGG TATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGG CAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAG AAAAAAAGGATTTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAA CGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGAT CCTTTTATAGTCCGGAAATACAGGAACGCACGCTGGATGGCCCTTCGCTGGGATGGTGAA ACCATGAAAAATGGCAGCTTCAGTGGATTAAGTGGGGGTAATGTGGCCTGTACCCTCTGG TTGCATAGGTATTCATACGGTTAAAATTTATCAGGCGCGATTGCGGCAGTTTTTCGGGTG GTTTGTTGCCATTTTTACCTGTCTGCTGCCGTGATCGCGCTGAACGCGTTTTAGCGGTGC 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